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详解 Python 批量下载文献情报

了解一个研究方向和相关研究领域的大佬,收集文献是必不可少的操作。 作为一名生信人,我们可以通过编程来自动化实现以上流程,今后只需要一行代码,研究领域情报尽在囊中。 运行环境准备 1....Biopython 安装 在终端执行 pip install biopython 自动化下载文献资料 1. 基础脚本 接下来通过BioPython提供的接口来实现快速的文献情报的收集下载。...下面例子是利用PubMed数据库来查询所有关于小鼠的文献资料,为了展示基础的流程,这里采用逐条下载的方式。...Entrez.read(hd_esearch) idlist = read_esearch["IdList"] print ("Total: ", read_esearch["Count"]) # 用 efetch下载...Count"]) webenv = read_esearch["WebEnv"] query_key = read_esearch["QueryKey"] # 这里演示设定total为 10, 实际文献数量不止这么多

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生物信息中的Python 04 | 批量下载基因与文献

我想你的心情不会和下载一条序列时那么平静,那么,接下来通过BioPython提供的接口来实现快速的自动化序列下载。 一、自动获取氨基酸序列数据 1....利用 Nucleotide 数据库来查询所有 oct4 基因的序列数据,为了展示基础的流程,这里采用逐条下载的方式 from Bio import Entrez,SeqIO # 参数设置 Entrez.email...read_esearch = Entrez.read(hd_esearch) # 这里我们只取前两个序列 ids = read_esearch["IdList"][:2] # 用得到的 id 列表去下载每一条...webenv, query_key=query_key) records = hd_fetch.read() res_file.write(records) 二、自动获取参考文献...利用PubMed数据库来查询所有关于小鼠的文献资料,为了展示基础的流程,这里采用逐条下载的方式 from Bio import Entrez from Bio import Medline # 参数设置

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如何对乎文章进行批量下载、保存?

摘要: 乎大v专栏下载乎大v问答采集及图文下载乎大v专栏视频采集下载乎大v专栏回答列表文章采集及图文下载乎大v专栏列表及文章采集及图文下载。...今天来评测一下这款专门下载乎文章的工具: 根据网站介绍:这款工具,可以实现对 乎文章采集及图文下载(可下载专栏列表、文章、回答列表、单个回答、视频列表等,用于将相应的链接放在指定文本当中运行软件即可下载...spm_id_from=333.999.0.0 然后,我们到软件下载页面( 下载地址)下载一下,软件是绿色版本,下载解压后运行即可。...image.png 下载大v回答文章的界面 image.png 这是下载好的某大v的回答文章列表 image.png 我们打开其中一篇,看图文排版都很OK 可以看到,这款软件还是很好的实现了对于乎不同页面复杂的页面元素的兼容...文章来源: 想要收藏乎的文章,想要采集乎大v的文章,给大家安利一下这款专门采集下载的工具软件 – 富泰科 (futaike.net)

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外文文献翻译,秒否?文献阅读,否?

为此,本文的核心有两点,一是提供一些小工具,跨越语言障碍地顺利浏览文献,二是在克服语言障碍的基础上,如何有效的阅读文献。 ? 一、如何翻译外文文献 ?...不过,笔者在这里给大伙介绍另一款秒翻译PDF文档的神器Adobe Acrobat(下载方式见文末)。但是,需要注意一点,这是Adobe Acrobat,而不是Adobe Reader。 ?...二、如何有效地阅读文献 事实上,语言障碍的解决只是让我们在这个文献的浏览上不存在距离,但是呢,如何有效的阅读文献,还是需要具备几点的小技巧。 那么,在开始读文献之前大家不妨思考几个问题: 1....我阅读这篇文献的目的是什么? 2. 阅读中遇到陌生的学术专业词汇,是否会对文献阅读形成障碍?该如何去应对? 3. "读懂"的定义是什么?没有输出反馈的文献阅读对我们有没有价值? ?...如果你在之前的文献阅读中已经思考过这几个问题,那么恭喜你,你对于文献阅读的目的和意义,是有了比较深入的思考。 1 我阅读这篇文献的目的是什么? 不同的目的,其文献的阅读上也有着不同的读法。

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中国爬虫

中国爬虫 一、介绍 提起中国,如果你曾经写过论文,那么基本上都会与中国打交道,因为写一篇论文必然面临着各种查重,当然翟博士除外。...三、反爬虫机制 常见的反爬虫机制一般有两种: 第一种是请求头反爬虫,这个也是最简单的,如果你不给定请求头,对方服务器就不会理你。...毫无疑问,对于数据非常金贵的中国来说,肯定使用了以上两种反爬方式,并且中国的js接口非常复杂,虽说复杂,但是只要你的内功要是足够强的话,还是能够分析得出来,但是对于不懂js以及web开发的朋友来说...,实际上,iframe比较常见的一种反爬虫机制,不过,如果你不知道这个东西,那么你就基本上无缘爬取中国了。... Python伊甸园 3.看一下中国的源码,发现果然存在一个iframe,所以这个就是中国的第三种反爬虫机制。

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我的文献下载指南

科研第一步,文献要hold住!今天给大家分享一下几种我常用的文献下载途径。...GeenMedical根哥学术 谷粉学术 科研通 关于科研通的详细使用,我在之前的推文已经有介绍,文献下载,一个网站足矣,免费免费还是免费!不仅可以找原文,还可以找补充材料。... 是什么东西?! 的使用非常简单,这里提一点,在的主页部分,选择切换为海外版,原本只有CAJ格式的文献,瞬间都有了PDF版本供下载。...我的习惯 现在我找文献的流程基本已经固定下来了,针对某一篇特定的文献,我会直接:谷歌学术搜索-Zotero Connector保存-Zotero管理(中文:-Zotero Connector-Zotero...),针对无法获得的太古老或太新的文献、补充材料,我会通过:科研通检索下载-Zotero获取metadata-Zotero管理。

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乎热议:大牛如何读文献

读什么文献 2.1 读领域专家文献 2.2 读课题组文献 2.3 读经典文献 2.4 读最新文献 3. 如何读文献 4. 阅读文献的技巧 5....面对海量的文献,阅读有什么方法和技巧吗?为此,本文为大家梳理了乎上各位大神们相关的文献检索、阅读的经验和资源,希望对大家的文献阅读之路有所帮助。 1....为何要读文献 作为一名科研工作者,大家不可避免的要阅读文献。阅读文献实际上是个高强度的工作,有不少刚开始做科研的学者很容易望而生畏,但是阅读文献对于科研之路来说却有着非同寻常的意义。...读什么文献 2.1 读领域专家文献 为什么要读领域专家文献呢?网友「孟凡康」认为: 一个很重要的原因在于,如果只是平时零散的阅读文献,很难去把握一个科研领域发展的脉络。...如何扫,通过谷歌学术检索关键词就好了,把相关的都下载下来,按照问题或者自己的关键词归类,如何归类?软件推荐用 EndNote。

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