本文将简要介绍如何使用四元数方法计算两个分子之间RMSD，同时附上简单的示例Python代码。 1....基本思路 RMSD的计算公式很简单，主要难点在于怎样将两个分子放在尽可能”相近“的位置上计算。换言之，RMSD会随着两个分子的相对位置变化而变化，我们需要找到RMSD最小的时候对应的相对位置。...开始计算RMSD 我们通过xyz文件读取原子坐标的信息，所以可以先写一个简单的xyz文件解析器： # xyz file parser def parse_xyz(_xyz): # check...在读取原子坐标、对齐几何中心、对齐原子编号完成之后，接下来要计算平动-转动矩阵。...上面提供了计算RMSD的一种方法，适用于分子结构较为简单、RMSD较小的情况。
如果你已经有了一个用着顺手的 IDE，那就可以直接用了。为了方便后面的学习和统一下教学环境，我推荐大家使用 Atom 这个编辑器。大家可以在 atom.io 上下载。...Atom 包含了许多方便的编辑功能，相信你一定会爱上它！更多关于 Atom 使用的细节问题可以到它的网站上寻找。 还有很多其他的编辑器。有一种亚文化的群体，他们热衷于争论哪个更好用！...shell 的历史可以追溯到早期的计算时代，当时在计算机上的操作是都通过输入命令进行的，计算机通过回显响应。所有的操作都是基于文本的。 尽管和现在的图形用户界面相比，Shell 操作方式很原始。...n 重复倒数第n条命令 命令历史： Mac/Linux 系统：history Windows 系统：按 F7 键 文件解压： Linux/Mac 都有命令行解压程序...如果你在正确的目录中，你应该看到该目录中名为 gradlew 和 gradlew.bat 的文件，以及许多其他文件和目录。目录与书中的章节相对应。
*/ for (n = 0; atom[n].name; n++) { if (ngx_strncmp(atom_name, atom[n].name, 4)...} 这个函数的主要逻辑就是读取atom头，然后交由前面定义的atom处理函数进行处理，如果当前的atom本模块没有对应的定义则直接忽略，然后切换到下一个atom继续分析，直到整个mp4文件分析完成...以下对代码中的部分内容再做进一步的解析： mp4的atom支持最大支持232-1大小的普通atom，和支持264-1大小的64位的atom，当是后者的情况，在atom头部的前4个字节读取后，得到是..._file_t *mp4, size_t size) { ssize_t n; /* 如果当前的缓冲区读位置+待读取的字节数 < 缓冲区结束位置， 说明缓冲区里面还有足够数据...因为可能某个atom并没有完整的读取到buffer中，所以直接让buffer_pos + n可能会越过了buffer_end，而offset则不同，它是文件读偏移量，offset+n正好是在文件中越过了该
这个结果，包含了势能和作用力，再用朗之万动力学进行演化，这才使得我们可以在计算机上模拟一个分子动力学的过程。否则在第一性原理计算的框架下，要想获得动力学统计的信息，是非常困难的。...假设有 N 个原子和 P 对键连原子，在一个3维空间下，首先要计算一个矢量 \textbf{r}=\textbf{r}_A-\textbf{r}_B ，这需要 3P 的加法计算量。...个原子的坐标 N = 10 crd = np.random.random((N, 3)).astype(np.float32) bonds_np = np.random.randint(0, N, (N...per atom is: {}'.format(max_bonded_atom)) # 初始化一个反向索引矩阵 atom_bond = -1 * np.ones((N, max_bonded_atom...)).astype(np.int32) # 初始化一个反向标记矩阵，用于区分力的方向 atom_bond_mask = np.zeros((N, max_bonded_atom)) for i, bond
: \n 不属于报文的一部分，约定 // 我无法保证 package 就是一个独立的完整的报文 // "l // "len // "len\r\n // "len\r\nx // "len...code\r\n" bool Decode(std::string &package, std::string *message) { // 除了解包，我还想判断报文的完整性, 能否正确处理具有...怎么保证读取完毕或者读取没有完毕的时候，读到的就是一个完整的请求呢？ 处理TCP缓冲区中的数据，一定要保证正确处理请求。...: \n 不属于报文的一部分，约定 // 我无法保证 package 就是一个独立的完整的报文 // "l // "len // "len\n // "len\nx // "len\nx op //..., std::string* message) { // 除了解包，我还想判断报文的完整性, 能否正确处理具有"边界"的报文 auto pos = package.find(LineBreakSep
