大家好，又见面了，我是你们的朋友全栈君。 最近对利用R绘制venn图进行了一些学习。...参考了网上很多资料： 【R作图】在R中绘制韦恩图的几种方法 和 一些漂亮的venn图 如何使用R来绘制韦恩图（Venn Diagram） venn.diagram: Make a Venn Diagram...其绘制出来的图也可以非常美观 虽然这个包功能相对完善，但也有着其缺点，就是每个圈不会随着集合中数量的增大而增大，反映不出每个集合的相对大小。...下面的这些图都是VennDiagram绘制出来的~ ---- 搬运工 由于说明文档：venn.diagram: Make a Venn Diagram 中只有代码，没有每段代码输出的结果与其直接对应。...这里我做一只勤劳的小蜜蜂，把运行的结果全部贴上来，便于之后查找以及DIY。 先放上汇总效果图： 具体实现 首先载入函数包并设置路径，然后全部运行就可以将所有图片全部进行输出了。
python的限制比较明显，不能做三个以上数据集的交集，所以推荐用R语言来做。...（3）喜欢R语言的同学 venneuler包 setwd('D:\\F1\\deg') rm(list=ls()) library(venneuler) MyVenn <- venneuler(c(A...这个代码从逻辑上看比较简单，仅仅在text上修改显示的内容即可。...（4）UpSetR包 正文 介绍一个R包UpSetR，专门用来集合可视化，更受杂志和编辑喜欢。 原理比较简单，做法大概分为两种，第一种是定义数据集后，画图自动取交集。第二种做法是先取交集，然后画图。...绘制韦恩图的目的主要是查看数据集之间的异同。
背景 R 语言中的 venneuler 是一个用于计算并显示韦恩图和欧拉图的包，这个包在 CRAN 上的最后一个版本是 1.1.0，发布于 2011-08-10，它是一个基于 rJava 依赖的 R 包...UpSetR接受三种类型的数据输入： 表格数据，即 R 语言里面的数据框。行表示元素，列表示数据集分配和额外信息。 元素名的集合(fromList)。...其实，这个截图中的fromExpression拼写错了，如果UpSetR安装好了，函数 fromExpression 也拼写对了，截图中导入集合交集向量数据的问题也就迎刃而解。...创建的新环境中发现，conda install -r r-venneuler会同时执行 openjdk，r-rjava，r-venneuler三个包的安装，并解决它们其中的依赖，但即使安装过程没有任何问题...conda环境中openjdk，r-rjava，r-venneuler都可以安装成功，但就是用不了，这是我在 conda 中遇到的问题，暂时没找到解决方法。
Python 集合的优势 由于集合中的元素不能出现多次，这使得集合在很大程度上能够高效地从列表或元组中删除重复值，并执行取并集、交集等常见的的数学操作。...本教程将向你介绍一些关于 Python 集合和集合论的话题： 如何初始化空集和带有数值的集合 如何向集合中添加值或者从集合中删除值 如何高效地使用集合，用于成员检测、从列表中删除重复值等任务。...向集合添加值或删除值 要想向集合中添加值或从中删除值，你首先必须初始化一个集合。...（Venn）图中的红色部分。...结语 Python 集合是非常实用的，它能够高效地从列表等数据结构中删除重复的值，并且执行常见的数学运算，例如：求并集、交集。
Python 集合的优势 由于集合中的元素不能出现多次，这使得集合在很大程度上能够高效地从列表或元组中删除重复值，并执行取并集、交集等常见的的数学操作。...本教程将向你介绍一些关于 Python 集合和集合论的话题： 如何初始化空集和带有数值的集合 如何向集合中添加值或者从集合中删除值 如何高效地使用集合，用于成员检测、从列表中删除重复值等任务。...向集合添加值或删除值 要想向集合中添加值或从中删除值，你首先必须初始化一个集合。...你可以使用「union」方法找出两个集合中所有唯一的值。 求并集操作返回的集合可以被可视化为下面的韦恩（Venn）图中的红色部分。 ?...结语 Python 集合是非常实用的，它能够高效地从列表等数据结构中删除重复的值，并且执行常见的数学运算，例如：求并集、交集。
; -- XYMultipleSeriesRenderer : 渲染器集合, 图表中多个曲线的渲染器; -- XYSeriesRenderer : 单个曲线或单元的渲染器, 一个图表中可能有多条曲线或者柱状图等...CategorySeries 对象没有包含关系; 准备数据 : -- 饼图每个元素名称 : List titles, 其中集合中的数组就是一个饼图每个元素的集合; -- 饼图每个元素的大小...饼图的元素名称组成的数组 * 第三个参数是 饼图的元素对应的数值组成的数组SimpleSeriesRenderer * * 注意 饼图元素名称数组 与 饼图值数组..., 整个图表有多组该渲染器; 数据准备 : -- 饼图元素的颜色 : int[] colors, 将饼图中所有的颜色放在一个数组中, 每个元素都有一个颜色; DefaultRenderer 类方法介绍...(r); /* 将单个元素渲染器设置到饼图图表渲染器中 */ } return renderer; } 5.
