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3个分组的表达量矩阵的两两之间差异分析

总是有粉丝询问多个分组的两两之间差异分析如何弄这样的问题,其实“师傅领进门,修行在个人”,我们讲解了方法并且给予的全部的学习资源,理论上后续应该是大家各凭本事,做好自己的科研。...接下来进行3分组的两两之间差异分析 直接使用limma包即可: design <- model.matrix(~0+group) colnames(design) 的效应会被这个表达量矩阵本来的随机性给叠加,所以这样的结果是可以理解的。...也可以随便挑选两个差异分析结果取交集看看: dt <- decideTests(efit) summary(dt) de.common <- which(dt[,1]!=0 & dt[,2]!...思考题 难道3个分组,仅仅是有两两组合的这样的3种形式的差异分析吗?

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    使用Python快速对比两个Excel表格之间的差异

    主要介绍如何通过DeepDiff实现两个Excel文件数据的快速对比。 对于日常办公中需要处理数据的同学来说,有时候需要对比两个Excel表格(或者是数据库)的数据是否完全相同。...对于简单少量的数据,我们当然可以人工肉眼对比,但是如果数据量一大,那么最好还是借助工具实现。 这篇文章主要通过使用DeepDiff库,介绍了一种简单地对比两个Excel文件是否完全相同的方法。...首先,我们直接对两个不一样的DataFrame进行对比: 对比结果为{},这在DeepDiff中是表示没有差异的意思,但是,这个结果显然不符合实际,因为我们的data1跟data3其实是完全不一样的才对...可以看到,转成字典之后我们成功地对data1和data2进行比较,并给出了正确的结果: 为了验证,我们再拿data1和data3进行比较: 很明显,这两个对象是有区别的,没有任何问题。...接下来进入我们的重头戏,对比data3和data4,为了对比这两个对象,我们可以先把数据转成列表,然后再设置DeepDiff中的ignore_order参数忽略字典元素的顺序: 可以看到,结果非常简单完美地实现了我们的对比需求

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    进程、会话、连接之间的差异

    --======================== -- 进程、会话、连接之间的差异 --========================     在使用Oracle database的时候,连接与会话是我们经常碰到的词语之一...这也是我们经常误解的原因。     各个会话之间是单独的,独立于其他会话,即便是同一个连接的多个会话也是如此。...一、几个术语之间的定义(参照Oracle 9i &10g 编程艺术)         连接(connection):连接是从客户到Oracle 实例的一条物理路径。...通常会在     客户进程与一个专用服务器或一个调度器之间建立连接。         会话(session):会话是实例中存在的一个逻辑实体。...你要在服务器中的会话上执行SQL、提交事务和运行存储过程。 二、通过例子演示来查看之间的关系 1.

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    PostgreSQL 和 MySQL 之间的性能差异

    导读:在本文中,我们将讨论工作负载分析和运行查询,一起了解两个数据库系统在 JSON、索引和并发方面的性能差异。 简介 在管理数据库时,性能是一项非常重要而又复杂的任务。...MySQL和Postgres的最新版本略微消除了两个数据库之间的性能差异。 在MySQL中使用旧的MyISAM 引擎可以非常快速地读取数据。不幸的是,在最新版本的MySQL中尚不可用。...好消息是,MySQL不断得到改进,以减少大量数据写入之间的差异。 甲数据库基准是用于表征和比较的性能(时间,存储器,或质量)可再现的试验框架数据库在这些系统上的系统或算法。...这种实用的框架定义了被测系统,工作量,指标和实验。 在接下来的4部分中,我们将概述MySQL和PostgreSQL之间的一些关键区别。...JSON查询在Postgres中更快 在本节中,我们将看到PostgreSQL和MySQL之间的基准测试差异。

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    【Linux】巧妙运用< 信号量 >控制 <两个线程>之间<谁先执行>

