我有两个巨大的序列文件，我想从file2中的file1中提取相同的行枚举数 - 腾讯云开发者社区 - 腾讯云

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生信人的自我修养：Linux 命令速查手册（全文引用）

压缩文件，如测序数据原始reads的合并 paste - 合并文件（按列） paste -d ' ' file1 file2 # 按列对列的方式一行一行合并文件。...# 提取Fastq文件的序列 sed 'y/ABC/XYZ/' file # 将ABC逐字替换成XYZ sed '1i\hello' file # 在第1行前面插入一行，内容为hello，通常用来为文件增加标题...' file1 # 将匹配的行写入file2中 awk Awk 是一个强大的文本分析工具，它每次读入一条记录，并把每条记录切分成字段后进行分析。...END {print sum}' file # 累加文件的第一列 awk '{sum+=$1} END {print sum/NR}' file # 求第一列的平均数 # 从含有多条fasta序列的文件中提取指定序列...fa # 提取chr1和chr2的序列 Bash 脚本模板 #!

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生信人的自我修养：Linux 命令速查手册

压缩文件，如测序数据原始reads的合并 paste - 合并文件（按列） paste -d ' ' file1 file2 # 按列对列的方式一行一行合并文件。...# 提取Fastq文件的序列 sed 'y/ABC/XYZ/' file # 将ABC逐字替换成XYZ sed '1i\hello' file # 在第1行前面插入一行，内容为hello，通常用来为文件增加标题...' file1 # 将匹配的行写入file2中 awk Awk 是一个强大的文本分析工具，它每次读入一条记录，并把每条记录切分成字段后进行分析。...END {print sum}' file # 累加文件的第一列 awk '{sum+=$1} END {print sum/NR}' file # 求第一列的平均数 # 从含有多条fasta序列的文件中提取指定序列...fa # 提取chr1和chr2的序列 Bash 脚本模板 #!

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您找到你想要的搜索结果了吗？

是的

没有找到

只用一行来颠覆你处理文件的方式

这期小编我就简单介绍一些一行搞定格式转化的shell短代码。...对fastq文件提取子集，srand()是生成随机数的种子，当其中值固定的时候，每次运行的时候，都会生成相同的子样本（当随机数小于0.5时，就将这条序列输出） cat test.fq | paste -...通过序列id提取序列 grep -A1 -w -f id.txt test.fa ?...02 根据file2指定的列来过滤file1中的行 awk -F"\t" 'NR==FNR{a[$1$2$3]++;next};a[$1$2$3] > 0' file2 file1 ?...010 检查文件是否所有的行的列数都是相同的 awk '{print NF}' test.txt | sort -nu | wc -l ?

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关于Linux的grep -f命令，我以为我发现了bug

❞ 事情是这个样子的：今天，我像往常一样提取基因组的样本，我有一堆样本的ID，需要从所有的基因型的文件中提取出来。...❝我有很多方法处理它，但是我今天想用grep函数，因为我知道grep -f file1 file2可以根据file1的内容提取筛选file2. ❞ 为什么我今天不用R语言处理了呢？...) [dfei@bogon ~]$ cat file2 a1 b2 c3 d4 e5 如上所述，我模拟了两个文件，一个是另一个的子集，匹配结果如下： (base) [dfei@bogon ~]$ grep...文件中，显示有phenoix的行 2，查找多个文件 grep phoenix sample1 sample2 sample3 在sample1，sample2，sample3三个文件中查找匹配到phoenix...w phenoix * 12，将匹配模式放到文件中 -f grep -f file1 file2 会匹配file2中所有包括file1的行。

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批量比较两个PDF文档（PDFUtil通过文本者图像进行比较）

前言：在我的项目中，我需要比较大量的PDF文档，确认两份PDF文档是否一致，如果仅仅凭借着手动去逐一比较，可能很快就阵亡了。...); pdfUtil.savePdfAsImage("c:/sample.pdf"); 5、以文本模式比较PDF文件(速度更快-但不比较PDF中的格式、图像等) String file1="c:/files...(file1, file2, 1, 5); 6、在文本模式下排除某些文本再对PDF文件进行比较 String file1="c:/files/doc1.pdf"; String file1="c:/files.../ \\d+ 在比较之前删除PDF中的所有数字 \\d+是数字的正则表达式 pdfutil.excludeText("\\d+"); // 比较PDF文档并返回一个布尔值 // True表示相同；false...("c:/imgpath"); pdfUtil.compare(file1, file2); 样例：比如我有下面这样的两个PDF文档。