和其他同类型R包的比较 安装 数据集 基础使用 挑选交集 交集选择模式 展示所有集合 添加图形 调整交集条形图（intersection size） 调整标签外观 增加颜色映射 调整高度比例 隐藏intersection...可以挑选交集中的元素个数大于/小于某个值的集合展示，默认不包含没被用到的集合，可以使用keep_empty_group = T包括进来。 神奇的来了，支持拼图！...exclusive_intersection region: 选定集合的交集，但要去掉选定集合以外的集合中的元素，(简称: distinct), 默认是这一种； inclusive_intersection...region: 选定集合的交集 (简称: intersect)； exclusive_union region: 选定集合的并集，但要去掉选定集合以外的集合中的元素； inclusive_union...region: 选定集合的并集，(简称: union) 下面是一张图，使用3个集合，展示这4种模式： 上面这张图可以使用complexUpset画出来，只需要提供不同的交集选择模式即可，这也体现了这个包的牛逼之处
「ggVennDiagram」-韦恩图也可以快速绘制~ 今天在整理我们的R语言可视化课程相关的资料时，发现了一个绘制韦恩图的可视化工具-「ggVennDiagram」，赶紧分享给大家~~ 韦恩图的含义...韦恩图（Venn Diagram） 是一种用于展示元素集合之间重叠和关系的图表形式。...在韦恩图中，常用的术语包括： 「交集（Intersection）」：两个或多个集合共有的部分，表示为不同区域的重叠部分。 「并集（Union）」：所有集合的总体，表示为整个韦恩图的所有区域的总和。...通过观察韦恩图，可以快速了解各个集合之间的重叠情况和关系，从而有助于进行数据分析、分类和可视化。 韦恩图常用于以下场景： 「展示数据集之间的交集和差异」：比较不同数据集之间的共有元素和独立元素。...「展示分类结果的重叠」：用于显示分类结果之间的重叠情况，例如基因表达实验中不同基因集的交集。 「逻辑推理和集合运算」：帮助理解逻辑运算中的交集、并集和补集等概念。
导语 GUIDE ╲ ComplexUpset是一个应用于复杂的多个数据集合可视化的R语言包。...背景介绍 对于集合的可视化，我们第一反应想到的往往是韦恩图，韦恩图本身在集合数目较少的情况下是非常适用的，但是一旦集合数目较多，并且想要展示的数据维度复杂，仅仅通过韦恩图去可视化是不能完全展示数据内容的...今天小编在这里就给大家介绍一个非常棒的集合可视化R包--ComplexUpset，它在实现集合可视化方面具有非常强大的优势！...， 第二个参数指定一个列表，其中列的名称表示样本的标签。...：-set将标记对应的条形图，-intersect将标记所有元素。
本版块会持续分享一些常用的结果展示的图形。 在得到数据之后，我们经常会用到维恩图来展示各个数据集之间的重叠关系。本文简单的介绍R语言中的VennDiagram包绘制数据集的维恩图。...三 知道各个数据集的个数以及重叠（交叉）的个数 2.1 两个已知数据集的韦恩图 # 圆的大小不会根据数据量多少改变 venn.plot <- draw.pairwise.venn(80, 30, 10,...#分类名称距离边的距离 实际调整 cat.just = list(c(-1, -1), c(1, 1)), #分类名称的位置 ，圈内或者圈外 ext.pos = 30, #线的角度 默认是正上方...) 四 根据数据集合绘制韦恩图 4.1 四个数据集合 A <- sample(1:1000, 500, replace = FALSE); B <- sample(1:1000, 600, replace...VennDiagram函数包最大能绘制5个数据集合的韦恩图，可以看到已经有点乱了，当更多集合的时候，可以使用之前分享的R|UpSet-集合可视化进行绘制。 韦恩图，走你。
导语 GUIDE ╲ 维恩图用于展示在不同的事物群组（集合）之间的数学或逻辑联系，尤其适合用来表示集合（或）类之间的“大致关系”，它也常常被用来帮助推导（或理解推导过程）关于集合运算（或类运算）的一些规律...背景介绍 绘制韦恩图可能是大家在对自己数据进行可视化时经常会碰到的问题，低维度的数据还好说，对于复杂点的数据如何画出美观的韦恩图呢？...今天小编给大家介绍的R包是ggVennDiagram，一个专注于韦恩图绘制的工具，作者在在对其不断的进行版本完善，接下来就让我们看看如何使用吧！...= count), data = venn_region(data)) + theme_void() 小编总结 作为韦恩图绘制使用非常广泛的一个包，ggVennDiagram的功能是十分全面且细致的...，作者也在不断的更新维护，希望大家多多学起来，用到自己的工作中吧！
