形状文件>数据框>使用ggplot并将GEO ID与其他数据集连接

形状文件（Shapefile）是一种常用的地理信息系统（GIS）数据格式，用于存储地理空间矢量数据。它由多个文件组成，包括.shp、.shx、.dbf、.prj等文件。形状文件可以包含点、线、面等地理要素，并且可以附带属性数据。

数据框（Data Frame）是一种在R语言中常用的数据结构，类似于表格或电子表格。数据框由行和列组成，每列可以包含不同类型的数据。数据框可以用来存储和处理各种数据，包括数值、字符、日期等。

使用ggplot是一种在R语言中进行数据可视化的常用工具。ggplot提供了一套用于构建图形的语法，可以轻松创建各种类型的图表，包括散点图、折线图、柱状图等。通过ggplot，可以将形状文件中的地理空间数据与其他数据集进行连接，并进行可视化展示。

将GEO ID与其他数据集连接是指将形状文件中的地理要素与其他数据集中的数据进行关联。GEO ID是一种地理标识符，用于唯一标识地理要素，如国家、省份、城市等。通过将GEO ID与其他数据集中的相应字段进行匹配，可以将地理要素与属性数据进行关联，从而进行更深入的分析和可视化。

在腾讯云的生态系统中，可以使用腾讯云地理信息服务（Tencent Location Service）来处理形状文件和地理空间数据。Tencent Location Service提供了丰富的地理信息API，包括地理编码、逆地理编码、路径规划等功能，可以帮助开发者轻松处理地理空间数据。

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GEO数据挖掘-基于芯片

', getGPL = F)getGEO()函数是Bioconductor包GEOquery中的一个函数，用于从Gene Expression Omnibus (GEO)数据库下载GEO数据集。...GSE7305：这是GEO数据集的访问编号（GEO Series accession number），指定了你要下载的数据集。在这个例子中，你下载的是编号为GSE7305的数据集。...annotation槽:存储芯片平台编号（例如GPL编号），用于指定该数据集使用的微阵列或测序平台。...5.2.3 deg = mutate(deg,probe_id = rownames(deg))使用 dplyr 包中的 mutate 函数为数据框 deg 添加一列 probe_id，该列的值为数据框...具体来说，在默认情况下，distinct 函数只返回去重后的 symbol 列，不会保留 probe_id 等其他列的数据。

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这么牛X的包，一般人我不告诉他！！！

这是一个包含美国各州不同社会指标优略程度的数据集（按照排名由低到高排序）。...geofacet内部重要参数： grid参数：可以理解为网格id，可以选择内建的id名称，或者是提供一个自建的已经命名有网格名称的数据框。...以下是两一个自带数据集的例子： head(us_state_grid2) ? 这一次，我们用来呈现美国季节调整后的失业率随时间的变化。使用对应州名作为对应网格标签。...指定网格非常容易，我们只需提供一个内含地区名称和地区代码的数据框即可。...以下是该包内已经内建好的，我们画图可利用的带地区编码的数据集。

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生信技能树R语言学习直播配套笔记

、矩阵和列表 1.区别（1）Vector向量——一维；matrix矩阵——二维，只允许一种数据类型；data.frame数据框——二维，每列只允许一种数据类型 2.练习题（1）#求c1第一列数值的中位数...2）修改行名和列名 #改行名和列名 rownames(df) <- c("r1","r2","r3","r4") #只修改某一行/列的名 colnames(df)[2]="CHANGE" （3）两个数据框的连接.../ex1.Rdata") 读入数据，ID转换案例： soft <- read.csv("....# 1. ggplot2系列 ggsave(p,filename = "") # 2.通用：三段论 # 保存的格式及文件名 pdf("test.pdf") dev.off() # 关闭画板（2）ggplot2...语法 ggplot2特殊语法：列名不带引号属性设置映射：根据数据的某一列的内容分配颜色手动设置：把图形设置为一个或N个颜色，与数据类型无关实战 #1.入门级绘图模板：作图数据，横纵坐标 ggplot

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R语言可视化——关于ggplot所支持的数据地图素材类型

