首页
学习
活动
专区
工具
TVP
发布
精选内容/技术社群/优惠产品,尽在小程序
立即前往

文献配套GitHub发表级别绘图03-条形图

cast-把长格式数据转化成宽格式。(dcast-输出时返回一个数据框。acast-输出时返回一个向量/矩阵/数组。) cast 函数的作用除了还原数据外,还可以对数据进行整合。...dcast 输出数据框。公式的左边每个变量都会作为结果中的一列,而右边的变量被当成因子类型,每个水平都会在结果中产生一列。.../results/Figure 2A input relative score.pdf', p) 两个知识点 上面画图函数涉及到了颜色与theme的设置,接下来介绍下这两个知识点。 1....极端型Diverging,生成深色强调两端、浅色表示中部的颜色,可用来标注数据中的离群点。 离散型Qualitative,生成彼此差异明显的颜色,通常用来标记分类数据。...volcano,颜色设置为:Spectral调色板选择11个颜色,在这11个颜色之间进行连续取值(共22个颜色) # 若添加到ggplot2 # scale_fill_manual(values = colorRampPalette

1.5K20
  • 您找到你想要的搜索结果了吗?
    是的
    没有找到

    R语言可视化——数据地图应用(东三省)

    以上已经完成了东北三省的数据提取与整理工作,但是如果要使用自己的数据对各个市级行政进行填充,我们还需要自己制作一个业务数据文件文件,以前我都是将上一步的市级行政单位信息复制黏贴到excel表格中,然后建立业务数据...#使用read.csv函数将刚才整理好的带有业务数据的文件再次导入: mydata<-read.csv("C:/rstudy/dongsansheng.csv",header=T) #将业务数据与地理信息数据再次合并...以上通过查看因子水平,我们得到了分割后的因子变量情况,但是直接将该因子变量作为离散颜色边度填充依据的话,那么图例中的因子变成就会默认使用(0,40]……很不美观,所以我们需要对各段因子变量进行重新命名:...这里因为指标全部是正值,且分割后的因子变量是有序因子变量,我用了RColorBrewer包中的单色调离散颜色方案。...到此,整个数据地图填充完毕,今天这篇主要针对离散标度颜色填充进行,还有一类离散颜色标度填充方式是将具体的数值转化成百分比数量段进行填充,作为该篇的续集下次再讲,代码文件和数据将会分享在魔方学院QQ群里供群友下载

    3.4K51

    R可视乎|饼图

    饼图通过将一个圆饼按照分类的占比划分成多个切片,整个圆饼代表数据的总量,每个切片(圆弧)表示该分类占总体的比例,所有切片(圆弧)的加和等于100%。 下面会介绍两种在R中实现饼图的方法。...首先我们构造一个模拟数据,如下所示,并用dplyr包中的arrange()进行排序(默认从小到大),faction表示数值所占比例,ymax进行累积占比,总值为1。...以下为两种不同标签的结果,为了区分,使用rewer.pal()函数将颜色进行变换。...ggplot2 包绘制饼图 使用R中ggplot2包的geom_bar()函数绘制堆积柱形图,然后将直角坐标系转换成极坐标系,就可以显示为饼图,但还是需要使用geom_text()函数添加数据标签。...但是可以看到:由于缺乏饼图与数据标签之间的引导线,总感觉美观度不够,所以推荐使用graphics包的pie()函数绘制饼图。 代码以及资料存在我的github上,可见文末原文链接。

    1.5K20

    R可视乎|圆环图

    接下来做简单描述,然后进入圆环图的学习。 数据介绍 用一个非常简单的数据进行可视化,两个变量:group,value。...接下来介绍圆环图的各种方式绘制(圆环图和饼图的意义其实差不多,都是给出各数据的比重,只不过,圆环图中间少了一块,变成环状)。主要有两个包:ggpubr包(推荐使用)与ggplot2包。...利用该包中的ggdonutchart()可非常方便的绘制环状图,数据还是使用前面的数据。...ggplot2包绘制圆环图 在[R可视乎|饼图]中ggplot2包绘制饼图的基础上,只要再加一条代码即可完成:xlim(c(0, 5)),即将x轴范围控制在0-5。...theme(axis.text=element_blank()) + ## 把图旁边的标签去掉 theme(axis.ticks=element_blank()) + ## 去掉左上角的坐标刻度线

