一、问题 今天想使用 R 重新对数据进行差异表达分析，在安装DESeq2的时侯，遇到下面的报错： *Error: package or namespace load failed for ‘GenomeInfoDb...‘GenomicRanges’是用R版本4.1.2 来建造的 3: 程辑包‘GenomeInfoDb’是用R版本4.1.2 来建造的 我现在使用的是笔记本电脑，我的台式电脑安装就没有遇到问题，不知道为什么...，于是开始搜索了一下教程，发现大家安装 DESeq2， dplyr 的时侯都会遇到**不存在叫 RCurl 这个名字的程辑包**的问题。...于是我就按照提示安装**RCulr**, 并且也尝试了安装**GenomeInfoDb**，**GenomicRanges**，但是又遇到新的报错如下: *installation of package...，就是直接安装二进制 binary 版本的R包。
本节内容转载于博客： wa2003 spark是一个我迟早要攻克的内容呀~ ————————————————————————————————————— 一、SparkR 1.4.0 的安装及使用 1、...其中.Renviron文件用来设置一些R要用的环境变量，而.Rprofile文件则是一个R代码文件，在R启动时，如果这个文件存在，它会被首先执行。...这两个DataFrame是不同的，前者是分布式的，集群上的DF，R里的那些包都不能用；后者是单机版的DF，包里的函数都能用。...avg(flightsDF$dep_delay), avg(flightsDF$arr_delay)) -> dailyDelayDF; #注意，语法和dplyr中的有所不同，结果还是sparkRDF...如果使用传统工具（如dplyr或甚至Python pandas）高级查询，这样的数据集将需要相当长的时间来执行。
quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("miRBaseVersions.db") 有一个现象，提示用的R...但安装的时候会发生出错。提示需要3.5版本的R。你说要4.0。安装时提示要3.5。 ? 我也换成3.5版本的R，安装，结果显示：安装程序包****时退出的状态不是0。...我想很多人安装包都遇到这样的状况。如果你安装miRBaseVersions.db包时也出现这样的状况，你可以尝试我下面的解决方式，我这里的解决方法是下载安装包本地安装。 ?...然后选择下载的包，安装就可以啦。 ?...我这里是在3.6版本的R中安装的，不是3.5，我这里安装成功了，可能你不一定能成功，那是因为有一些依赖包可能你没有安装，我这里是因为很多有关生信分析的R包我都安装过，所以不报错。 ?
然而，安装或重新下载 Office 软件时常常会遇到一系列令人头疼的问题，如下载失败、错误代码等。尤其是在曾安装过旧版本 Office 的情况下，新版本的安装可能变得棘手。...问题描述 在尝试下载 Microsoft Office 软件时，常常会遭遇无法成功下载的问题。...这类问题的根本源头在于系统中曾经安装过 Office 软件版本，因此在尝试重新下载新版本之前，必须彻底删除之前的版本。然而，这个过程中可能会遭遇多种错误提示，导致安装进程中断或失败。...4.选择自己需要的office版本进行下载 根据您的需求选择适配的 Office 版本，并启动下载与安装。软件管家将提供详尽的安装步骤，即使是新手也能轻松操作。...总结 透过本文的指引，我们成功解决了在安装 Office 软件时可能遇到的错误代码 30029-4 的问题，并解决了难以完全卸载现有 Office 软件的困扰。
#安装和加载R包options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")) #对应清华源options(BioC_mirror...包依赖：inner_join()函数属于dplyr包，因此需要先加载dplyr包才能使用。merge()函数是基础R的一部分，无需额外加载包即可使用。...默认行为：在某些情况下，inner_join()和merge()的默认行为可能略有不同。...例如，当两个数据框中存在重复的列名时，inner_join()会自动为其中一个数据框的重复列名添加后缀以区分，而merge()函数则不会自动处理，需要手动指定后缀。...性能差异：在大型数据集上，dplyr包的函数通常比基础R函数的执行速度更快，因此inner_join()可能在某些情况下比merge()更高效。
