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Nucleic Acids Research | PROTAC-DB:PROTACs在线数据库

今天给大家介绍的是浙江大学侯廷军教授团队发表在Nucleic Acids Research上的一篇文章“PROTAC-DB:an online database of PROTACs”。蛋白水解靶向嵌合体(PROTACs)是一种通过泛素-蛋白酶体系统选择性降解靶蛋白的新型治疗技术,具有传统抑制策略无法比拟的优势。目前PROTAC的设计仍然是一个巨大的挑战,为了对PROTACs进行合理设计,本文提出了一个基于Web的开放式数据库PROTAC-DB,它集成了PROTACs的结构信息和实验数据。目前,PROTAC-DB已经囊括了1662个PROTAC、202个弹头(靶向目标蛋白质的小分子)、65个E3配体(能够招募E3连接酶的小分子)和806个Linker以及它们的化学结构、生物活性和理化性质。其中,PROTAC-DB详细提供了弹头和E3配体的生物活性以及PROTAC的降解能力、结合亲和力和细胞活性。PROTAC-DB可以通过两种常用的搜索方法进行查询:基于文本的(靶点名称、化合物名称或ID)和基于结构的。

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J. Phys. Chem. C | 基于自然语言处理的材料化学文本数据库

今天为大家介绍的是来自Kamal Choudhary团队的一篇论文。在这项工作中,作者介绍了ChemNLP库,它可用于以下方面:(1)整理材料和化学文献的开放访问数据集,开发和比较传统机器学习、transformer和图神经网络模型,用于(2)对文本进行分类和聚类,(3)进行大规模文本挖掘的命名实体识别,(4)生成摘要以从摘要中生成文章标题,(5)通过标题生成文本以建议摘要,(6)与密度泛函理论数据集集成,以识别潜在的候选材料,如超导体,以及(7)开发用于文本和参考查询的网络界面。作者主要使用公开可用的arXiv和PubChem数据集,但这些工具也可以用于其他数据集。此外,随着新模型的开发,它们可以轻松集成到该库中。

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