将hdf5转换为netcdf并重命名维度_如何将非标准维度的netCDF转换为标准netCDF (ltime，lat，lon) (python)_XSLT帮助-将属性转换为元素并重命名元素 - 腾讯云开发者社区 - 腾讯云

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netcdf4-python 模块详解

新版本（V4）的 netcdf 中有很多以前版本中没有的优点，而且新版本是在 HDF5 上建立的。...此模块可以读写 netCDF4 及 netCDF3 格式的文件，同时也可创建 HDF5 客户端只读的文件。...如果要创建无限维度（即可以随时添加数据），可以将大小设置为 None 或 0。下例中， time 和 level 都是无限维变量。...你可以指定数据类型为 numpy dtype 对象，或是可以转换为numpy dtype 对象的任何东西。...要执行压缩操作，zlib = True；complevel 表示压缩速度和效率（1表示速度最快，但压缩比最小，9表示速度最慢，但压缩比最高）；设置 shuffle = False，将关闭 HDF5 的

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Python中的h5py介绍

h5py是Python中的一个库，提供了对HDF5文件的高级封装，使得在Python中处理HDF5文件变得更加简单和高效。本文将介绍h5py的基本概念和使用方法。什么是HDF5文件？...h5py的基本概念包括：数据集（Dataset）：数据集是HDF5文件中存储数据的基本单元。它可以包含不同类型和维度的数据。组（Group）：组是HDF5文件中的一种层次结构，用于组织数据集和其他组。...然后，我们使用create_dataset方法创建一个名为mydataset的数据集，并指定数据集的维度和数据类型。...通过使用h5py库，我们可以方便地将图像数据存储在HDF5文件中，并在需要时进行读取和处理。这种方式不仅可以节省存储空间，还可以提高数据访问的效率。...netCDF4：netCDF4是一个用于处理科学数据的Python库，支持netCDF和HDF5文件格式。

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读取HDF或者NetCDF格式的栅格数据

设计提出，官方对其定义是：HDF5 is a unique technology suite that makes possible the management of extremely large...NetCDF是面向多维数组的数据集，一个NetCDF文件主要是Dimensions, Variables, Attributes, Data 四个部分组成的： Dimension主要是对维度的定义说明，...例如：经度，维度，时间等； Variables是对数据表示的现象的说明，例如：温度，湿度，高程等； Attributes是一些辅助的元信息说明，例如变量的单位等； Data是主要对现象的观测数据集。...NetCDF有两个数据模型：经典模型（NetCDF3之前模型）和增强模型（NetCDF4） NetCDF最新版本是NetCDF4，NetCDF4的API接口建立在HDF5之上，和HDF5是兼容的....band_1 = gdal.Open(ds_list[11][0]) # 取出第12个数据子集（MODIS反射率产品的第一个波段） arr_bnd1 = band_1.ReadAsArray() # 将数据集中的数据转为

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最强大的netCDF处理工具

NCO是目前最强大的处理netCDF文件（包括由netCDF API创建的HDF5文件）的命令行工具，没有之一。...ncecat—netCDF Ensemble Concatenator ncecat可以将任意netCDF输入文件合并为单个文件。...ncrcat—netCDF Record Concatenator 合并一些列输入文件的记录变量。默认情况下，最终的记录维度长度是输入文件所有记录维度长度之和。...ncrename—netCDF Renamer ncrename可以重命名netCDF维度，变量，属性和组。每个对象都有一个旧名称和新名称。所有的新名称必须是独一无二的。...在重命名之前，不会检查旧名称是否存在。因此，如果旧名称没有以 . 开头，当旧名称不存在时，ncrename将终止重命名。. 表示旧名称存在与否是可选的，如果存在就替换，不存在就跳过。新名称不应以 .

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Zarr真的能替代NetCDF4和HDF5吗

由于 Zarr 格式比 NetCDF4/HDF5 格式具有更快的处理速度，已经在云平台得到较为广泛的应用。近几年在国外地球科学领域也得到了广泛关注。...Unidata在2019年开始在netCDF-C中引入Zarr支持，并从4.8.0版本开始正式支持Zarr，命名为NCZarr。...已有相关人员测试了通过netCDF和Zarr两种方式处理NOAA在AWS的GOES卫星数据并进行绘图的效率，结果发现：使用Zarr格式比netCDF格式效率提高非常明显。...总的来说，相比于 NetCDF 和 HDF5 而言， Zarr 尚处于完善阶段，仍不成熟。但在未来数据上云的情况下，Zarr还是有不错的发展前景。...Zarr主要具有以下特点：使用任意 Numpy 数据类型创建 N维数组沿任意维度对数组分块使用任意 NumCodecs 规则压缩或过滤分块数组在内存、磁盘、Zip文件、S3等存储数组多线程/进程并行读取数组

