简介 使用R Markdown可以将一组相关的数据可视化发布为仪表板。 支持多种组件，包括htmlwidgets; 基本，晶格和网格图形；表格数据 量表和值箱；和文字注释。...灵活且易于指定基于行和列的布局。可以智能地调整组件的大小以填充浏览器并适合在移动设备上显示。 演示图板布局，用于呈现可视化效果序列和相关评论。 使用Shiny动态驱动可视化。...去年师兄用这个包做了一个不错的应用（企业可靠性统计方向的项目）。今天正好需要学习下数据可视化仪表盘的制作。尝试了下，还不错，比Tableau还要优秀。最近出一期入门，有机会可以把自己的例子介绍一下。...下载方式如下： install.packages("flexdashboard") 官网案例分享 今天分享下官网的一些小案例。...主要是截图呈现，当然你可以把他的github克隆到本地，有个文件夹专门放例子的代码，尝试修改代码，应用到自己实际项目中。 2008年NBA运动员得分情况 ? 各种散点图 ? ? 其他例子 ? ? ?
一.效果图 二.页面分析 这里我们只用关注资讯页面就行，资讯页面大概可以分为两个部分： 1.顶部导航栏 顶部导航栏有3个固定的tab，选中的时候字体变大，并且改变颜色，如果直接使用系统的TabBar...控件的话就不能改变字体大小了，所以这里自定义导航栏，可以自己来实现想要的效果。...如果Tab是动态的话可以使用横向的ListView，这里由于只有固定的3个所以直接使用Row嵌套3个Text来实现这个导航栏。...三.码代码 1.构建导航栏 margin:设置距离顶部的间距为状态栏的高度。 height：设置导航栏高度。...PageView通过 currentIndex来关联更新 顶部text和主题页面之间的切换，滑动切换页面的时候，同步更新顶部tab导航栏。
第二套框架便是使用rmarkdown+flexdashboard+可视化组间（各种图形语法以及表格、文本信息等），rmarkdown是基于通用markdwon语法深度扩展的R语言markdown实现，在保留通用标记语法的基础上扩展了相当多的应用场景...（随便叫） flexdashboard的核心布局理念是基于行列的矩阵型布局，即整个文档都是在操纵行列布局，以及侧边栏和tab切换。...flexdashboard支持故事版功能（很好用的功能，与tableau中的故事版如出一辙）。 flexdashboard同时也支持将shiny部件嵌入文档来实现可视化的动态更新。...以上便是flexdashboard的主要功能，由于flexdashboard支持嵌入shiny，所以算上shiny+shinydashboard的更为强大的交互功能，就更无敌了。...当然以上仅仅是flexdashboard的相关核心应用，如果你之前已经有过书写markdown的经验的话，那你得学习负担会小一些，仅需着重记忆flexdashboard的参数配置即可，如果没有，可能需要从新学习一下
简要教程 pushbar.js是一款带模糊效果的js隐藏滑动侧边栏插件。pushbar.js能制作上下左右四个方向的滑动侧边栏效果，并且在侧边栏菜单显示的时候，主页面会带有炫酷的模糊特效。...href="dist/css/pushbar.css" rel="stylesheet"> HTML结构 该js隐藏滑动侧边栏菜单的... Bottom js带模糊效果的隐藏滑动侧边栏插件...var pushbar = new Pushbar({ blur:true, overlay:true, }); 配置参数 该js隐藏滑动侧边栏菜单的可用配置参数如下： blur：是否在打开侧边栏时主页面带模糊效果...overlay：是否在打开侧边栏时主页面带遮罩层。
由于R语言生态系统内容繁复并在不断发展，人们往往容易忽视一些切实有用的知识。这些技巧往往非常简单，但对于完成工作有很大的帮助。 本文将介绍十个能够让R语言编程工作更加轻松的小知识。...3. flexdashboard包 如果想要创建一个能快速启动和高效运行的Shiny仪表盘，可以选择flexdashboard。这个包提供简单的HTML快捷方式，可以简化侧边栏创建和构建行列展示。...还有超级便捷的标题栏，可以把应用程序编译到不同的页面，以及把图标和链接放入Github代码和邮件地址等。...在需要创建一个简单的仪表盘初始版本并将其并入更高级的设计版本时，flexdashboard包十分好用。利用flexdashboard包可以在一个小时内启动和运行仪表盘。 4....R Shiny中的req函数和validate函数 R Shiny常常让人崩溃，特别是在弹出一般性错误提醒而程序员又一头雾水的时候。
