强制snakemake在不使用--use-conda的规则中运行Python2是通过在Snakemake规则中指定所需的Python版本来实现的。可以通过在规则的shell命令中使用特定的Python解释器路径来实现。
以下是一个示例规则,展示了如何强制snakemake在不使用--use-conda的情况下运行Python2:
rule my_rule:
input:
"input.txt"
output:
"output.txt"
shell:
"/path/to/python2 /path/to/script.py {input} > {output}"
在上述示例中,/path/to/python2
是Python2解释器的路径,/path/to/script.py
是要运行的Python脚本的路径。通过在shell命令中使用这些路径,可以确保Snakemake在不使用--use-conda的情况下使用Python2来运行规则。
请注意,这只是一个示例,实际的路径和脚本名称可能会有所不同。您需要根据您的实际情况进行相应的更改。
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