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xarray | 序列化及输入输出

字典使用 to_dict 方法可以将 Dataset (DataArray) 转换为字典： >> d = ds.to_dict() >> d {'attrs': {}, 'coords': {'...无需外部的库即可很容易的转换为 pickle，json 或 geojson。所有的值都会转换为列表，因此字典可以很大。 netCDF 推荐使用 netCDF 存储 xarray 数据结构。...scale_factor 和 add_offset：使用公式： decode = scale_factor * encoded + add_offset 将编码数据转换为解码数据。...数据块压缩 zlib，complevel，fletcher32，continguous 和 chunksizes 均可用于 netCDF/HDF5 数据块压缩。...HDF5 可以完全将块读入内存，其解码速度是 50-100 MB/s。但是HDF5压缩和解压缩操作目前不能并行处理。

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气象数据的常用格式以及处理的工具

###wgrib2命令行 wgrib2 -d 56 a.grb2 -netcdf a.nc ###将grib文件转位nc文件 wgrib2 a.grb2 -d 1 -s -lon 249 39 -lon...255 33 ###提取过后经纬度点的数值 wgrib2 a.grb2 -set_grib_type c2 -small_grib 109:110 35:37 a_china.grb2 ###将文件裁剪到中国区域范围...import xarray as xr ds = xr.open_dataset('era5-levels-members.grib', engine='cfgrib') HDF、HDF-EOS、HDF5...HDF5数据克服了HDF4的不足，可以支持超过2G大小的文件，以及并行I/O；HDF-EOS是NASA开发专门处理EOS产品，可以有效的存储地理定位数据。...HDF、HDF-EOS、HDF5和HDF-EOS5数据多用于卫星资料的存储和发布。

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高维数据可视化

它是第一个能够将时变体数据集可视化为3D动画的完全交互系统，而且还是第一个开源的3D可视化系统。Vis5D已经升级为Vis5D+项目，开始了新一轮的更新。...如果你的数据格式是HDF5，你可以利用h5utils[注3]工具中的h5tov5d将HDF5格式文件转换为v5d格式文件（注意：编译h5utils之前需要先编译vis5d），除此之外，grib2v5d...[注4]工具提供将GRIB格式数据转换为v5d格式，对于NetCDF格式，ARWpost（旧版支持）提供了vis5d的编译选项，可以支持将WRF模式输出转换为v5d格式[注5]。...目前有很多数据格式互相转换的工具，如果你所使用的数据格式无法直接转换到vis5d支持的格式，则可以转换为hdf5或grib或NetCDF中的任何一种，然后再转换为vis5d支持的格式即可。...作为纯Java实现的库，其优点是不依赖于平台，而且支持数据共享以及实时的用户协作；可以适应几乎任何数值数据，并且支持不同用户之间共享数据，不同的数据源和不同的学科，支持NetCDF，hdf5，HDFEOS

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基于netcdf库的nc文件读写

：查询维度名称•nc_inq_ndims：查询维度数•nc_inq_unlimdim：查询无限维度ID•nc_rename_dim：重命名维度变量操作函数 NetCDF库中提供了大量关于变量的操作函数...其它功能函数：比如删除/重命名属性组操作函数 NetCDF库中关于组的操作是在NetCDF4中添加的，不支持NetCDF3 classic和64-bit offset文件。...NetCDF库中提供了组的创建，查询，重命名等函数，更多信息见官方文档。...错误处理函数无论是C，F77还是F90的API，如果函数成功执行，都会返回0，否则返回对应错误的代码，然后可使用nc_strerror/nf_strerror等函数将错误代码转换为字符串信息。...字符和数字转换字符和数字间的转换，可以使用write语句，将变量看作内部文件。

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解析nc格式文件，GRB格式文件的依赖包edu.ucar.netcdfAll的api 学习