仪表盘的布局通常是基于网格搭建的，各个组件排列在各种大小的“盒子”中。 使用 flexdashboard 包，你可以 使用 R Markdown 将一组相关数据可视化作为指示盘进行发布。...注：如果你并没有使用 RStudio进行操作，那么你也可以从 R 控制台创建一个新的 flexdashboard R Markdown 文件，具体操作如下： rmarkdown::draft( "dashboard.Rmd...小编有话说 本节内容主要是对谢大大的R Markdown: The Definitive Guide[5]第五章内容进行翻译和学习得到的内容。...参考资料 [1] flexdashboard: https://cran.r-project.org/web/packages/flexdashboard/index.html [2] R Markdown...[4] flexdashboard的Rstudio官网: https://rmarkdown.rstudio.com/flexdashboard/examples.html [5] R Markdown
在 flexdashboard 中使用 Shiny 可以将一个静态的 R Markdown 报告变成一个交互式文档。...Shiny 仪表盘的一个示例 下图给出了 Shiny 仪表盘的一个示例： --- title: "Old Faithful Eruptions" output: flexdashboard::flex_dashboard...注：文档顶部标记为 global 的 R 代码块在全局环境中都可以被调用。这将为用户带来更好的启动性能，强烈推荐大家使用。...输入栏 通过添加 {.sidebar} 属性设置一个默认布局为左对齐，250像素宽度的左侧边栏。 在搭建多个页面的仪表盘时，如果你想创建一个应用于所有页面的工具条。...这时，你可以使用一级结构来定义侧边栏。
一种是main区域全屏，即边栏消失，页面占据整个浏览器页面，是在弹出框的实现的。 另一种全屏是页面占据整个显示器屏幕，是在后面的导航菜单栏实现的。 本篇文章要讲的是第一种全屏方式的实现。...全屏Fullscreen 根据我们的对全屏（例如浏览器全屏、播放器全屏）的一些使用经验，全屏的功能主要分为两部分：全屏和退出全屏。...隐藏aside、header 去看aside.vue中菜单栏aside是如何隐藏的。...平时我们知道top位置的改变是针对于父元素的，这里位置相当于的是浏览器，所以要设置position: fixed; ，使其变成相对于浏览器的固定定位。...结语 至此，弹出框的设计和功能实现已经全部完成了，在BuildAdmin管理系统页面设计架构，只剩下导航菜单栏这部分还没有写。
public static final Map HEADLINES=new HashMap(); static{ //分别是Excel文档的第一行标题内容...file.exists()){ //这里要注意下，通常我们再把txt转化问Excel，由于编码格式的原因，一定要添加上下面这一行，而且只能添加在开头。
精选部分优秀作业供大家学习: 下面七月份学员的投稿 题目： 题目是生信技能树曾老师出的一道题： ? ?...开始画图： 首先，可以看出这张图是张点图，而x轴、y轴和点的颜色分别对应数据中的tSNE_1、tSNE_2和cluster，所以用映射来实现。...这里可以看出，如果cluster是数值型，那么不转为因子的情况下用来分组就会出现大问题：R会把每一个数值都看成是一个分组，用深浅来代表不同分组。...最后再对图片进行一些微调：点的大小、圆圈实线改虚线、圆圈线的粗细、坐标轴的出戏以及主题等等。...这次练习所get到的几个新的知识点： 画图时按照因子/数值/字符分组产生的区别 ggplot2画点图时可以使用stat_ellipse()画圆圈 坐标系微调的一些细节，更多内容参考https://blog.csdn.net
