首页
学习
活动
专区
工具
TVP
发布
精选内容/技术社群/优惠产品,尽在小程序
立即前往

生信技巧 | GNU 并行操作

如果数据可以分成块并单独处理,那么问题就被认为是可并行化的。...数据并行情况 当文件的每一行都可以单独处理时 基因组的每条染色体都可以单独处理 组件的每个脚手架都可以单独处理 处理并行 压缩或解压缩 10 到 100 个文件 计算大文件中的行数 将许多样本的原始测序数据文件与基因组进行比对...不能并行的情况 基因组组装并不是简单的可并行化,因为第一步需要将每个读数与其他读数进行对齐,以便找到哪些读数相似并且应该连接(组装)。...GNU 并行 我们用来并行化生物信息学问题的程序是 GNU 并行。它是“一种使用一个或多个计算节点并行执行作业的 shell 工具”。GNU 并行可帮助您运行原本要按顺序一项一项或循环运行的作业。...该函数的使用方法是: 并行命令 -j10 用于处理的作业或 cpu 数量。这里我们使用 10 个 cpu。

19210
您找到你想要的搜索结果了吗?
是的
没有找到

具有依赖关系的并行操作执行

一、问题分析 我们知道,较之串行化的操作并行计算将多个任务同时执行,从而充分利用了资源,提高了应用的整体性能。对于多个互不相干的操作,我们可以直接按照异步的方式执行就可以。...二、采用并行操作执行器 使用我所提供的这样一个并行操作执行器(ParallelExecutor),可以帮我们解决这个问题。...首先对操作本身进行抽象,用以下三个属性来描述一个并行计算场景中的操作: Operation ID: 操作的唯一标识,字符类型 Action:操作具体执行的功能,使用Action代理表示 Depedencies...:依赖操作列表 在使用ParallelExecutor对操作进行并行执行之前,我们需要通过ParallelExecutor的两个AddOperation方法添加需要执行的操作。...添加操作实现在两个重载的AddOperation方法中,逻辑并不复杂。当执行Execute方法对所有的操作进行并行执行的时候,需要调用Initialize方法对每个操作进行初始化。

2.6K90

JAVA并行-1.Java线程操作

1.进程和线程 进程(Process)是计算机中的程序关于某数据集合上的一次运行活动,是系统进行资源分配和调度的基本单位,是操作系统的基础。 面向进程的程序设计中,进程是程序的基本执行实体。...2.Java中的线程操作 2.1新建线程 2.1.2Thread线程类 关键字new创建一个线程对象,然后调用对象的start()方法: Thread t1 = new Thread(); t1.start...Thread.yield(); } } } 2.3 中断线程 中断线程并不会使线程立即退出,而是给线程发送通知,线程接到通知后的操作由线程执行决定...Thread.sleep()函数 在循环体中,出现了sleep()或者wait()等操作,需要通过中断来识别。wait()在下一小节介绍,这里介绍sleep()方法。...t1.start(); t2.start(); } } 2.5 挂起(suspend)和继续执行(resume)线程 被挂起(suspend)的线程,需要等到resume()操作后才能继续执行

44930

具有依赖关系的并行操作执行

一、问题分析 我们知道,较之串行化的操作并行计算将多个任务同时执行,从而充分利用了资源,提高了应用的整体性能。对于多个互不相干的操作,我们可以直接按照异步的方式执行就可以。...二、采用并行操作执行器 使用我所提供的这样一个并行操作执行器(ParallelExecutor),可以帮我们解决这个问题。...首先对操作本身进行抽象,用以下三个属性来描述一个并行计算场景中的操作:  Operation ID: 操作的唯一标识,字符类型  Action:操作具体执行的功能,使用Action代理表示  Depedencies...:依赖操作列表 在使用ParallelExecutor对操作进行并行执行之前,我们需要通过ParallelExecutor的两个AddOperation方法添加需要执行的操作。...添加操作实现在两个重载的AddOperation方法中,逻辑并不复杂。当执行Execute方法对所有的操作进行并行执行的时候,需要调用Initialize方法对每个操作进行初始化。

5.9K20

操作系统丶并发并行和线程

一丶操作系统   1.什么是操作系统: 操作系统是管理和控制计算机硬件与软件资源的计算机程序,是直接运行在"裸机"上的最基本的系统软件,任何其他软件都必须在操作系统的支持下才能运行.   2.硬件:硬件是由许多不同功能的模块化的部件组合而成的...,并在软件的配合下完成输入丶处理丶存储丶和输出等四个操作步骤.另外还可根据它们的不同功能分为5类.     1.输出设备(显示器丶打印机丶音响等)     2.输入设备(鼠标丶键盘丶摄像头等)     ...二丶并发和并行   并行:并行是指两者同时执,比如有两条车道,在某一个时间点,两条车道都有车在跑:(资源够用,比如三个线程,四核的CPU) 并发:并发是指资源有限的情况下,两者交替轮流使用资源,比如只有一条车道...并发和并行的区别:     并行是从微观上,也就是在一个精确时间片刻,有不同的程序在执行,这就是要求必须有多个处理器     并发是从宏观上,在一个时间段上可以看出是同时执行的,比如一个服务器处理多个请求...早起单核CPU时候,对于进程也是微观上串行(站在CPU的角度),宏观上并行(站在人的角度看就是同时有很多程序在执行)   同步:所谓同步就是一个任务的完成需要依赖另一个任务时,只有等待被依赖的任务完成后

