acc=GSE122687，值得一提的拟南芥根部单细胞转录组数据文章已经不少了，这个数据集也并不是质量最高的， 选择它来讲解，仅仅是一个随机事件。...本次研究总共是12,198个单细胞，利用Drop-Seq对12,198个单个拟南芥根细胞进行t分布随机邻近嵌入(t-SNE)降维。使用Seurat将细胞聚类到17个生物学亚群。...理解这些基因名字对应的拟南芥根部单细胞亚群，需要一定生物学背景知识哦！...PC，如果使用的是 SCTransform 建议多一些 dims = 1:30) ## UMAP seob <- RunUMAP(seob, dims = 1:30)...image-20210611164746045 后续还有更多分析，但是都强烈依赖于拟南芥的背景知识哦！
最近和硕士期间的同学联系上，她说她最近在做拟南芥。 拟南芥？那个模式植物嘛~，发现了自己对其完全不了解的事实。 植物能做芯片分析吗？真的之前有人做过植物的芯片分析吗？...（真是隔行如隔山） 又刚好到了每周和大家分享芯片分析流程的时候了，就想着这次能不能找个拟南芥的数据跟大家分享一下。...找数据集 稍微在GEO搜索了一下拟南芥的名字，找到了相关的数据集 然后 发现了一个出乎我意料的现象~ 我发现有个拟南芥分析相关的芯片竟然是个双色芯片。...acc=GSE36457 芯片如下： 芯片是一张做拟南芥测序的芯片，公司名字叫URGV 但我其实还是存疑，不是很相信~ emmm，之前分析的时候遇到过一个公司，公司名称是自己的，用的技术是安捷伦的
运行的时候遇到报错 2_unzip_raw_data.sh: line 3: $'\r': command not found 修改一下 sed -i 's/\r$//' 2_unzip_raw_data.sh 使用
Noncoding RNA Identification: A case Study in Diploid Strawberry Fragaria vesca 参考资料里用到的是草莓的数据，我这里换成拟南芥的转录组测序数据...SRR8428905_2.fastq.gz mv SRR8428905_1.fastq EE_Rep2_R1.fastq mv SRR8428905_2.fastq EE_Rep2_R2.fastq 使用...使用cufflinks组装转录本 cufflinks -p 4 -g reference/At.gff3 -I 5000 -o wt1_clout wt1_thout/accepted_hits.bam
不过有趣的是我搜索电脑资料，看到了2年前写的拟南芥教程。 不过我为什么会花时间写拟南芥教程呢？ ?...NOT NGA3 ## 5 0.6992279 NOT DCL1 ## 6 0.6992279 NOT EMB60 可以看到基因的ID和symbol的对应关系就出来了，根使用网页工具是类似的
为了帮助研究人员和育种人员在科学研究和育种应用中有效地使用已发布的十字花科物种基因组数据资源，来自中国农业科学院蔬菜花卉研究所的科研团队构建了十字花科植物基因组资源综合数据库（Brassica Database...BRAD（https://db.cngb.org/brassica/） BRAD是基于十字花科植物基因组数据搭建的数据库，已成为十字花科基因组研究的重要门户数据库。...以搜索基因功能注释为例，下图为搜索操作示例 Search → Annotations操作示例 BRAD的特色功能 共线性分析服务 BRAD提供了所有基因与拟南芥的共线性基因检索服务，充分利用模式植物拟南芥研究目的基因的功能...Search” → Annotations → BLASTX (best hit) to A. thaliana 便捷的页面检索服务 BRAD以页面弹窗为中心，实现了快速地在每个页面检索相同基因的功能，增强了数据库的使用体验...页面弹窗 此外，用户还可以通过“Download”功能下载BRAD中的数据；使用“Marker”模块直接跳转至蔬菜分子标记数据库， 获取蔬菜作物分子标记资源；“Links”模块可直链十字花科植物其他相关网站
A. thaliana 首先是拟南芥的参考基因组，上面有提到TAIR这个数据库，直接百度打开是一个非常朴素的界面 TAIR是研究拟南芥的首选数据库，其他数据库中拟南芥的基因组数据都是直接来自TAIR...TAIR 但这里我们不采用从这里下载，而是用文章中提到的Phytozome Phytozome是一个收录了植物基因组的数据库和在线工具，不管是注释信息还是基因组数据的获取都非常方便。...点击右上角红框的Genomes找到我们需要的拟南芥基因组 Download非常的显眼 点击下载还会提醒你引用的时候要注意格式，直接OK 点开以后是一个令人舒适的界面，往下翻找到我们想要的Data...当然，选择从Ensembl数据库同样可以下载【http://plants.ensembl.org/index.html】 Ensembl 可以通过先下载到电脑上，再传到服务器上，也可以直接使用以下命令下载...Phytozome中找到Eutrema salsugineum的基因组并下载 最后把四个参考基因组解压整理如下 以上参考基因组也可以按照我上面的演示去Ensemble试试~ 最后放上Ensemble的常用数据库
