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生信入门马拉松之R语言基础-脚本项目管理、条件循环、表达矩阵和一丢丢数据挖掘(Day 7)

数据框函数- 排序arrange()和desc参数、distinct()去重复、mutate()数据框新增列注意⚠️没有赋值就没有改变管道符号%>%-实现连续步骤非常易读彩虹代码展现嵌套函数逻辑。...Rdata可以保存多个变量,下次使用只需要一次load可以到多个数据。-Rdata不仅可以保存数据框,也可以保存其他任何数据结构,包括复杂对象!...))table(x)a 1 & b<0.05),"up","no"))#错误代码...,小洁老师曾经讲过点,又犯了是a< -1或a<(-1),而不是a<-1,<-是赋值符号,这样写a<-1,相当于又将a赋值了,所以结果错误。...表达矩阵需要变化3.2.1 初始表达矩阵:3.2.2 转置(行变列,列变行)3.2.3 把原来行名变成第一列3.2.4 变形(宽变长)一定要先单独学会某个包/函数,才能应用它?不一定!

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高效R编程

/p/71392ef45d01 很多R语言用户并不认为自己是程序员,也是:),精通专业知识,理解R语言标准数据结构,但是缺乏正规编程训练,你是这样?.../p/71392ef45d01很多R语言用户并不认为自己是程序员,也是:),精通专业知识,理解R语言标准数据结构,但是缺乏正规编程训练,你是这样?...向量化代码 for循环代码慢不是因为循环,而是因为函数调用太多。 与用户交互 致使错误stop() stop()抛出致命错误,执行终止,不再执行任何操作,下面的处理代替stop()更好些。...保存函数运行结果,牺牲缓存换速度,最多能100倍速度提升,在内存充足今天应该还好,只要不大数据,16G内存已经普遍了。典型应用是shiny app,可以回事用户得到结果,减少等待时间。...,可以函数编译成字节代码,从而使运行更快,清除了大量解释器必须执行耗时操作,如变量查询时间。

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两个神奇R包介绍,外加实用小抄

新建一个数据框并赋值给bioplanet这个变量(赋值符号<-还记得嘛)括号里是“列名”=列值,这里列名要加双引号。这里涉及几个给列填充数值函数有 rep,重复,括号中填要重复字符和重复次数。...每个变量(variable)占一列,每个情况(case,姑且这么翻译)和观测值(observation)占一行。 举个栗子 ? 看到?一列是一列,是魔鬼步伐。...不要让sample1,2,3当列名,他们多重复几遍,合并到一列。 数据由九宫格变成了一列,就可以用来跨包处理啦。 这就是实现了数据框变形?。...其中,需合并列名也可以最后,这样,key=和value=可以省略。...filter(tidy2,Expression>1) %>% arrange(Expression) #%>%是管道操作符,将第一个函数结果输出为第二个结果操作文件,可以少些重复 (这开发者符合审美啊

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「R」dplyr 列式计算

近期使用 「dplyr」 进行多列选择性操作,如 mutate_at() 时,发现文档提示一系列dplyr函数变体已经过期,看来后续要退休了,使用 across() 是它们统一替代品,所以最近抽时间针对性学习和翻译下...下面是联合 across() 和它最喜欢动词函数 summarise()一些例子。但你也可以联合 across() 和任意其他dplyr」 动词函数,我们后面会提及。...你可以通过对第二个参数传入一个函数(包括 lambda 函数命名列表来对每个变量同时执行多个函数操作。..._at() 函数是 「dplyr」 中唯一你需要手动引用变量地方,这它们比较奇怪且难以记忆。 为什么过了这么久才发现 across()?...这是由 base R 提供,但它并没有很好文档,我们花了一段时间才发现它是有用,而不仅仅是理论好奇。 我们可以使用数据框汇总函数返回多列。