虽然从数据存储格式上来讲我们分为shp素材、json素材，但是由于在R语言中使用ggplot2作图，所支持的数据集对象大致又可分为两类，它们都可以由shp、json数据文件转化而来。...sp:SpatialPolygonDataFrame sf:Simple feature list column 所以说数据文件格式和空间数据集对象格式的关系可以这么表述： ?...在数据存放时，描述层记录各个地理区域的名称、ID、编号、简写、iOS编码，以及其他标识信息和度量变量，描述层是一个dataframe，我们可以用data@data来提取描述层的数据框。...然后如果是第一种sp格式的话，在制作ggplot2地图过程中，我们需要分离描述层和几何映射层，并为两者指定连接的id（主键）,如果算上你要将自己的业务数据和描述层数据合并这一动作的话，那么总共我们需要合并两次数据...如果我们需要制作填色地图，那么我们需要先将自己的业务指标和描述层数据进行整理和并，并将合并后的数据与几何映射层的数据框进行合并。这里我虚拟一个指标。

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R for data science （第一章）①Chapter1 使用ggplot2进行数据可视化

Chapter1 使用ggplot2进行数据可视化简介 “简单的图表为数据分析师提供了比任何其他设备更多的信息。”...如果我们需要明确函数（或数据集）的来源，我们将使用特殊形式的包:: function（）。...mpg数据框您可以使用ggplot2（又名ggplot2 :: mpg）中的mpg数据框测试您的答案。数据框是变量（列）和观察（行）的矩形集合。...ggplot（）创建一个可以添加图层的坐标系。 ggplot（）的第一个参数是要在图中使用的数据集。所以ggplot（data = mpg）会创建一个空图。...ggplot2一次只能使用六个形状。默认情况下，使用形状美学时，其他组将进行非开槽。对于每种美学，您使用aes（）将aesthetic名称与要显示的变量相关联。

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Google Earth Engine（GEE）——使用 GeoPandas 和 Uber 的 H3 空间索引进行快速多边形点分析

大多数 GIS 软件和数据库都提供了一种机制来计算和使用数据图层的空间索引。QGIS 和 PostGIS 使用基于 R-Tree 数据结构的空间索引方案 - 它使用几何边界框创建分层树。...在这篇文章中，我将向你展示如何创建使用点密度图geopandas和h3-py库在Python。国家地理空间情报局的海事安全信息门户以反航运活动消息的形式提供所有海盗事件的形状文件。...数据以 zip 文件形式提供ASAM_shp.zip。实际的数据层是一个ASAM_events.shp位于文件夹内的shapefile ASAM_data_download。...（WGS84 纬度/经度）的 GeoDataframe 并将其写入地理包。...将其与使用空间索引的 QGIS 模型进行比较，该模型至少需要 5 倍。H3 特别适合这种空间聚合并且速度非常快。这篇文章中使用的代码和数据集可以在我的Github 存储库中找到。

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国内疫情图绘制（静态）

于是我开始翻书（《R语言数据可视化之美》，《ggplot2》），《R数据科学》），以及百度搜索。找到了几篇很实在的blog（见文末）。...地图中共计有925个地域信息，并将其转化为数据库，并基于id进行连接。...xs<-data.frame(x,id=seq(0:924)-1) china_map1<-fortify(china_map) #转化为数据框 china_map_data<-join(china_map1...,xs,type="full")#基于id进行连接 a = data.frame(unique(china_map@data$NAME))#省份名称接下来准备我们的数据，数据主要来自丁香园，是某一天的中国各省数据...代码，数据相关资料与shp格式的中国地图都已放在我的github上了。

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R语言基础5（绘图基础）

, y = Petal.Length)) #列名不添加引号 #两个函数用+连接 #2.属性设置（颜色、大小、透明度、点的形状，线型等） #2.1...##颜色：字符串，blue, red等； #2.2 映射：按照数据框的某一列来定义图的某个属性 ggplot(data = iris)+ geom_point(mapping = aes(x...= aes(x = cut)) #统计变换使用场景 #5.1.不统计，数据直接做图 fre = as.data.frame(table(diamonds$cut)) fre ggplot(data...# arrange，数据框按照某一列排序 sort()##只排序某一列，其他列不改变；无法改变对应关系。...#对列表向量中的每个元素实施相同的操作 lappy(1:4,rnorm) 两个数据框的连接 #inner_join：取交集 #full_join：全连接 #left_join：左连接 #right_join