翻译：BioIT 爱好者（部分内容有调整） 原文：The top 10 R errors, the 7th one will surprise you 就像你学习走路时遇到了一些问题，你在学习 R 的过程中可能也会遇到一些错误...本文章的目标是对学习 R 时最常见的一些错误进行整理，并一一的去解释它们，以便您了解如何解决这些问题。 面对问题，最重要的建议是：“阅读错误信息”。...Rmd 开头安装并启动library(tidyverse)和其他的library(whatever)。...R 一次解释一行代码，所以当if没有关联的else代码时，要让你的代码起作用，请确保 R 知道您的指令已完成。 if ( 1 !...Correction : library(dplyr) CASE 2 : 该软件包尚未安装。 Correction : 在终端中启动install.packages("dplyr")将解决此问题。
如何开始 ---- 从CRAN安装sparklyr install.packages("sparklyr") 还要安装一个本地的Spark版本 library(sparklyr) spark_install...读取数据 ---- 你可以使用dplyr的copy_to函数将R的data frames拷贝到Spark。（更典型的是你可以通过spark_read的一系列函数读取Spark集群中的数据。）...如下例子，我们从R拷贝一些数据集到Spark。（注意你可能需要安装nycflights13和Lahman包才能运行这些代码。）.../web/packages/dplyr/vignettes/dplyr.html，这里提供了更多的例子可以供你尝试。...函数与你在使用R的data frames时是一样的，但如果使用的是sparklyr，它们其实是被推到远端的Spark集群里执行的。
❝在近期使用 「dplyr」 进行多列选择性操作，如 mutate_at() 时，发现文档提示一系列的 「dplyr」 函数变体已经过期，看来后续要退休了，使用 across() 是它们的统一替代品，所以最近抽时间针对性的学习和翻译下...原文来自 [dplyr 文档](Column-wise operations • dplyr (tidyverse.org "dplyr 文档")) - 2021-01❞ 同时对数据框的多列执行相同的函数操作经常有用...令人失望的是，我们没有早点发现 across()，而是经历了几个错误的尝试（首先没有意识到这是一个常见的问题，然后是使用_each()函数，最后是使用_if()/_at()/_all()函数）。...这是由 base R 提供的，但它并没有很好的文档，我们花了一段时间才发现它是有用的，而不仅仅是理论上的好奇。 我们可以使用数据框让汇总函数返回多列。...我们希望大家不会对这种新行为感到惊讶： df <- tibble(x = 2, y = 4, z = 8) df %>% mutate_all(~ .x / y) #> # A tibble: 1 x
有4个函数可以使用三方包的功能（函数、数据等），基于它们是否加载（Load）或绑定（attach），找不到包时的反馈而有所不同。...永远不要在开发包时使用library()函数。 在包中使用requireNamespace(x, quietly = TRUE)用来进行一个特定的行为，如当建议包找不到时抛出一个错误。...Imports和Depends包部分会确保你所需要的依赖包被安装，主要的区别是Imports中的包仅仅会被导入，而Depends中的包会被绑定，没有其他的区别了。...假设你开发的包需要dplyr，你把它列到了Depends，那么载入你开发的包的用户它会发现dplyr也被载入了，而且能够直接使用里面的函数。...而写在Imports的话，dplyr里面的函数用户是不可以直接使用的。。
话不多说，上网址： https://www.r-graph-gallery.com/ r-garp-gallery收入了大量利用R语言绘制的图形，这些图形包含了很多方面，通过这个网站，我们可以方便直观观察到...R语言所能做的一些图形。...安装所需要的包 ? 2. 载入相关的包 ?...安装所需要的包 ? 2. 载入安装包 ? 3....总结 通过不断地对比，是不是发现原来用R语言绘图狠简单，作者由于时间有限，只能列出几个出来，剩下的要靠大家自己进行挖掘尝试。
