所谓的 build 上下文就是 docker build 命令的 PATH 或 URL 指定的路径中的文件的集合。...命令中的 . 表示 build 上下文为当前目录。...COPY 和 ADD 命令不能拷贝上下文之外的本地文件 对于 COPY 和 ADD 命令来说，如果要把本地的文件拷贝到镜像中，那么本地的文件必须是在上下文目录中的文件。...在设置了 WORKDIR 命令后，接下来的 COPY 和 ADD 命令中的相对路径就是相对于 WORKDIR 指定的路径。...COPY 命令的简单性 如果仅仅是把本地的文件拷贝到容器镜像中，COPY 命令是最合适不过的。
biopython将Eutils工具进行了封装，通过Bio.Entrez子模块，可以在python环境中与NCBI进行交互。...E-utilities是由8个小程序组成的工具集，能够将符合语法规则的URL转换为对应数据库的检索条件，并返回检索结果，是Entrez检索系统和NCBI数据库的接口，biopython也提供了对应的功能...Entrez.read方法将结果读取为一个dict对象，这样方便在python中查看和处理信息。...会返回数据库中的ID，可以结合后续的其他命令来下载。...' 在实际使用中，ESearch, ELink, EFetch这3个命令时最为常用的，通过ESearch和ELink进行查询，获取对应的数据库ID, 然后通过EFectch命令进行下载。
： image.png 然后，您可以使用-f选项指定要使用的字体： image.png 使用默认的命令来打印出来： image.png man figlet描述了所有其他选项。...但它并没有告诉你如何制作一个很酷的Figlet时钟。...您可以组合watch和date命令以标准字体输出日期和时间，而且很清晰不模糊，并每秒更新一次： watch -n1 "date '+%D%n%T'|figlet -k" image.png 同时，...还有另一种获取彩色时钟的方法，那就是使用toilet和echo命令。...尝试在命令shell中输入： while true; do echo "$(date '+%D %T' | toilet -f term -F border --gay)"; sleep 1; done
从NCBI下载了一些转录组数据，这里用到的下载工具是kingfisher ,github的链接是 https://github.com/wwood/kingfisher-download 下载方法选的是...aws-http （下载速度超级快） 默认会将sra格式转换为fastq格式，使用到的工具是fasterq-dump这个工具，试了几次一直遇到报错，所以就将下载格式默认选择为sra 需要制定参数-f sra...想的是后续再单独转成fastq格式 下载完成后转化fastq格式还是有问题，使用fasterq-dump命令有时候可以成功，但是有时候就会卡住，卡住后按ctrl+c命令也不能退出，只能关掉窗口重新链接服务器...github.com/ncbi/sra-tools/issues/463 大家的问题基本都是一样的 计算机集群，slurm这个命令提交系统 BeeGFS 这个存储系统 和我的硬件情况一样 没有找到解决办法...使用到的命令是 parallel-fastq-dump --threads 12 --outdir ./ --split-files -s SRR5187763.sra -T tmp/ 如果sra文件已经下载好了
基因组数据的可视化 biopython采用了面向对象的开发模式，将各个功能封装成了不同的class。学习biopython, 就是对不同class及其方法的学习过程。...Bio.SeqRecord, 提供了SeqRecord类，包含了序列的注释信息，比如fasta文件中的序列标识符 3....Bio.Entrez, 提供了NCBI Entrez 系统的接口，可以查询，检索，下载， 解析数据库中的内容 7....Bio.SwissPort, 提供了Swiss-prot数据库的接口，可以查询，检索，下载， 解析数据库中的内容 8....在后续的文章中，会详细介绍常用模块的用法。 ·end·
更多好文请关注↑ 问： 我正在尝试将 find 的结果保存为数组。这是我的代码： #!...所以我期望 ${len} 的结果为 '2'。然而，它打印的是 '1'。原因是它将 find 命令的所有结果视为一个元素。我该如何修复这个问题？...由于我们省略了要读取的名称，shell 将输入放入默认名称：REPLY。 3. 语句 array+=("$REPLY") 将新文件名附加到数组 array 中。 4....最后一行结合了重定向和命令替换，将 find 的输出提供给 while 循环的标准输入。...如何将Bash数组的元素连接为分隔符分隔的字符串 如何在Bash中连接字符串变量 更多好文请关注↓
在Linux CentOS系统上安装完php和MySQL后，为了使用方便，需要将php和mysql命令加到系统命令中，如果在没有添加到环境变量之前，执行 “php -v”命令查看当前php版本信息时时，...则会提示命令不存在的错误，下面我们详细介绍一下在linux下将php和mysql加入到环境变量中的方法（假 设php和mysql分别安装在/usr/local/webserver/php/和/usr/local.../webserver/mysql/中）。...方法二：执行vi ~/.bash_profile修改文件中PATH一行，将/usr/local/webserver/php/bin 和 /usr/local/webserver/mysql/bin 加入到...source /etc/profile或 执行点命令 .
