1.初识 ggplot2 包 ggplot2 包提供了一套基于图层语法的绘图系统，它弥补了 R 基础绘图系统里的函数缺乏一致性的缺点，将 R 的绘图功能提升到了一个全新的境界。...我们首先来探索车重和耗油量的关系，将变量 wt 映射到 x 轴，变量 mpg 映射到 y 轴。...接下来我们将探索用 ggplot2 包绘制常用统计图形的方法。 2.分布的特征 在探索数据的过程中，最基本的手段就是观察单个变量的取值情况。对于连续型变量，可以绘制直方图或密度曲线图。...= …density…”用于设定 y 轴为频率（密度），stat_density( )是一种用于计算密度估计曲线的统计变换。...对于一组问题，可以使用 sjPlot 包里的函数 plot_stackfrq( ) 对不同选项的比例进行可视化。
然而，图形语法的翻译在ggplot2中没有对应关系（它的作用是由内置的R功能发挥的）。...4.3.3.2 使用比例来改变几何图层的美学效果 从数据到美学属性的映射由比例函数控制，例如在4.3.2.1，轴中x-y位置的scale_y_continuous（）和scale_x_continuous...但是，在某些情况下，例如出版物，我们可能希望将标题添加到绘图中，也可能希望更改X轴和Y轴标签。...刻面是在一个图中绘制多个图形。faceting的功能类似于lattice包中的panel。它经常出现在微生物组学研究的出版物上。在ggplot2中，刻面可以通过两种主要方式执行：网格刻面和包裹刻面。...在这个公式中，我们可以看到使用**+运算符**将附加变量z加到y上。 使用facet_wrap(公式)将一大系列绘图分解为多个小绘图 wrap刻面将一系列大绘图生成单个类别的多个小绘图。
("text", x = 16.5, y = 52, label = "r^2==0.42"，parse=T)#这里是数学公式 *ggplot中的文本不能直接以表达式对象作为输入，其参数通常是字符串...如果宽度超过了响应的数据范围，那么它可能不是适合你数据的最好模型 #将密度曲线叠加到直方图上可以为观测值的理论分布和实际分布进行比较 #由于密度曲线独影的y轴坐标较小，如果将其叠加到未做任何变换的直方图上可能很难看清曲线...#还是要加上y=..density..这样会将直方图比例缩放致与密度曲线相同的高度，不会特别突兀 ggplot(birthwt_mod, aes(x = bwt, y = ..density..)) +...#与直方图类似，可以通过binwidth（）函数来控制折线图的组距 #或者通过设定每组组距将x轴分为特定数目的组 ggplot(faithful, aes(x = waiting)) + geom_freqpoly...传递一个指定x和y带宽的向量到h，这个参数会被传递给实际生成密度估计的函数kde2d().在本例中，我们将在x，y轴方向上生成一个更小的带宽，以使密度估计对数据的拟合程度更高。
ggplot函数设置图形但没有自己的视觉输出。使用一个或多个几何函数向图中添加了几何对象(简写为geom)，包括点、线、条、箱线图和阴影区域。...分组 在R中，组通常用分类变量的水平（因子）来定义。 分组是通过ggplot2图将一个或多个带有诸如颜色、形状、填充、尺寸和线条类型的视觉特征的分组变量来完成的。...Number by Rank3.png 值得注意的是，第三个图形中y轴的标签是错误的，它应该是比例而不是数量。我们可以通过添加y="proportion"参数到labs()函数来解决。...分面 如果组在图中并排出现而不是重叠为单一的图形，关系就是清晰的。我们可以使用facet_wrap()函数和facet_grid()函数创建网格图形（在ggplot2中也称为刻面图）。...=指定这些水平的标签，limits=表示哪些水平应该展示 coord_filp() 颠倒x轴和y轴 我们将这些函数应用一个分组箱线图中，其中包含按学术等级和性别分组的薪资水平，代码如下： data(Salaries
不同类型的细胞执行不同的生物学功能，通过计算细胞比例，我们可以评估细胞类型的组内及组间分布情况。 2.可视化 在这里，我们将依次绘制饼图、堆积柱状图、气泡图。...2.1 饼图 饼图可以直观展示组内各细胞比例的差异。...clockwise: 是一个逻辑值,用来指示饼图各个切片是否按顺时针做出分割。 angle: 设置底纹的斜率。 density: 底纹的密度。默认值为 NULL。...labs：用于设置 x、y 轴标签和图例标签的文本。 scale：用于调整比例尺和美学属性的尺度。 coord：坐标系变换，例如 coord_flip() 可以交换 x 和 y 轴。...scale_x_continuous()、scale_y_continuous()：调整 x 轴和 y 轴的连续变量的比例尺和标签。
