qqman包是一个用于绘制质量-数量图的R语言包。在终端R Mac上安装qqman包时出错可能是由于以下原因之一:
install.packages(c("gplots", "data.table", "gtools", "gdata", "reshape2", "RColorBrewer"))
如果以上方法仍然无法解决问题,可以尝试在R社区或者相关论坛上寻求帮助,或者查阅qqman包的官方文档和常见问题解答。
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大家好,我是邓飞,对于GWAS分析结果,第一个要看的是曼哈顿图,看看有没有显著性的点,没有显著性的点,项目白做了!第二个要看的是QQ图,比较翘就非常理想。下面介绍一下常用的可视化方法,包括:qqman和cmplot两个包。
相关软件,比如gapit,rMVP,都会自动出图,而GEMMA,GCTA则是需要后期自己作图。
head(gwasResults,3) #查看qqman提供qwas示例数据(gwasResult)
在遇到Python的时候,我发现Python是最好的语言,但是在慢慢熟悉Julia 之后发现,Python依旧最好的语言 T_T ,原因有可能是系统原因还是其他,加载包比较慢(如果把速度问题解决了,我就可以说Julia是最好的语言了)。
TASSEL有对结果进行可视化的模块,包括qq图和曼哈顿图,但是图不方便调整。这里用TASSEL的分析结果,使用R语言进行绘制qq图和曼哈顿图。
在生物信息领域我们常常使用R语言对数据可视化。在对数据可视化的时候,我们需要明确想要展示的信息,从而选择最为合适的图突出该信息。本系列文章将介绍多种基于不同R包的作图方法,希望能够帮助到各位读者。
注意,这里我使用的是ped和map格式,如果ped文件中有表型数据(第六列),如果想指定表型数据,用--pheno,包括三列:家系,个体,表型值。
作为一种经典的可视化方式,曼哈顿图使用广泛,在GWAS分析中随处可见,本文就来揭秘曼哈顿图绘制的核心方法。
文章标题:《Genome-wide association meta-analysis identifies GP2 gene risk variants for pancreatic cancer》,链接是 https://www.nature.com/articles/s41467-020-16711-w
关于iOS自动化构建其实并不复杂,通过一些简单的Git与Xcode指令,加上UI,我们自己也可以动手编写一款自动化构建工具。这在之前的博客中也有涉及,有兴趣的朋友可以在如下地址找到这篇博客:
这里,参数:annotatePval,注意,这里的值,不是-log10转化的,而是原始的p值,比如,这里,我们想打印1e-8的snp名称,默认一个染色体只显示一个snp名称:
Python易用,但用好却不易,其中比较头疼的就是包管理和Python不同版本的问题,特别是当你使用Windows的时候。为了解决这些问题,有不少发行版的Python,比如WinPython、Anaconda、pycharm等,这些发行版将python和许多常用的package打包,方便pythoners直接使用,此外,还有virtualenv、pyenv等工具管理虚拟环境。
InDesign 2022是一款排版软件,InDesign这款软件可以让你制作、印前检查和发布用于印刷和数字媒体出版的精美文档。InDesign 拥有您要制作海报、书籍、数字杂志、电子书、交互式 PDF 等内容所需的一切。
运气好的的话,直接就成功了,我遇到了一下问题,最终找到了解决方案,原因及解决方案如下,供参考
我需要安装R软件包stochvol,该软件包 仅适用于3.6.0版的R。因此,我安装了R(3.6.0 版本),并使用打开它 RStudio。但是现在 ,即使我成功 使用来 安装软件包,也无法加载任何库 。具体来说,我需要加载的库是stochvol ,Rcpp和 caret。我尝试重新安装 R, 但仍然无法正常工作。
这是专门为具有 R 和 RStudio 知识的朋友设计的 Docker 教程。该介绍旨在帮助需要 Docker 进行项目的人们。我们首先解释 Docker 是什么以及为什么有用。然后,我们将详细介绍如何将其用于可复制的分析项目。
GWAS(Genome-wideassociation study),即全基因组关联分析,是指在人类全基因组范围内找出存在的序列变异,即单核苷酸多态性(SNP),从中筛选出与疾病相关的SNPs(摘自百度百科)。如何让GWAS的结果可视化,我们就用到了曼哈顿图来展示其结果。那么在R语言中当然也有研究者开发了相关的R包“qqman”。
日常中使用R语言进行数据分析,或者画图的读者,相信一定逃不过的一个操作就是安装R包,那么在R包安装过程中,可能会出现一些问题,有时候这些问题并不是R包仓库下载过程中网络和R语言本身的问题,而是系统中缺失一些配置或者编译器,本文将介绍一种常见的错误,并给以解决办法。
本章节使用Python 3(Python 3.6.5),所以这里点击Python 3.6.5
这篇文章的目的是给出另一个关于如何让 Manim 使用 Python 3.7 在 Mac 上 工作的帐户,仅此而已。我花了几个令人沮丧的夜晚试图让事情发挥作用,我想把我的经验添加到 Manim 不断增长的资源中。我强烈建议将此帖与 Todd Zimmerman 的博客 结合使用,学习如何使用 Grant Sanderson 的代码。
以简洁高效(指编程较为高效, 而不是运行速度)出名的Python, 在包依赖问题上有时候让人挠头.