Schema 程序的语法和语义 语言的语法是指组成正确的语句或表达式的顺序；语义指那些表达式或语句的内在含义。...Lisp 的一个伟大之处就在于交互式 read-eval-print 循环：为编程者提供了输入表达式，并立即读取，计算，然后输出的途径，而非冗长的构建/编译/运行过程。...如果我们将 r 用作其他目的呢？我们无法通过调用 circle-area 来改变它的值。但我们也许可以给名为 r 的局部变量赋值10，而无需担心影响到其他同名的全局变量。...Lispy 在这方面做得好多了；我认为它符合 Alan Kay 在1972年提出的，你可以通过一页代码来创造世界上最棒的语言。 快速：Lispy 计算 (fact 100) 用时0.003秒。...然而，他们当时造出的 Lisp 虽然善于读取 Lisp 表达式，但读取非 Lisp 表达式时，慢得令人发指。 于是，作者和 Tony 分道扬镳了。
7 月和 8 月进行的 ATom-1 试验中，航空航天安全自动辐射测量（ARMAS）系统沿 ATom 飞行路径测量的硅的 2 级（L2）吸收剂量率。...可视化图像上部显示的是硅的吸收剂量率，下部显示的是飞行的三维图像。 摘要 ATom是一个大气科学研究项目，旨在全球范围内了解和评估大气中的气体和颗粒物的分布和来源。...ARMAS（Airborne Radiation Measurement for Aviation Safety）是ATom项目中的一个子任务，旨在测量飞机上的等效辐射剂量率。...该项目的目标是评估高空飞行对乘客和机组人员的辐射暴露。 ATom-1航空观测战役期间，ARMAS项目在飞机上部署了辐射测量仪器，包括气象球、离子室和X射线计数器。...Data File (Granule) Size Start Date End Date N Lat S Lat E Lon W Lon DOSE_DC8_20160729_R1.ict 126.7 KB
大家好，又见面了，我是你们的朋友全栈君。 参考代码：video_analyst 1....，但是这在实际中却不能成立； 2）以ATOM为代表使用多个bounding box进行初始化，之后迭代进行最终目标box，虽然极大提升了目标定位的准确度，但是却带来了计算量和额外的超参数（initial...这是由于这一点SiamRPN++网络会带来一定的假阳性结果，特别是当目标的外表发生较大变化时（如旋转/形变）其在目标周围物体和背景上产生无法解释的高置信度预测结果，如图1。...可以看到在SiamRPN++中错误和正确的数量分布是呈现近似的分布，而SiamFC++中则是两个较大差异的分布。...其对应的标注生成过程可以描述为： P S S ∗ = m i n ( l ∗ , r ∗ ) m a x ( l ∗ , r ∗ ) ∗ m i n ( t ∗ , b ∗ ) m a x ( t
在云计算时代，当前的Unixbench已不能真实地反映被测系统的真实性能，需要针对多核服务器和云计算环境进行完善。...我们不得不启用了排除法，先看单核和多核之间的差异。 为了验证猜想是否正确，我们临时修改了Guest OS中内核调度算法。...而虚拟机B因为LLC层次的调度域为空，在进入亲和性选择时，无法找到同一个调度域内的其它空闲CPU，这样就直接返回了正在进行唤醒操作的当前CPU。...为了进一步验证我们的分析是否正确。我们在HOST OS中，分别向虚拟机A的GuestOS和虚拟机B的Guest OS按照不同方式传递CPU拓扑。...换句话说：当前的Unixbench已不能真实地反映被测系统的真实性能，需要针对多核服务器和云计算环境进行完善。
在云计算时代，当前的Unixbench已不能真实地反映被测系统的真实性能，需要针对多核服务器和云计算环境进行完善。...16 16 Socket(s) 2 1 NUMA node(s) 1 1 Model name Intel(R) Xeon(R) CPU E5-2682 v4 @ 2.50GHz Intel(R)Atom...我们不得不启用了排除法，先看单核和多核之间的差异。 为了验证猜想是否正确，我们临时修改了Guest OS中内核调度算法。...而虚拟机B因为LLC层次的调度域为空，在进入亲和性选择时，无法找到同一个调度域内的其它空闲CPU，这样就直接返回了正在进行唤醒操作的当前CPU。...为了进一步验证我们的分析是否正确。我们在HOST OS中，分别向虚拟机A的GuestOS和虚拟机B的Guest OS按照不同方式传递CPU拓扑。
大家好，又见面了，我是你们的朋友全栈君。 蛋白质数据库Protein Data Bank(PDB)是一个包含蛋白质、核酸等生物大分子的结构数据的数据库，网址是http://www.rcsb.org。...PDB格式文件中的常见错误 如果一个PDB文件无法正常展示, 在其成百上千行数据中找到错误位置有时很困难. 这里给出PDB文件中一些最常见的错误....许多程序创建的PDB文件没有正确地使用HETATM记录. 在这种情况下, ATOM记录的开头 6 列应改为HETATM, 这样, 其余列的排列仍然正确....未正确排列的原子名称 PDB记录中未正确排列的原子名称可能导致问题....LEU A 2 11.156 20.058 5.187 1.00 0.00 取决于所用的可视化程序, 可能无法正确显示残基的连接, 或者只有当标记残基才会给出缺少CB原子的错误.
