在bookdown的管理下一本书的内容可以按章节分解成多个Rmd文件， 其中可以包含可执行的R代码， R代码生成的统计汇总结果、表格、图形可以自动插入到生成的内容中， 表格和图形可以是浮动排版的。...实际上， 也可以在_output.yml文件中设置一项rmd_files， 列出所有需要作为一章的文件，并以列出次序编译； 在index.Rmd的元数据中也可以指定一些 LATEX 的选项, 例如 fontsize...`index.Rmd`及`_output.yml`中的设置会嵌入到这个模板中，生成完整的单文档`tex`源文件....对于pdf_book格式，如果成功编译(#fn4 "4")， 也会弹出一个PDF预览窗口。可以在_book子目录中找到这个PDF文件。...'例' 推荐： 可以保存以下照片，在 b 站扫该二维码，或者 b 站搜索【庄闪闪】观看 Rmarkdown 系列的视频教程。
Rmarkdown作为一种将R等编程语言和Markdown的简洁语法结合在一起的增强版Markdown语法，其在报告输出、数据分析、沟通交流中的易用性和便利性已得到了足够的体现。...本文主要是展示如何使用Rmarkdown渲染pdf版中文报告（需要对Rmarkdown有一定了解）。...中文pdf渲染 在Rstudio中，File -> New File -> R Markdown，打开Rmarkdown新建对话框。使用从模板新建，创建CTex模板文件。...暂时也不确定是怎么回事，反正我去查看rticles包的github备份，里面的ctex也没有template.tex 由于RMarkdown的输出格式是在YAML头文件里面的output控制的，而相应的格式输出其实是调用相应的输出函数...: yes toc: yes 搭配好模板中已经存在的documentclass: ctexart信息就可以在RMarkdown中正常使用CTex了，保存修改后，点击Knit to PDF
对于专注于用 R 语言写报告的数据分析师来说，rmarkdown 既提高了数据分析工作的便捷性，也提高了数据分析报告的复用性。...R配套软件包tinytex可以帮助你在将LaTeX或R Markdown文档编译为PDF时自动安装缺少的LaTeX软件包，并确保将LaTeX文档编译正确的次数以解决所有交叉引用。...但是，经过试验发现， 表中中有中文时pander包会出错。...接下来我对部分相对不错的模板进行展示，你可以直接复制我的头部文件到.rmd格式中，或者打开模板窗口进行选择（操作在下面）。...这个我在文稿和教程中说的挺清楚了。
Rmarkdown 简介 Rmarkdown 是 R 语言环境中提供的 markdown 编辑工具，运用 rmarkdown 撰写文章，既可以像一般的 markdown 编辑器一样编辑文本，也可以在...rmarkdown 中插入代码块，并将代码运行结果输出在 markdown 里。...对于专注于用 R 语言写报告的数据分析师来说，rmarkdown 既提高了数据分析工作的便捷性，也提高了数据分析报告的复用性。...视频已经非常清楚的介绍了Rmarkdown如何使用，内部构造、不同的输出类型，以及其他拓展（发布，与github相连）等。我们先对此进行简单了解即可，之后几期我会详细介绍。...RStudio 网站提供了一个 R Markdown 使用摘要下载：(rmarkdown-2.0.pdf)[rmarkdown-2.0.pdf]。Pandoc 的文档见pandoc 网站[5]。
本文将通过展示各自生态中主要进展来谈一下两种语言各自的一些优势。 1. R 用于研究 ? 如果让我不得不用一个词来形容 R，那就是：tidyverse。...想象一下，有一个可以运行的报告，并创建了一个易于共享的 HTML 页面或 PDF 以与您的团队共享。这绝对是比每个星期一早上在 Excel 中点击数百次更惬意的方法。...想象一下，您的团队聚在一起进行周一下午的计划会议，已经查看了在 Rmarkdown 中创建的上一周的报告，并使用协作式 Shiny Web 应用程序运行模拟以确定下一步将数据引导到何处。...R 总结 由于 tidyverse，R 在用于研究时确实非常特别，它简化了数据整理和可视化过程。坦率地说，精通 tidyverse 后，在 R 中处理数据时，您的工作效率将提高 3-5 倍。 2....但是，这对我的日常生活有多大作用呢？大约为零。为什么？因为我是用 SQL 数据库的商业分析师和数据科学家。我更多的兴趣是 Python 如何帮助我更好地挖掘信息并将结果用于生产。 ?
