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转录组分析 | 使用SAMtools将SAM文件转换为BAM文件、排序、建立索引

这在我之前的文章【生信中常见的数据文件格式】中也有介绍。 接下来,我们要做的事情就是使用SAMtools将SAM文件转换为BAM文件、排序、建立索引。...将sam文件与bam文件互换;然后对bam文件进行各种操作,比如数据的排序(sort)和提取(这些操作 是对bam文件进行的,因而当输入为sam文件的时候,不能进行该操作);最后将排序或提取得到的数据输出为...如果没有指定选项或区域,则将指定的输入对齐文件(SAM、BAM或CRAM格式)中的所有对齐打印到SAM格式的标准输出(没有标头)。...可以在输入文件名后指定一个或多个空格分隔的区域规范,以将输出限制为仅覆盖指定区域的那些对齐。使用区域规范需要一个协调排序和索引的输入文件(BAM或CRAM格式)。...3.samtools index 必须对bam文件进行默认情况下的排序后,才能进行index。否则会报错。建立索引后将产生后缀为.bai的文件,用于快速的随机处理。

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    深入了解IAM和访问控制

    将一个用户添加到一个群组里,可以自动获得这个群组所具有的权限。...当然,这样的权限控制也可以通过在 EC2 的文件系统里添加 AWS 配置文件设置某个用户的密钥(AccessKey)来获得,但使用角色更安全更灵活。角色的密钥是动态创建的,更新和失效都毋须特别处理。...所有的 IAM managed policy 是不需要指明 Principal 的。这种 policy 可以单独创建,在需要的时候可以被添加到用户,群组或者角色身上。.../*" ] } ] } 在这个例子里,我们只允许用户访问 DynamoDB 和 S3 中的特定资源,除此之外,一律不允许访问。...我们再看一个生产环境中可能用得着的例子,来证明 IAM 不仅「攘内」,还能「安外」。假设我们是一个手游公司,使用 AWS Cognito 来管理游戏用户。每个游戏用户的私人数据放置于 S3 之中。

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    具有EC2自动训练的无服务器TensorFlow工作流程

    对于数据存储,我们将在DynamoDB中创建两个表: data —将保留带标签的输入数据进行训练 model —存储训练工作中的元数据和指标 环境设定 初始化 由于项目将与Node Lambda文件和Python...还将利用Serverless框架,该框架将保留在顶层,而Node和Python部分将在各自的文件夹中初始化。...因为s3proxy将使用路径参数来定义所请求key的文件,并将其作为S3存储桶中的文件夹。 对于该train功能,将使用DynamoDB流触发器,该触发器将包含在资源部分中。...然后将这些文件上传到S3并以当前纪元为键将其上传到新文件夹中。还将维护“最新”文件夹,以定义客户端应使用哪种模型进行预测。最后,每个模型拟合的结果将存储model在DynamoDB 中的表中。...DynamoDB流触发器是比较初级的,并且在大容量环境中可能最终变得过于激进。更为健壮的解决方案可能是将新事件附加到文件中并分别对新事件进行计数,这也可以减轻每次训练运行时扫描整个表的负担。

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    利用samtools将sam格式的文件与bam格式的文件进行相互转换

    bowtie2是当今流行的序列比对软件,其输出结果为sam后缀名的文件 sam格式是一种通用的比对格式,用来存储reads到参考序列的比对信息SAM是一种序列比对格式标准, 由sanger制定,是以TAB...主要应用于测序序列mapping到基因组上的结果表示,当然也可以表示任意的多重比对结果 而bam格式文件可以理解为时sam格式文件的二进制保存 在进行下一步的转录本组装时要用到cufflinks软件,而...cufflinks只接受bam格式的文件作为输入,所以我们要把sam格式的文件转换为bam格式的文件以便进行下一步操作 samtools可以有效地帮我们解决这个问题 samtools view [-bhuHS...-u 以未压缩的BAM格式输出,可以节约时间,一般在管道执行时使用 -h 在结果中包含头header -H 只输出头 -S 输入文件为SAM格式,如果确实@SQ头,则需要-t选项 sam转化为bam...,cufflinks还需要我们把转换后的bam格式文件进行排序 samtools sort aln.bam >aln.sorted_bam 建议使用tophat2+cufflinks的软件组合进行转录组的比对和分析