33520

操作系统中并发和并行的区别在于_线程是并行还是并发

计算机在运行过程中,有很多指令会设计i/o操作,而i/o操作又是相当耗时间的,速度远远低于CPU,这导致CPU经常处于空闲状态,只能等待i/o操作完成后才能继续执行后面的指令。...操作完成以后,或者新的任务遇到i/o操作时,CPU在回到原来的任务继续执行。...操作系统负责将有限的CPU资源分配给不同的任务,但是不同操作系统的分配方式不太一样,常见的有: · 当检测到正在执行的任务进行i/o操作时,就将CPU资源分配给其他任务 · 将CPU时间平均分配给各个任务...2、并行 并发是针对单核CPU提出的,而并行是针对多核CPU提出的(多核CPU内部集成了多个计算核心,每个核心相当于一个简单的CPU)。...:所有核心都要并行工作且每个核心还要并发工作。

49930

聊聊并行并行编程

并行编程主要聚焦于性能,生产率和通用性上。 所谓性能,更像是可扩展性以及效率。不再聚焦于单个CPU的性能,而是在于平均下来CPU的性能。...并行和并发有着小小的区别:并行意味着问题的每个分区有着完全独立的处理,而不会与其他分区进行通信。并发可能是指所有的一切事务, 这可能需要紧密的,以锁的形式或其他的互相通信的方式形成的相互依赖。...因为并行编程的相对较难,导致工程师的生产率不会太高,会聚焦于更精密的细节,花费大量的时间。...并行任务变得复杂不仅仅在于之上的原因,更因为: 1.对代码,对任务的分割,这会导致错误处理以及事件处理更为复杂。如果并行程序之间会牵扯到交互,通信的时间成本,共享资源的分配和更新更为复杂。...2.并行访问控制,单线程的应用程序可以对本实例中的所有资源具有访问权,例如内存中的数据结构,文件之类的。

1K10

数据并行和任务并行

OpenCL并行加减乘除示例——数据并行与任务并行 版权声明:本文为博主原创文章,未经博主允许不得转载。...https://blog.csdn.net/zhouxuanyuye/article/details/79949409 OpenCL并行加减乘除示例——数据并行与任务并行 关键词:OpenCL; data...parallel; task parallel 数据并行化计算与任务并行化分解可以加快程序的运行速度。...这种办法对不同的数据使用相同的核函数,称为数据并行。 ? 图3....(task parallel) 另外还有一种就是任务并行化,可以使所有功能函数内部的语句并行执行,即任务并行化,如本文中的功能函数可以分解为“加减乘除”这四个任务,可以产生“加减乘除”四个核函数,让四个函数同时执行

1.7K30

操作系统中的程序进程、并发并行

进程也可以说是一个任务, 是一种操作系统中非常重要的软件资源, 把一个可执行程序跑起来,系统中就会产生一个相对应的进程,如果这个程序结束了,那么相对应的进程也会被系统随之销毁, 因此,进程也可以被看作是可执行程序的...太长时间导致的其他程序无法执行 6.上下文:保存量上次进程在CPU上执行的进度,以便下次进程上CPU的时候能继续执行 以上的3~6点都是为了实现 进程调度 一般情况都会出现 进程数量多,CPU数量少 并发和并行...我们电脑中同一时间会运行多个进程,这是通过快速频繁的切换CPU来达到每个线程一起工作, 这样从宏观上看多个线程是同时进行的----------> 并发 从微观上看和从宏观上啃都是同时进行的-------> 并行...但在具体应用中,并发和并行的区分不大 状态 进程中的状态还是比较重要的,这里详细介绍一下 一个进程的状态有一下几种: R: 就绪状态。...进程在长时间忙于IO操作,没尽力理会CPU X:进程已经被销毁了 阻塞状态。进程不具备运行条件,正在等待某个事件的完成。 …

