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使用fasterq-dump命令sra格式数据换为fastq格式遇到问题

从NCBI下载了一些转录组数据,这里用到下载工具是kingfisher ,github链接是 https://github.com/wwood/kingfisher-download 下载方法选是...aws-http (下载速度超级快) 默认会将sra格式换为fastq格式,使用到工具是fasterq-dump这个工具,试了几次一直遇到报错,所以就将下载格式默认选择为sra 需要制定参数-f sra...想是后续再单独转成fastq格式 下载完成后转化fastq格式还是有问题,使用fasterq-dump命令有时候可以成功,但是有时候就会卡住,卡住后按ctrl+c命令也不能退出,只能关掉窗口重新链接服务器...github.com/ncbi/sra-tools/issues/463 大家问题基本都是一样 计算机集群,slurm这个命令提交系统 BeeGFS 这个存储系统 和我硬件情况一样 没有找到解决办法...,如果没有下载就指定 SRR5187763 不带后缀名sra 文件下载好以后转换起来还是相当快 大家如果遇到这个问题也可以试试这个替代方案

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读取文本内容转换为特定格式

1 问题 在完成小组作业过程中,我们开发“游客信息管理系统”中有一个“查询”功能,就是输入游客姓名然后输出全部信息。要实现这个功能就需要从保存到外部目录中读取文本并且复原成原来形式。...2 方法 先定义一个读取文件函数,读取内容返return出去 定义一个格式转化函数,转换完成数据return出去。 通过实验、实践等证明提出方法是有效,是能够解决开头提出问题。...read_file(filename): f = open(filename,encoding='utf-8') data=f.readlines() f.close()return data# 文件转化成字典...new_dict[line[0]] = line[1] new_list.append(new_dict) return new_list 3 结语 针对读取文本内容转换为特定格式问题...,提出创建读取和转化函数方法,通过代入系统中做实验,证明该方法是有效,本文方法在对已经是一种格式文本没有办法更好地处理,只能处理纯文本,不能处理列表格式文本,未来可以继续研究如何处理字典、列表等格式

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面试官:请使用 OpenGL ES RGB 图像转换为 YUV 格式 ……

最近,有位读者大人在后台反馈:在参加一场面试时候,面试官要求他用 shader 实现图像格式 RGB YUV ,他听了之后一脸懵,然后悻悻地对面试官说,他只用 shader 做过 YUV RGB...OpenGL 实现 RGB YUV 好处 使用 shader 实现 RGB 到 YUV 图像格式转换有什么使用场景呢?在生产环境中使用极为普遍。...glReadPixels 大家经常用来读取 RGBA 格式图像,那么用它来读取 YUV 格式图像行不行呢? 答案是肯定,这就要用到 shader 来实现 RGB 到 YUV 图像格式转换。...前面小节已经提到,先说下一个简单思路: 先将 RGBA 按照公式转换为 YUV 如(YUYV),然后 YUYV 按照 RGBA 进行排布,最后使用 glReadPixels 读取 YUYV 数据,由于...shader 实现 RGB YUV 原理图 我们要将 RGBA 转成 YUYV,数据量相比于 RGBA 少了一半,这就相当于两个像素点合并成一个像素点。

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PHP开发之jpng图片转换为png格式

上午遇到了一个需求.就是小程序生成码拼接个文字.小程序生成二维码也好.小程序码也罢.这些之前都有接触过.三下五除二就生成了.接下来工作也是需要进行文字拼接. /** * @param...} 之前用Qrcode类库生成二维码.图片传入也是成功拼接.这次也是轻车熟路.谁知半路翻车.说生成图片不是png格式图片....(小程序生成二维码小程序码) ?   看着后缀名png格式落下了眼泪.难道是一个披着羊皮狼?...利用函数getimagesize获取一下图片信息.这张图片是个jpng格式图片.所以这里也是需要将jpng格式图片转换为png格式图片才行了....$tmp.' can not write'); } } } 这样也是jpng格式图片转换为了png格式图片.在调用上面的拼接函数.就可以了. ?

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MongoDB:如何 BSON 文档转换为可读格式

BSON 已扩展为添加一些可选非 JSON 原生数据类型,例如日期和二进制数据。 MongoDB 在内部和网络上都以 BSON 格式存储数据。它也是用于 mongodump 生成输出文件格式。...要阅读 BSON 文档内容,您必须将其转换为人类可读格式,如 JSON。 通过这篇文章,您将了解如何 BSON 文档转换为 JSON。...解释一些方法包括使用 bsondump、mongoexport、Python 和 Bash。...使用 bsondump BSON 转换为 JSON bsondumpBSON文件转换为人类可读格式,包括JSON。例如, bsondump 可用于读取mongodump生成输出文件。.../bson_to_json.sh 结论 如果要读取 BSON 文档内容,可以使用 bsondump 和 mongoexport BSON 文档转换为人类可读格式,如 JSON。

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使用Pythonyaml模块JSON转换为YAML格式

之前介绍过读取yaml文件输出json,今天介绍下使用Pythonyaml模块JSON转换为YAML格式。...可以使用pip包管理器运行以下命令来安装它: pip install pyyaml JSON转换为YAML 一旦我们安装了yaml模块,就可以使用它来JSON数据换为YAML格式。...我们使用yaml.dump()函数这个字典转换为YAML格式,并将结果存储在yaml_data变量中。最后,我们打印yaml_data值。...执行上述代码后,将会得到类似下面的输出结果: age: 30 city: New York name: John 结论 通过使用Pythonyaml模块,我们可以轻松地JSON数据换为YAML格式...这使得我们可以在数据交换和存储过程中自由地使用这两种流行格式之一。 (以上都是通过ChatGPT写试过了可以用哈哈哈哈)

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脚本分享—GenBank格式文件转换为GFF3格式

小编欢乐豆又放出一个珍藏多年脚本,2749 行长度,长到已经难以用 GPT 解读啦,不过用起来还是很方便!这个 perl 脚本用于 GenBank 格式文件转换为 GFF3 格式。...脚本使用准备 perl 是前提啦,当然,如果用 Linux,有自带,就不需要再安装啦!推荐使用windows10/11 WSL2。...以下是依赖安装记录: # 修改 cpan镜像地址: vi ~/.cpan/CPAN/MyConfig.pm # 不习惯vi的话gedit也可以,前提是安装了 gedit ~/.cpan/CPAN...hold 不住这么长输入吧!.../E_coli.gbk.gff GBK格式,从ncbi网页上下载下来.gb后辍,一样可以分析,看下下是用正则表达式匹配: gbk格式: 转换好GFF3格式: head E_coli.gbk.gff

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