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BIB | ATSE: 基于图网络和注意力机制,利用结构信息和进化信息预测多肽的毒性

今天给大家介绍的是山东大学魏乐义教授课题组在Briefings in Bioinformatics上发表的文章“ATSE: a peptide toxicity predictor by exploiting structural and evolutionary information based on graph neural network and attention mechanism”。多肽药物目前已广泛应用于各种疾病的预防、诊断和治疗,具有广阔的开发前景,出于研究和安全监管的目的,通过计算方法在大量的候选肽中准确预测潜在的毒性肽显得十分重要。作者在文章中提出了一种基于图网络和注意力机制,利用结构信息和进化信息预测多肽的毒性的方法,称为ATSE,该方法包含4个模块:(i)将多肽序列转换为分子图和进化信息的序列处理模块,(ii)从图结构和进化信息提取有效特征的特征提取模块,(iii)优化特征的注意力模块,(iv)输出模块。通过实验表明,所提出的方法显著优于现有的预测方法,并且证明了结构信息和进化信息具有互补性,有效地提高了多肽毒性的预测准确性。

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