    2.5K30

    数据地图系列7|R语言版(上)

    但是我依然能够达到自己的目的,自定义所需的指标数据,自定义输出的数据地图的填充颜色、标签等外观和格式。...中完成以下的数据地图代码操作。...在正式开始之前,必须确保你的R语言环境中已经安装以下包: ggplot2 plyr maptools 如果还未安装,需要先安装:install.packages("ggplot2","plyr","maptools...(最后共享的文件里包含此.CSV文件,你只需要使用excel打开,修改为自己需要的指标数据,并继续存为.CSV格式就可以了) 数据结构如下: ?...以上代码及其输出的热力数据地图是使用R中的经典数据可视化包——ggplot2包完成的。其中通过多个图层叠加(图层之间用“+”实现连接)。

    2K51

    R绘图笔记 | 一般的散点图绘制

    重要参数: formula # 模型公式;类似y~x,如果按组绘制,则类似y~x|z,其中z为分组变量; data # 为模型公式中变量来源的数据集; subset # 指定筛选数据子集; x, y #...;使用不同的颜色、绘图符号等来绘制分组图形; by.groups # 为TRUE,则按分组拟合回归线; xlab、ylab # x轴和y轴标签; log # 绘制对数坐标轴; jitter # 包含x、...## 部分参数解释 data, x, y # data指数据框,x、y为数据框中用来绘制图形的变量 combine # 逻辑词,默认FALSE,仅当y是包含多个变量的向量时使用;如为TRUE,则创建组合面板图...、ylab # 指定x轴、y轴的标签;当xlab = FALSE时隐藏标签,y轴同 facet.by # 长度为1-2的字符向量,指定绘制分面的分组向量,分组向量应在数据框中 panel.labs...# 逻辑词,图例中是否包含文字; ggtheme # ggplot2主题名称,默认为theme_pubr(); # 可用值包括theme_gray(),theme_bw(),theme_minimal

    5.3K20

    ggplot2绘制热图标准化从0-1

    欢迎关注R语言数据分析指南 ❝最近有朋友询问绘制热图时如何使刻度条展示为从「0-1」,这就涉及对数据进行标准的特殊处理,通常对数据进行处理无外乎「取log」或者直接使用「scale()函数进行标准化」...data("varechem") # 导入varechem数据集,该数据集包含了生态学变量的测量数据 # 数据清洗 df % # 将varechem数据集赋值给df,...(x) - min(x)))) 绘制标准化热图 varechem %>% # 将varechem数据集进行操作 rownames_to_column(var="id") %>% # 将行名转为列名...,df_normalized) %>% # 将id列和df_normalized数据框进行列绑定 pivot_longer(-id) %>% # 对数据进行长格式转换,id列保持不变 ggplot...(aes(name,id,fill=value))+ # 设置绘图的数据映射 geom_tile()+ # 绘制瓷砖图 labs(x=NULL,y=NULL)+ # 设置x和y轴标签为空

    66730

    R语言可视化——多图层叠加(离散颜色填充与气泡图综合运用)

    今天这一篇是昨天推送的基础上进行了进一步的深化,主要讲如何在离散颜色填充的地图上进行气泡图图层叠加。 为了使得案例前后一致,仍然使用昨天的数据集。...zhibiao2<-round(mydata$zhibiao,0) mydata$fau <- cut(mydata$zhibiao, breaks = c(0,50,100,150,200,250)) ###将转换的分段因子变量重新命名为我们需要的分段阀值...100,150]','(150,200]','(200,250]'),labels=c('0~50','50~100','100~150','150~200','200~250'),order=TRUE) #将业务数据与地理信息数据合并...本来打算再继续在气泡图的基础上进行颜色渐变填充呢,可以试了一下,这样的话前面的底图离散颜色标度填充的的时候已经使用过了一个fill属性设置选项,而要对气泡图进行颜色渐变填充就要再使用一次fill属性,可是目前为止我还不知道如何在多图层中出现多个...fill属性的时候如何识别并分别进行标度设置,当我运行如下代码时,软件无法识别两个颜色标度设置分别对应的指标,因而图表无法跑出来: ggplot() + geom_polygon(data=china_data

