今天的学习内容： 1.安装R（基础）和Rstudio（人性化一些的界面） 2.粗略了解R语言是什么，干什么的，认识Rstudio的工作界面 3.学会外观设置和基本操作 4.完成第一个R做的图 如果已经安装或者基础较好...第一次上手，可以先做两个最简单的图： 用 plot(rnorm(50)) #必应查查plot和runif什么意思 boxplot(iris$Sepal.Length~iris$Species,col =
R包是多个函数的集合，R语言必学的原因是丰富的图表和Biocductor上面的各种生信分析R包。
示例数据是如何获得的？（1）新建doudou.txt，输入以下（如果教程里让你新建，又没说在哪里，你就默认在工作目录下新建。）
该理论认为肿瘤的发生发展不仅是肿瘤细胞遗传学和表观遗传学方面的改变，还有肿瘤微环境作为恶性种子生长繁育的“肥沃土壤”，彼此相互影响，共同进化，促进了肿瘤的产生。...肿瘤微环境火了，大家都想把自己的分析向肿瘤微环境靠，今天小编跟大家分享一篇近期发表在frontiers in oncology（IF：4.137）上的肿瘤微环境相关的文章：BTK Has Potential...1.3生存分析 使用R包survminer进行生存分析，用Kaplan–Meier方法绘制生存曲线，将对数秩作为统计显著性检验。...图7.高BTK表达和低表达的样本的GSEA分析 2.8 BTK与TIC比例的相关性 为了进一步证实BTK表达与免疫微环境的相关性，作者使用CIBERSORT算法分析了肿瘤浸润免疫亚群的比例，并在LUAD...图9. TICs比例与BTK表达的相关性 总之，作者利用ESTIMATE算法，通过对TCGA数据库中LUAD样本的功能富集分析，确定了LUAD中肿瘤微环境相关的基因。
引言：前面几期中，我们学习了如何下载TCGA数据、预处理和差异分析，那么今天我们继续来看看如何将利用差异分析的结果绘制热图和火山图。...六、绘制差异表达基因的热图 TCGAvisualize_Heatmap()绘制热图的主要用法：等号后面对应的为默认参数。...，故小编在这里使用pheatmap()绘制热图。...七、绘制差异差异表达分析结果的火山图 TCGAVisualize_volcano（）绘制火山图的主要用法： TCGAVisualize_volcano(x, y, filename = "volcano.pdf...九、结语 今天的热图和火山图就暂告一段落。
-----以下是日常碎碎念，日理万机的您，可以直接跳到图图图图分割线享用----- 大Y老师做生信分析十多年了，在此期间结识很多实验大牛，发现大牛们做实验很大牛，但是对很多生信的图表竟然一知（Wu）半（...为什么这么说呢，依据大Y老师的经验，做生信其实是分为三个层次的： 层次一：看懂图（能看懂文献的分析结果） 层次二：会做图（会写代码，能完成别人的画图需求） 层次三：知道做什么图（知道自己的数据需要用什么图来展示...其实，如果不打算专门做生信专业，完全可以跳过第二层次，直接跃迁到第三层！毕竟做实验很厉害就已经很厉害了呀。 那么问题来了，怎样实现从看懂图到知道做什么图的跃迁呢？...请大家先一起喝一口水，因为下面的内容可是全网独家干货，真的超干~ -----我是图图图图的分割线----- 生信分析有很多基础的图形，在此基础上又发展出很多复杂花哨的变形或组合，酷炫得让人眼花缭乱。...补充元素不是成图所必须的，但是可以提供额外的信息量，在每张图里可以有不同的存在方式。所以一张小小的点图可以承载的信息量可是大大的。那么，点图可以变身出哪些花哨绚丽的生信图形呢？