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    conda创建虚拟环境后文件夹中只有conda-meta文件夹,无法将环境添加到IDE中

    1.问题描述:anaconda的envs的其中一个环境目录下,没有python.exe文件,只有conda-meta和scripts 平时创建虚拟环境都是: conda create -n test...#test为创建的虚拟环境名称 因为之前也创建过好几次了,在命令行中也没有报任何错误,于是准备将刚配置的test虚拟环境添加到pycharm解释器中,但是发现在test环境中根本找不到除conda-meta...外的其他任何文件,通过下图来比较一下正常的虚拟环境和test虚拟环境的差别,如下图所示 2....是此anaconda默认版本的python 以为就没问题了 原来不指定python版本的话这个env文件夹下就没有bin文件夹 无法正常激活、使用 使用的还是base环境(尽管前面标出了一个(xxxxx...)) 删除有问题的虚拟环境:(base环境中执行) conda remove -n xxxx --all 重新新建虚拟环境,新建时指定python版本 conda create -n test python

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    如何将MV中的音频添加到EasyNVR中做直播背景音乐?

    EasyNVR已经支持自定义上传音频文件,可以做慢直播场景使用,前两天有一个开发者提出一个问题:想把一个MV中的音频拿出来放到EasyNVR中去做慢直播。...经过我们的共同研究之后,终于想出一个办法,就是先将这个音乐提取出来,再添加进EasyNVR中。...我们采用的是ffmpeg命令行的方法拿到AAC数据,具体命令如下: ffmpeg -i input-video.mp4 -vn -acodec copy output-audio.aac 将获取的AAC...音频文件在EasyNVR的通道管理页面进行添加,如下图: 这样问题就解决了。...不得不说ffmpeg就是强大,ffmpeg是专门用于处理音视频的开源库,既可以使用它的API对音视频进行处理,也可以使用它提供的工具,如 ffmpeg,ffplay,ffprobe,来编辑你的音视频文件

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    NXP的S32K144如何将静态库文件添加到 S32DS工程中?

    来源:技术让梦想更伟大 作者:李肖遥 我们经常使用静态库或者动态库,那么在NXP的s32k144使用中,如何将静态库文件 (*.a) 添加到 S32 Design Studio GCC 项目中呢?...1添加一个不依赖于可执行(elf)文件的静态库 这种方法假设库不会改变,库的更新不会触发项目重建过程,如果库更改,则需要手动清理项目(假设没有其他源文件已更改),并且下一个构建链接更新的库。...在上面的示例中,GCC 链接器将在文件夹“c:\my_libs”中搜索名为“libtestlib.a”的库文件,如果找不到库,则会发生链接器错误。...对于自定义库名称,请在库名称开头添加冒号“:”以禁用默认前缀/扩展名扩展,GCC 链接器现在在下面的示例中搜索文件名“testlib.lib”: 2将静态库与依赖项添加到可执行(elf)文件 如果静态库已更改...- “触及”,有时需要触发项目重建,在这种情况下库应添加到不同的项目对话框中: 点击Project Properties -> C/C++ Build -> Settings -> Standard

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    将模型添加到场景中 - 在您的环境中显示3D内容

    在本教程中,我们将学习如何检索模型并使用按钮的触发器将其呈现在场景中。一旦显示,我们将隐藏焦点方块。...约束 然后,单击Storyboard编辑器左下角的第四个图标,将新约束添加到场景视图中。定义约束以确保您的用户界面适应不同的屏幕尺寸或设备方向。设置为0的顶部,左,右和底部。...文件,以便在场景中添加模型。...然后,让我们用一个小消息将它添加到场景中。...结论 经过漫长的旅程,我们终于将我们的模型添加到我们的环境中,好像它们属于它。我们在本节中也学到了其他有用的概念。我们在故事板中定制了我们的视图,并在代码中播放动画。