    6.4K81

    R语言可视化——数据地图离散百分比填充(环渤海)

    今天跟大家分享如何以百分比形式填充离散分段数据地图。 案例用环渤海三省二市的地理数据。...read.csv("C:/rstudy/huanbohai.csv",header=T) huanbohai_map_data <- join(huanbohai,mydata, type="full") ###将转换的分段因子变量重新命名为我们需要的分段阀值...以上是昨天在东三省填充地图中所使用过的方法,接下来我解释一种新的填充方案,通过将数量段转换为百分比进行离散颜色标度填充: 离散颜色标度分割(百分比数量段): qa <- quantile(na.omit...TRUE) > levels(huanbohai_map_data$zhibiao_q) [1] "0-20%" "20-40%" "40-60%" "60-80%" "80-100%" 通过将指标变量以分段百分比的方式进行分割...,新建立一个百分比分段因子变量: 离散渐变(百分比) windowsFonts(myFont = windowsFont("微软雅黑")) ggplot(huanbohai_map_data,aes(

    97040

    R可视化:不一样的ggplot2箱线图

    下面是box1参数的详细解释:data: 包含要展示的数据的数据框。x: 箱线图的 x 轴变量,通常是分组的因子。y: 箱线图的 y 轴变量,表示要展示的数值数据。...label.size: x 轴上分组标签的字体大小。pattern.color: 图案的颜色。background.color: 图表背景颜色。frame.color: 图表框架的颜色。...legend.pixel: 图例中图案的像素大小。legend.w: 图例的宽度。legend.label: 图例的标签,用于说明不同图案代表的组别或条件。...数据框,并设置分组变量 Group 映射到 x 轴,指标 Index 映射到 y 轴,同时 Group 映射到颜色,用于区分不同组的颜色。...geom_text(data = plotOcc, aes(x = Group, y = position, label = occ_lab), show.legend = FALSE):在 plotOcc 数据框的基础上添加文本标签

    44500

    R语言可视化——地图与气泡图结合应用

    今天跟大家分享如何在地图上进行散点图、气泡图绘制。 昨天跟大家介绍了ggplot函数进行地图绘制的原理,通过轮廓点和分组来定义每一个地区(国家边界),通过多边形填充来完成区域填色。...图层中指定数据源为合并后的业务数据,散点面积(大小)用zhibiao1来映射,气泡图颜色用zhibiao2来映射(本来散点是只有点颜色(使用colour控制,没有填充色的,可是当给散点指定其形状后,散点就有了面积属性可以使用...fill进行颜色填充),气泡的轮廓线用colour来指定)。...之后的scale_size_area()和scale_fill_gradient2()是对前面geom_point内的fill与size两个标度进行的深度调整,scale_size_area()告诉软件散点大小与面积要严格的与指标...最后的ggtitle定义主题,theme内的参数清除掉所有图层上的无关元素(背景、网格系统、横纵轴标签、刻度线、轴标题、图例)

    3.8K41

    「R」ggplot2数据可视化

    我们先了解下 ggplot2 的格式与术语。 格式与术语 数据格式 对ggplot2来说,数据的结构是一成不变的:它要求是“长”格式的数据框,而不是相反的“宽格式”。...当数据为长格式时,每行表示一个条目。其所属的分组不由它们在矩阵中的位置决定,而是在一个单独的列中指定。 术语 数据是我们想要可视化的对象。它包含了若干变量,变量存储于数据框的每一列。...最常见的元素是坐标轴上的刻度线和标签(还有图例)。 接下来以三个数据集解释ggplot2的使用。第一个是lattice包中的singer数据集,它包括纽约合唱团歌手的高度和语音变量。...分组 在R中,组通常用分类变量的水平(因子)来定义。 分组是通过ggplot2图将一个或多个带有诸如颜色、形状、填充、尺寸和线条类型的视觉特征的分组变量来完成的。...ggplot()声明中的aes()函数负责分配变量(图形的视觉特征)。 我们依旧以Salaries数据集来进行相关探索。