22710

TPU中的指令并行和数据并行

高性能的多来自于并行,因此本文分别讨论了指令并行和数据并行的设计方法。...MatrixMultiply/Convolve 执行卷积或矩阵乘法操作....Activate 执行人工神经网络中的非线性操作和Pooling操作(如有) Write_Host_Memory 将结果从Unified Buffer写回CPU内存....为了获得更高的性能,可以采用一系列的常规方法进行设计,包括 指令并行,即一次性处理更多指令,让所有执行单元高效运行 数据并行,即一次性处理多组数据,提高性能 后文会针对这两点做进一步描述,并简单讨论...MISD,多指令流单数据流,暂无商业实现 MIMD,多指令流多数据流,每个处理器用各种的指令对各自的数据进行操作,可以用在任务级并行上,也可用于数据级并行,比SIMD更灵活 由于TPU应用在规则的矩阵

1.8K20

C#并行与多线程——Parallel并行

这个命名空间提供了一系列的操作类来供我们对线程进行控制。 并行Parallel 在Parallel下面有三个常用的方法invoke,For和ForEach。...很直观的看出,使用Parallel.Invoke()之后,Run1和Run2是并行执行的,一共用时3s(3000ms左右),而直接运行Run1和Run2则耗时5s。...Parallel.For实际上是并行执行了循环,因为内部只是一个单纯的累加,因此效率差异明显,但是并非所有的场景都适合使用并行循环。 修改一下上面的方法。...."); } 改为操作一个全局变量的累加,这个时候由于并行请求,需要等待调用内存中的全局变量num,效率反而降低。...同样的,由于并行处理的原因,For的结果并不是按照原有顺序进行的: public void ParallelForCW() { Parallel.For(0, 100, i => { Console.Write

4.2K20

并发与并行

点击上方“晏霖”,选择“置顶或者星标” 曾经有人关注了我 后来他有了女朋友 2.2.1认识并发与并行 我们理解了什么是线程,以及线程与进程对关系,那么我们现在可以简单理解为,并发就是在同一时刻多个线程操作同一物理...百度百科中,并发是指在操作系统中,是指一个时间段中有几个程序都处于已启动运行到运行完毕之间,且这几个程序都是在同一个处理机上运行,但任一个时刻点上只有一个程序在处理机上运行。...并行是指多个处理器或者是多核的处理器同时处理多个不同的任务。在开发中也是无时无刻用到并行操作,例如处理集合我们可以使用parallelStream()并行流处理方法,他是线程不安全,用的时候要注意。...区别三:当有多个线程在操作时,如果系统只有一个CPU,则它根本不可能真正同时进行一个以上的线程,它只能把CPU运行时间划分成若干个时间段,再将时间段分配给各个线程执行,在一个时间段的线程代码运行时,其它线程处于挂起状态...当系统有一个以上CPU时,则线程的操作有可能非并发。当一个CPU执行一个线程时,另一个CPU可以执行另一个线程,两个线程互不抢占CPU资源,可以同时进行,这种方式我们称之为并行(Parallel)。

92210

FunDA(11)- 数据库操作并行运算:Parallel data processing

FunDA最重要的设计目标之一就是能够实现数据库操作并行运算。我们先重温一下fs2是如何实现并行运算的。...如果我们需要对两个以上数据流进行并行处理的话,fs2提供了join(mergeN)函数: def join[F[_],O](maxOpen: Int)(outer: Stream[F,Stream[F,...品名:Believe 演唱:Justin Bieber 年份:2016 发行:Columbia Records Process finished with exit code 0 FunDA的另一个并行运算需求是并行对一长串数据元素进行一个函数的施用...(s1.toPar(updateYear))(3) s1是并行构建的数据源,s2是对数据源产生的元素进行并行的函数updateYear施用。...我们同样可以把产生的ActionRow用并行的方法来运算: val runner = FDAActionRunner(slick.driver.H2Driver) //并行运算函数 def

95480

Flink并行

并行执行 本节介绍如何在Flink中配置程序的并行执行。FLink程序由多个任务(转换/操作符、数据源和sinks)组成。任务被分成多个并行实例来执行,每个并行实例处理任务的输入数据的子集。...任务的并行实例的数量称之为并行性。 如果要使用保存点,还应该考虑设置最大并行性(或最大并行性)。当从保存点还原时,可以改变特定运算符或整个程序的并行性,并且该设置指定并行性的上限。...Flink中人物的并行度可以从多个不同层面设置: 1, 操作算子层面 2, 执行环境层面‘ 3, 客户端层面 4, 系统层面 5,设置slots 操作算子层 操作算子,数据源,数据接收器等这些并行度都可以通过调用他们的...执行环境为其要执行的操作算子,数据源,数据sinks都是设置了默认的并行度。执行环境的并行度可以通过操作算子显示指定并行度来覆盖掉。...例如,操作算子,数据源,数据接收器,并行度都设置为3,那么在执行环境层面,设置方式如下: val env = StreamExecutionEnvironment.getExecutionEnvironment

2.4K10
领券