这个转换的模式叫做RDM 模式，R 代表 Reaction center, D 代表 Difference atom, M 代表 Matched atom。 kegg 官网给出了如下的示意图： ?...kegg 对C, N, O, P, S 这5种原子根据相连的基团进行了分类，这个分类就是atom type; 完整的latom type 详见以下链接 http://www.genome.jp/kegg.../reaction/KCF.html 这里我列出了上面示意图中涉及到的相关条目 C1a R-CH3 C1b R-Ch2-R C1c R-CH(-R)-R C5a R-C(=O)-R C6a R-C(=O...)-OH N1a R-NH2 N1b R-NH-R O5a R-c(=O)-R O6a R-C(=0)-OH R 代表对应的原子，比如C1a 中，R 代表C原子， N1a 中的R 代表N 原子。...首先将物质的结构式转换成atom type 的表示模式，其实就是将分子中的每个C, N, O, P, S 用对应的atom type 表示，然后观察反应前后对应的R, D, M 分别是什么元素，就能得到对应的
ELF可执行文件，应该是读取flag的文件，现在就是需要执行它,但是上面禁用了很多函数，我们并不能执行它 这里就需要bypass disable_functions来执行/readflag，再往上找到了相关的利用脚本...发现有python脚本在/var/mail/makeflaghint.py,而且发现flag.hint文件中的内容是有这里控制的应该有着root权限直接加一个读取flag的脚本 ?...得到的提示是端口信息，我第一次写的脚本傻不拉几的去跑所有的端口，发现跑了好久就只是，80和6379两个端口，为了让脚本进行的更加简洁，我第二次优化脚本的时候就选了一些可能会出现漏洞的端口号。...这个这个我不是很懂。看到有现成的POC就拿来写脚本里了。...我想应该是关于Typecho的安装页面的漏洞，就去百度了一下，结果真的存在。发现是一个反序列化的漏洞，这个漏洞我下去会重新复现，这里利用别人的POC直接打吧。 构造POC <?
使用Basic完成写入后，迷你机器人的输出将显示在面板上。（请注意，如果您不使用Basic和ATOM编写最新版本，则机器人手臂可能无法正常工作）。 更新固件后，下一步是校准接头角度。...在“基本”面板的其他菜单中，“基本”中的“主控制”控制 ATOM，“信息”检查每个关节是否正确连接。当myCobot在PC上无法正常工作时，您可以检查myCobot本身是否存在问题。 3....旋转轴的方向设置为 ，并且设置1→-1反转关节在相反方向上的旋转。 在我的环境中，似乎除了第三个关节之外的所有关节都是反转的。...正如问题所暗示的那样，高度和宽度似乎没有意义。 目前尚不清楚持有可以从其他值计算并且不太可能使用的变量意味着什么，但结构是这样的。...camera_color_frame到base_link的TF，发现点编组坐标系camera_depth_optical_frame，计算后xyz方向不同（我没有注意到差异，我很困惑）所以 x = t_z
，不妨写一个简单的代码： using(int a = 0,printf("========= On Enter =======\r\n"), printf("====...===== On Leave =======\r\n")) { printf("\t In Body a=%d \r\n", ++a); } 这是对应的执行效果： ?...((printf("========= On Enter =======\r\n")),1) : 0; printf("========= On Leave =======\r\n") )...{ printf("\t In Body a=%d \r\n", ++a); } 从 init_clause 的展开结果来看，完全符合要求： int a = 0, *_ptr = NULL; 接下来...，这样一看，似乎"_" 就是一个对 "perl" 的完美致敬了。