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    将终结点图添加到你的ASP.NET Core应用程序中

    让我们回到正轨上-我们现在有了一个图形生成中间件,所以让我们把它添加到管道中。这里有两个选择: 使用终结点路由将其添加为终结点。 从中间件管道中将其添加为简单的“分支”。...通常建议使用前一种方法,将终结点添加到ASP.NET Core 3.0应用程序,因此从这里开始。...UseEndpoints()方法中调用MapGraphVisualisation("/graph")将图形终结点添加到我们的ASP.NET Core应用程序中: public void Configure...将图形可视化工具添加为中间件分支 在您进行终结点路由之前,将分支添加到中间件管道是创建“终结点”的最简单方法之一。...对我来说,像这样公开应用程序的图形是没有意义的。在下一节中,我将展示如何通过小型集成测试来生成图形。

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    将文件夹中的文件信息统计写入到csv中

    今天在整理一些资料,将图片的名字信息保存到表格中,由于数据有些多所以就写了一个小程序用来自动将相应的文件夹下的文件名字信息全部写入到csv文件中,一秒钟搞定文件信息的保存,省时省力!...下面是源代码,和大家一起共享探讨: import os import csv #要读取的文件的根目录 root_path=r'C:\Users\zjk\Desktop\XXX' # 获取当前目录下的所有目录信息并放到列表中...for dir in dirs: path_lists.append(os.path.join(root_path, dir)) return path_lists #将所有目录下的文件信息放到列表中...def get_Write_file_infos(path_lists): # 文件信息列表 file_infos_list=[] for path in path_lists..."]=filename1 #追加字典到列表中 file_infos_list.append(file_infos) return

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    在本课程中,您将了解到ARKit,您将学习如何制作自己的游乐场。您将能够将模型甚至您自己的设计添加到应用程序中并与它们一起玩。您还将学习如何应用照明并根据自己的喜好进行调整。...增强现实 增强现实定义了通过设备的摄像头将虚拟元素(无论是2D还是3D)集成到现实世界环境中的用户体验。它允许用户与自己的周围环境交互数字对象或角色,以创建独特的体验。 什么是ARKit?...无论是将动物部位添加到脸上还是与另一个人交换面部,你都会忍不住嘲笑它。然后你拍一张照片或短视频并分享给你的朋友。...因此,如果您有更新版本的MacBook,则需要充电电缆和适配器。 下载ARKit简介 要学习本教程,您需要Xcode 10或更高版本以及assets文件夹。...接口 这是您刚刚创建新项目后的第一个屏幕。左侧的第一个面板是Project Navigator,其中显示了项目的所有文件。在中间,您可以在项目编辑器中管理项目。

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    Amazon DynamoDB 工作原理、API和数据类型介绍

    DynamoDB 核心组件 基本 DynamoDB 组件包括:表、项目、属性 表 - 类似于其他数据库系统,DynamoDB将数据存储在表中。表是数据的集合。...DynamoDB 支持两种索引: Global secondary index - 一种带有可能与表中不同的分区键和排序键的索引。...DynamoDB 将自动维护索引。当添加、更新或删除基表中的某个项目时,DynamoDB 会添加、更新或删除属于该表的任何索引中的对应项目。 当创建索引时,可指定哪些属性将从基表复制或投影到索引。...DynamoDB 至少会将键属性从基表投影到索引中。对于 GenreAlbumTitle 也是如此,只不过此时只有 Music 表中的键属性会投影到索引中。...DescribeStream - 返回有关流的信息,例如,流的 Amazon 资源名称 (ARN) 和您的应用程序可开始读取前几条流记录的位置。

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