3 数据访问层对象模型 3.1 Dataset Dataset = 数据集数据集可以是 netCDF、HDF5、GRIB 等文件、OPeNDAP 数据集、文件集合或可通过 netCDF API 访问的任何其他内容...它有一个数据类型、一组定义其数组形状的维度，以及一组可选的属性。它使用的任何共享维度都必须在同一组或父组中。 3.4 Dimension 维度用于定义变量的数组形状。...共享维度时，它在组内具有唯一名称。如果没有限制，维度的长度可能会增加。如果是variableLength，那么实际长度是依赖于数据的，只有通过读取数据才能找到。...**如果 CoordinateAxis 的维度集是变量的维度集的子集，则 CoordinateAxis 只能是变量的 CoordinateSystem 的一部分。...artifactId> 5.1.0 7 打开 nc 文件我们有一个nc文件意思就是根据代码，将这个二进制文件里面的内容读取出来

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深度学习下的医学图像分析（四）

一个 NRRD 数据头能够为科学可视化和医学图像处理准确地表示 N 维度的栅格信息。...MINC 格式的第一个版本（Minc1）是建立在标准的 “网络常见格式”（NetCDF）之上的；而第二个版本的 MINC 格式，即 Minc2，则是以 “分级数据格式第五版”（HDF5）为基础建立的。...来源：出版于 2014 年的《医学图像格式》格式转换从 DICOM 格式转换为 NIFTI 格式 dicom2nii 是将 DICOM 格式转换为 NIFTI 格式的常见工具。...由 DICOM 格式转换为 MINC 格式 BIC 的 MINC 团队开发了一种将 DICOM 转换为 MINC 图像的工具，这个程序是用 C 语言编写的，点击此链接查看 github 报告。...由 NIFTI 或 ANALYZE 转换为 MINC 格式在 BIC 的 MINC 团队开发了另外一种能够将 NIFTI 或 ANALYZE 图像转换为 MINC 图像的工具，这个程序叫做 nii2mnc

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Python批量读取NC数据的时间维信息

其中，每一个.nc格式的文件都具有多个时相（或者说是多个维度），而不仅仅只是一个时相。我们希望，读取这个文件夹中的全部.nc格式文件，并获取其所表示的每一个时相。 ...在这里，如果需要配置netCDF4库，大家可以参考文章Anaconda配置h5py与netCDF4包的方法。 ...遍历时间变量的每个值，使用netCDF4.num2date()函数将时间值转换为日期对象。紧接着，将日期对象转换为指定格式的字符串，并将其添加到dates列表中。...由于在本文中，每一个.nc格式文件的每一个维度（即每一个时相）都是精确到天的，所以下图天数后的时、分、秒都是00。...当然，如果大家的.nc格式文件维度很多，时相打印出来的话也不好完全显示，所以可以考虑将时间信息导出为表格文件等；例如，可以将每一个date都放在DataFrame中，随后导出为.csv文件。

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从xarray走向netCDF处理(一)：数据结构及数据读取

以下文章来源于MeteoAI ，作者学前班大队长想如今气象数据netCDF(.nc)为盛，用者甚多，初学者见之仰天长啸，倘若再由Python经手，netCDF4-python，Iris，xarray...xarray封装了matplotlib的部分绘图函数，一行代码就可以将数据画出来，不过作为一个负责的公众号，还是用cartopy顺带加载了地图。...= xr.open_dataset('EC-Interim_monthly_2018.nc') temp = (ds['t2m'] - 273.15).mean(dim='time') #把温度转换为...℃并对其时间纬求平均 temp.attrs['units'] = 'deg C' #温度单位转换为℃ # 创建画图空间 proj = ccrs.PlateCarree() #创建投影 fig = plt.figure...本文数据 https://apps.ecmwf.int/datasets/data/interim-full-moda/levtype=sfc/ 本文转自MeteoAI微信公众号，点击文末阅读原文按钮即可跳转原文

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教程 | 使用深度学习进行医疗影像分析：文件格式篇

这类被称作元数据的信息通常都以头部的形式储在文件的起始部分，它至少会包含以下信息：图像矩阵的维度、空间精度、像素深度以及光度解释。像素数据--这里存储的是像素数值的大小。...参考： http://teem.sourceforge.net/nrrd/format.html#general.1 MINC 格式的基本知识 MINS 代表的是医疗图像 NetCDF 工具包。...Minc2 从 NetCDF 变换成了 HDF5。HDF5 支持无限制多的数据类型，并且它就是为灵活高效的 I/O 和大容量的复杂数据而设计的。...python2 下的库 dcmstack 可以将一系列的 DICOM 文件堆叠成多维数组。...DICOM 到 MINC 的转换脑成像中心（BIC）的 MINC 团队开发了将 DICOM 转换为 MINC 格式的工具。

