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探究某个基因外显覆盖度情况【直播】基因87

一般情况下,我们得到了测序reads在基因比对情况文件bam格式,里面的信息非常多,如果想特定查看某个基因情况,那么我们可以选择IGV等可视化工具,但它并不是万能,因为即使是一个基因,它也会有多个转录本...以前写过批量IGV截图(点击直达),但是大部分基因长度都超过了37Kb,超过了IGV窗口浏览限制。...所以,我们可以画它外显覆盖图,下面是一个例子:横坐标是外显长度,纵坐标是测序深度,每一个小图都是一个外显 ?...(当然,这个肯定不是啦,很正常哦) PS:请忽略上图外显不是按照数值大小排序,只是因为当初对ggplot还不是很熟悉,不知道调整factor就可以改变出图顺序。...那么,我们该如何画这样图呢? 首先,我们需要找到需要探究基因全部转录信息,及外显信息! 这里hg19_refGene.txt直接从annovar数据目录拿到

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学完计后,马上在「世界」造了台显示器,你敢信?

前言 今天主题十分有趣,我们将在世界(Minecraft)这个游戏里,靠一个个逻辑门来组合实现一个简单七段显示器,可以实现将选择数字输出在显示器上。...和四位自然二进制码不同是,它只选用了四位二进制码中前 10 代码,即用 0000~1001 分别代表它所对应十进制数,余下代码不用,便是 8421BCD 码六种冗余状态。...为了不被复杂电路套进去,专注于原理,显示器进行了化简,功能为可以选择将 0、1、2、3 这四个数输出在显示器上。...七段数字显示器由七个发光二极管构成,七段 a,b,c,d,e,f,g 分别对应一只发光二极管,利用不同组合,可以显示十进制数字 0 到 9。 ?...显示译码器把 BCD 码作为输入编码,通过译码器产生一信号,用于驱动七段数字显示器。 ? 七段显示器 A、B 为输入 BCD 码,a,b,c,d,e,f,g 则是对应编码输出信号。

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ilus: 这是一个轻量级全基因(WGS)和全外显(WES)最佳实践分析流程生成器

在后来日子里,又合作完成了多个大规模的人类基因学科研项目,在这个过程中关于大规模 WGS 数据分析(数量从数千到十万、乃至百万级别)已经是家常便饭。...自己也积累了更多属于大数据基因研究策略、方法论和最佳实践,还在整理之中,现在把其中一部分做成 Python 工具包分享给大家。...它是一个全面的、轻量、可拓展且易用半自动化全基因(Whole genome sequencing, WGS)和全外显(Whole exom sequencing,WES)分析流程生成器,是以前这篇文章所提供代码高级版本...全基因和全外显数据分析 ---- 全基因数据分析流程(WGS)运行脚本通过 ilus WGS 来生成,用法如下: $ ilus WGS --help usage: ilus WGS [-h]...而且 ilus 所输出结果是以样本为文件夹作区分,因此在相同输出目录下,只要样本编号是不同,那么不同批次数据就不会存在相互覆盖问题。

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数据挖掘知识脉络与资源整理(九)–柱形图

没有特定顺序名称(例如,项目名称、地理名称或人名)。 堆积柱形图和三维堆积柱形图 堆积柱形图显示单个项目与整体之间关系,它比较各个类别的每个数值所占总数大小。...百分比堆积柱形图和三维百分比堆积柱形图 这些类型柱形图比较各个类别的每一数值所占总数百分比大小。百分比堆积柱形图以二维垂直百分比堆积矩形显示数值。...三维百分比堆积柱形图以三维格式显示垂直百分比堆积矩形,而不以三维格式显示数据。当有三个或更多数据系列并且希望强调所占总数大小时,尤其是总数值对每个类别都相同时,您可以使用百分比堆积柱形图。...你家电线红色是不是火线,红色是不是正极,虽然上图没有错,但是我们想换一下,正为红色,负为蓝色咋办?而且想要旁边图例了,怎么办?...width = 0.5) ggplot(pg_mean, aes(x = group, y = weight)) + geom_bar(stat = "identity", width = 1) 那如果是一条形图想让他们中间有点缝隙怎么办