但是存在一个问题：Latex 最后输出的是 pdf 版本，如果你想把他部署到自己的个人网站上，可能就比较费劲了（害，是我不会）。...所以请教了李康国学弟之后，我又尝试了下使用 Rmarkdown 构建 cv 并将其部署到 gitee中，这样所有人都可以通过网址访问我的 cv 了。...y叔和生信菜鸟团写过使用latex构建cv的推文，但是他们介绍的是使用nstrayer 在github[1]分享的一个 project。 这个方法我尝试了一下，确实对新手不是很友好（没错，是我）。...找到html格式 这个就是一个静态的网站了，之后我们的工作就是将其部署到 gitee/github 中。...让你的想法让跟多人看到吧。 小编今晚（8:00）会参加一个公众号分享会，下次给大家分享录制的视频和课件（写轮眼制作）。
RMarkdown渲染成pdf是先渲染成LaTeX，然后再转成pdf的，所以上面的准备工具中也可以看到需要安装一种LaTeX编译环境图片Rmd输出过程首先R Markdown会将Rmd文件转化为一个名为...先放出最终解决在新建rmd文件时，选择CTeX模板，并按如下格式修改头文件documentclass: ctexartkeywords:output: pdf_document:...因此，要做到以下几点：在系统修改UTF-8编码CTeX格式为唯一支持中文rmd输出为pdf的格式必须保证output的latex_engine: xelatex在下一次尝试输出pdf文件时，请关闭先前打开的所有...pdf文档友情链接rmarkdown官方帮助文档如何在Linux系统rmd转pdf？...输出PDF的设置1.5w字的Rmarkdown入门教程汇总
简介 这些年来，我记了一些笔记。包括：研究思路，我见过的R软件包，要做的事情等。我正打算在我的博客上公开一些笔记。对我来说，这将是一个更易于搜索和整理的笔记，但也可以让其他人从中受益。...提高生产力的R包 blastula[3]是用于在R中创建漂亮的自定义电子邮件的程序包。...citr[5] 创建一个RStudio插件，用于在R Markdown文档中插入引用。 emo[6]可用于轻松地将表情符号添加到R Markdown文档中。...colorblindr[14]可以在可投入生产的R图形中模拟色盲。 emoGG[15] 可用于将表情符号添加到你的ggplots中。...站扫该二维码，或者b站搜索【庄闪闪】观看Rmarkdown系列的视频教程。
在左边菜单选择新建cv，界面如下： ? 界面预览 具体如何注册，我在此就不做过多解释了，自行解决噢，嘿嘿。 点击进入后，就可以看到有非常多的简历模板了，你可以挑选自己喜欢的模板，界面如下： ?...小编有话说 花了一个下午时间，整理了下自己的cv，也算是对前几年工作做个总结（其实没啥工作，履历单薄，出身低）。下面是我履历，献丑一下： ? ?...>> 但是存在一个问题：这样构建的cv最终只有pdf版本，如果你想部署到你的个人网站，那就比较困难。...所以我又请教了下李学弟，学习了下他使用Rmarkdown构建的cv，这个我将在下期进行推送。...Rmarkdown视频新增两节视频（写轮眼幻灯片制作）需要视频内的文档，可在公众号回复【rmarkdown】
你在职业生涯中阅读的几乎所有论文都是使用 LaTeX 编写的。那么，让我们看看它是如何工作的！ 为什么选择 LaTeX？ 多年来，只要有人需要创建包含数学公式的文档，LaTeX 就成了首选工具。...每当你需要符号但不知道命令时，请使用 这个网站 。你所要做的就是绘制符号，然后右侧会出现建议。 在 LaTeX 中创建表格会特别烦人。我通常在 这里 这样做，然后要求网站生成相应的代码。...MathJax 是你可以让 LaTeX 在博客中呈现的方式之一！.../amsmath/amsldoc.pdf)。...代码块 listing 包 允许在 LaTeX 文档中插入编程代码。你可以突出显示代码，或指定你选择的语言，并让包自动为你添加特殊单词，注释等。 这里 带有示例的指南。