02 69 个拟南芥种质的染色体水平组装 使用了长读取（PacBio HiFi，平均深度为 45×，和牛津纳米孔，平均深度为 67×）和短读取测序，结合参考导向的拼接和手动修正，为 72 个种质生成了基因组组装...以往使用流式细胞术估计的拟南芥基因组大小范围较高，但存在高估问题。最近对 89 个种质进行的短读取重新测序数据 k-mer 分析显示基因组大小范围为 138 Mb 到 175 Mb。...图4：69个拟南芥种质品种的同源景观特征。 04 拟南芥泛基因组 对拟南芥（A. thaliana）的泛基因组进行了分析，发现了大量的基因家族。...图5：69个拟南芥种质品种的泛基因组分析。 讨论 在这项研究中，生成了69个参考质量的拟南芥基因组组装，涵盖了拟南芥中大量的遗传多样性。...高颜值免费 SCI 在线绘图(点击图片直达) 最全植物基因组数据库IMP (点击图片直达)
plantcircBase是一个植物环状RNA的数据库，网址如下 http://ibi.zju.edu.cn/plantcircbase/index.php 该数据库包含了以下13个物种的环状RNA信息...tuberosum Triticum aestivum Tea tree Zea mays 收录了来自这13个物种共98317个环状RNA，利用物种对应的RNA_seq数据，采用了多款生物信息学软件进行预测，以拟南芥为例...拟南芥共收录了4916个环状RNA,结果示意如下 ? 点击环状RNA的name,可以查看详细信息，示意如下 ?...除了染色体位置，来源基因，序列等基本信息外，该数据库还提供了circRNA-miRNA-mRNA的ceRNA调控网络信息，通过菜单栏的Network菜单，可以查看特定环状RNA的调控网络，结果示意如下
potato所有的蛋白序列，Pfam数据库下载Hsp20基因家族HMM文件PF00011 。...2、使用hmmsearch 阈值 e-value <=0.001 来搜索Hsp20 家族基因。...3、使用拟南芥Hsp20蛋白作为队列与potato所有的蛋白库进行比对，阈值e-value <=0.001。...4、功能注释在拟南芥和UNIREF100 中最接近的同源序列进行过滤。...2、使用hmmsearch 默认参数搜索，阈值E-value < 0.01 来搜索WRKY家族基因。 3、候选WRKY家族基因使用PFAM 和 SMART来进行验证，核查是否存在保守结构域。
1.数据库相关概念 在一个数据库软件中可以包含多个数据仓库,在每个数据仓库中可以包含多个数据集合，每个 数据集合中可以包含多条文档(具体的数据)。...术语 解释说明 database 数据库，mongoDB数据库软件中可以建立多个数据库 collection 集合，一组数据的集合，可以理解为JavaScript中的数组 document 文档，一条具体的数据...Mongoose第3三方包 使用Nodejs操作MongoDB数据库需要依赖Node.js第 三方包mongoose 使用npm install mongoose命令下载 3.启动MongoDB...4.数据库连接 使用mongoose提供的connect方法即可连接数据库。...创建数据库 在MongoDB中不需要显式创建数据库，如果正在使用的数据库不存在，MongoDB会自动创建。
一、软件安装 使用conda安装 conda install blast 二、blast类型 ? 三、blast的用法 1. 本地BLAST的基本步骤 1....具体以拟南芥基因组作为案例，介绍使用方法： # 下载基因组 wget ftp://ftp.ensemblgenomes.org/pub/plants/release-36/fasta/arabidopsis_thaliana...makeblastdb -in Arabidopsis_thaliana.TAIR10.dna.toplevel.fa -dbtype nucl -out TAIR10 -parse_seqids # 下载拟南芥...-dbtype：数据库类型。构建的数据库是核苷酸数据库时，dbtype设置为nucl，数据库是氨基酸数据库时，dbtype设置为prot。 -out：数据库名称。 构建好数据库就可进行序列比对。...-db：使用的数据库。 -evalue：设置输出结果中的e-value阈值。e-value低于1e-5就可认为序列具有较高的同源性。 -outfmt：输出文件的格式，一般设置为6。
，每次查询4个基因；否则需 要付费才可以使用。...注册完成需要进邮箱点激活链接才能使用。 先下载软件，安装，运行，需要使用刚才申请的帐号和密码才能进入软件主界面。...使用实例 最简单的例子-查找拟南芥基因At3g29430在发表研究中的表达 在左侧上部Quick Search栏输入’At3g29430’，点击Search按扭，瞬间返回了10615个查询结果，单击可散点图呈现...软件界面、操作顺序和结果展示如下图： 从选择的实验或样品中查看指定基因表达 本示例以查询拟南芥中At3g29430 At3g32040基因是否在低氮、低磷胁迫条件下上调表达，来提高设计表型筛选条件的成功可能性...Create Orthologs，可以寻找多种植物中的同源基因，这里我们选择Oryza Sative水稻，点确定找到9个同源基因；再点左上方数据选择窗口Data Selection中New，默认即可以搜索水稻数据库