如果每个基因集ID有相应描述（例如基因集合ID的名称），用户还可以上传DES文件，其第一列是基因集ID，它应该与GMT文件中的ID相同，第二列是每个基因集的描述（所有列都应该用制表符分隔）。...选择除了Others之外的七类中的一个后，该类中的详细数据库名称将显示在另一个下拉菜单中。...将鼠标悬停在一个点上将显示有关它的一些信息，单击它将更新详细信息部分。富集的类别被标记，并且标签的位置可以用鼠标手动调整。标签可以更改为基因集名称，并且可以使用按钮添加指向点的连接线。...通过单击图中的相应元素或直接键入或通过选择框选择，可以更新该部分以选择类别。基因表列出了重叠或前沿基因以及基因符号、名称和到NCBI的链接，可以通过单击标题对其进行排序。...对于ORA，会用Venn图显示输入中的基因和数据库中的基因之间的重叠情况。 对于GSEA，则显示排序分布和表示峰值位置的富集图所取代。
image.png 3.venn做韦恩图 venn(x, snames = "", counts, ilabels = FALSE, ellipse = FALSE, zcolor = "bw", opacity...主要参数： x：输入的list snames ：每个集合的名称 ilabels ：显示交集的标签 ellipse：将形状改为椭圆 zcolor：颜色 opacity ：不透明度 cexil...：字体大小 cexsn ：集合名称标签的字体大小 install.packages("venn") #安装 library(venn) #导入 venn(listInput, zcolor = "style...", cexil = 1, cexsn = 0.8) # zcolor = "style设置默认的颜色风格， cexil = 1把交集区域数值标签字体改大到1，cexsn集合名称标签字体大小 ?...image.png 欢迎关注~ 参考： https://github.com/hms-dbmi/UpSetR https://nachtzug.xyz/2019/01/19/venn-diagram-with-R-venn-package
【学习任务二】掌握 Venn 图的含义，能进行自然语言、图形语言（Venn 图）、符号语 言间的转换，能使 Venn 图表示集合间的关系． 前题回顾： 用合适的方式描述 的解集？...观察上述几个例子，请同学们思考这几个问题: 1.你从哪个角度来分析每组两个集合间的关系? 2.请用集合的语言归纳概括上述三个具体例子的共同特点。...Venn图 在数学中，我们经常用平面上封闭曲线的内部代表集合，这种图称为Venn图.这样，上述集合A与集合B的包含关系，可以用图1.2-1表示....图1.2-1 Venn图用于展示不同的集合之间的关系，也常常被用来帮助推导关于下一节集合运算的一些规律.它最大的优点就是直观，体现了数形结合思想，可以作为同学们学习集合这一章的辅助手段。...在(3)中，由于“两条边相等的三角形”是等腰三角形，因此，集合E，F都是由所有等腰三角形组成的集合.即集合E中任何一个元素都是集合下中的元素，同时，集合F中任何一个元素也都是集合E中的元素.这样，集合E
韦·恩·图 定义：Venn diagram, 又称为文氏图、温氏图、维恩图、范氏图，是在所谓的集合论（或者类的理论）数学分支中，用以表示集合（或类）的一种图。...两个圆/椭圆相交，其相交部分表示两个集合（或类）的公共元素，两个圆/椭圆不相交（相离或相切）则说明这两个集合（或类）没有公共元素。 ?...应用场景举例：计算多个组中差异基因的交集 绘制方法：使用 read.table() 函数读入不同列表的数据，构建列表list，使用R的VennDiagram包绘制不同数量的组之间的韦恩图。...绘图操作：使用科研猫提供的 韦恩图·R代码，只要提供几个参数即可： 由于我们常用的韦恩图可能涉及多个组别，如2组、3组乃至4组、5组，为了更全面地展示作图过程，更好地教会大家，我们在这里把不同组别全部做一遍...出来的图是这样的： ? 相当漂亮啊，有木有？同理，如果需要2组，3组，或者5组的韦恩图，需要设置对应数量的列表文件和列表的名称即可。画出来的图是这样的： ?