热图可以聚合大量的数据，并可以用一种渐进色来优雅地表现，可以很直观地展现数据的疏密程度或频率高低。 本文利用R语言 pheatmap 包从头开始绘制各种漂亮的热图。...参数像积木，拼凑出你最喜欢的热图即可，如下图： 基因和样本都可以单独聚类，排序，聚类再分组，行列注释，配色调整，调整聚类线以及单元格的宽度和高度均可实现。 ?...绘制热图 绘制默认热图 pheatmap(test) ?...设定 text 热图中展示数值 # display_numbers = TRUE参数设定在每个热图格子中显示相应的数值，#number_color参数设置数值字体的颜色 pheatmap(test,...order_row = A$tree_row$order #记录热图的列排序 order_col = A$tree_col$order # 按照热图的顺序，重新排原始数据 result =
var msg_title 文章标题 var cdn_url_1_1 1:1比例的封面图 var cdn_url_235_1 首图idx=0时2.35:1 ， 次图idx!=0时1:1
#Mac上的linux ## 不需要安装任何东西，自带terminal，直接使用；或者使用界面更好看的iterms # 云服务器上的linux ## 如何登录？...mkdir biosoft #存放生信软件 mkdir project #存放生信项目 mkdir tmp #存放一些杂七杂八 mkdir src #存放源代码 第三个 ls ls 显示列表，不管是目录还是文件
问题描述 什么是轮播图？ 轮播图通俗的说就是在一个模块或者说窗口，通过电脑上鼠标点击、手机上手指滑动后，可以看到多张图片。轮播图的位置一般放置在页面首部，具有内容醒目、重点突出等特点。...轮播图在一般的页面中常用于特色推荐，如淘宝网上轮播图中的都是特价商品以及其他一些好物推荐。轮播图在使用过程中，最重要的一个特点就是实时更新。小程序中的轮播图也大致具有以上特点。...解决方案 小程序中的标签： 微信小程序的制作与HTML前端制作是类似的，制作流程也极度相似，依旧是框架编写，样式修改，功能设置。...但是微信小程序与HTML的标签是完全不一样的，微信小程序有自己的编写标签。...image.png 轮播图的制作： 在了解上述基础知识，结合我们已经学习的HTML知识就可以开始轮播图的制作了。
index.wxss**/ .swiper { height: 400rpx; width: 100%; } .swiper image { height: 100%; width: 100%; } 效果图
问题描述 什么是轮播图？ 轮播图通俗的说就是在一个模块或者说窗口，通过电脑上鼠标点击、手机上手指滑动后，可以看到多张图片。轮播图的位置一般放置在页面首部，具有内容醒目、重点突出等特点。...解决方案 小程序中的标签： 微信小程序的制作与HTML前端制作是类似的，制作流程也极度相似，依旧是框架编写，样式修改，功能设置。...但是微信小程序与HTML的标签是完全不一样的，微信小程序有自己的编写标签。...图2.1 swiper常见属性 轮播图的制作： 在了解上述基础知识，结合我们已经学习的HTML知识就可以开始轮播图的制作了。.../images/s4.jpg' } ], } }] 效果图如下：（截图不完整） 图3.1 效果图
immune cell infiltration and immune-related genes in the tumor microenvironment of osteosarcoma 骨肉瘤肿瘤微环境中免疫细胞浸润及免疫相关基因的概况...TME（肿瘤微环境）在OS治疗中有很重要的作用，TIIC作为其非肿瘤成分的主要类型，对于OS的预后评估有很大的价值。...高和低免疫评分病例的五年生存率分别为82. 1％和48.5％。 ? 图1：KM生存曲线表明，免疫评分与OS预后显着相关。 2....图5：风险评分与风险模型中三个免疫相关基因表达水平的关联 6：KM生存分析：高风险评分与不良预后显着相关，高风险评分和低风险评分的五年生存率分别为45.4％和83.8％。...图6：KM生存曲线表明，风险评分与OS预后显着相关 7：ROC：用于预测1年，3年和5年生存率的风险模型的AUC分别为0.634、0.781和0.809 ?