的文档中插入图片/表格 进行简单的版面设置 TeX 家族 其他 基本使用方法 准备工作 你可以点击这里，直接下载Latex2.9.7031 windows 版本 或者，在这里下载你需要的版本 然后一步步安装即可...如下图： 请注意，在 Windows 平台上，TeX 涉及到的文件（包括 .tex, .jpg 等各类文件）都不要包含中文名字。否则，在编译时可能会因为编码问题导致稀奇古怪的报错。...\end{document} 第一次使用的时候，会让你安装一系列的控制序列，你只要点击install即可。...因此，「大神们」在为新手介绍 TeX 的时候，如果互相争论 「XXTeX 比 YYTeX 好」或者是「XXTeX 的 YYTeX 如何如何」，往往会蹦出下面这些带有 TeX 的词汇： TeX, pdfTeX...XeTeX - XeLaTeX 高德纳教授在实现 TeX 的当初并没有考虑到中日韩等字符的处理，而只支持 ASCII 字符。
在准备翻译的时候，我静下来思考了一下二个问题。一是互联网时代在兼顾图书质量的同时怎么充分考虑读者阅读体验？二是什么是当下最为成熟的图书写作工具？特别是与数据科学密切相关的统计类图书的写作与出版。...在书稿模板的选择与测试过程中遇到了很多的坑，幸运的是逐个踩过来了，但从 TEXTEX 到Rnw(Sweave+R), 再到Rmd (Knitr + R), 最后到Bookdown, 共经历了 4 个模板...针对代码伴随，早期对这类图书有二个解决方案： Sweave/knitr + R 本质上它是在 TEXTEX 嵌入R代码块，并由R在后台运行后将结果也嵌入到 TEXTEX 中，再由 TEXTEX 的编译引擎生成...前者以pdf类图书为主呈现给读者，同时可以完成标注等工作；后者以文字型的电子图书为主，消磨时间为主；而平板的使用者逐渐成为电子类图书的新势力，包括pdf和epub之类的电子书。...目前Bookdown可以生成三类图书: gitbook，可自由出版在git pages上 epub, 发表到大量的电子图书平台上 pdf, 正规的图书出版公司以电子或纸质形式出版 推荐： 可以保存以下照片
优势： 完全开源，向收费说不 完全自定义，想干啥就干啥 静态网站，很容易部署到 Internet 支持 LaTeX，可以直接导出 tex 文档 导出排版好的 PDF 文档和 kindle 文档 写完后直接排序组合...而 RMarkdown 是建立在 Markdown 基础之上的一种语言，旨在方便将文本和代码混合在同一个文件中。 用途:Markdown 主要用于编写格式化文本，如网页、文章、文档等。...而 RMarkdown 则专门设计用于数据分析与报告，允许在同一个文件中交织代码 (通常是 R 代码) 和文字说明。 代码执行:Markdown 无法直接执行代码，只能将代码块展示为格式化文本。...而 RMarkdown 可以执行嵌入的代码块，将结果动态渲染到文档中。这对于分析报告和可重复研究非常有用。 输出格式:Markdown 通常会被渲染为 HTML、PDF 等格式。...而 RMarkdown 主要由 R 生态圈中的工具支持，如 RStudio IDE。
到今年，我也从湿实验的工作转到几乎全是干实验的生信工作，由于需求驱动的影响，相信以后的我的生信的学习速度会进一步加快。 ?...R：ROCR包用于ROC分析 R：purrr包用于循环迭代 R：STRINGdb包用于string蛋白互作分析 R：如何使用RMarkdown渲染中文pdf报告 R：R调试工具 R：gtable包用于处理...R进一步学习 S4类：R中的高级话题：类，主要是S4类，目前个人阅读S4类的代码是比较舒服的，很有结构感，但是我还没有实际写过S4类的工具函数，这个方向要进一步加深学习，我现在能想象到它对代码的可维护性的提高非常有效...我觉得写R包应该是需求优先，届时我可能会尝试去写的R包是以下三个之一： R中的ggplot2原生不支持填充图案，但是图案填充在黑白色的图形可视化中非常重要；我记得有一个pattern plot包可以实现...需要先保存一批饼图、柱状图、boxplot等，然后再将其嵌入到图形中，虽然ggimage很赞，但是它与我设想中的在双维度ggplot2图层的实现还是不完全契合，如果只靠一个图层就可以完成这个工作就真的很有意思了