将windows命令窗口(cmd)中的目录切换到数据库bin目录下， mysqldump -u 用户名 -p --database 数据库名 > D:/abc.sql (直接回车后会提示输入密码，
Linux CentOS配置LAPM环境时，为了方便，将php和mysql命令加到系统环境命令，下面我们记录几种在linux下将php和mysql加入到环境变量中的方法。...如果在没有添加到环境变量之前，执行“php -v”命令查看当前php版本信息时时，则会提示命令不存在的错误，下面我们详细介绍一下在linux下将php和mysql加入到环境变量中的方法。...假设php和mysql分别安装在/usr/local/webserver/php/和/usr/local/webserver/mysql/中。...方法二： 执行vi ~/.bash_profile修改文件中PATH一行，将/usr/local/webserver/php/bin 和 /usr/local/webserver/mysql/bin 加入到...source /etc/profile或 执行点命令 .
# 比如"a b"和"a b",这种情况使用is不成立的形式 只有在命令行中可以。...encode() 和 decode() 是常用的字符串编码和解码方法，用于将 Unicode 字符串按照指定的编码格式转换为二进制数据，并将二进制数据按照指定的编码格式解析为 Unicode 字符串。...五.进制转化 1.python进制转化 在 Python 中，可以使用内置的 bin()、oct()、hex() 函数将十进制数转化为二进制、八进制和十六进制字符串。...在实际应用中，可以根据需要选择合适的函数和参数来进行进制转换。 # ord() 是 Python 内置函数之一，用于将ASCII字符转换为对应的 Unicode 码点。...# chr() 是 Python 内置函数之一，用于将 Unicode 码点转换为对应的ASCII字符。
BioPython简介 Biopython工程是一个使用Python来开发计算分子生物学工具的国际团体。...Biopython官网(http://www.biopython.org)为使用和研究生物信息学的开发者提供了一个在线的 资源库，包括模块、脚本以及一些基于Python的软件的网站链接。...一般来讲，Biopython致力于通过创造高质量的和可重复利用的模块及 类，从而使得Python在生物信息学中的应用变得更加容易。...BioPython主要功能 将生物信息学文件解析为Python可用的数据结构，包含以下支持的格式： Blast输出结果 – standalone和在线Blast Clustalw FASTA GenBank...，例如： NCBI的Standalone Blast Clustalw比对程序 EMBOSS命令行工具 一个能处理序列、ID和序列特征的标准序列类。
今天在NCBI下载了酵母的参考基因组，没有找到gff格式的基因组注释文件，只找到了genbank格式的基因组注释文件。应该会有现成的工具来实现常用的基因组注释文件不同格式之间的相互转换。...第一个是 EMBOSS工具中的seqret命令 参考 https://www.biostars.org/p/140013/ 使用conda安装EMBOSS conda install emboss seqret.../jvarkit/GenbankToGff3.html 这是一个java程序 我没有安装成功 最开始服务器上没有安装java，运行java命令的时候提示我 Command 'java' not found...apt install openjdk-8-jre-headless安装了第三个 第三个工具是python脚本 需要安装biopython和bcbio-gff 直接使用pip安装 pip install.../simple bcbio-gf 直接自己写脚本，参考的是 https://biopython.org/wiki/GFF_Parsing 脚本内容 import sys from Bio import
Shell 命令行 从日志文件中根据将符合内容的日志输出到另一个文件 前面我写了一篇博文Shell 从日志文件中选择时间段内的日志输出到另一个文件，利用循环实现了我想要实现的内容。...但是用这个脚本的同事很郁闷，因为执行时间比较长，越大的文件越长。于是找我，问我能不能实现一个更快的方案。 我想了一下，觉得之前的设计是脱裤子放屁，明明有更加简单的实现方法。...想办法获得我要截取的内容的开始的行号，然后再想办法获得我想截取的文件的结尾的行号，然后用两个行号来进行截断文件并输出。就可以实现这个效果了。.../bin/bash # 设定变量 log=3.log s='2017-08-01T01:3' e='2017-08-01T01:4' # 根据条件获得开始和结束的行号 sl=`cat -n $log
) #b为list ---------------------------------- ['A', 'G', 'T', 'C'] Part3第二部分 数据管理 3第3章 分析数据列 3.3.5 将数字转换为文本...这就是文件非常大的原因。 PNG：这种格式保留了每个像素的颜色。当图像转换为PNG格式时，可以确保不会丢失任何信息。PNG图像可以是部分透明的。 GIF：GIF类似于PNG，但是更早。...绘制和处理图像的Python命令 例18.1 将几张图片组合成一个单独的图像 from PIL import Image image = Image.open('color.png', 'r') label...(image, (0, 0)) bw_image.save('black_white.png') Part6第五部分 Biopython 更多biopython知识参考： https://biopython.org.../wiki/Documentation 14第19章 使用序列数据 19.2 将一条DNA编码序列翻译成对应的蛋白质序列，并把它写入FASTA文件 #代码有所改变，参考：https://biopython.org