08-优秀的R使用者，优秀的代码习惯]]，以及包：[[22-R茶话会03-美化代码]] 这一次来看看tidyverse 官方的包：Welcome | The tidyverse style guide[...7-shiny 相关 flexdashboard快速搭建shiny分析网页 flexdashboard 包提供了一个快速搭建shiny分析网页的可能。...例子：Example projects • flexdashboard (rstudio.com)[6] shiny 测试的两个好用函数：req and validate functions The req...比如添加到启动环境里，见面就夸我，怪不好意思的，[[10-R工具指南09-自定义R的启动环境]] 花里胡哨的tag Most people don’t take full advantage of the...(rstudio.com): https://pkgs.rstudio.com/flexdashboard/articles/examples.html [7]In R Shiny, when is
，也不缺各种花里胡哨不按常理出牌的底部导航栏。...的特性，设置底部导航栏作为FAB的参照物方便对齐停靠； FAB位移动画以及导航栏凹陷动态变化：自定义导航栏的形状，根据FAB的凹陷深度来动态绘制导航栏。...： 创建好了带导航栏的Activity后界面默认是这样子的效果： 接下来就是根据需求在小细节上修修补补了，由于只需要显示两个导航item，另外需要在导航栏的中间给大按钮预留个空位，于是在导航栏的menu...导航栏中间大按钮停靠 在之前已经在导航栏上留好了放置大按钮的位置，接下来就是想办法把这个按钮塞进去，并且设置按钮的中心点与导航栏的顶部居中对齐。...方法来更新中间圆心的位置并重绘导航栏的形状。
本文使用最近邻算法进行浸润带的计算。 空间组学中，有的时候需要对免疫浸润带进行特定距离的划分，形成一层一层的浸润区域。...圈选ROI并计算浸润边界 下载的数据使用Xenium explorer打开，然后找到需要进行计算浸润带的位置，并根据方向将相应的全部选中。...如下图所示，假设中间的位置是需要进行浸润带计算的位置，而需要计算浸润带的方向是向下，则在Xenium explorer中选择套索工具仔细的圈画浸润边界，并将浸润带计算方向上的所有细胞选中。...500um浸润带就是500-750um浸润带，以此类推： # 当前浸润带减去上一层的浸润带 coords_tumor_infiltration_ls2 <- list() for(i in rev...： 全图展示的浸润带：
下面给出一个简单的例子： --- title: "Get Started" output: flexdashboard::flex_dashboard --- ```{r setup, include...注：在这个例子中，我们没有在代码块中加入任何 R 代码，所以所有的框都是空的。当然在实际使用中，你可以编写任意的 R 代码来生成 R 图、HTML 小部件并将其加入到这些“盒子”中。 ?...1.基于行的布局 通过修改 orientation 选项将默认以列导向的布局改为以行导向的布局，例如： output: flexdashboard::flex_dashboard: orientation...下面给出一个简单的例子： --- title: "Multiple Pages" output: flexdashboard::flex_dashboard --- Visualizations {data-icon...下面给出一个简单的例子： --- title: "Storyboard Commentary" output: flexdashboard::flex_dashboard: storyboard
如何做出一张完美的热图，是居家旅行（科研写作），拜访亲朋好友（征服editor和reviewer的心）必备技能。本次教程，我们将为大家详细讲述如何使用R语言绘制高大上的热图。 ?...什么是热图，比如上图是来源于两篇CNS级别文章中截取下来的主图，一眼看去，一张合格的热图主要由四大部分组成，一个是像浴室瓷砖一样的小色块铺成的色板，也可以称作热图本身，是热图必不可少的部分，一个是色板上面的聚类树...热图的本质是表现数值矩阵，色板中的每个方格都是一个数值，按照色彩变化尺的要求，根据数值大小显示出不同颜色。...本次教程介绍pheatmap这个R包，此包功能强大，制作热图方便给力。 1. pheatmap包安装及加载 我们先在R上安装pheatmap这个包，首先打开Rstudio。 ? 2....使用color颜色更改颜色变化尺之后的热图会更好看啦。我们可以参考文章中的绘图颜色，这样会让我们的热图更富有视觉效果。 ?