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2023.4生信马拉松day7-R语言综合应用

-(2)用多次嵌套避免中间变量不直观,且容易出错; ——设置彩虹括号,可以多层嵌套时看清楚哪个括号和哪个括号是一对: options -- code -- display --use rainbow.../某个包才能应用它?...4. full_join 保留所有的,缺失位置填充NA 5. semi_join 半连接,效果是取子集:以右边表格为参考对左边取子集 6. anti_join 保留左边表格右边表格里没有的东西 test1...找出logFC最小10个基因和logFC最大10个基因(symbol列就是基因名) #答案: rm(list = ls()) load("test1.Rdata") library(dplyr)...,但顺序不同;对比之后发现是按排序前原本先后顺序列出(因为要一个一个检查是否是最大/最小前十个);如果先arrange一下再%in%就可以跟老师顺序一样了。

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数据处理|R-dplyr

%in% c("setosa","virginica")) 3)变量筛选(列) select函数:可以通过指定列名选择指定变量进行分析,得到为选择列。...=Sepal.Width)) #只会保留选择变量 4)数据排序(重要,大小,去除异常值) arrange函数按给定列名进行排序,默认为升序排列,也可以对列名加desc()进行降序排序。...arrange(iris,Sepal.Length) # 将数据按照Sepal.Length升序排序 5)变量变换/重构 mulate()函数可以数据拓展,也可以保留原变量基础增加变量,进行数据处理...mutate(iris,sepal = Sepal.Length + Sepal.Width) transmute()函数扩展新变量时候,会删除所有原始变量。...sample_n(mtcars, 50, replace = TRUE) #随机有重复取50行数 10)数据联结 dplyr包也提供了数据集连接操作,如左连接、右连接、内连接等: inner_join

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UseGalaxy.cn生信云|零代码使用Tiverse优雅地处理数据集

函数用于对数据框按照指定变量进行排序,可以根据一个或多个变量对数据进行升序或降序排列,帮助用户重新整理数据框中观测顺序。...Dplyr Count the observations count 函数用于统计数据框中各个组频数,可以对指定变量进行计数,得到每个类别的观测数目,支持根据需要对结果进行排序。...Dplyr Distinct keep unique rows distinct 函数用于去除数据框中重复观测,仅保留唯一观测。它可以基于指定列对数据框进行去重操作,确保每个观测都是唯一。...Dplyr Join two tables join 函数用于根据指定键将两个数据框连接起来,可以根据共同变量将数据框进行合并,支持多种连接操作,如内连接、左连接、右连接和外连接等。...Dplyr Select keep or drop columns select 函数用于选择数据框中特定列,可以保留感兴趣变量,并且能够根据列名、位置或条件表达式进行灵活变量选择操作。

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《高效R语言编程》6--高效数据木匠

broom包提供了模型结果标准输出格式bit.ly[1] P.s,不知道为啥,这网站还得过墙,难道这是架设在了谷哥服务器。...使用变量名非标准化求值更高效,见R语言 dplyr传递参数_自由 平等~忠诚 奉献-CSDN博客[2]。只是函数名多了个下划线那么简单?...与基本R中类似函数不同,变量无需使用 $ 操作符就可直接使用,设计与magrittr包%>%管道操作符一起使用,以允许每个数据阶段写成新一行。其是一个大型包,本身可以看成一门语言。...dbConnect()函数连接数据库,dbSendQuery()查询,dbFetch()加载到R中。mongolite包可以连接MongoDB,MonetDB也可以。...如果两个都是新手,推荐dplyr。为了提升性能,可以设置键,类似数据库主键,方便二进制算法提取目标子集行。 ?

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Web 前端开发代码规范

1、防止意外创建了全局变量。 非严格模式下,为一个未申明局部变量赋值时会自动创建一个同名全局变量,这是Js程序中最容易出现错误之一,严格模式下这么做会显性抛出异常。...// 严格模式下会抛出异常 (function() { some = 'foo'; }()); 2、防止函数this指针意外指向全局。...当编写大量代码时,对象属性和函数参数很容易一不小心被设置成一个重复名字。严格模式在这种情况下会显性抛出错误 // 重复变量名,严格模式下会报错。...为了兼容第三方代码可能没有为严格模式做好准备而引发问题,最好把开启严格模式指令作用于自己独立模块/函数里。 3.6 推崇建议 —— 变量 声明变量必须加上 var 关键字....除了需要实例化一个对象,或罕见需要延时加载数据情况外,基本不需要使用new关键字。

