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vcf文件

,主要分为三部分,第一部分为双井号注释部分,为文件头信息,主要介绍文件内容以及 INFO 部分详细解释; 第二部分单井号注释,为表头信息,基本内容分为 8 ,对于多样品可以继续添加。...AD:Allele Depth:为 sample 中每一种 allele(等位碱基) reads 覆盖度,在 diploid(二倍体,或可指代多倍型)中则是用逗号分隔两个,前者对应 REF 基因,...后者对应 ALT基因型; DP:Depth:为 sample 中该位点覆盖度,是所支持两个 AD 逗号前和逗号后)加和,支持越高,结果越可信,通常可以用于 DP 进行突变结果过滤...-S, --samples-file :样品名文件 -t, --targets :目标,染色体名字,例如 chr1,多个染色体之间用逗号分隔 -T, --targets-file...-x 参数表示去除 VCF 文件中注释信息,可以是其中某一,比如 ID, 也可以是某些字段,比如 INFO/DP,多个字段信息用逗号分隔;去除之后,这些信息所在并不会去除,而是用

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MySQL 高频面试题,硬 gang 面试官

索引底层是一颗B+树,那么联合索引底层也就是一颗B+树,只不过联合索引B+树节点中存储逗号分隔多个。...说明:索引文件具有B-Tree最左前缀匹配特性,如果左边未确定,那么无法使用此索引。 6、SQL性能优化目标:至少要达到 range 级别,要求是ref级别,如果可以是const最好。...,a几乎接近于唯一,那么只需要单建idx_a索引即可。说明:存在非等号和等号混合判断条件时,在建索引时,请把等号条件前置。如:where c>? and d=?...按照userId纬度拆分,安琪拉见过常见有,根据 userId % 64 取模0~63编号64张固定,取userId 指定二位,例如倒数2,3位组成00~99 一共100张,百库表表...hash: userId hash一下,然后 % ; Range: 另外还有按照userId 指定范围,0-1千万一张,这种用比较少,容易产生热点。

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MySQL高频面试题,硬gang面试官

索引底层是一颗B+树,那么联合索引底层也就是一颗B+树,只不过联合索引B+树节点中存储逗号分隔多个。...说明:索引文件具有B-Tree最左前缀匹配特性,如果左边未确定,那么无法使用此索引。 6、SQL性能优化目标:至少要达到 range 级别,要求是ref级别,如果可以是const最好。...,a几乎接近于唯一,那么只需要单建idx_a索引即可。说明:存在非等号和等号混合判断条件时,在建索引时,请把等号条件前置。如:where c>? and d=?...按照userId纬度拆分,安琪拉见过常见有,根据 userId % 64 取模0~63编号64张固定,取userId 指定二位,例如倒数2,3位组成00~99 一共100张,百库表表...hash: userId hash一下,然后 % ; Range: 另外还有按照userId 指定范围,0-1千万一张,这种用比较少,容易产生热点。

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实用小工具,教你轻松转化Python通用数据格式

]") print("t -a '1,3,4' [必输,array, 域编号字符串,逗号分隔。...t|||' ]") print("t -P 'OFS' [可选,out FS,输出文件分隔符,默认为\t,可指定多个,多个需指定序号=分隔符,逗号分隔,默认分隔符序号0 ]") print...,输出分隔,无配置字段填充,某默认,可按顺序填充,也可乱序映射填充 输入:输入文件路径 选项: -i “path” 必设 输入文件路径 -t n 必设 目标数据 -a “r1,r2” 必设...in_file第1,2,3分别填充到in_file.dist[use default]第22,39,63 in_file.dist共65,以^A分隔,未配置以0填充 -a中顺序与源文件序有关...,若-a “39,22,63” 则是第1填充到第39,第二填充到22,第3填充到63 默认用法: 【需要对某些填充相同,但不想在源文件中维护】 命令: .

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2022年最新Python大数据之Excel基础

数据->删除重复项->选择删除条件 缺失处理 三种处理缺失常用方法 1.填充缺失,一般可以用平均/中位数/众数等统计,也可以使用算法预测。...3.忽略默认,不去处理 用平均值填充缺失 •选择B数据,计算平均值 •平均值单独复制一行(选择粘贴),务必复制,否则将会出现循环引用。...然后输入三个参数(数据,规则,返回结果) 3.数据合并 数据拆分是指数据分为,而数据合并是指数据合并为一。...输入: conca自动提示,选择第一个字符串合并 选择要合并字符串用英文逗号分隔,额外添加字符串也用逗号分隔,用英文单引号或者双引号包起来 保留原百分号,需要用到文本格式化 数据排序 按数值大小排序...二维无法顺利建立数据透视中不要有空 原始数据不要出现空行/空。如数据缺失,或为“0”,建议输入“0”而非空白单元格。