： 在小提琴图中，x轴代表不同的样本或细胞群组，y轴代表数值（如基因表达水平）。...，进行查看 p1 = VlnPlot(pbmc, features = "MS4A1") p1 在小提琴图中，x轴代表不同的样本或细胞群组，y轴代表基因表达水平。...在ggplot2中，图层可以包括几何对象（如点、线、面等），统计变换，数据映射等。 比例（scales）： 定义了图形的比例尺，例如x轴和y轴的取值范围和断点。...group.by：根据对象元数据中的不同方式对细胞进行分组（例如，orig.ident）。 split.by：对象元数据中的一个因子，用于分割图表。传递'ident'可以按细胞身份分割。...split.plot：控制是为分割的每个组绘制多个还是单个小提琴形状。 stack：是否水平堆叠每个特征的图表。 combine：是否将图表组合成一个单一的patchworked ggplot对象。
那么今天我们就为大家介绍一下目前在R语言中流行的绘图包ggplot2。 1. ggplot2的安装：install.packages("ggplot2")。...2. ggplot2的绘图原理: ggplot2的核心理念是将绘图与数据分离，数据相关的绘图与数据无关的绘图分离，并按图层作图。...按变量组图（facet_等） 真正的绘图命令（stat_，geom_，annotate），这三类就是实现一个函数一个图层的核心函数。...地图投影 coord_polar 极坐标投影 coord_trans 变换笛卡儿坐标 分面函数 描述 facet_grid 将分面放置在二维网格中 facet_wrap 将一维的分面按二维排列 定位函数...一组连续数据可以映射到X轴坐标，也可以映射到一组连续的渐变色彩。
箱线图（Boxplot）是一种用于展示一组数据分布特征的图形，它能够提供以下信息：中位数：箱线图中的中位线表示数据的中位数。...density: 密度参数，可能用于调整箱线图内密度图的显示。legend.h: 图例的高度。legend.x.pos 和 legend.y.pos: 图例在图表中的位置。...scale_y_continuous(expand = expansion(mult = c(0.1, 0.1)))：设置 y 轴为连续比例尺，并添加一些扩展空间，mult 参数设置为 0.1，意味着在...stroke = 1)：根据 plotOcc 数据框添加点，这些点表示出现率，映射 Group 到 x 轴，position 到 y 轴，occ 到点的大小，不显示图例，点的形状设置为 1（圆形），并且有...coord_flip()：翻转坐标轴，使得 x 轴变为垂直，y 轴变为水平。guides(color = "none")：设置颜色图例为不显示。
饼图 饼图，将一般的柱图进行直角坐标轴到极坐标轴的转换（coord_polar()) ggplot(df,aes(x=factor(1),a,fill=factor(var)))+ geom_bar...(stat="identity",position="fill")+ coord_polar(theta="y")+ # 按Y轴极坐标转换 labs(title="饼图")因为是在条形图中对y轴进行极坐标转换...XY散点图 需要注意的是确定X,Y轴以后，需要把对应的值赋到图中 ggplot(df1,aes(var,value))+ geom_point(aes(colour=item))+ labs(...的值从小到大排序 mutate(per = a/sum(a)) %>% # 增加per列，值为对应总数的比例 arrange(desc(a)) %>% # 重新按列a的值从达到小排列...mutate(new_id = 1:10)%>% # 增加new_id列 mutate(per = cumsum(per)) # 将per列的值按new_id的顺序逐个叠加 ggplot
导语 GUIDE ╲ ggside 包旨在使用户能够轻松地将metadata添加到他们的 ggplots 中。ggside对于一些复杂数据的处理优于patchwork。...背景介绍 作为ggplot的扩展，ggside允许用户向主图中添加相关的图形信息，能够实现例如箱线图和密度分布的添加，使用ggside可以向图形中添加任何类型的附加层，通过geom_xside或 geom_yside...的模式将几何图形添加到 x 轴或 y 轴上，接下来就让我们看看怎么使用吧！...- R包安装 BiocManager::install("ggside") library(ggside) library(dplyr) library(ggplot2) 可视化简介 01 应用实例...、B两组摆放图片 p2 + facet_grid(Species~Species2, space = "free", scale = "free_y") p + geom_xsidedensity(aes