    量>&量互斥实验>回顾 巧妙运用< 信号量 >实现<指定顺序>的<多个线程严格轮转交替输出(互斥)> 传送门 二.信号量实现两个线程>之间 要求: 通过信号量初值设定...程序命名为sem-syn-p.c 解析: 定义两个信号量,分别设置成1,0 我们 想让哪个进程先执行,就把哪个进程要用的信号量设置成1 ,这样 第一个进程就可以进入执行板块 后一个执行的进程要用的信号量设置成...变为1,进入执行板块 如此便实现了严格轮转(先1线程后0线程)/(先0线程后1线程) 实现效果 我们命令行输入0,表示0号线程先执行,给0号线程的信号量设置成1,给0号线程的信号量设置成0 我们命令行输入...1,表示1号线程先执行,给1号线程的信号量设置成1,给0号线程的信号量设置成0 #include #include #include 的信号量设置成1,给0号线程的信号量设置成0 sem_init(&s1.0,1); sem_init(&s0.0,0); } pthread_create

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    String与StringBuffer与StringBuilder之间的差异

    参考链接: Java stringbuffer和stringbuilder之间的差异 1、相同点:String、StringBuffer、StringBuilder三个类都是用来封装字符串的  2、不同点...:  String类是不可变类,即一旦一个String对象被创建后,包含在这个对象中的字符串是不可以改变的StringBuffer对象代表一个字符序列可变的字符串StringBuilder也代表一个可变字符串对象...,与StringBuffer相比,StringBuilder是线程不安全的,而StringBuffer是线程安全的  3、方法:  (1)String类中主要的方法:   char charAt(int...):获取从beginIndex位置开始到结束的子字符串  String substring(int beginIndex,int endIndex):获取从beginIndex位置到endIndex位置的字符串...,就可以调用它的toString()方法将其变为一个String对象  在上述代码后加入这两句,将sb转换为str,这个str无法改变。

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    网站建设公司之间的成本差异

    随着互联网和移动互联网的迅速发展,企业网站也被视为企业在互联网上不可或缺的网络门面。网站建设行业的发展越来越受到人们的认可。随着网站建设的普及,网站建设的价格也不尽相同。...现在网站建设的成本从几百元到几千元,甚至几万元甚至几十万元。很多人都会怀疑为什么价差这么大。今天就这个问题给大家来分析一下网站建设成本的差异。1、 网站建设成本较低。客户网站一般采用模板。...事实上,他们相当于给你一个会员帐户在他们的网站系统,这是类似于淘宝网上的商店。这样的网站不独立,不利于搜索索引的获取和搜索排名。...4、 后台开发程序是一样的,因为后台开发是基于客户来实现的功能,网站后台程序是保证网站正常运行的关键,一个好的程序可以保证网站的正常运行,这一点的成本是根据客户来实现网站的功能。...5、 市场上有很多浏览器版本,因此网站的兼容性不容忽视。因此,网站在不同浏览器中的兼容性也是应该考虑的。这也是一些公司收费的要求。6、 一些便宜的网站,前端网址,标题和后端网站没有SEO设置功能。

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    系统比较Seurat和scanpy版本之间、软件之间的分析差异

    Scanpy是2017年继Seurat之后开发的一个基于python的工具,提供了一组类似的特性和功能。这两个工具都有广泛的运用。...然而,在软件或版本之间观察到相当大的可变性,即使在执行其他类似或看似相同的分析时也是如此。...PCA分析开始观察到更多的差异,使用默认参数运行时也会产生不同的结果。PCA图显示PC1-2空间中每个细胞的绘制位置存在明显差异,尽管图的大致形状保持不变。...简而言之,CCC衡量两个变量在相关性和方差方面的一致性。然而,通过观察logFC值的散点图,可以发现大量值之间存在显著差异。...20%的差异基因在软件之间的p值在p=0.05阈值上翻转,并且在两个方向上翻转相当均匀(即仅在Seurat中显著,或仅在Scanpy中显著)。

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    如何在 Python 中查找两个字符串之间的差异位置?