最大的难点是组织优化，由于植物组织结构木质化程度不一样，RNA含量水平偏低，植物组织的RNA透化难度大大加大，要想获得足够的RNA，根据Stefania[2]的方法我们自主优化了植物组织透化试剂，使用组合酶的方法...，通过模型被子植物（拟南芥）和裸子植物（杨树、挪威云杉）的微观切片生成空间转录组谱来证明该技术的可行性。...拟南芥花序空间基因表达特征 （2）拟南芥花序、杨树叶芽、冷杉雌球果 植物生长发育-Nat Protoc, 2018[2] Stefania和 Joakim Lundeberg团队2018年继续在更多的裸子植物...拟南芥花序、杨树叶芽、冷杉雌球果空间基因表达 （3）拟南芥叶片-植物对细菌攻击的免疫反应途径 Plant Methods. 2019[4] Michael Giolai等人利用 GaST-seq技术，...目前百迈客云平台拥有200多款基因分析工具，分析结果可直接用于文章发表，更有近百部科研相关视频和8大基因数据库助力科研工作者深度数据挖掘。
使用python-DB-API，只需要搞清楚Connection、Cursor对象，打开后一定得关闭。...values = cursor.fetchall() values cursor.close() conn.close() ORM技术 -- Object-Relational Mapping，把关系数据库的表接受映射到对象上...使用ORM添加记录，可以看成为添加一个User对象。...DBSession对象可视为当前数据库连接。 使用ORM从数据库中查询数据：结果是一个user对象，而不是tuple。...ORM的作用就是把数据库表的一行记录与一个对象做相互转换， 使用ORM的前提是了解关系数据库的原理。
使用数据库是毫无疑问的，django通过自带的ORM框架操作数据库，并且自带轻量级的sqlite3数据库。 我不想使用自带的数据库，就是要使用MySQL。这里，我已经安装好了MySQL，并且启动了。...然后我们在settings中，配置数据库相关的参数，如果使用自带的sqlite，不需要修改。...PASSWORD': '', # 密码 'HOST': 'localhost', # 主机 'PORT': '3306', # 数据库使用的端口 ...tr> 姓名 密码 邮箱 {#使用...使用navicat软件连接MySQL，查看表数据 ? 之后和用户交互的数据都能保存到数据库中。任何时候都可以从数据库中读取数据，展示到页面上。
1. having和where的区别 having是对查询的结果集进行操作比较的 where是对所有字段进行比较的 # having 和 where 都可以使用的场景 select name,age...设计部 | +------+--------+-----------+------+--------+-----------+ 2 rows in set (0.02 sec) # 同时可以使用以下的三种方法
数据库的在线使用比较简单，根据提示输入想要查询的内容即可 ? TP53依然是突变频率最高的基因。 ? 与TCGA不同的是，ICGC里面有多个国家的人群的数据 ?...COSMIC又一个癌症突变数据库 ? ? ? ? 主状图展示突变位点在不同疾病中的分布，R语言学习 - 柱状图 ? ? ? ? 还有突变位点的蛋白结构，研究Docking ? ? ? ? ? ?...换个风格，人蛋白表达数据库，不同人体组织的蛋白质组和转录组数据。 ? ? ? ? ? ? ? ?
这一篇简单介绍一下SpringBoot配置数据库的配置（依赖和application.properties）,以下全是以本地数据库为例子，具体用户名密码地址都根据实际去修改。...Mysql数据库： pom文件： mysql mysql-connector-java</artifactId...characterEncoding=utf8&useSSL=false ##数据库用户名 spring.datasource.username=root ##数据库密码 spring.datasource.password...=root ##数据库驱动 spring.datasource.driver-class-name=com.mysql.jdbc.Driver Sql Server数据库： pom文件： <dependency...=sa ##数据库密码 spring.datasource.password=p@ssw0rd ##数据库驱动 spring.datasource.driver-class-name=com.microsoft.sqlserver.jdbc.SQLServerDriver
Stereo-seq，首次绘制了四种模式生物胚胎发育或器官的时空图谱，包括和人的基因相似度高达80%的实验室明星小鼠、参与高中课本里著名的摩尔根杂交实验的果蝇、胚胎发育研究的重要模式生物斑马鱼和植物研究的“网红”拟南芥...用户可通过数据库主页面或导航栏，快速获取研究内容梗概、时空聚类分析结果、研究技术（Stereo-seq）简介、研究中使用分析软件及产生的数据资源信息，同时还能直接下载研究数据及分析文件等。...左右滑动了解更多 用户可通过数据库主页面或导航栏，快速获取研究内容梗概、时空和单细胞转录组聚类分析结果、空间分辨发展轨迹、研究技术（Stereo-seq）简介、研究中使用分析软件及产生的数据资源信息，同时还能直接下载研究数据...左右滑动了解更多 用户可通过数据库主页面或导航栏，快速获取研究内容梗概、时空聚类分析结果、3D模型、研究技术（Stereo-seq）简介、研究中使用分析软件及产生的数据资源信息，同时还能直接下载研究数据...左右滑动了解更多 该数据集包含由植物细胞壁染色与Stereo-seq高分辨率空间转录组技术相结合产生的数据，展示了拟南芥叶片中的第一个原位单细胞转录组分析。
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