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FOTS：自然场景的文本检测与识别

(见上图)所以对于检测，我们使用CNN，对于识别，我们将在每个检测区域上使用一些序列解码器。数据集对于这个问题，我们将使用ICDAR 2015数据集。我们也将使用一个合成的文本图像数据集。...这里我们将使用ICDAR 2015数据集。其中有三种类型的数据。训练集图像- 我们有1000个图像用于检测文本目的。...训练集文字图像，文本标注- 提供了与单词的轴向包围框相对应的~4468个切出的单词图像，并提供了单个文本文件，其中包含每个单词图像内包围形状的相对坐标。在一个单一的文本文件中提供的真实值。...这里我们使用了预先训练的resnet50模型，该模型在imagenet数据集上进行了训练，用于提取特征并将其用于特征合并分支。你可以看到前50个训练时代的检测模型- ? ? ?...geo-map，score-map和angle的帮助下,我们将首先制作很多边界框要。

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（数据科学学习手札37）ggplot2基本绘图语法介绍

，这是一种语法规则和参数设置介于常规plot与ggplot2之间的一种绘图函数；　　与plot相似，qplot()的基本参数是x、y，分别代表所要绘制图像的x轴与y轴，并且为了和数据框高度契合（我也十分鼓励将变量都放进数据框中规整起来...），qplot还提供了参数data，控制传入的数据框名称，这样在qplot()中涉及数据框中变量的参数就可以直呼其名而不用加$；　　在介绍qplot能够绘制的其他几何图像之前，我们先来理解一下其默认的模式...，但仅使用了qplot()进行绘图，其局限性是只能使用在qplot()中定义的一个数据集和对应的一组图形属性映射，若希望将不同的数据通过不同的图层构建方式来展现在一张图上，就需要使用ggplot()函数...，该函数有两个主要的参数，对应了数据和图形属性映射，这两个参数将作为接下来绘图的默认参数，直到在新加的图层中设定了新的参数，默认值才会被修改‘；其中，数据指定绘图所使用的默认数据框且必须是数据框；映射的设定则与...　　ggplot2只接受数据框输入，而且，对于一个已经创建好的基于数据框1的绘图对象p，可以用p %+% 数据框2 的形式直接替代原来的数据集： library(ggplot2) data <- mtcars

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GEO数据库（一）

二、图表介绍1、热图：输入数据是数值型矩阵/数据框；2、散点图和箱线图箱线图：输入数据是一个连续性向量和一个有重复值的离散型向量；可用来展示单个基因在两组之间的表达量差异图片3、火山图：芯片差异分析的起点是一个取过...与GPL图片2、GEO数据库分析思路：图片3、基因表达芯片原理是用探针的表达量来代表基因的表达量，因此我们得到的表达矩阵的行名是探针名，需要转化为gene symol（常说的基因名）4、富集分析：输入数据为差异基因的...)gse_number = "GSE56649"#换数据集时只需要修改引号内的内容即可eSet <- getGEO(gse_number, destdir = '...表示下载数据到工作目录下class(eSet)length(eSet)eSet = eSet[[1]]图片Tips：R语言里面广义的对象：向量、矩阵、数据框及列表等R语言里面狭义的对象：1）由R包作者定义的以某种模式组织的数据...x[match(y,x)]#表示以y为模版给c调顺序6、提取芯片平台编号，并将以上输入数据储存为Rdata文件gpl_number <- eSet@annotation;gpl_numbersave(gse_number