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常用shell命令归纳总结

大家好,又见面了,是全栈君。 一.首先,什么是shell shell翻译成壳意思,它是包裹在linux内核外层,一个可通过一系列linux命令对操作系统发出相关指令的人机界面。...ls -lg 同上,并显示出文件所有者工作名。 ls -R 显示出目录下以及其所有子目录文件名。 3.cd 改变工作目录 语法:cd [name] name:目录名、路径或目录缩写。...diff file1 file2 比较文件file1 与 file2 内各行不同之处。.../bin/bash function foo() { #定义局部变量i local i=0 #定义局部变量total,传入foo 参数总数 local total=$# #输出参数总数...alias 别名,alias l=’ls -al’ export export 可以把 bash 变量向下带入 bash (即 bash 中可以使用父 bash 变量),从而让进程继承父进程中环境变量

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在iOS中怎样创建可展开Table View?(下)

(上) 展开和合拢 猜这部分可能是你最期望了,因为本次教程目标将会在在部分实现.第一次我们设法让顶层cell,在它们点击时候展开或者合拢.以及显示或者隐藏合适cell....使用了动画方式来重新加载点击cell,但是如果你不喜欢这种方式,你可以修改....我们设置了显示选中cell值,作为顶层celltextLabel文本内容. 当顶层cell不是展开时候,我们做了标记. 我们会把所有的cell标记为不可见....tableView方法,主要特点就是在一个plist文件中,所有cell描述都使用具体属性.向你展示了当cell显示,打开或是选中时候,如何使用代码处理cell描述列表;此外,给了你一个方法通过用户输入数据来直接更新它...(例如,将cell描述列表保存到文件),然而,那已经超出了我们目标;我们最开始所想是实现一个可展开tableView,根据需求显示或隐藏cell,以及我们最终所做.相信,在这篇教程中你会找到左右有用信息

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使用SMM监控Kafka集群

SMM非常聪明,可以仅显示那些将数据发送到选定Topic生产者,并且仅显示那些从这些Topic中消费消费者。筛选对四个实体中任何一个进行选择。...此页面为您提供有关生产者、Broker、Topic和消费者总数信息。它还提供了有关生产者和消费者更详细指标。...监控Topic 查看集群中Topic总数 您可以在“ 概览”页面上查看Kafka集群中Topic总数 。 ?...• 如何看待本Topic保留率? • 如何查看此Topic复制因子? • 如何看到与此Topic相关生产者和消费者? • 如何在指定时间范围内找到进入该Topic消息总数?...查看消费者资料 消费者配置文件显示有关每个消费者详细信息,包括: • 中包含消费者数。 • 中消费者实例数量。 • 有关消费者滞后详细信息。 要访问消费者个体资料: 1.

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从一道关于定时任务面试题说起。

同样逻辑跑了两次,一下就瓜起了涩,这肯定不是我们想要结果。 问:这个情况你怎么处理? 在实际开发过程中,理解大家理论上都会遇到这个问题。...标号为 ② 和 ③ 地方是两台服务器都运行起来情况,同样代码、同样配置,跑在不同端口而已。...如果想要充分把机器利用起来,让两台机器都来处理这 100w 笔订单,各自处理 50w 条,时间不就缩短了吗?...首先,shardingTotalCount 叫做作业分片总数,在前面的例子中,作业分片总数一共是 3 片: 第一(第一片):0,3,6,9 第二(第二片):1,4,7 第三(第三片):2,5,8...假设停止运行一个服务,由于是 zk 临时节点,这个地方就会变成 2 个: sharding 节点 作业分片信息,节点是分片项序号,从零开始,至分片总数减一。