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从xarray走向netCDF处理(二)：数据索引

以下文章来源于MeteoAI ，作者学前班大队长 xarray专题再次开讲，错过第一部分的可以先去补个课从xarray走向netCDF处理(一)：数据结构及数据读取。...] 2018-01-01 2018-02-01 ... 2018-12-01 Attributes: units: K long_name: 2 metre temperature 根据维度名字索引...通过维度的名字就可以不必按照指定的维度顺序对数据进行切片了。...EC-Interim_monthly_2018.nc') lat = ds.latitude lon = ds.longitude time = ds.time temp = (ds['t2m'] - 273.15) # 把温度转换为...Spectral_r', extend='both', cbar_kwargs=cbar_kwargs,transform=ccrs.PlateCarree()) fig.show() 本文转自

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xarray | 数据结构(2)

这是一个维度对齐的标签数组(DataArray)的类字典容器。它用来展示NetCDF文件格式的数据。...注： Dataset 可以转换为 DataArray, DataFrame, dict, netcdf，分别对应 to_array, to_dataframe, to_dict, to_netcdf 方法...同样可以利用 to_* 类方法将 DataArray 转换为 DataFrame, Dataset, Series, Dict, netcdf, masked_array。...数据集转换除了上述的类字典方法外， xarray 还有一些其它方法可以将数据集转换为其它对象。...变量重命名 rename 方法可以重命名数据集变量： >> ds.rename({'temperature': 'temp', 'precipitation': 'precip'}) <xarray.Dataset

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wrf-python 详解之如何使用

getvar(ncfile, "P", meta=False) print (type(p_no_meta)) 从DataArray中提取 numpy 数组如果你需要将 xarray.DataArray 转换为...，因此，'Time' 维度被 'file' 维度替代了。...如果想要维持 ‘TIme’ 维度，只需设置 squeeze 参数为 False即可。...然而，在字典中所有的WRF文件都应包含相同的维度。结果是一个数组，最左侧的维度是字典中的键。同样允许使用嵌套字典。..., XLONG # 提供变量名，可以获取其栅格边界 bounds = geo_bounds(wrfin=ncfile) 对于 basemap 和 pyngl 系统来说，只需将 get_cartopy 换为

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如何获取GFS数据未来一周的预报之温湿廓线

数据访问：Siphon通过使用NetCDF Subset Service (NCSS)和NetCDF OPeNDAP (DODS)协议从数据服务器中获取数据。...数据解析：Siphon提供了一组工具来解析获取的数据，并将其转换为NumPy数组或Pandas数据框。数据检验：Siphon提供了一些工具，可以帮助用户验证数据是否满足预期格式和要求。...40N In [23]: query = ncss.query() query.lonlat_point(115, 40).time(datetime.utcnow()) query.accept('netcdf4...profileTime', 'stationIndex', 'altitude', 'Temperature_isobaric', 'Relative_humidity_isobaric'] 我们将提取要使用的变量以及压力值...最后一个变量 “坐标”中列出的是压力维度。

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MATLAB读取nc文件_如何转换mp3文件格式

lon=ncread(ncFilePath,'lon'); %读取经度信息（范围、精度） lat=ncread(ncFilePath,'lat'); %读取维度信息...))], 'Lonlim', [double(min(lon)) double(max(lon))]); if mon<10 %文件命名...变量数，全局属性数量， [varname,xtype,dimids,natts] = netcdf.inqVar(ncid,0); %根据变量索引号获取变量的名称 2.注意数据的维度以及在降维时的旋转问题...3.在输出命名时，进行判定加 ‘0’ ，这样就能使最后的图像按着yyyymmdd的顺序排下来，包括之后的读取栅格平均值都很有必要！希望能帮到你！...如发现本站有涉嫌侵权/违法违规的内容，请发送邮件至举报，一经查实，本站将立刻删除。

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R海拾遗_hdf5r包

简单开始创建文件、分组和数据集 library(hdf5r) # 创建一个临时hdf5文件 test_filename <- tempfile(fileext = ".h5") # 读取hdf5文件，..."month", "day", "hour", "wind_dir")) # 去除存在缺失值的行 weather_wind_dir <- na.exclude(weather_wind_dir) # 将风向转换为整数...year","month", "day", "hour", "wind_speed")) weather_wind_speed <- na.exclude(weather_wind_speed) # 将长数据装换为宽数据的矩阵...ls函数能够返回数据类型、数据大小、数据的维度、最大维度等信息。...close将关闭文件，但已经打开的group和数据集将保持打开状态。此外，只要任何对象仍然打开，文件就不能以常规方式重新打开，因为HDF5禁止文件被多次打开。

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