在 R 包中，我有看到过 maftools 中可以绘制这样的图，用来表示新的数据队列与 TCGA 数据的比较，这也是应用于 TMB 分析。因为研究问题，我最近也想尝试使用改种图形来展示数据。...使用 如果读者仅仅想使用，请从 Gitee 上安装 sigminer 包，或者拷贝本文最后的函数： remotes::install_git("https://gitee.com/ShixiangWang...源代码 目前该图的实现代码如下，代码通过 https://github.com/ShixiangWang/sigminer/blob/master/R/show_group_distribution.R...我尝试过 geom_ribbon() 和 geom_area() 来实现都不行。我最后使用了 geom_rect()，我是怎么保证矩形画出来的填充跟背景效果一致的？...$.gvar, .data$.dvar) %>% dplyr::mutate(x = seq_len(dplyr::n())) %>% dplyr::ungroup() ds <-
今天的学习内容是R包，R包是多个函数的集合，本次主要是学习dplyr包。安装和加载R包设置镜像每次下载R包时，都需要重新配置镜像。...install.packages(“包”)（安装在CRAN里的包），或者BiocManager::install(“包”)（安装在Biocductor）即可安装对应的包。...之前已经安装过dplyr包了，所以直接加载即可加载library(包)和require（包）均可实现加载的目的。...:102),]dplyr五个基础函数mutate()，新增列select(),按列筛选filter()筛选行arrange(),按某1列或某几列对整个表格进行排序summarise()：汇总进行汇总时可以结合...group_by，实用性更强dplyr两个实用技能管道操作 %>% (cmd/ctr + shift + M)管道操作可以直接省略中间步骤，导出最后的结果count统计某列的unique值dplyr处理关系数据将
最近jimmy老师在学徒群了扔了一个数据挖掘文献图表复现任务，作为老师的新晋小透明学徒，希望可以表现一下，在分析数据集GSE62133时，并没有其平台GPL14951相应的注释包，把这个探索过程分享一下吧...首先是在jimmy老师4年前博客整理的芯片平台对应R包找：(16)芯片探针与基因的对应关系-生信菜鸟团博客2周年精选文章集 的确这个平台无法找到！...空白列 这样，时间过了两三天，重新鼓起勇气继续探索下 查平台的title：Illumina HumanHT-12 WG-DASL V4.0 R2 expression beadchip 搜索这个title...意外发现下面的【空白】都填满了，原来表格下面才是真正的【注释部分】，上面【空白部分】应该是metadata （PS，这里学徒仍然是错了，上面空白只不过是因为那些探针并不是设计给基因的！）...上述问题的突破点就是寻找平台的title 这是一个通过【检索+意外发现】而解决问题的过程，遇到问题多探索、多思考、多检索，会柳暗花明 收获 填补了对芯片种类的认知空白，以前可能都是用affymetrix
熟悉R的朋友都会知道， dplyr包是对原始的数据集进行清洗、整理以及变换的有力武器之一。但是其使用会局限于你需要有打开R/R studio或者通过R脚本来执行 dplyr。...dplyr-cli设计的初衷就是让我们能够方便快速的在不打开R的情况下，在命令行中运行 dplyr，处理csv的文件。...目前的不足： 仅在 OSX和 YMMV的bash下测试过 每个命令的实质是在单独的R中运行 安装 虽然 dply-cli是可以直接在命令行中直接使用，但是其执行时候还是会依赖到R包。...description language 安装好R包后就是到Github中将 dply-cli将其shell脚本下载好，并且放到合适的path中来执行： git clone https://github.com...接着我们就通过一系列的实战例子来了解一下如何使用这个好用的工具，这里会使用到 mtcars.csv这个文件，当你从Github下载 dplyr-cli时，会包含其作为一个测试文件： 例子一：简单的基本操作
今日学习内容：如何安装R包？...认识dplyr，函数、功能等---安装和加载R包镜像设置方法一：手动设置，Tools→Packages→Primary CRAN repository方法二：自动运行教程来自：https://www.jianshu.com.../p/861224f4251aoptions() 设置R运行过程中的一些选项设置options()$repos 查看使用install.packages安装时的默认镜像options()$BioC_mirror...查看使用bioconductor的默认镜像R最重要的两个配置文件: 一是.Renviron，能够设置R的环境变量； 二是.Rprofile，如果启动时找到这个文件，那么就替我们先运行一遍（这个过程就是在启动...安装和加载需要联网，以dplyr为例：options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")) options(BioC_mirror
