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(DESeq2) Why are some p values set to NA?

# 去除差异分析结果中包含NA值的行 DEG_DESeq2 = na.omit(DEG_DESeq2_raw) # 为什么会出现NA？...Cook距离是衡量单个样本对基因拟合系数影响程度的指标，而较大的Cook距离则表示存在异常值。Cook距离的矩阵存储在 assays(dds)[["cooks"]]中。...对于异常值替换，在 DESeq中保留原始计数，并将替换计数保存为矩阵，命名为 assays(dds)中的 replaceCounts。...当一个样本的Cooks距离超过F(p,m-p)分布的0.99分位数时，DESeq2会将其标记为异常值。...---- 小结 在本文中，我们介绍了三种DESeq2结果输出NA的情况： 如果在一行中，所有样本的计数都为零，则基础平均值（baseMean）列将为零，log2 FC、p值和调整后的p值都将被设置为NA

3.1K30

Day 5_R数据结构-CG

数据类型 向量(Vector) 矩阵(Matrix) 数组(Array) 数据框(Data frame) 列表(List) 1. 向量Vector 首先了解元素的含义。...x中存在于c(1,8,11,23)的元素。...a > a#读取变量a X1 X2 1 A 1 2 B NA 3 C NA 4 D 3 5 E NA > 注意导出文件和读取文件时参数的使用 3.5 变量的保存和重新加载 > save.image...test.RData")#再次使用RData中的变量时重新加载命令 3.6 提取元素 提取元素练习过程和代码如下： > a#变量a展示 X1 X2 1 A 1 2 B NA 3 C NA...练习中出现了相似问题，如下图： 解决方法： 确认是否保存变量名称是否在当前环境存在；我认为这种情况大多出现在变量名拼写错误，更正正确变量名即可。 内容参考微信公众号 生信星球，自己实践总结。

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    【生信技能树培训笔记】R语言基础（20230112更新）

    运行出结果、没反应、出现warning、其他提示信息，出现新一行的命令提示符>目前一切顺利4. 出现问题必须回答。5. 出现+代码不完整。补齐代码，或按ESC键退出。...NULL:为空，表示没有这个值（不存在）。可以用函数class()来判断数据的类型。Tips：打出前几个字母即出现提示，用上下键翻动，Tab键自动补全（一）逻辑型数据比较运算比较运算的结果是逻辑值。...后文的半连接[1] 1> setdiff(y,x) #取差集，y中有而x中没有的元素，即并集中去掉x[1] 2 6重点：%in%x %in% y #x的每个元素在y中是否存在> x;y[1] 1 3...> # 6.向量g中有多少个元素在向量s中存在(要求用函数计算出具体个数)？...默认all=FALSE，表示只取共同列或行中相同值的内容进行合并，当指定all=TRUE时，取两个数据框中指定行列的并集进行合并，任一表中的缺失值，则用NA填充。

    4.1K51

    一文讲清楚动物模型中的母体效应

    母体环境效应（Maternal permanent environmental effect），也称为母体永久环境效应，在分析时作为随机因子，但是不考虑亲缘关系矩阵。 2....，可以看出加性和母体存在协方差，而且加性和母体都要考虑A矩阵。...这里的母体环境效应，不考虑亲缘关系矩阵，将其作为随机因子即可。...GBLUP或者SSGBLUP（一步法）的好处是，传统动物模型能用的模型，基因组选择都可以使用。一些性状在分析时，需要考虑重复力模型，母体遗传，母体环境等模型，分析结果会更准确。 6....还有同学告诉我， 我之前的培训教程中，计算的母体效应，其实是母体环境效应（仅仅将母体作为随机因子，没有考虑系谱亲缘关系矩阵），我说我知道了，回头我写篇博客解释汇总一下。

    1.5K30

    R语言实战.3

    ❏ 将一个值赋给某个向量、矩阵、数组或列表中一个不存在的元素时，R将自动扩展这个数据结构以容纳新值。...x ＜- x[1:3]会重新将其缩减回三个元素。 ❏ R中没有标量。标量以单元素向量的形式出现。 ❏ R中的下标不从0开始，而从1开始。在上述向量中，x[1]的值为8。 ❏ 变量无法被声明。...它们在首次被赋值时生成。...具体步骤如下： (1) 创建一个空数据框（或矩阵），其中变量名和变量的模式需与理想中的最终数据集一致； (2) 针对这个数据对象调用文本编辑器，输入你的数据，并将结果保存回此数据对象中。...如果你不将其赋值到一个目标，你的所有修改将会全部丢失！ 在Windows上调用函数edit()的结果如图我已经自主添加了一些数据。单击列的标题，你就可以用编辑器修改变量名和变量类型（数值型、字符型）。