DNase: 若干次试验中，DNase浓度和光密度的关系等。 这些是一些内置数据集的简要描述，你可以在R中使用相应的数据集名称来访问和探索这些数据。...热图（Heatmap）： 用于显示基因表达矩阵等数据的模式，颜色表示数值大小，有助于发现基因表达模式。 曲线图（Curve Plot）： 用于显示曲线、函数等的形状，常用于绘制剖面图、曲线拟合等。...基因组浏览图（Genome Browser Plot）： 用于显示基因组上的特征，如基因、外显子、内含子等。 Venn图： 用于显示多个数据集之间的共有和独有元素，例如基因集的重叠。...韦恩图（Venn Diagram）： 用于显示集合之间的重叠和差异。 生物通路图（Pathway Diagram）： 用于显示代谢通路、信号传导通路等生物学过程。...BioMart数据集： "biomaRt" 包允许你从Ensembl数据库中获取基因注释和基因组信息。
韦恩图（venn）又称文氏图，是科研文章中最常见的图，可以用来表示多个数据集之间的关系。当然也可以进行集合运算。一般用于展示2-5个集合之间的交并集关系。...集合数目更多时，将会比较难分辨，更多集合的展示方式一般使用upSetView。绘制韦恩图的工具有很多，这里小编先给没有任何编程基础的人推荐几款比较好用的网络工具。 1....=========华丽的分割线============ 对于掌控性要求比较高的同学，可以试着自己写R代码来绘制韦恩图。 今天我们就来重现下面这篇学术论文里面的韦恩图 ? Fig3为韦恩图 ?...下面我们用R里面的VennDiagram包来重现这个图 我们这里就不用原文作者的数据了，而是随机产生了4个gene list，这四个gene list存放在sets.txt文件中，以制表符隔开 x...这里小编还输出了每一个交集的基因名称 ? 对于超过5个集合的情况，维恩图展示起来其实比较乱，小编比较推荐使用R的UpSetR包来画Upset plot，如下 ?
文章目录 一、前言 二、主要内容 三、总结 一、前言 维恩图（Venn diagram），也叫文氏图或韦恩图，是一种关系型图表，用于显示元素集合之间的重叠区域。...它帮助我们查看集合元素的分布关系，特别适用于图形化描述多个集合之间的交集、并集和差异。维恩图被广泛用于数学、统计学、逻辑、计算机科学和商业分析。它能够表示两组或更多组数据之间的逻辑关系。...因此，维恩图的主要元素包括圆圈、交集、逻辑表达。 每个圆圈代表一个集合，而重叠部分则表示这些集合之间的共同元素。...面积不准确：维恩图中的圆圈面积并不总是准确地表示集合的大小。这是因为我们通常使用圆圈的面积来表示集合元素的数量，但实际上，圆圈的面积可能不是按比例缩放的。...如果你关心的是集合元素的百分比或比例，其他图表（如饼图）更适合。 总之，维恩图在展示集合之间的关系方面非常有用，但在使用时需要考虑其局限性，并根据具体情况选择合适的可视化工具。 ️
Python 集合的优势 由于集合中的元素不能出现多次，这使得集合在很大程度上能够高效地从列表或元组中删除重复值，并执行取并集、交集等常见的的数学操作。...本教程将向你介绍一些关于 Python 集合和集合论的话题： 如何初始化空集和带有数值的集合 如何向集合中添加值或者从集合中删除值 如何高效地使用集合，用于成员检测、从列表中删除重复值等任务。...向集合添加值或删除值 你可以使用「add」方法向集合中添加一个值。 从集合中删除值 有好几种方法可以从集合中删除一个值： 选项 1：你可以使用「remove」方法从集合中删除一个值。...每个韦恩（Venn）图中的红色部分是给定集合运算得到的结果。 Python 集合有一些让你能够执行这些数学运算的方法，还有一些给你等价结果的运算符。...结语 Python 集合是非常实用的，它能够高效地从列表等数据结构中删除重复的值，并且执行常见的数学运算，例如：求并集、交集。
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