熟悉GPU计算的童鞋可能都知道，在GPU上占用显存过大有可能导致不可计算的问题。 修饰器。wrapper这个参数，为力场的使用增添了许多的灵活性。...一般情况，这个问题可能需要通过计算化学的方式来进行求解，比如CCSD(T)之类的方法。但是我们做分子模拟，需要快速的演化和迭代，如果使用计算化学的方法，速度是无法满足计算的需求的。...这个pdb文件的内容为： REMARK Generated By Xponge (Molecule) ATOM 1 N ALA 1 -0.095 -11.436...1 N ALA A 1 -0.095 -11.436 -0.780 1.0 0.0 N ATOM 2 CA ALA A 1...文件，比如如下的一个多肽： REMARK Generated By Xponge (Molecule) ATOM 1 N ALA 1 -0.095 -11.436
这个系列将本着实用的原则介绍一些宏在模块封装中“点石成金”的用法，让大家正确认识到宏真实的作用和使用规则——真真正正还“宏”一个公道。...然而，事实上并没有那么简单： 参数宏是通过“,”来作为分隔符来计算用户实际产传入了几个参数的，或者换句话说，在使用参数宏的时候，预编译器是看不懂C语法的——在它眼中，除了它所认识的少数符号外，其它东西都是无意义的字符串...这时候你就会纳闷了，为啥我明明定义的是一个宏，编译器却把它当作函数呢？ 可变参数宏的引入就解决了这个问题： "..."...printf(__STRING, __VA_ARGS__) 因此，使用的时候，我们可以这样写： log_info("------------------------------------\r\n")...printf(__STRING,##__VA_ARGS__) 此时，前面的代码会被展开为： printf("------------------------------------\r\n"); printf
我也加入了一些自己的探索和思考在里面，希望能够记录一些更为实用的知识。...) #查看dataframe的维度 print(table_sorted.head())#查看dataframe的前n行，默认n=6 ----------------------------------...10第13章 使用外部模块：R语言的Python调用接口 本章主要介绍了一下rpy2的使用方法，因为版本原因，我没安装上这个包。...和Rstudio相比，我更喜欢pycharm的写代码的界面，但是好像需要在某个项目中才能正确地打开pycharm。...Part8写在文末 这本书里面也提到了很多的生信相关软件， 我主要记录了一些python的相关知识。 很多知识我也正在学习中。
本文作者：IMWeb 江源 原文出处：IMWeb社区 未经同意，禁止转载 原文 bash 中的 test 确实是一个让初学者迷糊的概念，但是理解了之后，发现它并没有深奥的地方。..."$NVM_DIR/nvm.sh" # This loads nvm 上面是我 ~/.zshrc 文件中的一段，作用是引入 nvm 脚本。其中中括号的内容就是一个测试。...exit 1 fi 如果使用过 Atom 编辑器，那么会知道这是 /usr/local/bin/atom 中的一段脚本，作用是判断你都机器是哪种系统。其中 if 后面中括号的内容，就是测试。...常见的单目操作符 操作符 意义 -z 测试 null 字符串 -n 字符串是否非空 -d 目录 -e 存在 -f 普通文件 -r 可读 -w 可写 -N 从上次读取之后做过修改 除了 -z 和 -n...#1 双括号结构一般都是用在数值的计算上，起返回的结果取决于计算的结果，结果为 0，返回 1（假）；结果为非 0，返回 0（真）。
原文 bash 中的 test 确实是一个让初学者迷糊的概念，但是理解了之后，发现它并没有深奥的地方。..."$NVM_DIR/nvm.sh" # This loads nvm 上面是我 ~/.zshrc 文件中的一段，作用是引入 nvm 脚本。其中中括号的内容就是一个测试。...exit 1 fi 如果使用过 Atom 编辑器，那么会知道这是 /usr/local/bin/atom 中的一段脚本，作用是判断你都机器是哪种系统。其中 if 后面中括号的内容，就是测试。...常见的单目操作符 操作符 意义 -z 测试 null 字符串 -n 字符串是否非空 -d 目录 -e 存在 -f 普通文件 -r 可读 -w 可写 -N 从上次读取之后做过修改 除了 -z 和 -n...#1 双括号结构一般都是用在数值的计算上，起返回的结果取决于计算的结果，结果为 0，返回 1（假）；结果为非 0，返回 0（真）。
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