    在文本处理和字符串比较的任务中,有时我们需要查找两个字符串之间的差异位置,即找到它们在哪些位置上不同或不匹配。这种差异位置的查找在文本比较、版本控制、数据分析等场景中非常有用。...其中的 SequenceMatcher 类是比较两个字符串之间差异的主要工具。...如果需要比较大型字符串或大量比较操作,请考虑使用其他更高效的算法或库。自定义差异位置查找算法除了使用 difflib 模块,我们还可以编写自己的算法来查找两个字符串之间的差异位置。...结论本文详细介绍了如何在 Python 中查找两个字符串之间的差异位置。我们介绍了使用 difflib 模块的 SequenceMatcher 类和自定义算法两种方法。...通过了解和掌握这些方法,你可以更好地处理字符串比较和差异分析的任务。无论是在文本处理、版本控制还是数据分析等领域,查找两个字符串之间的差异位置都是一项重要的任务。

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    Python 3.10 和 Python 3.9 之间的差异

    了解 Python 及其用例: 初学者被 Python 吸引的众多原因之一是它的用户友好性。Python 摒弃了令人生畏的分号,并使用简单的缩进结构作为其语法。...Python 还发现了一个用例作为需要可编程接口的应用程序的扩展。Python 的其他一些好处包括其最令人垂涎​​的功能,即它的库。...Python 库是一种巨大的资源,可用于许多关键的代码编写,例如: 基于正则表达式的代码 字符串处理 互联网协议,如 HTTP、FTP、SMTP、XML-RPC、POP、IMAP 统一码 文件系统和计算文件之间的差异...分析 Python 3.9 V/s Python 3.10 的差异 多年来,Python 进行了大量升级,并且在新版本中添加了许多功能。在这里,让我们关注 Python 添加的两个最新版本。...探索更新的功能可以帮助您顺利使用它,当然,还可以找到使用更新库的更智能的工作方式。

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    转录组测序的表达量的两个归一化方向会影响差异分析吗

    它有两个归一化方向,首先是样品方向的就是抹去各个样品的文库大小这个变量,然后是基因方向的就是抹去基因长度对表达量的影响。...如果是使用deseq2这样的包进行转录组测序的表达量的差异分析需要的是最原始的整数的counts矩阵即可,如果是做表达量热图,通常是使用归一化后的矩阵,可以是两个方向都做。...,它们用于调整测序深度的差异,以便在不同样本之间进行比较,英文全称是: **CPM (Counts Per Million)**: **RPM (Reads Per Million)**: 其实就是就是最原始的整数的...最原始的整数的counts矩阵的差异分析 只需要在你的r里面加载两个包,就可以完成下面的分析啦: # 魔幻操作,一键清空 rm(list = ls()) options(stringsAsFactors...run_deseq2 函数,方便后续调用: 针对cpm或者rpm矩阵的差异分析 假如极端情况下,你拿到了的转录组测序的表达量矩阵就是cpm或者rpm,你可以直接把矩阵乘以20后向上取整,如下所示的代码

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    差异分析得到的结果注释一文就够

    通过前面的讲解,我们顺利的了解了GEO数据库以及如何下载其数据,得到我们想要的表达矩阵,也学会了两个常用的套路分析得到的表达矩阵,就是GSEA分析和差异分析。...历史目录: 解读GEO数据存放规律及下载,一文就够 解读SRA数据库规律一文就够 从GEO数据库下载得到表达矩阵 一文就够 GSEA分析一文就够(单机版+R语言版) 根据分组信息做差异分析- 这个一文不够的...但是差异分析通过自定义的阈值挑选了有统计学显著的基因列表后我们其实是需要对它们进行注释才能了解其功能,最常见的就是GO/KEGG数据库注释咯,当然也可以使用Reactome和Msigdb数据库来进行注释...强烈推荐Y叔的包clusterProfiler 首先需要理解下面的 geneList和 gene这两个数据集。.../KEGG注释一般是得到如下表格: ?

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