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大数据技术之_09_Hive学习_复习与总结

如果分隔符是 NULL,返回也将为 NULL。这个函数会跳过分隔符参数后任何 NULL 和空字符串。分隔符将被加到被连接字符串之间。   ...Hive 可以或者分区进一步组织成桶,以达到:   1、数据取样效率更高   2、数据处理效率更高   桶通过对指定进行哈希来实现,一个列名下数据切分为“一组桶”,每个桶都对应了一个该列名下一个存储文件...分桶算法:id.hashCode % 4(桶) Map集合key去重原理和set集合去重原理:先比较哈希(本质是比较地址,hashCode()),再比较所对应具体(equals())。...数据最终落在哪一个桶里,取决于 clustered by 那个 hash 与桶个数求余来决定。虽然有一定离散性,但不能保证每个桶中数据量是一样。...(comma:逗号) 2.5 UDF、UDAF、UDTF   collect_set(clo) 多行数据聚合成一数据,UDAF函数   concat_ws(separator, str1, str2

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HAWQ + MADlib 玩转数据挖掘之(十一)——分类方法之决策树

构建决策树归纳算法如下: 训练样本原始数据放入决策树树根。 原始数据分成两组,一部分为训练数据,另一部分为测试组资料。...list_of_features:TEXT类型,逗号分隔字符串,用于预测特征列名,也可以用‘*’表示所有都用于预测(除下一个参数中列名外)。...特征类型可以是boolean、integer、text或double precision。 list_of_features_to_exclude:TEXT类型,逗号分隔字符串,不用于预测列名。...pruning_params(可选):TEXT类型,逗号分隔键-对,用于决策树剪枝,当前接受为:         cp缺省为0。...输出中返回决策树对应具有最少交叉错误cp(如果多个cp有相同错误,取最大cp)。 surrogate_params:TEXT类型,逗号分隔键值对,控制替代分裂点行为。

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Sqoop工具模块之sqoop-import 原

缺省是0。 --accumulo-zookeepers :由Accumulo实例使用Zookeeper服务器逗号分隔列表。...该方式每个基于字符串表示形式记录写入分割文件中,在各个行和之间使用分隔符进行行列划分。分隔符可以是逗号、制表符或其他字符。...默认情况下,Sqoop识别主键(如果存在)并将其用作拆分列。分割和高从数据库中检索,并且mapper任务在总范围大小均匀分量上进行操作。     ...1.创建     如果目标族不存在,则Sqoop作业退出并显示错误。在运行导入之前,应该创建目标。     ...--hbase-row-key参数可以指定行键。     如果导入具有联合主键,--hbase-row-key必须以逗号分隔联合主键。

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PPT 中插入域代码公式方法

如果您系统小数点符号句号 (指定为您操作系统区域设置一部分),请使用逗号作为分隔符。如果您系统小数点符号逗号,请使用分号。 数组: \a() 多; 中数组元素按行顺序显示元素。...\al 左对齐。 \ac 在居中对齐。 \ar 右对齐。 \con N (默认为 1) 数组元素。 \vsn 增加n磅垂直各行之间间距。...示例 {EQ \i \su(1,5,3)} 显示: 列表: \l() 使用任意数量元素创建逗号或分号分隔列表,以便您可以为单个元素指定多个元素。...\S 指令之后,下列选项单个元素。 \ain () 添加行上方空白段落中由n指定。 \upn () 单个元素相邻文本上方移动n由指定。默认为 2 磅。...\din () 添加行下方空白段落中由n指定。 \don () 将相邻文本下方单个元素移动n由指定。默认为 2 磅。

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sqoop关系型数据迁移原理以及map端内存为何不会爆掉窥探

1,2,22 2,3,33 3,ad,12 默认情况下,Sqoop会将我们导入数据保存为逗号分隔文本文件。如果导入数据字段内容存在逗号分隔符,我们可以另外指定分隔符,字段包围字符和转义字符。...查询时根据一个划分列(确定根据哪一个划分)来进行划分。根据元数据,Sqoop会选择一个合适列作为划分列(通常是主键)。...主键最小和最大会被读出,与目标任务一起来确定每个map任务要执行查询。当然用户也可以使用split-by参数自己指定一个列作为划分列。  ...例如:person中有10000条记录,其id为0~9999。在导入这张时,Sqoop会判断出id是主键。...如果id不是均匀分布(比如id从2000到4000范围是没有记录),那么有一部分map任务可能只有很少或没有工作要做,而其他任务则有很多工作要做。