    1.3K10

    阿榜的生信笔记10—R语言综合运用2

    让我们一起加油，一起学习进步鸭一、apply()隐式循环apply() 函数是一种隐式循环函数，可以在矩阵、数组、数据框等对象上进行操作。...如果y中没有匹配的行，则将其相应列填充为 NA 。right_join(x, y) : 返回以y为基础的所有行，并将x中的匹配行合并到y中。如果x中没有匹配的行，则将其相应列填充为 NA 。...full_join(x, y) : 返回x和y的并集，并将两个数据集中的匹配行合并到一起。如果有匹配的行，则返回匹配行的交集。如果没有匹配的行，则将其相应列填充为 NA 。...解决方法是在代码中添加 library(x) 加载需要的包，或者使用 require(x) 加载包。"...解决方法是检查数据集中是否缺少需要的列或者是否存在 NA 值。"

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    R包reshape2 |轻松实现长、宽数据表格转换

    这两个命名十分形象，方便记忆，你可以想象成你在处理金属。当你熔化金属成液体滴下时，金属会被拉长（long-format）。如果你把金属它铸成一个模子，它就会变宽（wide-format）。...，所以就会出现第三列记录日期。...但是有的时候我们想知道每月里面每一天空气指标臭氧、太阳、风和温度的值，这个时候我们可以设置id.vars=c("")来去除指定的列，只将其他数据做变形。...7 31 31 31 31 ## 4 8 31 31 31 31 ## 5 9 30 30 30 30 当我们在...当我们转换数据并且每个单元格有多个值时，还需要使用fun.aggregate=告知dcast以什么方式重新组合数据，是平均值（mean）、中位数（median）还是总和（sum）。

    12K12

    2021第二期_数据挖掘班_微信群答疑笔记

    只是为了美观 老师我在安装R包的时候现实在非零状态，我自己上网百度了解决方案，试了试还是不行 看看二进制版本 这是我们自己测序的数据，公司发来的结果，他注释到GO通路之后出现很多P值等于0的，这种应该怎么理解呢...不行 如何检查数据框中的NA，只能肉眼去看吗？ 函数，is.na，加table来检查 我的R是3.6版本的 经常装包出现上面这种情况 用conda装包会简捷一些么？...我想问一下，在lasso回归的时候，meta的数据中，有一个病人的event是na，这样的话做出来会报错，但是又要求expset和meta的病人一一对应，又不能去除那个na，这咋整呢？...试一下有无NA 终于解决了[捂脸]一时脑塞没想到NA去 ?...，不太可能会是随机变化 没有道理 找一找是有命名的规则的 老师，还是TCGA的laosso回归问题，我的病人1104个，有一个病人的event 是NA,在model的时候出现了图上的报错。

    1K30

    R语言多元动态条件相关DCC-MVGARCH、常相关CCC-MVGARCH模型进行多变量波动率预测

    鉴于你知道各个序列的方差 ，相关和协方差之间的联系是直接的。  所以当我第一次研究这个问题时，我不明白为什么我们不单独建立所有非对角线的模型，例如使用样本成对相关的滚动窗口呢？...由于不存在非负定的协方差矩阵，那么我们就有可能得到一个无效的协方差矩阵。 从业人员由于摆脱了繁琐的学术判断过程，可能会摆脱这个理论上的失误。然而，还有其他问题，在本质上是计算上的问题。...一个非负的无限矩阵可以有零或负的行列式。在许多贝叶斯的应用中，我们希望使用精确矩阵而不是协方差矩阵。...对于这些模型，即使人们成功地进行了估计，就实践者而言，估计的复杂性给结果带来了很大问题。 CCC 和DCC 恩格尔（2002）在其开创性的论文中提出了下一个重要的步骤，随后文献中出现了一个高潮。"...当我们假设一个恒定的相关矩阵（CCC），也就是说 ，我们可以自然地使用样本相关矩阵。我们可以假设该矩阵 是时变的，并使用滚动窗口或指数衰减权重或其他方式来估计它。

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    【论文笔记】《A LocalGlobal Approach to Mesh Parameterization》的思路

    Global操作中, 固定局部变换L, 找到最适合目前局部变换的全局变换矩阵J 迭代(2,3)多次直到结果稳定 ?...然后显然当我们固定L时代入函数可以求解出对应的, 这就是Jacobian矩阵. Jacobian矩阵 雅可比矩阵Jacobian, 在几何处理中属于比较常用的工具....而上面的SVD分解组合L正好有个很方便的特性, 当Jacobian矩阵的奇异值满足下面条件时, L会反映出特殊的性质: 两个奇异值都为1, L是旋转(全等)变换矩阵 两个奇异值相等, L是相似(保角)变换矩阵...目标函数的矩阵形式 一开始的那个目标函数显然求解起来很不直观, 按照文章中的推导, 我们可以先将其写为半边形式 通过令函数梯度为0求出极值点, 可以得到下面的形式....混合模型 文章中段简单介绍了的ASAP方法和文章重点的ARAP方法可以通过下面的式子结合起来, 这样我们可以通过控制比值来决定参数化结果是更接近相似变换还是全等变换(全等变换在无法满足的情况下会接近保面变换