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Python中关于集合(set)的思考

其实我想说的是，我们可以再抽象下，比如说，把一个文件看做集合，文件的内容看做集合的元素，那这样就可以对文件进行做简单的运算了，就可以很清楚的对比两个文件的差异了。 ...http://my.oschina.net/xxbAndy/blog ###################################################### 执行脚本，加需要对比的两个文件名称作为参数就可以得到文件的相同部分和不同部分了...懂linux的人都知道diff工具也可以对比文件的差异，但其实还是有差异的，另外我只是针对python中的set实践一下想法，请不要耻笑我。。。。源码部分(代码比较粗糙，不喜勿喷啊)： #!...import sys argvs = sys.argv #构造两个文件集合类 class Set_file(object): def __init__(self,file1,file2):...Set_file(argvs[1],argvs[2]) Intersections = Set.Set_A() & Set.Set_B() #求交集，提取文件相同内容

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.NET 下最快比较两个文件内容是否相同

最近项目有个需求,需要比较两个任意大小文件的内容是否相同,要求如下: 项目是.NET Core,所以使用C#进行编写比较方法文件大小任意,所以不能将文件内容全部读入到内存中进行比较(更专业点说,...需要使用非缓存的比较方式) 不依赖第三方库越快越好为了选出最优的解决方案,我搭建了一个简单的命令行工程,准备了两个大小为912MB的文件,并且这两个文件内容完全相同.在本文的最后,你可以看到该工程的...下面我们开始尝试各个比较方法,选出最优的解决方案: 比较两个文件是否完全相同,首先想到的是用哈希算法(如MD5,SHA)算出两个文件的哈希值,然后进行比较....而我们的需求中,两个文件都是不固定的,那么每次都要计算两个文件的哈希值,就不太合适了. 所以,哈希比较这个方案被PASS....后记文中的代码只是出于实验性质,实际应用中仍可以继续细节上的优化, 如: 如两个文件大小不同,直接返回false 如果两个文件路径相同,直接返回true ...

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.NET CORE下最快比较两个文件内容是否相同的方法

最近项目有个需求,需要比较两个任意大小文件的内容是否相同,要求如下: 项目是.NET CORE,所以使用C#进行编写比较方法文件大小任意,所以不能将文件内容全部读入到内存中进行比较(更专业点说,需要使用非缓存的比较方式...) 不依赖第三方库越快越好为了选出最优的解决方案,我搭建了一个简单的命令行工程,准备了两个大小为912MB的文件,并且这两个文件内容完全相同.在本文的最后,你可以看到该工程的Main方法的代码....下面我们开始尝试各个比较方法,选出最优的解决方案: 比较两个文件是否完全相同,首先想到的是用哈希算法(如MD5,SHA)算出两个文件的哈希值,然后进行比较....而我们的需求中,两个文件都是不固定的,那么每次都要计算两个文件的哈希值,就不太合适了. 所以,哈希比较这个方案被PASS....后记文中的代码只是出于实验性质,实际应用中仍可以继续细节上的优化, 如: 如两个文件大小不同,直接返回false 如果两个文件路径相同,直接返回true ...

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Linux shell 程序设计3——命令行程序

连接文件并显示 cat file1 显示file1文件的内容 cat file1 file2 将file1 和 file2并将结果显示 cat file1 file2>result.txt 将file1...9、cut ：从文件中抽出某一部分如： cut -c2 q ：从文件q中抽出每一行的第2个字符 cut -c2-10 q：从文件中抽出每一行的第2到第10个字符 cut -c2- q：从q中抽出每一行第...2个及其以后的字符 cut -d: -f3,4 passwd：从文件passwd中抽出每一行的第3个和第4个字段，-d：表明:为分割符 10、paste：把两个文件按行合并，默认以Tab分割 paste...$tee -a filename 以追加的方式写入文件 14、diff：比较两个文件之间的差异 15、comm：以列和列的方式比较两个已排序好的文件如： file1 文件的内容如下： 1 2 3 6...8 7 a b c x y z 第1列为file1与file2不同的内容，第2列为file2与file1不同的内容，第3列为file1和file2相同的内容。