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数据分析必备:掌握这个R语言基础包1%功能让你事半功倍!(附代码)

它代表是comma-separated values,简单来讲就是,文件里每一个单独数据都是用逗号进行分隔。...文本文件可以使用各种符号来分隔数据,例如常见tab和“;”(分号),或者其他任意符号。即便是以.csv为拓展名文件也并非一定是以逗号进行分隔,相关内容在后文函数演示部分会有介绍。...由代码可知,read.csv函数所有数据都读取到了一中。因为按照默认参数设置,函数会寻找逗号作为分隔标准,若找不到逗号,则只好将所有变量都放在一中。指定分隔符参数可以解决这个问题。...聪明你很可能已经想到了如果使用这两个函数默认设置来读取以逗号分隔数据会发生什么。函数默认参数会在原始数据中不断地寻找tab分隔符,找不到的话就会如同前文演示那样,所有变量都挤在一里。...header:设置逻辑来指定函数是否数据文件第一作为列名。默认为假。 sep:不同变量之间分隔符,特指分隔数据分隔符。默认为空,可以是“,”、“\t”等。

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HAWQ技术解析(十一) —— 数据管理

数据可以是固定分隔文本或逗号分隔(CSV)格式。外部数据必须是HAWQ可以正确读取格式。...(2)格式         文本文件和CSV文件缺省分隔符是分别是TAB(ASCII为0x09)和逗号(ASCII为0x2C)。...例如,假设有以下三个字段数据: Free trip to A,B 5.89 Special rate "1.79"         假设指定逗号(,)为分隔符,一个双引号(")为转义符。...如果目标值设置为0,ANALYZE忽略该。下面的命令desc1统计目标设置为0,因为该对于查询优化没有任何作用。...父分区上设置统计目标影响子分区。如果父上某目标设置为0,所有子分区上统计目标也为0。

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大数据ETL开发之图解Kettle工具(入门到精通)

由于Kettle中自带输入控件比较多,本文只挑出开发中经常使用几个输入控件来进行讲解,详情如下图: 3.1.1 CSV文件输入 CSV 文件是一个用逗号分隔固定格式文本文件,这种文件后缀名为...步骤名称:可以修改,但是在同一个转换里面要保证唯一 性, 见名知意 文件名:选择对应csv文件 分隔符:默认是逗号(不用改) 封闭符:结束行数据读写(不用改) NIO 缓存大小...任务:给staff数据加一固定slary和一个递增number序列,在控制台预览下数据即可,不用输出 3.3.4 字段选择 字段选择是从数据流中选择字段、改变名称、修改数据类型。...任务:拆分字段.xlsx里面的NBA球星姓名,拆分成姓跟名 文件内容: 执行结果: 3.3.10 分为多行 分为多行就是把指定字段按指定分隔符进行拆分为多行,然后其他字段直接复制...原始数据: 1.选择扁平化字段 2.填写目标字段,字段个数跟每个分组数据一致 3.3.12 转行 转行,顾名思义多转一行,就是如果数据一有相同,按照指定字段,将其中一字段内容变成不同

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SQL命令 SELECT(一)

DISTINCT关键字指定选择项必须是唯一。 DISTINCT BY关键字子句指定项必须是唯一。 项目(或用逗号分隔项目列表)用括号括起来。 通常,项目是名称。...select-item - 要检索一个或多个(或其他)。 多个选择项被指定为一个逗号分隔列表。 还可以使用*符号检索所有。...INTO host-variable-list - 可选-(仅嵌入式SQL):一个或多个主机变量,选择项放入其中。 多个主机变量被指定为逗号分隔列表或单个主机变量数组。...多个可以指定为逗号分隔列表或与ANSI连接关键字关联。 可以指定任何或视图组合。...必需子句 下面是所有SELECT语句必需子句: 要从中检索或以其他方式生成一个或多个项(select-item参数)逗号分隔选择项列表。 最常见是,这些项是名称。

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开源SPL助力JAVA处理公共数据文件(txtcsvjsonxmlxsl)