以克拉(carat)数为X轴变量，价格(price)为Y轴变量。...p ggplot(data = small, mapping = aes(x = carat, y = price)) ##上面这行代码把数据映射XY坐标轴上，需要告诉ggplot2，这些数据要映射成什么样的几何对象...#当然你想提供也是可以的，通过stat参数，可以让geom_bar按指定高度画图，比如以下代码： ggplot()+geom_bar(aes(x=c(LETTERS[1:3]),y=1:3), stat...而柱状图是分类数据，按类别计数。我们可以用前面直方图的参数来画side-by-side的柱状图，填充颜色或者按比例画图，它们是高度一致的。...ggplot(small)+geom_boxplot(aes(x=cut, y=price,fill=color)) #geom_boxplot将数据映射到箱式图上，上面的代码，我们应该很熟悉了，按切工
R语言绘制基因表达基因的“对称散点图 转录组分析中，计算了两组间差异表达的基因后，通常怎样表示？您可能第一时间想到可以使用火山图。...提到散点图，常见的还有另一种展示差异表达基因的样式：横纵坐标轴可分别代表两组基因表达均值，这种风格可以更方便直观对比基因在两组中的差异状态。...第一种类型是将基因按上调、下调或不显著类型着色，便于从图中辨认差异基因。我们使用ggplot2的方法绘制差异基因散点图。...（treat）和对照组（control），图中的点代表各基因在两组中的平均表达值（已经作了log转换）。...（treat）和对照组（control），图中的点代表各基因在两组中的平均表达值（已经作了log转换），图中的虚线代表了|log2FC|=1时的阈值线。
以下用的数据是一份毕业生数据，来自王斌会主编的《数据分析与R语言建模》的练习数据，一共48个样本点，9个属性 一、数据 在ggplot2中，接受的数据集必须是以data.frame格式的。...height, weight, score [48x9] 可以发现，在p中指定了x轴为score，y轴为income，颜色为sex，这与p1中的不同 2.设定与映射 映射将一个变量中离散或连续的数据与一个图形属性中以不同的参数来相互关联..., 而设定能够将这个变量中所有的数据统一为一个图形属性。..., 注意图中y轴名称仍然以默认的price表示 dp + geom_point(aes(color = NULL))#删除默认的color映射关系 注意体会第二和第三种图的画法 四、几何对象...而柱状图是分类数据，按类别计数 3.密度函数图 #密度函数图 ggplot(small.diamonds)+geom_density(aes(x=price,color=clarity))#color指定颜色
，它开创性的在R语言绘图中增加了图层的概念（如果你熟悉PS应该对图层不陌生）。...Y轴，然后用 stat="identity"才是真正意义上的条形图。...如果ggplot2只是有这39个内置图形函数那就太没意思了，每个映射都是可以细化调整的，包括X,Y轴，颜色，大小等具体的熟悉，只是需要时间来熟练使用！...#这个bar图是统计cut的各个因子出现的次数，来作为Y轴。...为白色背景的主题，还有 theme_classic()主题，和R的基础画图函数较像。
ggplot2的语法讲解 ---- 如果读者对R语言比较熟悉，一定听过或使用过ggplot2的绘图体系了。...，有两点需要说明，一方面，在ggplot2绘图过程中均采用图层思想，将多个图形进行叠加和设置；另一方面，图层思想是通过代码中的加号（+）表现出来的。...ggplot函数所指定的数据框； stat：借助于该参数控制绘图数据的统计变换，默认为'count'，表示计数（前提是绘图数据为明细数据）；如果指定为'identity'，表示直接使用原始数据绘制y轴（...；如果设置为FALSE，则不显示任何图例；如果设置为TRUE，则显示图例； inherit.aes：bool类型的参数，绘图时是否延用ggplot函数中的数据和轴属性，默认为TRUE；根据作者的经验，如果...' # 填充色为铁蓝色 ) + # 删除x轴的标题 labs(x = '')# 绘制有序的条形图 p2 ggplot(data = df, # 要求x轴的省份按
ggplot2 R的作图工具包，可以使用非常简单的语句实现非常复杂漂亮的效果。...#具体实现：先自定义函数year(),将字符串格式的时间转化为年 year <- function(x) as.POSIXlt(x)$year + 1900 #画出path plot,颜色按年份由浅到深...ggplot 基本绘图类型： 这些几何元素是ggplot的基础。他们彼此结合可以构成复杂的图像。他们中的绝大多数对应特定的绘图类型。...ggplot2中的基本概念 将数据中变量映射到图形属性。映射控制了二者之间的关系。 ? 标度：标度负责控制映射后图形属性的显示方式。具体形式上来看是图例和坐标刻度。...图层可以允许用户一步步的构建图形，方便单独对图层进行修改。 ? 分面(Facet)：条件绘图，将数据按某种方式分组，然后分别绘图。分面就是控制分组绘图的方法和排列形式。 ?