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mirna预测靶基因结果怎么看_基因预测

靶基因预测 1、miRanda miranda file1 file2 [options..] miranda的使用需要准备两个文件，file1是miRNA序列的fasta文件，file2是mRNA序列的...>>’的行并输出至指定文件夹）。...文件中,但是这个文件并不是我们真正想要的,PITA这个软件真的太不友好了,还需要我们自己提取△△G小于或等于-10kcal/mol的行....,我的有400多兆,这条命令执行起来也是超慢的,于是我用了一个很古老的方法,也就是复制粘贴,因为我观察过了,文件中每一条结果是按照△△G由小到大排序的,所以直以将前面小于等于-10的结果(事实上只有很少的一部分...结果整理 miranda结果 targetscan结果 RNA22结果 PITA结果以上是4种软件靶基因预测结果, miRNA和靶mRNA名称在前两列中, 并且以制表符tab分隔, 我希望从文件中提取前两列的信息

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Python 文件操作与路径

在计算机中，文件指的是存储在磁盘上的数据序列，它可以包含任何数据内容。...单个的句点（“点”）用作文件夹目名称时，是“这个目录”的缩写。两个句点（“点点”）意思是父文件夹。每个运行在计算机上的程序，都有一个“当前工作目录”。...，例如带有 .py 扩展名的 Python 源文件。...-1) 默认读入从当前位置至文件末尾的内容；当size参数为大于0的正整数n时，从文件中读入最多n个字符 .readline(size = -1) 默认从文件中读入一行内容；当size参数为大于...0的正整数n时，从当前行读入最多n个字符 .readlines(hint=-1) 默认返回以文件中所有行为元素构成的列表；当hint参数为大于0的正整数n时，读入的所有行字符数不超过 n行

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linux每日命令(11)：cat命令

-s --squeeze-blank,当遇到有连续两行以上的空白行,就代换为一行的空白行。...将file1的内容追加到file2的内容中命令：不带行号追加 cat file1 >> file2 带行号追加（空白行不加行号）输出： hc@hc-virtual-machine:~/test$...cat file1 我是file1的第一行我是file1的第二行 hc@hc-virtual-machine:~/test$ cat file2 我是file2的第一行我是file2的第6行...我是file1的第二行 hc@hc-virtual-machine:~/test$ cat file2 我是file2的第一行我是file2的第6行我是file1的第一行我是file1的第二行...倒序输出file2中的内容命令： tac file2 输出： hc@hc-virtual-machine:~/test$ cat file2 我是file2的第一行我是file2的第6行我是

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kali命令大全

head -2 file1 查看一个文件的前两行 tail -2 file1 查看一个文件的最后两行 tail -f /var/log/messages 实时查看被添加到一个文件中的内容文本处理...echo a b c | awk ‘{print 1, 3}’ 查看一行的第一和第三栏 paste file1 file2 合并两个文件或两栏的内容 paste -d ‘+’ file1 file2...合并两个文件或两栏的内容，中间用”+”区分 sort file1 file2 排序两个文件的内容 sort file1 file2 | uniq 取出两个文件的并集(重复的行只保留一份) sort...file1 file2 | uniq -u 删除交集，留下其他的行 sort file1 file2 | uniq -d 取出两个文件的交集(只留下同时存在于两个文件中的文件) comm -1 file1...file2 比较两个文件的内容只删除 ‘file1’ 所包含的内容 comm -2 file1 file2 比较两个文件的内容只删除 ‘file2’ 所包含的内容 comm -3 file1 file2

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kali-linux常用命令，果断收藏！

-cvf archive.tar file1 file2 dir1 创建一个包含了‘file1’，‘file2’以及‘dir1’的档案文件 tar -tf archive.tar 显示一个包中的内容...echo a b c | awk'{ print $1}' 查看一行第一栏 echo a b c | awk ' {print $1,$3}' 查看一行的第一和第三栏 paste file1 file2...合并两个文件或两栏的内容，中间用“+”区分 sort file1 file2 排序两个文件的内容 sort file1 file2 | uniq 取出两个文件的并集（重复的行只保留一份） sort...file1 file2 |uniq -u 删除交集，留下其他的行 sort file1 file2 |uniq -d 取出两个文件的交集（只留下同时存在于两个文件中的文件） comm -1 file1...file2 比较两个文件的内容只删除 ‘file1’所包含的内容 comm -2 file1 file2 比较两个文件的内容只删除 ‘file2’所包含的内容 comm -3 file1 file2

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Mac 终端命令大全「建议收藏」

大家好，又见面了，我是全栈君。...file2 rm 删除文件或目录 rm filename mv 改变文件名或所在目录 mv file1 file2 ln 联接文件 ln -s file1 file2 find 使用匹配表达式查找文件...colrm 从标准输入中删除若干列 colrm 8 20 file2 paste 横向连接文件 paste file1 file2 diff 比较并显示两个文件的差异 diff file1 file2...awk ‘{print $1 $1}’ filename sort 排序或归并文件 sort -d -f -u file1 uniq 去掉文件中的重复行 uniq file1 file2 comm 显示两有序文件的公共和非公共行...comm file1 file2 wc 统计文件的字符数、词数和行数 wc filename nl 给文件加上行号 nl file1 >file2 安全操作命令名功能描述使用举例 passwd