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示例详解VBASplit函数

标签:VBA,Split函数 使用VBA时,有可能需要根据分隔符将字符串拆分为不同部分。此时,就可以使用VBASplit函数。...如果给出一个长度为零字符串(“”),函数将返回整个“Expression”字符串。 3.参数Limit,可选,指定要返回字符串总数。...此外,将Split函数结果赋值给数组时,该数组必须声明为字符串数据类型。如果将其声明为变量数据类型,则会显示类型不匹配错误)。在上面的示例中,已将strResult()声明为字符串数据类型。...图5 如果想要将单行地址拆分为消息框中显示格式时,可以使用。然后,可以创建一个自定义函数,该函数将返回分为三部分地址(每一部分在新行中)。...,另一个是要返回元素位置,Split函数拆分并将其赋值给结果变量

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iReport 设计介绍「建议收藏」

= null) try { stmt.close(); } catch (Exception ex2) {} } } } 调用这个方法,传递作为不同数据连接,你可以得到你想要数据从不同数据库。...在表达式中提到了参数,变量和字段,报表定义语法概要: $F{name_field} 指定字段名 (F means Field) $V{name_variable} 指定变量名 $P{name_parameter...报表代表一种独立元素,因为他使用起来很复杂,也将接触他们在一个单独章节。 这些元素被插入bands。特别是每一元素都不能合放在一个band中。...将运行这个sql查询,分析结果以便你去选择想要显示字段名称。...图8.8 图8.9 报表中数量可能是任意不确定,一个可能被一个父包含,父包含其他。结果就是一个列表。

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python模块之re正则表达式详解

groups()则仅返回一个包含唯一或者全部元组。如果没有要求,那么当group()仍然返回整个匹配时,groups返回一个空元组。下面一些函数示例会演示到此方法。...如果匹配成功,就返回一个匹配对象;如果匹配失败,就返回 None,匹配对象方法 group()方法就能够用于显示那个成功匹配。 示例如下: ?...subn()和sub()一样,但subn()还返回一个表示替换总是,替换后字符串和表示替换总数一起作为一个拥有两个元素元组返回。 示例: ?...分组 有时在匹配时候我们只想提取一些想要信息或者对提取信息作一个分类,这时就需要对正则匹配模式进行分组,只需要加上()即可。 示例: ?...由以上例子可以看出,group()通常用于以普通方式显示所有的匹配部分,但也能用于获取各个匹配。可以使用groups()方法来获取一个包含所有匹配字符串元组。

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【冲击蓝桥篇】动态规划(下):你还在怕动态规划!?进来!答题模板+思路解析+真题实战

状态可以是原问题某个维度变量,如数组索引、字符串长度等。 确定状态转移方程:分析问题之间关系,找出状态之间转移关系。这可以通过观察问题特点和递推关系来得到。...下面以一个经典动态规划问题——「爬楼梯」为例进行说明: 问题描述:假设有一个n级楼梯,每次可以爬1级或2级,求解爬到第n级楼梯不同爬法总数。...分析思想: 定义状态:令dp[i]表示爬到第i级楼梯不同爬法总数。...迭代计算:根据状态转移方程和边界状态,通过迭代计算dp数组值,从dp[3]开始计算,一直计算到dp[n]。 求解原问题:最终得到dp[n]即为爬到第n级楼梯不同爬法总数。...举一反三 动态背包 思想总结 这类应用于一类优化问题,其中需要在给定选择中做出最优决策,以获得最大收益或最小成本可以通过以下步骤来思考和解决: 定义状态:首先,需要明确问题状态。

