3*2**2的输出是多少?(1分) 8 % 4的输出是多少?(1分) 32 + '32'的输出是什么?(1分) 32 > '32'的输出是什么?(1分) 'Sheng Xin Bao Dian'.find('x')和'Sheng Xin Bao Dian'.find('X')的输出分别是?(2分) 一句话计算'Sheng Xin Bao Dian'字符串中n的数目?(1分) 写出下面10段程序的输出?(1分/段) aList = [1, 2, 3] bList = aList bList.append(4)
给定FASTA格式的文件(test1.fa 和 test2.fa),写一个程序 cat.py 读入文件,并输出到屏幕 (2分)
源码在:https://github.com/Tong-Chen/Bioinfo_course_pytho
源码在:https://github.com/Tong-Chen/Bioinfo_course_python
之前用EMBL的双序列比对工具做全局比对,虽然很快就出结果了,但至少也要经历一两秒钟的时间。而数据库中有几百万条序列,全部比对一遍,耗时太长。因此,我们需要快速的数据库相似性搜索工具。目前世界上广泛使用的就是 BLAST。它可以在尽可能准确的前提下,快速的从数据库中找到跟某一条序列相似的序列。BLAST 是 Basic Local Alignment Search Tool 的首字母缩写,直译过来就是基本局部比对搜索工具。BLAST 的基本原理很简单,要点是片段对的概念。所谓片段对是指两个给定序列中的一对子序列,它们的长度相等,且可以形成无空位的完全匹配。
• 第三行:以 + 开头,之后可以再次加上序列的标识及描述信息(保留行) • 第四行:为碱基质量值,与第二行的序列相对应,长度必须与第二行相同
四方密码是一种对称式加密法,由法国人Felix Delastelle发明。这种方法将字母两个一组,然后采用多字母替换密码。四方密码用4个5×5的矩阵来加密。每个矩阵都有25个字母。
输入输出 交互式输入输出 在很多时候,你会想要让你的程序与用户(可能是你自己)交互。你会从用户那里得到输入,然后打印一些结果。我们可以分别使用raw_input和print语句来完成这些功能。 a = raw_input("Please input a string\n> ") print "The string you typed in is: ", a Please input a string > a The string you typed in is: a print "这是一个保留例子,仅供
之前介绍很多基于序列分析的数据库的时候,都会提到FASTA序列。之后也会遇到很多基于序列分析的数据库。所以今天就把基因序列的格式单独拎出来说一下。
导语:这个案例来自于excelxor.com,真是太佩服了!这样复杂的要求都能够用公式解决,这样的解决方法都能够想到!
[]中括号里面的可以是逻辑值判断,可以是具体的值(即下标),可以是函数,可以是向量
在AI盛起的当下,各类AI应用不断地出现在人们的视野中,AI正在重塑着各行各业。ChatGPT一直这股AI浪潮的引领者,在各类不断涌现的大模型中,目前还没有出现能与ChatGPT比肩的。笔者前前后后看了很多篇介绍GPT的文章,看到这篇文章时有种眼前一亮的感觉。一篇收获颇多的文章,翻译整理如下,感兴趣的请点赞收藏。
第三列 feature 基因结构:transcript,gene,exon,CDS,start_codon,stop_codon,UTR...
Linux上的文本编辑器vim 图片 命令模式 • 用vim FILENAME进入之后的默认模式 • 可以“上下左右”移动光标 • 可以剪切字符或整行、也可复制、粘贴 移动光标: • 方向键或者hjkl • ^和$:快速到所在行的开头和末尾(用0也可以到开头) • 30j:向下移动30行(数字+方向进行快速移动) • ctrl+f或b:上下翻页(forward/back) • gg:快速回到文档的第一行的第一个字符 • G:快速到文件底部 (或者用 和 ) 撤销动作(后悔药): • u:复原前一个动作(可
主要分为两部分,第一部分即第一行为id行,以“>”开头,包含注释信息;第二部分(不只有第二行)为序列信息,每个字母表示一个碱基或氨基酸,一般用ATCGN来表示,其中N表示荧光信号干扰无法判断到底是哪个碱基。
环境变量的补充 PATH只是众多环境变量中的一个变量,用于存储可执行文件所在的目录,以便在用户输入命令时可以查询的到。尤其是自己写的脚本或安装的程序,系统不会知道它们在哪个路径下,需要我们去提供给系统这些新的路径,学名叫设置环境变量。 此外常用到的环境变量还有LD_LIBARY_PATH: 指定动态链接库 (so文件)的位置,一般在安装软件出错时会用到;PYTHONPATH: 指定Python的安装包的路径;PERL5LIB: 指定perl的安装包的路径。 设置环境变量要注意2点:1. 设置新的环境变量时一
16S rRNA 扩增子测序是研究微生物群落多样性和动态变化的重要方法。然而,目前公共 16S rRNA 参考数据库中仍缺乏许多环境微生物的高同一性参考序列,也缺乏针对大多数未培养微生物的系统分类注释。
常规需求是文本文件交互,比如 文件打开、文件写入、文件内容刷新等等,如果默认的文件没有规则仅仅是里面有内容,就需要使用比较底层的函数:
请你找到最小的整数 X 同时满足: X 是 2019 的整倍数 X 的每一位数字都是奇数
“脱氧核糖核酸(DNA)是一种分子,其中包含每个物种独特的生物学指令。DNA及其包含的说明在繁殖过程中从成年生物传给其后代。“ —genome.gov
P300是大脑认知过程中产生的一种事件相关电位,主要与期待、意动、觉醒、注意等心理因素有关。Sutton等人发现,当人脑受到小概率相关事件的刺激时,脑电信号中会出现一个潜伏期约为300ms的正向波峰,P300因此得名。
今天看到一个小伙伴去蔚来面试的经历,虽然跪了,但经验还是值得参考的,一方面八股文考察的内容属于大众熟悉的高频知识点,另外一方面算法题还挺难的,今天来练习一下。
隐写术是指首先用传统加密算法对数据进行加密,然后用某种方法将加密后的数据修改为一个伪装文本。
特征: 两部分, id行和序列行. - id行:以“>”开头, 有时候会包含注释信息,如 chr1、chr2 ... - 序列行:一个字母表示一个碱基/氨基酸,ATCGN 或 20种氨基酸
BWA基础用法参见:序列比对之BWA 官网:Burrows-Wheeler Aligner (https://bio-bwa.sourceforge.net/)
经典加密法 01 仿射加密法 在说仿射加密之前,有必要先说一下单码加密。单码加密法具有固定替换模式的加密方法,即明文中的每个字母就由密文中的一个字母所替换。而仿射加密就是单码加密法的一种。 在仿射加密中,字母表的每个字母代表一个数字,例如a=0,b=1,c=2,……,z=25。仿射加密的秘钥为0~25之间的数字对(a,b),a与26的最大公约数必须为1,即GCD(a,26)=1,也就是说能整除a和26的只有1。例如,a=2就不行,因为2可以整除2和26。a=5就可以,因为只有1才能整除5和26。 假设p为
动态规划,英文:Dynamic Programming,简称DP,将问题分解为互相重叠的子问题,通过反复求解子问题来解决原问题就是动态规划,如果某一问题有很多重叠子问题,使用动态规划来解是比较有效的。
前面我们提到过表达芯片探针注释的3种方法,参见:第一个万能芯片探针ID注释平台R包, 并且帮助大家搞定了第一种bioconductor包的方法,大家无需下载几十个bioconductor包,然后自己一个个提取基因信息,我全部为大家做好啦,也就是 idmap1 这个目前host在GitHub的R包:
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