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Linux命令（42）——join命令

1.功能将两个文件按照指定的相同字段进行笛卡尔乘积横向拼接，并输出到标准输出。默认情况下，join字段分隔符是空格或Tab。join时，两个文件需要按照某个字段排好序。...3.选项说明 -a [1或2]:除了显示原来的输出内容之外，还显示指令文件中没有相同栏位的行。 -e [字符串]:若[文件1]与[文件2]中找不到指定的栏位，则在输出中填入选项中的字符串。...-v [1或2]:跟-a相同，但是只显示文件中没有相同栏位的行。 -1 [栏位]:连接[文件1]指定的栏位。 -2 [栏位]:连接[文件2]指定的栏位。...[b3335@MIC test]$ join -1 1 -2 1 file1 file2 （3）如果想显示没有相同字段的行，使用-a1或-a2指定显示第一个或者第二个文件的行。...12 math 14 zhouxun english 45 //显示了文件file2中未匹配的一行 ---- 参考文献 [1]man join

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Linux 命令（119）—— diff 命令

如果给定的文件是目录，则将会比较该目录中具有相同文件名的文件，默认情况下不会对其子目录文件进行任何比较操作。...组格式 GFMT 特含如下内容： %< FILE1 中的行 %> FILE2 中的行 %= FILE1 和 FILE2 中共有的行 %[-][WIDTH][....这用于继续中断的比较 -s, --report-identical-files 当两个文件相同时报告 --speed-large-files 使用启发规则加速操作那些有许多离散的小差异的大文件...忽略行尾的空白符 4.常用示例给定测试文件 file1 和 file2，其内容为十二生肖中动物的英文。...出现在两者，表示有差别的行（4）比较两个文件的异同，使用合并格式输出，并只显示异行处上下各一行上下文。

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SHELL(bash)脚本编程二：语法

在这些控制操作符中，&&和||有相同的优先级，然后是;和&(也是相同的优先级)。...以符号;分隔的命令按顺序执行(和换行符的作用几乎相同)，shell等待每个命令执行完成，它们的返回值是最后一个命令的返回值。以符号&&和||连接的两个命令存在逻辑关系。...file1中的第一行写入file2，{ list; } 是一个整体。...socket文件 file1 -nt file2 #判断文件file1是否比file2更新(根据mtime)，或者判断file1存在但file2不存在 file1 -ot file2 #...判断文件file1是否比file2更旧，或者判断file2存在但file1不存在 file1 -ef file2 #判断文件file1和file2是否互为硬链接 -v name

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八大排序算法（C语言实现）

其间我们需要申请一个与待排序列大小相同的数组用于合并过程两个有序的子序列，合并完毕后再将数据拷贝回原数组。...当然，你也可以这样合并文件：外排序代码示例： //将file1文件和file2文件中的数据归并到mfile文件中 void _MergeFile(const char* file1, const..., "%d\n", &num1);//读取file1文件中的数据 int ret2 = fscanf(fout2, "%d\n", &num2);//读取file2文件中的数据 while (ret1...= EOF) { //将读取到的较小值写入到mfile文件中，继续从file1和file2中读取数据进行比较 if (num1 < num2) { fprintf...n; ++i) { //将file1文件和file2文件中的数据归并到mfile文件中 _MergeFile(file1, file2, mfile); strcpy(file1

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文本处理三驾马车之 sed

# 删除行首和行尾的空白：空格，制表符 sed 's/AA/BB/' file # 将文件中的AA替换成BB，只替换一行中第一次出现的AA，替换后的结果输出到屏幕 sed 's/AA/BB/g...' file # 将文件中的所有AA都替换成BB，替换后的结果输出到屏幕 sed -i 's/AA/BB/g' file # 将文件中的所有AA都替换成BB，直接更改文件的内容 sed '/CC/s/AA...# 提取Fastq文件的序列 sed 'y/ABC/XYZ/' file # 将ABC逐字替换成XYZ sed '1i\hello' file # 在第1行前面插入一行，内容为...hello，通常用来为文件增加标题 sed '1a\hello' file # 在第1行后面插入一行，内容为hello sed '1r file2' file1 # 在第1行后面读入file2...的内容 sed '/pattern/w file2' file1 # 将匹配的行写入file2中

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