    2.2K40

    从数量遗传学角度介绍为何结婚要拿彩礼钱

    ） 个体永久环境效应，母体遗传效应，母体永久环境效应，在构建模型时，要知其然而不知其所以然，不然一瓶子不满半瓶子咣当的状态显然不是一个段子说得好的数据分析师应该具备的素养。...母体环境效应（Maternal permanent environmental effect），也称为母体永久环境效应，在分析时作为随机因子，但是不考虑亲缘关系矩阵。 2....，可以看出加性和母体存在协方差，而且加性和母体都要考虑A矩阵。...这里的母体环境效应，不考虑亲缘关系矩阵，将其作为随机因子即可。...一些性状在分析时，需要考虑重复力模型，母体遗传，母体环境等模型，分析结果会更准确。 8. 上面的方差组分和母体遗传大小有什么关系？

    38020

    2万个基因少一半也不影响最后的差异分析富集结果啊？

    然后吭哧吭哧在完成了几十个数据集后（已经被批评了速度太慢，距离任务下来过的时间比较久，后面还是得踏实下来好好干！），老板喊我去对结果。...但是这个数据的matrix表达矩阵存在很多NA值，处理完后基因水平的表达矩阵只剩下14080个基因 问题2：CEL文件处理的表达与matrix表达矩阵的样本相关性分析 会有什么变化吗？...处理matrix矩阵时的插曲：这么多NA值吗？...# 查看dat这个矩阵的1至4行和1至4列，逗号前为行，逗号后为列 range(dat) dat na.omit(dat) range(dat) 可以看到很多NA行： 我第一次遇到这种矩阵，非常经典的平台...，为什么有这么多NA行探针，处理完后基因只剩下： dim(dat) [1] 14080 10 而前面的cel处理得到的矩阵有： dim(dat) [1] 21655 10 老板再一次展现了他深不见底的知识储备

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    RNA-seq 详细教程：Wald test（10）

    结果现在我们已经创建了对比，我们可以将其用作 results() 函数的输入。...当我们谈论基因级过滤时，我们将更详细地描述这一点。返回给我们的结果是一个 DESeqResults 对象，它是 DataFrame 的一个简单子类。...在许多方面，它可以像数据框一样对待（即在访问/子集数据时），但是重要的是要认识到下游步骤（如可视化）存在差异。...当我们浏览它时，您会注意到对于选定的基因，pvalue和 padj 列中有 NA 值。这是什么意思？图片缺失值表示已作为 DESeq() 函数的一部分进行过滤的基因。...在进行差异表达分析之前，忽略那些很少或根本没有机会被检测为差异表达的基因是有益的。这将增加检测差异表达基因的能力。 DESeq2不会从原始计数矩阵中删除任何基因，因此所有基因都将出现在您的结果表中。

    1.3K40

    RNA-seq 详细教程：Wald test（10）

    结果 现在我们已经创建了对比，我们可以将其用作 results() 函数的输入。...当我们谈论基因级过滤时，我们将更详细地描述这一点。 ” 返回给我们的结果是一个 DESeqResults 对象，它是 DataFrame 的一个简单子类。...在许多方面，它可以像数据框一样对待（即在访问/子集数据时），但是重要的是要认识到下游步骤（如可视化）存在差异。...当我们浏览它时，您会注意到对于选定的基因，pvalue 和 padj 列中有 NA 值。这是什么意思？ results table 缺失值表示已作为 DESeq() 函数的一部分进行过滤的基因。...在进行差异表达分析之前，忽略那些很少或根本没有机会被检测为差异表达的基因是有益的。这将增加检测差异表达基因的能力。 DESeq2不会从原始计数矩阵中删除任何基因，因此所有基因都将出现在您的结果表中。

    90520

    N2 | 一年多点数据如何计算BLUP值

    话说，「工欲善其事，必先利其器」，我搞定了Typora写markdown设置免费图库之后（良心教程 | 如何在Typora中设置免费的图床），这写作体验，杠杠的。...对于不考虑系谱关系的个体，将其作为随机因子，计算BLUP值，将其作为排序的依据，当数据出现缺失或者不平衡试验时，BLUP更靠谱。...一年多点数据探索性分析 数据来源于我编写的R包：learnasreml中的MET数据，回头我写篇博客介绍一下这个R包，learnasreml包的安装方法： if (!...注意，这里的Rep不是独立的，而是镶嵌在Location中的。...地点异质的矩阵结构： 在地点异质的模型中，每个地点都会估计出一个方差组分，代码如下： library(asreml) m3 = asreml(Yield ~ Location/Rep, random