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GEO数据挖掘

1 图表介绍1.1 热图输入数据：数值型矩阵/数据框颜色深浅代表数值的大小1.2 散点图1.3 箱线图1.3.1 输入数据横坐标：一个有重复值的离散型变量纵坐标：连续型向量1.3.2 箱线图中五条线的含义箱线图比较分布情况箱型图不显示原始数据点...2.2 GEO数据库介绍GSM：用户提交给GEO的样本数据（Sample）GSE：一个完整的研究，提供了整个研究的描述（Series）GPL：用户测定表达量使用的芯片/平台（Platform）2.3 基因表达芯片的原理探针的表达量代表基因的表达量...ids <- toTable(hgu133plus2SYMBOL)head(ids)读取GPL网页的表格文件，按列取子集##https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/...(fit,coef=2,number = Inf)#为deg数据框添加几列#1.加probe_id列，把行名变成一列library(dplyr)deg <- mutate(deg,probe_id=rownames...duplicated(ids$symbol),]#其他去重方式在zz.去重方式.Rdeg <- inner_join(deg,ids,by="probe_id")nrow(deg)#3.加change列

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Day7：R语言课程 (R语言进行数据可视化)

1.设置数据框以进行可视化在本课中需要制作与每个样本中的平均表达量相关的多个图，还需要使用所有可用的metadata来适当地注释图表。观察rpkm数据。...4.数据可视化与 `ggplot2` 处理大数据时，以图片的形式显示信息更有效。可视化应该有自己的整个过程（有很多要知道！）。...我们将从new_metadata数据框为例，绘制的一个samplemeans和age_in_days的散点图，。ggplot2默认输入是数据框。...箱形图提供了基于五分位数的数据分布图。框的顶部和底部代表第一和第三个四分位数（分别为25%和75%）。框内的线代表中位数（50%）。在框的上方和下方延伸到的点代表数据集的最大值和最小值。...第二种方法是使用R函数并将写入文件编码到脚本中。这种方法允许用户从头到尾运行脚本并自动执行该过程（不需要人工点击操作来保存）。在R的术语中，输出被定向到特定的输出设备，并指示输出文件的格式。

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首发 | 旷视14篇CVPR 2019论文，都有哪些亮点？

本文在行人图像上进行了大量的实验，结果表明所提出的方法能够从单张图像输入中生成纹理，其质量明显优于其他方法所生成的纹理。此外，本文将此应用扩展到其他方面，并探索所生成纹理的可使用性。...作为一种通用而高效的卷积操作，GeoConv 能够轻松地将 3D 点云分析过程集成到多个应用中，而以 GeoConv 为结构的 Geo-CNN 模型在 ModelNet40 和 KITTI 数据集的点云数据建模任务上都实现了当前最先进的性能...具体地说，PSENet 模型能够为每个文本实例生成不同比例的核 (kernel)，并将最小比例的 kernel 逐步扩展生成完整形状比例的 kernel，以适应不同大小的文本实例。...最后，对于所提出的方法，在一些广泛使用的基准数据集上进行性能评估，结果展示了 Meta-Upscale 的有效性和优越性。...此外，为了证明模型所学习的信息表示的适用性，本文进一步提出了一种融合方案，用于将 GeoNet 网络与其他基线或骨干网络 (如 PU-Net 和 PointNet ++) 结合使用，用于点云数据的 down-stream

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【数据分析 R语言实战】学习笔记第三章数据预处理（下）

第一个图由小条形的长度显示各变量缺失数据比例第二个图显示了综合的缺失模式，可以与md.pattern()生成的结果对照观察，其中浅色方框表示完整数据，深色框表示缺失值。...一些结构相似的对象，如向量(数值型、字符型、逻辑型)、因子、数值矩阵、列表或其他数据框等，可以被合并为一个数据框。...by指定合并的依据(相同的行或列) by.x by.y分别为第一个数据框和第二个数据框要连接的列名 all, all.x, all.y逻辑值，默认为FALSE。...3.5.2揉数据的最佳伴侣程序包reshape2是reshape的重写版，是专门用于数据集形状转换的，一般用户常使用melt(), acast()和dcast()，它们却可以把数据“揉成各种形状。...melt本身的意思是溶解、分解，其作用在一个数据集上其实就是拆分数据，它的对象一可以是数组(array )、数据框或列表。