这里大部分和推文R-ggplot2 学术散点图绘制 中的绘图技巧一样，下面我直接给出代码,如下： #绘图 + 颜色 library(tidyverse) library(RColorBrewer) library...", title = "The scatter chart of Train data and Tset data", subtitle = "scatter R-ggplot2...element_line(size = .8), #去除图例标题 #legend.title = element_blank(), #设置刻度label的边距...最终，得到的可视化结果如下： ? 这里提一下，由于绘制的数据较少，可能导致绘制的结果不太美观，当然，在数据足够多的情况下，你也可以绘制出如下的相关性散点图： ?...（图中colorbar的位置、字体都是可以自由设置的啊） 总结 使用R-ggplot2绘制学术图表确实可以避免Python-matplotlib需要自定义设置问题，提高绘图效率。
参考：25 制作幻灯片 | R语言教程 (pku.edu.cn)[2]就已经介绍了很多格式了。...[13] - PDF presentation with LaTeX Beamer powerpoint_presentation[14]: PowerPoint presentation More flexdashboard...不过，对于内容的输出图片来说，其结果会保存在一个文件夹中： 这时候有两个选择： 将图片上传到图床，并不在Rmd 中输出图片，这也是我一直使用的方法； 利用Mweb 的发布服务，将本地图床一键全部上传到云端...[14]powerpoint_presentation: https://bookdown.org/yihui/rmarkdown/powerpoint-presentation.html [15]flexdashboard...::flex_dashboard: https://rmarkdown.rstudio.com/flexdashboard/ [16]tufte::tufte_handout: https://bookdown.org
引言 昨天有小伙伴在讨论群里提问"有没有关于绘制带比例尺和指北针的地图可视化教程"，我也进行了答复，没想到关注的人比较多，那就安排推文教程(最近在系统整理资料，所以这篇也是计划外的 ? )。...关注本公众号，后台回复"地图数据" 即可获取本推文所使用的数据。 02. tmap 简介 说起绘制空间数据相关的可视化作品，R语言还是比Python 要方便的多的 ? ? 。...值得注意的是，tmap 拥有类似于ggplot2 “图层” 语法绘图原理，熟悉ggplot2绘图的小伙伴肯定会快速上手的 ? ? 。...当然其也拥有较多的绘图函数，可是高度定制化自己的所需要的空间可视化作品。接下来，我们用一个具体例子对tmap 主要绘图函数进行说明。 03....（注：由于转换投影出错,也就没绘制其他投影下的效果。以前还是可以的
引言 昨天有小伙伴在讨论群里提问"有没有关于绘制带比例尺和指北针的地图可视化教程"，我也进行了答复，没想到关注的人比较多，那就安排推文教程(最近在系统整理资料，所以这篇也是计划外的 ? )。...关注本公众号，后台回复"地图数据" 即可获取本推文所使用的数据。 02. tmap 简介 说起绘制空间数据相关的可视化作品，R语言还是比Python 要方便的多的 ? ? 。...值得注意的是，tmap 拥有类似于ggplot2 “图层” 语法绘图原理，熟悉ggplot2绘图的小伙伴肯定会快速上手的 ? ? 。...当然其也拥有较多的绘图函数，可是高度定制化自己的所需要的空间可视化作品。接下来，我们用一个具体例子对tmap 主要绘图函数进行说明。 03....总结 本期推文介绍了大家比较关心的绘制空间数据 指北针 和 比例尺的添加方法。而基于ggplot2 以及拓展包 ggspatial 也是可以绘制的，由于不是很熟悉空间数据的处理，介绍难免不足。
暑假到了，在这个火热的夏日，还有比一张美丽的文章主图更能让我们充满激情和力量吗？在这组学撑起生物信息学半边天的时代，火山图，在转录组、蛋白组、代谢组等多种组学数据中，都占有举足轻重的地位。...正如名称所描述，火山图的图形非常像火山喷发的形状。火山图通常用来展示差异表达的基因，常常出现在芯片、转录组、蛋白组、代谢组等组学检测技术的结果中，并且通常伴随热图一起出现。 ?...我们的数据使用的是RNAseq表达谱计算出来的差异基因，差异基因的计算方法为limma。在RNAseq分析中，使用较多的计算差异基因的软件为DESeq2和limma。...在包安装完成之后，我们将它们加载到R环境中。接下来就是读取我们差异基因的文件了。差异基因文件我们存储在DEGdata.txt文件中。 ? 在R中查看文件前6行。 ?...这个版本的火山图是不是比之前好看很多呢~ 当然，对于小飞老师的超高绘图水平，这张图还远远达不到发表的标准，所以我们需要在上面做更多的修饰。
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