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异步函数异常处理及测试方法

/ 可以 Javascript 异步函数抛出错误?...抛出错误是处理未知最佳方法。 同样规则适用于各种现代语言:Java、Javascript、Python、Ruby。 你可以函数抛出错误可以参照以下示例: ?...这是对它测试(使用Jest): ? 也可以从 ES6 类中抛出错误 Javascript 中编写类时,总会在构造函数中输入意外值。下面是一个例子: ? 以下是该类测试: ?...安排明明白白! 所以无论异常是从常规函数还是从类构造函数(或从方法)抛出,一切都会按照预期工作。 但是如果想从异步函数抛出错误怎么办? 可以测试中使用assert.throws?...换句话说,不能使用 assert.throws 来测试它。 让我们通过测试来验证一下: ? 测试失败了! ? 有没有悟出点什么? 看把你能,来抓啊 从严格意义讲异步函数和异步方法不会抛出错误

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【前端技能树-需要避免坑】Javascript 开发者容易花田里犯

原本会被忽略或悄无声息地失败代码错误现在会生成错误抛出异常,从而更快地提醒你,并更快地引导你找到它们来源。 防止意外全局变量。...没有严格模式情况下,将值赋给未声明变量会自动创建一个具有该名称全局变量。这是最常见 JavaScript错 误之一。严格模式下,尝试这样做会抛出错误。...没有严格模式情况下,对 this 值 null 或 undefined 引用将自动强制到globalThis 变量,这可能会导致许多意外错误。...但在严格模式下,引用 this 值为null 或 undefined 会抛出错误。 禁止重复属性名或参数值。...当严格模式检测到对象中重复命名属性或函数重复命名参数(例如,函数foo(val1, val2, val1){})时,会抛出错误,从而捕获代码中几乎可以肯定错误,否则可能会浪费大量时间来跟踪。

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谷歌阵地失守!ChatGPT又准又快,改bug完全不需要搜

问:在用PHP时候,没有传入数组情况下,extract函数返回了一个fatal error,代码 PHP 7.4中就正常运行,但在 PHP 8中有错误。...以前 PHP 版本中,如果没有传入数组,extract ()函数只会返回 false;但是 PHP 8中,如果没有传入数组,则会抛出一个致命错误。...此修改是为了提高函数健壮性,并防止意外输入引起潜在错误。...你可以通过使用 is_array() 函数检查传递给函数变量是否是数组,然后再调用extract () 还可以使用 array_key_exists() 函数检查传入变量是否为数组。...以下是一些可能引发问题主要变化: 如前面答案中所提到,如果没有传入一个数组,则extract()函数抛出一个致命错误; PHP 8.0中删除了foreach , array_keys()和current

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翻译连载 |《你不知道JS》姊妹篇 |《JavaScript 轻量级函数式编程》- 第 6 章:值不可变性

严格模式下,这些赋值都会抛出异常,因为 1 和 length 这两个属性原始数据类型字符串中都是只读。...下面这行代码会抛出错误,这无可厚非: // 尝试改变 x,祝好运! x = 3; // 抛出错误! 但再次重申,我们并不是要改变这个数据,而是要对变量 x 进行重新赋值。...想象一下,如果你的确允许 magicNums 这个变量所引用数组被修改,那么这个 const 关键词就极具混淆性了 —— 很确容易发生意外,不是?...如果你使用 const 声明变量来保存引用,这个变量的确没法被重新赋值了,那么……然后呢? 从这方面来讲,认为 const 反而增加了函数式编程困难度。结论是:const 并不是那么有用。...因为值是可被携带,但词法赋值并不是。你可以函数中传入一个数组,这个数组可能会在你没意识到情况下被改变。但是你其他代码预期之外重新给变量赋值,这是不可能发生

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10个实用但偏执Java编程技术

一起来看一看吧: 1.将String字符串放在最前面 为了防止偶发性NullPointerException 异常,我们通常将String放置equals()函数左边来实现字符串比较,如下代码:...所以使用-1是理所当然,对说不对,请看以下代码: ? 谁知道呢。也许到时候他们改变了编码方式,对字符串并不区分大小写,也许更好方式是返回-2?谁知道呢。 回到顶部 4.避免意外赋值 是的。...所以你可以将比较常量放置左侧,这样就不会发生意外赋值错误了。 回到顶部 5.检查Null和Length 无论如何,只要你有一个集合、数组等,请确保它存在,并且不为空。 ?...不相信我自己(不要意外覆盖值)。话虽如此,不相信我自己是因为… ? …这就是为什么所有的变量和参数都是final原因。 ? 8.重载时不要相信泛型 是,它可以发生。...回到顶部 9.总是Switch语句Default中抛出异常 Switch语句……它们其中一个可笑语句不知道该对它敬畏还是哭泣,但无论如何,既然我们坚持用switch,那我们不妨将它用得完美,看下面的代码