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GEO多数据集联合分析-文献复现

IF: 4.8 Q1本文下载GSE30122和GSE47185数据集表达数据，去除批次效应，整合到合并的数据集中，然后进行功能富集分析。然后筛选潜在的差异表达基因。...使用适当的算法评估数据集中的免疫细胞浸润状态。使用共识聚类分析构建免疫特征亚型。1. 找数据集及下载数据可见数据有异常，有很多负值。...rownames(exp1) <- exp1[,71]GSE47185数据集注释没有R包，下载GEO注释文件进行注释#GSE47185数据集注释find_anno(gpl2)#没有相应的R包,自行从GEO...网页界面下载平台注释文件并打开编辑保留所需信息ids2 <- read.table("GPL11670_family.soft", header = T, sep = "\t")#为exp数据框添加几列...，获得FRDEGs#与ferroptosis- related genes (FRGs)取交集画韦恩图#下载并读取文中FRGs文件，文中附件2即是。

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RNA-seq 231023

name_list <- nlgl$name_listgroup_list <- nlgl$group_listgl <- data.frame(row.names=colnames(counts), #构建样品名与分组对应的数据框...， Group.1 列是通过对 counts 数据框中的计数进行求和而生成的临时列。...，并将每个组的TPM值求和。...但是，聚合操作会生成一个新的数据框，其中 symbol 列被重命名为 Group.1 ，而原始的行名可能会丢失。...# 人类'hsa' 小鼠'mmu' OrgDb = 'org.Mm.eg.db'#人类"org.Hs.eg.db" 小鼠"org.Mm.eg.db"#### 按照需要可选择不同的DEG方法数据集

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生信技能树R作业答案-中级

" myid_sym <- merge(myids, ids, by="probe_id") head(myid_sym) Task3 找某个基因在表达矩阵中的值并分组绘图 # 找到R包CLL内置的数据集的表达矩阵里面的...Enter Genes 数据框中输入目标基因BRCA1 点击Submit Query提交搜索请求结果页面中，Plots选项卡选择合适数据进行绘图，或下载数据 rm(list = ls())...下载表达数据并提取特定的基因做热图（要去重复）下载数据集GSE17215的表达矩阵并且提取下面的基因画热图 ACTR3B ANLN BAG1 BCL2 BIRC5 BLVRA CCNB1 CCNE1...然后读入 3.利用R下载表达数据 library(GEOquery) library(GEOquery) #GEO使用https://www.bioconductor.org/packages/release...下载表达矩阵做样本的相关性热图，需要标记样本分组信息作业7 下载数据集GSE24673的表达矩阵计算样本的相关性并且绘制热图，需要标记上样本分组信息数据地址https://www.ncbi.nlm.nih.gov

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day4 呦呦鹿鸣——R for data science阅读笔记之ggplot（）

使用 ggplot2 可视化单个变量的分布&两个或多个变量之间的关系。...：变量（variable）——可以度量的数量、质量或属性行：观测值（data point observation ）——在相似条件下进行的一组测量值，包含不同的变量的多个值表格数据：一组与相应变量和观测值相关联的值变量...：所有企鹅的属性观察值：单个企鹅的所有属性tibbles：tidyverse的特殊数据框查看数据框：glimpse(penguins)（Console输出）View(penguins)（R自带交互框）palmerpenguins...::penguinglimpse(penguins)View(penguins)开始可视化使用ggplot()第一个参数：在图形中使用的数据集第二个参数：mapping:如何将数据集中的变量映射到绘图的视觉属性...，在aes()中定义使用geom_形状（）定义一个几何图形,表示数据的几何对象形状：bar-条形图；line-折线图；boxplot-箱线图；point-点对于有缺失值的数据，散点图内没有显示，但有报错

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【学习】R笔记1：ggplot绘制商务图表--中国分省热力地图

加载ggplot2包，用ggplot绘制，并使用polyconic投影方式，显示正常。...x <- china_map@data #读取行政信息 xs <- data.frame(x,id=seq(0:924)-1) #含岛屿共925个形状...library(ggplot2) china_map1 <- fortify(china_map) #转化为数据框 library(plyr)...china_map_data <- join(china_map1, xs, type = "full") #合并两个数据框提示：Joining by: id...不直接读取xlsx文件是因为需要装的包比较麻烦。注意第1列的字段名为NAME，各省名称也是要固定一致的，是为了和地图数据框里的省名一致，便于合并。

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