可以执行下面命令: sudo npm install --unsafe-perm --verbose -g hexo
本周我们精选出社区问答进行整理汇总,各位开发者在使用PaddlePaddle过程中遇到技术难题,可以到PaddlePaddle公众号【常见问答】专栏(点击主菜单中”定制服务“后可见)上寻求解决方案,希望能帮助新用户在MacOS安装过程中解答疑惑。
在尝试安装spark R的过程中,老是碰到错误,原因就是在安装devtools过程中经常出错,找了找网上的相关资料,才发现需要额外下载几个库,因此将这个过程记录下来。
https://aistudio.baidu.com/aistudio/projectdetail/1586056
许多开发人员编写了他们自己的模块,将 Python 的功能扩展到了与 Python 打包在一起的标准模块库之外。安装第三方模块的主要方法是使用 Python 的 PIP 工具。该工具从 Python 软件基金会的网站pypi.python.org/安全地下载 Python 模块并安装到您的计算机上。PyPI,或者 Python 包索引,是一种免费的 Python 模块应用商店。
最近想在Jenkins执行Build工作结束后,再执行一些sudo的命令,但是在Mac上sudo命令需要提供密码才能执行。而Jenkins在执行自动化操作的时候,我们是无法在构建任务中手动输入密码的,只有实现了自动输入sudo密码才能让整个构建任务继续执行下去,要不然就会无限期地卡在等待输入密码这一步。
Homebrew是 mac的包管理器,仅需执行相应的命令,就能下载安装需要的软件包,可以省掉自己去下载、解压、拖拽(安装)等繁琐的步骤。 比如安装服务器 nginx,打开终端执行以下命令即可安装:
还记得在去《生信技能树》实习之前,我刚拿到Imac不到一星期,配置电脑的时候发现一些R包死活装不上去,其中的代表就是edgeR,做差异分析的主流软件之一。
由于 Windows 和 Mac 原生的应用程序开发难度比较大,所以使用 Electron 版 TRTC 的能力就成了一个不错的选择。不过由于国内网络环境比较复杂,而 Electron 的很多开发资源由位于境外服务器上,所以很多客户在初次对接时会遇到很多的环境配置问题。
最近在学习python,发现在本地搭建python环境的时候,要是想要同时搭建不同python版本的环境,就比较麻烦,很容易就出现冲突了,很是头疼。然后光明就出现这山重水复疑无路的时候,同事给我推荐了包管理以及环境管理神器:Anaconda。
本课程为MIT 6.829 计网课程,课程对应官网链接: Computer Networks Lecture Notes
1.在选项卡的位置用上下键选择Install ubuntu的选项,先别点,按e进入编辑选项,会看到quiet splash --- 字样的代码,将 --- 去除,输入 nomodeset (内核不加载视频驱动程序)。按F10重新引导。
该文介绍了如何用vue2+webpack+vuex+elementplus+axios+antd写一个组件库并发布npm包,涉及到了项目初始化、代码规范、npm包发布流程、代码校验、代码风格规范、组件库的构建和发布、代码优化、单测、代码注释、代码导出、以及基础的前端开发知识。
在 Mac 系统中 homebrew 是一款 软件包管理工具 , 可以 轻松的 安装 / 卸载 / 更新 / 查看 / 搜索 软件包 , 可以简单方便地对软件包进行管理 , 无需用户 处理 复杂的依赖关系 问题 ;
freeswitch是啥就不多说了,可以简单理解为一个功能强大的纯软件实现的电话交换机(俗称:软交换)。官网地址:https://freeswitch.com/,它可以运行于windows/mac/linux,完全跨平台,而且开源免费。下面介绍mac环境的安装及遇到的坑。
在开始学习 Java 之前,你必须要先安装好 Java 和本书的源代码示例。因为考虑到可能有“专门的初学者”从本书开始学习编程,所以我会详细地教你如何使用命令行。 如果你已经有此方面的经验了,可以跳过这段安装说明。如果你对此处描述的任何术语或过程仍不清楚,还可以通过 Google 搜索找到答案。具体的问题或困难请试着在 StackOverflow 上提问。或者去 YouTube 看有没有相关的安装说明。
Xcode如何下载安装或更新呢?打开Mac机上的App Store,搜索Xcode,进行安装或者更新,注意观察下Xcode的更新日志,可以看到当前版本支持的IOS SDK版本。
Apple 在10月5日正式发布了macOS High Sierra,我听说最新的APFS 磁盘类型会大大提高 SSD 效率,很早以前就升级到 Beta 版了。经过1个多月的初体验,我总结了一些经验,在这里和大家分享。 首先是一些关于在最新 Macos 下搭建LNMP开发环境的流程建议,直接进入正题:
第二个运行结果,为报错,需要注意,缺什么就安装缺的包。此处运行BiocManager::install('GO.db')。
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