    2.2K10

    环境遗传相关 | 育种中的基因与环境互作

    基因型与环境互作的几种模式 模式一：一个基因型在两个环境下都优于另一个基因型，差异相等，两条线平行，说明不存在基因型与环境互作 模式二：一个基因型在两个环境下都优于另一个基因型，基因型间的差异在两个环...在这种模式下，基型之间的差异因环境而变，也就是说存在基因型和环境间的互作 模式三：是交叉互作，基因型间差异的绝对值在两个环境下是相等的，这时的基因型效应为 0，只存在环境效应和互作效应 模式四：是交叉互作...「常用的数据格式：」 利用系谱构成的A矩阵，用多性状动物模型计算，比如半同胞的个体在不同的环境中，亲代子代的个体在不同的环境中 利用全基因组SNP信息构建G矩阵（或者H矩阵），利用多性状GBLUP，计算环境的遗传相关...非常大的坑 因为我的数据是模拟的数据，两个场的相关系数几乎为1，用us矩阵时，发现相关系数为0，反复测试一直失败，后来我用asreml中的corgh函数，试了一下，果然成功了。...corgh函数，输出的直接是遗传相关及其标准误，原来我以为它和变换后的us矩阵等价，看起来我还是太年轻了。

    1.1K30

    一文学会网络分析——Co-occurrence网络图在R中的实现

    作者：陈亮 单位：中科院微生物所 编者按：上个月菌群月坛，在军科院听取王军组陈亮博士分享网络分析的经验，不仅使我对网络的背景知识有了更全面的认识，更使我手上一个关于菌根的课题有极大的启示。...第一种数据格式是普通矩阵，矩阵中数字代表行列所代表的物种间存在联系，这种联系可通过实验或观察来得到。第二种数据格式是邻接矩阵，物种间相关性计算得到的通常为此种形式。...求相关性矩阵，数据量大时，可应用WGCNA中corAndPvalue, 但p值需要借助其他函数矫正 occor = corr.test(otu,use="pairwise",method="spearman...",adjust="fdr",alpha=.05) occor.r = occor$r # 取相关性矩阵R值 occor.p = occor$p # 取相关性矩阵p值 # 确定物种间存在相互作用关系的阈值...按划分的模块着色，结果中也很常用 7.显示标签和点轮廓 # 最后添加删除color和label项可显示标签和点颜色边框 plot(igraph,main="Co-occurrence network",

    9.7K106

    基因与环境互作（G by E）

    大家好，我是邓飞。 基因与环境互作，在育种中也称为品种与环境互作，它是指某些品种在不同环境中表现的差异较大，存在互作效应。...在这种模式下，基型之间的差异因环境而变，也就是说存在基因型和环境间的互作 模式三：是交叉互作，基因型间差异的绝对值在两个环境下是相等的，这时的基因型效应为 0，只存在环境效应和互作效应 模式四：是交叉互作...「常用的数据格式：」 利用系谱构成的A矩阵，用多性状动物模型计算，比如半同胞的个体在不同的环境中，亲代子代的个体在不同的环境中 利用全基因组SNP信息构建G矩阵（或者H矩阵），利用多性状GBLUP，计算环境的遗传相关...非常大的坑 因为我的数据是模拟的数据，两个场的相关系数几乎为1，用us矩阵时，发现相关系数为0，反复测试一直失败，后来我用asreml中的corgh函数，试了一下，果然成功了。...corgh函数，输出的直接是遗传相关及其标准误，原来我以为它和变换后的us矩阵等价，看起来我还是太年轻了。

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    解决ValueError: cannot convert float NaN to integer

    解决ValueError: cannot convert float NaN to integer当我们在使用Python进行数值计算时，有时会遇到类似于​​ValueError: cannot convert...NaN是一种特殊的浮点数，表示一个无效或未定义的数值。当我们进行一些计算而结果无法得到有效的数值时，会产生NaN。...因为在Python中，NaN是不能转换为整数的。解决方法解决这个问题的方法通常有两种：1. 检查NaN值首先，我们需要检查数据中是否存在NaN值。...然后，使用​​mean​​函数计算了每个学生的平均成绩，并将结果保存在​​Average​​列中。...对于某些操作，比如将一个浮点数转换为整数类型，需要注意浮点数的有效性以及特殊情况，如存在NaN值的情况。在这种情况下，通常需要进行额外的处理，以避免出现错误或不符合预期的结果。

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