Rmarkdown简介 想必熟悉小洁老师的学员们都有看过小洁老师发的如何做好你的R语言笔记,这也是马拉松课程的课前准备工作的一项——学习如何记录笔记。 那什么是Rmarkdown呢？...代码块可以包含任何有效的R代码，并且可以在文档中的不同位置重复使用。 多种输出格式：R Markdown支持多种输出格式，包括HTML、PDF、Word、Markdown等。...动态生成结果：R Markdown可以自动执行R代码块，并将结果嵌入到文档中。这意味着你可以在文档中显示数据摘要、统计摘要、图表、表格和其他分析结果，而无需手动复制和粘贴。...此外，由于代码和结果是在同一个文档中，因此你可以轻松地重复执行和更新分析，确保结果的一致性和可重复性。...引自chatGPT的解释，BioinfoArk提供的中国区chatGPT Rmarkdown使用 新建：打开Rstudio，在New File里面选择RMarkdown 设置相应的开头部分：输入标题、
★借助于R的knitr和rmarkdown扩展包的帮助， 可以在Markdown格式的源文件中插入R代码， 使得R代码的结果能够自动插入到最后生成的研究报告中。”...我们可以将Rmd 理解为，可以在md 文档中运行R 代码，并能将R 代码的运行结果最终输入到输出报告中的文件。 输出格式可以是HTML、docx、pdf、beamer等。...日期 这里先提一下Rmd 的行内代码特性，行内代码的结果插入到一个段落中间， 代码以r`开头，以```结尾， 如r sin(pi/2)``在结果中会显示为1。...用Markdown来写作[2] 先前提到过，Rmd 的行内代码特性，行内代码的结果插入到一个段落中间， 代码以r`开头，以```结尾， 如r sin(pi/2)``在结果中会显示为1。...rmarkdown::render()命令编译有重要差别： 用Knit图标编译，Rmd文件中的程序会在一个崭新的会话中执行， 当前会话中已经定义的函数、变量、导入的扩展包不会影响到编译结果； 用rmarkdown
点击下方公众号，回复资料分享，收获惊喜 简介 师弟师妹的文章需要修改，所以趁这个机会，把一些科研写作中容易出现的坑整理出来。庄小编打算开个新的系列，整理自己在科研写作方面的笔记。...如果你对 LaTeX 写作不了解并感兴趣的话，可参考教程：书籍分享｜一份（不太）简短的 LaTeX 介绍 、如何下载使用期刊的 LaTeX 模板、R沟通｜使用latex模板构建个人履历。...搜索方式：使用谷粉学术[2]搜索文章，点击引用，下载 BibTeX 格式，加入到 .bib 文件中。 以谷歌学术为例 b. 参考文献需要一致。 c. 注意细节： 1)....最好将图片放到新的文件夹中（例如：figure，然后使用上述（figure/xx.pdf）加载图片）。 d....教程（4） R沟通｜Rmarkdown教程（3） R沟通｜Rmarkdown教程（2） 写作
注： 接下来的教程我是已经安装这些包了，没安装的记得提前安装好！不然运行会出错。...软件包提供了各种期刊和出版商的模板： JSS articles (Journal of Statistical Software) R Journal articles CTeX documents(中文pdf...输出pdf是需要配置tex环境的哦！建议安装Tinytex，具体安装教程见前面。 ?...接下来我对部分相对不错的模板进行展示，你可以直接复制我的头部文件到.rmd格式中，或者打开模板窗口进行选择（操作在下面）。...以下模板也可以通过这种方式构建，前提是你安装了这个包，这样你就可以在From Template中找到该包对应的模板了。
在本指南中，我们想向您展示如何使用现在提供的一些奇妙，免费的工具和软件包编写美观，可重复的报告。这些工具将帮助您交流科学知识，并希望您再也不会复制和粘贴R输出。...不仅如此，我越来越多地使用markdown进行笔记和报告写作。 因为它是纯文本，所以您可以在任何程序中编写markdown。但是，最好的测试编辑器还允许您以格式化的html格式查看代码。...knitr 报告 该 knitr 软件包的编写是在单个文档中结合了RMarkdown和R代码的元素 。从一个例子开始。...避免麻烦 我们建议您使用 setwd() 中的脚本。这在这里更重要。在Rmd文件中更改工作目录将导致麻烦。因此，建议您假设所有Rmd文件都在项目的根目录中运行，以使其运行。...---- 参考文献 最受欢迎的见解 1.如何解决线性混合模型中畸形拟合(SINGULAR FIT)的问题 2.在UBUNTU虚拟机上安装R软件包 3.WINDOWS中用命令行执行R语言命令 4.R
领取专属 10元无门槛券
手把手带您无忧上云
云服务器
ICP备案
实时音视频
云直播
对象存储