二维结构文本类似数据库,首行是列名,其他行每行一条记录,之间用固定符号分隔。其中,以逗号分隔 csv 和以 tab 为分隔 txt 格式最为常见。...可以写入指定 sheet,或只写入序部分行,或只写入指定: =file("e:/scores.xlsx").xlsexport@t(A1,No,Name,Class,Maths) xlsexport...("C2") 配合 SPL 灵活语法,就可以解析自由格式 xls,比如下面的文件读为规范二维(序): 这个文件格式很不规则,直接基于 POI 写 JAVA 代码是个浩大工程,而 SPL...b: T.select@b(Amount>1000) 有序分组,即对分组字段有序数据,将相邻且字段相同记录分为一组,使用 @b: T.groups@b(Client;sum(Amount)) 函数选项还可以组合搭配...SPL 使用层次参数简化了复杂参数表达,即通过分号、逗号、冒号自高而低参数分为三层: join(Orders:o,SellerId ; Employees:e,EId) 逻辑复杂计算。

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Sqoop工具模块之sqoop-export 原

一、介绍 该export工具一组文件从HDFS导入RDBMS。目标必须已经存在于数据库中。根据用户指定分隔符读取输入文件并将其解析为一组记录。...--update-key :锚点用于更新。如果有多个,请使用以逗号分隔列表。 --update-mode :指定在数据库中使用不匹配键找到新行时如何执行更新。...以逗号为间隔选择和排列各个。 例如: --columns "col1,col2,col3" 注意:--columns参数中不包含需要定义默认或允许NULL。...如果数据库中具有约束条件(例如,其必须唯一主键)并且已有数据存在,则必须注意避免插入违反这些约束条件记录。如果INSERT语句失败,导出过程失败。...注意:未包含在--columns参数中需要定义默认或允许NULL。否则,数据库拒绝导入数据,从而导致Sqoop作业失败。

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Python读取CSV和Excel

当下 ║ 2019.1.1 人生苦短,我们都要用Python,不定期更新Python相关知识点 知识点 CSV 逗号分隔(Comma-Separated Values,CSV,有时也称为字符分隔,因为分隔字符也可以不是逗号...CSV文件由任意数目的记录组成,记录间以某种换行符分隔;每条记录由字段组成,字段间分隔符是其它字符或字符串,最常见逗号或制表符。通常,所有记录都有完全相同字段序列....特点 读取出数据一般为字符类型,如果是数字需要人为转换为数字 以行为单位读取数据 之间以半角逗号或制表符为分隔,一般为半角逗号 一般为每行开头不空格,第一行是属性,数据之间以间隔符为间隔无空格,...ncols = sheet.ncols# 4、获取某个单元格 lng = table.cell(i,3).value#获取i行3表格 lat = table.cell(i,4).value...#获取i行4表格 5、打开并添加sheet writebook = xlwt.Workbook()#打开一个excel sheet = writebook.add_sheet('test'

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数据分析必备:掌握这个R语言基础包1%功能,你就很牛了

它代表是comma-separated values,简单来讲就是,文件里每一个单独数据都是用逗号进行分隔。...文本文件可以使用各种符号来分隔数据,例如常见tab和“;”(分号),或者其他任意符号。即便是以.csv为拓展名文件也并非一定是以逗号进行分隔,相关内容在后文函数演示部分会有介绍。...由代码可知,read.csv函数所有数据都读取到了一中。因为按照默认参数设置,函数会寻找逗号作为分隔标准,若找不到逗号,则只好将所有变量都放在一中。指定分隔符参数可以解决这个问题。...聪明你很可能已经想到了如果使用这两个函数默认设置来读取以逗号分隔数据会发生什么。函数默认参数会在原始数据中不断地寻找tab分隔符,找不到的话就会如同前文演示那样,所有变量都挤在一里。...默认为假 sep:不同变量之间分隔符,特指分隔数据分隔符。默认为空,可以是“,”、“\t”等 quote:单双引号规则设置。

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开源SPL助力JAVA处理公共数据文件(txtcsvjsonxmlxsl)

二维结构文本类似数据库,首行是列名,其他行每行一条记录,之间用固定符号分隔。其中,以逗号分隔 csv 和以 tab 为分隔 txt 格式最为常见。...可以写入指定 sheet,或只写入序部分行,或只写入指定: =file("e:/scores.xlsx").xlsexport@t(A1,No,Name,Class,Maths) xlsexport...("C2") 配合 SPL 灵活语法,就可以解析自由格式 xls,比如下面的文件读为规范二维(序): 这个文件格式很不规则,直接基于 POI 写 JAVA 代码是个浩大工程,而 SPL...b: T.select@b(Amount>1000) 有序分组,即对分组字段有序数据,将相邻且字段相同记录分为一组,使用 @b: T.groups@b(Client;sum(Amount)) 函数选项还可以组合搭配...SPL 使用层次参数简化了复杂参数表达,即通过分号、逗号、冒号自高而低参数分为三层: join(Orders:o,SellerId ; Employees:e,EId) 逻辑复杂计算。

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