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10个实用但偏执Java编程技术

一起来看一看吧: 1.将String字符串放在最前面 为了防止偶发性NullPointerException 异常,我们通常将String放置equals()函数左边来实现字符串比较,如下代码:...所以使用-1是理所当然,对说不对,请看以下代码: ? 谁知道呢。也许到时候他们改变了编码方式,对字符串并不区分大小写,也许更好方式是返回-2?谁知道呢。 回到顶部 4.避免意外赋值 是的。...所以你可以将比较常量放置左侧,这样就不会发生意外赋值错误了。 回到顶部 5.检查Null和Length 无论如何,只要你有一个集合、数组等,请确保它存在,并且不为空。 ?...不相信我自己(不要意外覆盖值)。话虽如此,不相信我自己是因为… ? …这就是为什么所有的变量和参数都是final原因。 ? 8.重载时不要相信泛型 是,它可以发生。...回到顶部 9.总是Switch语句Default中抛出异常 Switch语句……它们其中一个可笑语句不知道该对它敬畏还是哭泣,但无论如何,既然我们坚持用switch,那我们不妨将它用得完美,看下面的代码

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GOGO-前端开发规范

1、防止意外创建了全局变量。非严格模式下,为一个未申明局部变量赋值时会自动创建一个同名全局变量,这是Js程序中最容易出现错误之一,严格模式下这么做会显性抛出异常。...// 严格模式下会抛出异常(function() { some = 'foo';}());复制2、防止函数this指针意外指向全局。...当编写大量代码时,对象属性和函数参数很容易一不小心被设置成一个重复名字。严格模式在这种情况下会显性抛出错误// 重复变量名,严格模式下会报错。...为了兼容第三方代码可能没有为严格模式做好准备而引发问题,最好把开启严格模式指令作用于自己独立模块/函数里。3.6  推崇建议—— 变量声明变量必须加上 var 关键字....除了需要实例化一个对象,或罕见需要延时加载数据情况外,基本不需要使用new关键字。

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Web前端开发代码规范(基础)

1、防止意外创建了全局变量。 非严格模式下,为一个未申明局部变量赋值时会自动创建一个同名全局变量,这是Js程序中最容易出现错误之一,严格模式下这么做会显性抛出异常。...// 严格模式下会抛出异常 (function() {     some = 'foo'; }()); 2、防止函数this指针意外指向全局。...当编写大量代码时,对象属性和函数参数很容易一不小心被设置成一个重复名字。严格模式在这种情况下会显性抛出错误 // 重复变量名,严格模式下会报错。...为了兼容第三方代码可能没有为严格模式做好准备而引发问题,最好把开启严格模式指令作用于自己独立模块/函数里。 3.6  推崇建议 —— 变量 声明变量必须加上 var 关键字....除了需要实例化一个对象,或罕见需要延时加载数据情况外,基本不需要使用new关键字。

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R语言数据处理:飞机航行距离与到达延误时间有什么关系??

这一点,想大部分使用EXCEL童鞋都深有体会,写论文时,这么多数据进行处理,手动汇总、筛选、变换,工作量实在是太大。...2.2 列名重命名 为了列名简单易懂,可以使用rename函数,进行列名重命名。...2.4 数据排序 为了数据整齐性,我们可以选择相应变量进行排序。这里要穿插一个排序函数arrange(),默认情况下,为升序排列,也可以对列名加desc()进行降序排序。...这种运算符编写方式使得编程者可以按数据处理时思路写代码, 一步一步操作不断叠加,程序可以非常清晰体现数据处理步骤与背后逻辑。...通过管道连接方式,数据或表达式传递更高效,使用向右操作符%>%,可以直接把数据传递给下一个函数调用或表达式。

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