abline()、hline()与vline() 在R的基础绘图系统中我们可以在已绘制的图床上通过abline来添加线条，在ggplot2中当然也有类似的方法： geom_abline()： ...，我们通过在geom_hline()中传入参数yintercept来绘制垂直于y轴的线条： p ggplot(mtcars, aes(wt, mpg)) + geom_point() +...列将原数据集伸展为“年份、变量名、对应数值”的形式 data <- melt(data, id='year') h ggplot(data, aes(x=year, y=value))+ geom_area...，我们先从一维的说起： geom_density()： 和R基本绘图系统中的密度曲线绘制方法很接近： library(ggplot2) data 为F： # 密度图函数,通过fill设置填充颜色数据为密度，geom设置绘制栅格图 p ggplot(data, aes(x = X1, y = X2)) + stat_density2d
它可以用于展示拥有相同的X轴变量数据（如相同的时间序列）、不同的Y轴离散型变量（如不同的类别变量）和Z轴数值变量。 本节使用的峰峦图也可以很好地展示瀑布图的数据信息。...它们对于可视化随时间或空间分布的变化非常有用。本节主要使用ggridges包[1]中的geom_density_ridges()进行绘制峰峦图。...详细介绍如下： 1.数据结构 这里使用base包中的diamonds数据集做例子。...2.绘图教程 2.1基础版本 使用price作为x轴, cut为y轴，fill参数也是设定为cut。...可以使用ggridges提供的特殊比例来设置抖动点的样式。scale_discrete_manual()可用于制作具有任意形状和比例的图形。
简介 Hadley Wickham撰写的ggplot2[1]是好用的软件包，是可视化工具的必备包。但是，需要知道ggplot2一定的理论与原理，对新手来说，入门门槛还是比较高的。...而ggpubr软件包提供了一些易于使用的功能，基于ggplot2编写，语法十分简单的的图标。对于一些刚了解R语言，而想用R做可发表的图表的人来说，这真的太好用了！...密度图(ggdensity)与平均线(add = "mean")；按性别("sex")进行颜色填充;加入边际地毯（rug = TRUE）并使用自定义面板(palette = c("#00AFBB", "...有序的条形图 条形图(ggbarplot)中可以利用sort.val = "desc"把数据从大到小排序并且不在组内进行排序(sort.by.groups = FALSE)，而是所有数据排序；旋转x轴标签...偏差图 偏差图显示了定量值与参考值的偏差。在下面的R代码中，我们将绘制来自mtcars数据集的mpgz-score变化（标准化的一种）。
4.6 ggplot2程序包 ggplot2是R中用于绘图的高级程序包，它将绘图视为一种映射—数学空问到图形元索空间的映射，例如将不同的数值映射为不同的颜色或其他图形属性。...=clarity))#定义的第一图层存储于p中 (2)几何对象 基本图层确定了数据源和映射后，通过加号(+)就可以不断地添加新图层.第二图层添加几何对象类的函数，在图中绘制图形元素其他类型的图形，如直方图...:position用于这一层图形的位置调整，常用于条形图(bar)和直方图，取值为“identity”时表示直接显示，" dodge”为按分类变量并列放置，" stack”为堆叠放置，"fill”显示相对比例...”) 生成文件后，默认在后台扫一开，所以查看图形文件前需要用dev.off()关闭文件 此外，程序包ggplot2中的函数ggsave()也用于保存图形，并且可以指定为不同的文件类型。...、名称及扩展名，文件路径也可以通过path设置;plot填写图形对象，默认为最后显示的图形:device指定要使用的设备，自动提取文件扩展名;scale为比例因子。
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