MassiveFold是一个并行化引擎,可以调用结构预测工具,包括作者随MassiveFold开发的AFsample扩展版本AFmassive,或者ColabFold,然后对结果进行后处理。...在第1步中,当使用AFmassive时采用JackHMMer和HHblits进行比对,使用ColabFold时则采用MMseqs2。在第2步中,结构推理由AFmassive或ColabFold执行。...值得注意的是,将预先计算的比对结果放在输出文件夹中即可使用。除非强制重新计算,否则系统会检测到这些结果并且不会再次计算。
MassiveFold的设计目的是为了便于访问多样性参数并实现计算的最优管理。...它在推理步骤中充分利用GPU集群,同时对不需要GPU的多序列比对和后处理步骤使用CPU。...当提前停止容差为0.5时,十个最佳预测中只有四个显示这种跃升,而当提前停止容差为0.1时,所有十个预测都出现了这种跃升。因此,需要将广泛的循环作为大规模采样的一种可行的补充方法。