尽管我明确声明了xelatex，bookdown仍在使用pdflatex

尽管您明确声明了xelatex，但是bookdown仍然使用pdflatex作为默认的LaTeX引擎。pdflatex是一种基于TeX的编译引擎，用于将LaTeX源文件编译为PDF格式的文档。

pdflatex相对于xelatex的优势在于它的广泛支持和稳定性。许多LaTeX包和模板都是为pdflatex设计的，并且与pdflatex兼容性更好。此外，pdflatex还可以更好地处理一些特殊的LaTeX功能，如使用microtype宏包进行字体微调等。

尽管pdflatex在处理中文和字体方面相对较弱，但仍然可以通过使用CJK或xeCJK宏包来支持中文。如果您需要更好地支持中文和Unicode字符，可以考虑使用xelatex或lualatex作为LaTeX引擎。

对于使用pdflatex的bookdown项目，您可以在_bookdown.yml文件中进行配置，指定使用xelatex或lualatex作为LaTeX引擎。例如：

book_filename: mybook
output:
  bookdown::pdf_book:
    latex_engine: xelatex

这样配置后，bookdown将使用xelatex作为LaTeX引擎来编译生成PDF文档。

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