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top命令

行),但行数被认为是无限,在正常显示模式下,如果没有参数,top将尝试使用COLUMNS=和LINES=环境变量(如果设置)格式化输出,对于参数,输出宽度只能减小,不能增大,无论是使用环境变量还是带有...,当您选择显示命令行时,没有命令行进程(如内核线程)将只显示程序名,此字段也可能受视图显示模式影响,注意COMMAND字段与大多数列不同,不是固定宽度显示时,它加上任何其他可变宽度列将分配所有剩余屏幕宽度...ENVIRON: Environment variables,显示各个进程看到所有环境变量(如果有),这些变量将以原始本机顺序显示,而不是您习惯于用非限定set看到排序顺序,注意ENVIRON字段与大多数列不同...SUPGIDS: Supplementary Group IDs,建立或从任务父级继承任何补充ID,它们以逗号分隔列表显示,注意SUPGIDS字段与大多数列不同,不是固定宽度显示时,它加上任何其他可变宽度列将分配所有剩余屏幕宽度...SUPGRPS: Supplementary Group Names,登录时建立或从任务父级继承任何补充名称,它们以逗号分隔列表显示,注意: SUPGRPS字段与大多数列不同,不是固定宽度

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Linux系列之管理用户环境变量

因为是进程范围,所以它们被任何shell或进程所继承。 「shell变量」:通常以小写字母列出,并且只在它们被设置shell中有效。...export将会把你当前环境中新值,设置到任何新fork进程中,允许新进程继承导出变量。...export HISTSIZE 注意:进行任何更改之前,你也许想要保存一份当前值副本echo $VARIABLE> ~/valueOfVARIABLE.txt,或者你甚至可能想保留一份所有当前变量值副本...它有一占位符,用于显示你想在shell提示符中显示信息: \u 当前用户名字 \h 主机名 \w 当前工作目录基本名称 image.png PATH变量 PATH变量控制shell在系统中何处查找命令...让我们来看看哪个目录存储着环境变量: echo $PATH image.png 这是终端来搜寻任意命令所有目录。每个目录通过冒号(:)进行分隔。

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这篇6+分文章教你进阶疾病分型扩展分析!

TCGA癌旁样本根据其PAM50分亚型进行分层,并进行单变量Cox回归分析,发现该队列中分子亚型与结局无显著相关性(对数秩p > 0.1)。...结果显示,DE基因总数减少与距原发性肿瘤距离有关(FDR≤0.05和LogFC≥1),在每个比较中上调基因趋势大于下调基因。...图3 每个转录中组织磷酸蛋白质谱表现出与不同生化和信号传导过程相关蛋白质中磷酸化和激酶活性改变 代谢亚型 相对于免疫、基质/EMT和nc富集亚型,代谢亚型(n = 11)表现出其转录和磷酸蛋白质特征最大整体失调...5.与HN组织相关翻译元件功能特征概括了转录亚型 通过具有样本特异性转录学(PIT)去鉴定和推断样品中所有翻译基因元件(TGEs),分析报告显示,TGEs总数随着与原发肿瘤距离增加而减少...,通过PCA分析标本表达谱显示匹配癌旁组织学正常(HN)组织在其转录谱中表现出异质性,后又通过对肿瘤及正常组织标本进行PAM50单样本预测因子、单变量Cox回归分析,发现癌旁匹配HN组织显示肿瘤相关特征

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没有人能阻挡通过面试

面相成熟大哥:曾经参与过某商务系统研发,负责整个系统数据采集分析工作。 :能详细介绍工作内容,以及用到技术吗? 面相成熟大哥:主要使用Excel :what?...:等等,你21岁,工作4年了? 面相成熟大哥:对,每年放假都去实习,相当于4年工作经验了。 :。。。。。。 4 此时才发现,面试官也不是这么容易当。...HR:OK 7 两天后 :请介绍一下自己 面相朴实大哥:面试官你好,涵,今年25岁,有8年Java开发经验。 :???...:好哒 关掉微信,严肃脸 第二题: 请编程获取今天日期, 以及明天日期, 注意跨年和跨月情况判断 :这有道笔试题你们做一下 平凡小哥:还有跨年跨月,条件判断有点难啊,还有大小月,闰年什么...草帽海贼团同行者都有自己故事,面试官都希望找到能一起奋斗伙伴。 每个面试官风格不同。 有的喜欢问算法思路,有的喜欢考校知识面,还有的看重过往工作履历。

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