进化树以树状结构形象的展示各个节点的进化关系，在物种进化，亲缘关系研究领域广泛应用。在biopython中，通过Bio.Phylo子模块，可以方便的访问和展示树状结构中的信息 1....查看树状结构 print方法是最简单的查看树状结构的方法，示例如下 >>> print(tree) Tree(rooted=False, weight=1.0) Clade()...订制分支颜色 在biopython中，将tree文件转换为xml格式之后，可以详细订制每个分支的颜色，示例如下 >>> tree = tree.as_phyloxml() >>> tree.root.color...xml格式的结果也可以输出到文件中，方便后续使用，保存的方式如下 >>> Phylo.write(tree, "tree.xml", "phyloxml") 相比ggtree等专业的树状结构可视化程序...，biopython的功能显得有点简陋，对于完全使用python生态的开发者，提供了最基础的展示功能，其最大亮点是分支颜色的高度订制，可以方便的指定各个分支的颜色。
在biopython中，支持对序列比对的结果进行读写，解析，以及运行序列比对的程序。...在biopython中，为不同格式，不同软件提供了统一的接口，方便我们的使用 1....输出多序列比对结果 通过write方法将多序列比对的结果输出到文件中，可以指定输出文件的格式，用法如下 >>> alignments = AlignIO.parse("aln.fasta", "fasta...解析blast的输出 biopython中blast默认的输出格式为xml, 解析其输出的用法如下 >>> from Bio.Blast import NCBIXML >>> blast_records...对于序列比对结果的运行和解析，通过biopython可以很好的将其整合到python生态中，对于用python构建一套完整的pipeline,非常的方便。
感悟： 1、查询信息过程中，过度关注安装代码，而对其他信息不敏感，如：需要python3.5软件。 2、可先行对照官网说明或其他资料，预判系统配置是否匹配软件的需求。...4、思考查询后仍不理解的问题，向老师和朋友们请教，他们的一句话就可指点方向，少走弯路。 三、CPC2软件安装。安装前的网上查询信息，得知CPC2软件依赖python和biopython。...依赖不同版本python的软件安装在一起导致软件运行报错。官网信息提示：CPC2可手动安装也可通过conda安装，且需提供安装python2.7 和biopython1.70。.../filter2_transcript_exon.fa -o ./02cpc2/cpc2_result.txt #运行命令，报错CPC2.py不存在。...运行$ CPC2.py -h 命令又能打印出帮助文档。思考：是不是需要绝对路径才可调用CPC2.py 函数。
文章目录 1 概述 2 常用命令 3 conda 下的多版本 python 共存 1 概述 Anaconda 是一个 Python 的科学计算发行版，有包含超过100个在数据科学中比较受欢迎的 Python...关于 Jupyter Notebook 的使用：安装命令 conda install nb_conda。有了 conda 之后再切换环境就会很方便了。...2 常用命令 # 查看 conda 版本 conda --version # 更新 conda conda update conda # 创建以 snowflakes 为环境名的 biopython...python 共存 查看 conda 的官方帮助是很容易的，只需要命令 conda --help。...而在 conda 中设置 Python 环境需要用到 create 命令，查看该命令的帮助，可以获得设置环境的方法。
为了创建一个新的环境, 需要使用 create 命令, 后面跟上你想要创建环境的名字: conda create --name snowflakes biopython 当 conda 问你是否继续时:...那么, 在 /envs/snowflakes 就会生成了一个叫做 snowflakes 的新环境, 它包含了 Biopython 程序....禁用环境: OS Command Linux, OS X source deactivate snowflakes Windows deactivate snowflakes conda 会从系统命令中移除路径名...列出所有的环境 使用 conda 环境的 info 命令列出目前所有已安装的环境: conda info --envs 你可以看到如下的一系列环境: ?...conda env list 这两个命令效果是一样的. 查看当前环境 想看一下当前使用的环境是哪一个?
Biopython 。...3、安装Biopython，这里有两种方案： 3.1 用pip安装Biopython，在cmd命令窗口输入 下载Python的包管理工具：pip https://pypi.org/project/pip...) # 基因 Description 是fasta文件格式中的第一行 print ("description: ", gb_seq.description) # 序列信息, 这里的序列信息是以 bioPython...将 RNA 翻译为 蛋白质 # =====翻译===== print ("protein: ", transcribe_seq.translate()) # 如果翻译的是线粒体密码子，那么在参数中需要输入...时(一般promoter的位点不确定)，但是可以通过将起始位点左右2kb基因视为promoter # 这里训练切取，将切取设起始位点为前10bp print （"Promoter seq: ",dna_seq
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