    7.4K10

    详谈如何使用ggplot2绘制火山图

    欢迎关注R语言数据分析指南 ❝最近VIP群内有朋友询问火山图的绘制方法,那么本节就来详细介绍在R中如何使用「ggplot2绘制火山图」,小编添加了详细的注释希望各位观众老爷能够喜欢。...❞ 小编已经搭建了一套稳定的真核转录组分析流程,可以完成「从原始数据分析到最终出结果分析文档」基本包含目前RNA_seq文章的所有分析内容。...= 0.6, shape = 16, size = 1) + # 从 up_genes 数据框中绘制特定形状的散点图,填充颜色为红色,边框颜色为黑色,大小为 2 geom_point(data...= up_genes, shape = 21, size = 2, fill = "red", colour = "black") + # 从 down_genes 数据框中绘制特定形状的散点图,...0.5 到 2 geom_vline(xintercept = c(log2(0.5),log2(2)), linetype = "dashed") + # 在图中显示 sig_genes 数据框中基因符号的标签

    85230

    R语言ggplot画图(autocad命令输入方式有几种)

    三、ggplot2中的数据变换 一、基本绘图 ggplot2绘图是逐步叠加式的,由+号进行连接,每个函数控制着自己的部分。...以下将以lattice包下的singer数据集为例进行说明,其共包含两个变量身高(height)和音域(voice.part) I.绘制直方图 data(singer,package="lattice"...(alpha=0.7) 命令解释: 相比I中,aes函数中多了fill及color的设置,fill则是指以voice.part的值进行区别,color则是以voice.part的值进行赋值颜色...scale_fill_brewer(palette='Set2') 当然legend.position也可以传入具体位置向量,如legend.position=c(0.5,0.6) II.更改图例顺序 主要修改数据框中变量的因子顺序...它们均需要指定为一个类别型变量,而实际中数据排列方式通常如左图所示,ggplot2需要的是右图排列样式。

    3K10

    R语言数据地图——美国地图

    最近在看哈德利.威科姆的那本火遍全球的R语言数据可视化经典教程——《ggplot2——数据分析与图形艺术》。书内虽然关于数据地图的内容很少,但是ggplot所渗透的可视化图层理念实在让人叹为观止。...(虽然R语言的Map包中存有可以用的美国地图,但是自己还是喜欢用自定义方式来做)。...mydata 数据,csv格式 4、将地理数据与业务指标数据合并为作图数据(数据框) American_data...数据框 5、地图映射代码(ggplot2包所支持的ggplot函数,感兴趣可以自行探索,若不感兴趣...")参数修改; 填充数据指标可以通过fill = Sale参数修改; 由于美国州较多,州名不便全部标出,所以以上不含各州标签。

    8K60

    文献配套GitHub发表级别绘图04-相关性散点图

    carcinoma patients with liver transplantation" (2021,npj Precision Oncology),数据与代码全部公开在https://github.com...下面来实现Fig.2b的散点图 一、数据载入 rm(list = ls()) library(reshape2) library(ggplot2) library(RColorBrewer) data...一共七个细胞,CIBERSORT absolute score位于idx的七列中(设为i+1) 而IHC cell count就位于前一列(设为i列) 接下来就可以写个for循环做相关性分析了 idx...包括: pearson相关系数:适用于连续性变量,且变量服从正态分布的情况,为参数性的相关系数。 spearman等相关系数:适用于连续性及分类型变量,为非参数性的相关系数。...,需要添加不同的参数: scale_shape_manual() : 改变点的形状 scale_color_manual() : 改变点的颜色 scale_size_manual() : 改变点的大小

    1.2K30

    R语言可视化——地图填充与散点图图层叠加

    散点图需要精确的经纬度信息才能在叠加的图层上进行映射,因此我们选用中国省级轮廓地图以及各省省会城市的经纬度进行案例演示。...接下来,我们可以给各省的省会城市赋值,将散点图的大小映射给连续性数值变量,使其变成气泡图。...最后我们来处理标签问题: 因为这里使用了散点图(气泡图)作为数据展示方式,而作为底图的地图图层仅仅是作为定位信息,没有包含任何的数据信息,而且页面整体上没有太多地方放置省名称标签,所以我们有选择性的显示前五个数据所代表的省份标签...,以防标签太多导致页面杂乱。...如果甲你想要添加全部的标签,直接使用province_city中的city标签即可: ggplot()+ geom_polygon(data=china_data,aes(x=long,y

    2.7K71
    领券