当你需要执行特定的统计测试、可视化或其他任务时，你可能会发现相应的功能已经被封装在一个或多个R包中。然而，对于新手或需要一次性安装多个R包的用户来说，这个过程可能会有些繁琐。...为了大规模安装所需要的R包，你可以使用几种不同的方法。...以下是两种常见的方法：常用安装install.packages函数是我们常用的安装R包的方式，需要注意的是这些R包必须是在CRAN仓库中，否则安装将会失败。...该项目是存放了大量用于生物研究的R包，很多做生物信息分析的人都会使用里面提供的R包。它的安装包是通过BiocManager包提供的install函数实现的。...R包外，还可以通过已经构建好的R包内置函数安装，例如现在比较友好的R pacman，它提供的p_load函数其实可以看成是上述InstallPackageFun的升级版本。
TCGAbiolinks 包是从TCGA数据库官网接口下载数据的R包。它的一些函数能够轻松地帮我们下载数据和整理数据格式。其实就是broad研究所的firehose命令行工具的R包装！...安装成功后，就可以开始使用了。...该函数的应用场景是：当需要在R中读取或写入数据时，需要指定存储数据的文件夹路径。但在执行R代码时，可能需要将当前工作目录更改为存储数据的文件夹路径。如果文件夹不存在，需要创建文件夹。...) %>% # 使用dplyr::select()方法去掉gene_type列 dplyr::select(-gene_type) %>% # 使用dplyr::distinct...()方法去除重复的行，保留第一次出现的行 dplyr::distinct(gene_name, .keep_all = TRUE) %>% # 使用tibble::column_to_rownames
自杀式R包 只能安装成功一次，再次重复安装就会报错。 R包的依赖处理非常奇怪，随着安装R包的数量变多，有较大概率会遇到R包依赖崩溃的情况。...如果你以后遇到了这个问题，可以尝试本文的解决思路。...Tips: 由于一些编译型R包可能也在安装时载入R，为避免可能的编译错误，建议将这所code的输出隐藏，比如我的Rprofile.site文件中是添加的如下代码： suppressWarnings(library...dbpyr包，但是它是出现在安装其他依赖这个包的包时出现的。...R包的依赖项管理是在DESCRIPTION中记录着，比如下面的dbplyr的DESCRIPTION里面的内容： Type: Package Package: dbplyr Title: A 'dplyr
reshape/reshape2, plyr/dplyr -> pandas 我在之前的一篇文章中介绍了 pandas 库。...该库中实现了数据框的功能和其他的一些常用操作方法，它基本包含了 reshape/reshape2 和 plyr/dplyr 中的精华之处。...，那么你可以尝试下 bokeh。...stringr -> nothing R 语言自带的字符串操作函数非常难用，每次当我需要处理字符串时，我都会做以下两件事： 向大神 Hadley Wickham 表示感谢 导入 stringr stringr...绝对是一个大救星，该软件包非常友好，我们可以轻易地安装并利用它快捷地处理字符串数据。
reshape/reshape2, plyr/dplyr -> pandas ? pandas 吸取了 R 语言中数据清洗功能的优点并将其引入到 Python 中。...该库中实现了数据框的功能和其他的一些常用操作方法，它基本包含了 reshape/reshape2 和 plyr/dplyr 中的精华之处。...，那么你可以尝试下 bokeh。...stringr -> re+string R 语言自带的字符串操作函数非常难用，每次当我需要处理字符串时，我都会做以下两件事： 向大神 Hadley Wickham 表示感谢 导入 stringr stringr...绝对是一个大救星，该软件包非常友好，我们可以轻易地安装并利用它快捷地处理字符串数据。
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