linux如何安装软件--第一步，简单了解conda--“linux的应用商店”--第二步，给你的服务器下载conda的精华版--miniconda就可以。...--第三步，安装和配置miniconda--第四步（重点），使用miniconda，也就是查看已安装的软件、安装、卸载（生信需要的）软件，我们以fastqc为例，其实安装软件很复杂，甚至有专门的一门课来讲这个...--第五步（选修），不同的生信实战项目，需要定制conda的分身。软件管理Miniconda最方便快捷的软件下载器，没有之一。它的作用就相当于App store，90%以上的软件都能搜到，一键安装。...日常生信使用小而精的Miniconda即可. conda介绍. ...如何将miniconda下载到服务器上百度/谷歌搜索“miniconda 清华”（是清华的conda镜像网站）=》进入：https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda
过去的一个月里，在帮助其他部门进行毕业生培训。从名称上说是培训，但是实际上则是训战结合。...---- 再定义专家 再回到我们这篇文章的主题里，如何从毕业生到一个技术专家？专家是基于研究、经验或职业并在特定研究领域具有广泛知识或能力的人。...寻找持续成长的动机 首先，我们要思考的第一个问题是，为什么我们要成为一个技术专家？...那么，问题来说，你如何定义多和少，怎么去衡量它们呢？对于打工人而言，你赚的钱多数时候，并不是靠你的能力决定的，而是你的行业决定的。所以，久而久之，将赚钱作为成长的目标，你会失去这种动力。...只看最后的结果，或者截错图。 从分析问题的角度来说，我们还可以发现新手们： 不会去查看官方的文档。哪怕官方文档真的是最好的。 不懂得如何查看文档。 忽视从错误信息搜索，是最有效的手段。
，选择在浏览器中打开网页 2.截屏保存授权二维码图片至手机相簿 截屏小Tip：可同时按住开机键+home键，完成截屏 3.在微信主页面打开「扫一扫」，右上角选择「相册」，选中刚刚保存的二维码截屏图片
下面是2022年4月_生信入门班_微信群答疑笔记 上一期答疑笔记是：2022年4月_生信入门班_微信群答疑笔记 整理人：汪哲 整理时间：2022年5月 联系方式：zhewang@webmail.hzau.edu.cn...不用纠结太多，先安装成功没有error就行，课程中小洁老师也会重点讲如何安装R包，大家现在遇到问题到时候学习效果更好，加油~ 老师，我跑这个library的时候，报错了 看一下报错，上面提示这个没装，...去掉第一列 有没有友友知道这个图怎么看呀 先看p值 在有意义的基础上看R，R代表相关程度，-就是负相关，R绝对值约靠近1，相关性越大。绝对值＜0.2则认为无相关性，绝对值＞0.8则认为强相关性。...点开ids就知道有什么了，因为symbol是基因名，我们后面要用所以提取他，不然画个火山图，热图，总得知道差异表达的是啥， 这些都能提 请问下，处理普通转录组最低什么配置的服务器能跑 4核心，16G内存...q() subread 安装后 command not found subread包含其它软件，但不包含一个叫subread的软件，比如你下了一个软件叫腾讯，它里面没有一个真的软件叫腾讯，他是腾讯的微信或者
下面是优秀实习生的整理和分享 【服务器】请问如果是用服务器，有准备的指引吗？已经有服务器账号了，不需要提前准备点啥吗 上课有给练习服务器账号，后续会通知。...【R包安装】我刚刚重新加载第四节课的代码，是关于packages安装那部分内容，显示以下报错是如何解决 代码里少了引号。
下面是2022年4月_生信入门班_微信群答疑笔记 上一期答疑笔记是： 2022年5月_生信入门班_微信群答疑笔记 课前答疑 Q1：R官网上不去了 换个网络环境，关掉访问国外网站，再不行就不要上R官网了，...重新安装 Q13：在使用代码保存图片的时候，如果这个图片很大（400个标本的热图），保存得到的图片比例，字体大小，甚至是图片的像素如何调整？...所以请问这种情况应该如何解决？
如果你现在用的单位的网络，换一下其他的，比如家庭网络，手机热点等 【R实战】按照老师教的，我自己下载我自己的array的数据，是个多组数据了，取了log2发现在0-4之间，如果不取连图都没有，怎么办？...【R报错】老师请问下，这些命令全都报错了如何解决呀？...我们在上课这个月用的是生信技能树的服务器账号进行Linux的练习以及学习。但是在这个月过去之后，这个账号失效了像我这样没有服务器账号的同学还想继续自己时常学习，就没有途径了。...请问老师有没有那种可以申请公共的服务器账号让我这样没有自己的服务器的同学还能进行学习呀 上课的练习账号一般有效期是2个月，不过到期后我们还不一定会清理账号，你还可以继续用，不要用来处理真实项目或者保存重要数据即可，因为我们可能随时会清空【2】如果需要，可以看看生信技能树的共享服务器...【R报错】这个如何解决？ 缺了这个叫getopt的包，conda安装一下就好了。 conda install r-getopt
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