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R语言 | 差异箱线图的绘制

本次讲的是差异箱线图的绘制,在基因表达量、生态学实验数据统计(如发芽率、产卵量、性比等等)等方面应用比较多。 先看看示例图(以孵化率为例): 那么这样的图该如何绘制呢?...ggplot2") install.packages("ggpubr") library(ggplot2) library(ggpubr) #设置工作目录(这里注意R中'/'和Windows中'\'是不同的)...桌面内容//test") #读取输入文件 library(readxl) data <- read_excel("D:/桌面内容/test/data.xlsx") #提取data数据集中第2列,第3列的列名...Treatment)) #将Treatment转换成因子型变量 data$Treatment=factor(data$Treatment, levels=group) #获得Treatment中元素之间的组合...element_text(size=15)) #绘图 #stat_compare_means(comparisons = my_comparisons):指定需要进行比较以及添加p-value、显著性标记的组

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Python-matplotlib 箱线图绘制

引言 箱线图(Boxplot) 是一种用作显示一组数据分散情况资料的统计图表,本期推文就如何使用matplotlib和seaborn 绘制出高度定制化的箱线图做出详细的讲解。 02....箱线图基本介绍 箱线图,又称箱形图(boxplot)或盒式图,不同于一般的折线图、柱状图或饼图等图表,其包含一些统计学的均值、分位数、极值等统计量,该图信息量较大,不仅能够分析不同类别数据平均水平差异...(以上图来源于网络,如侵权,望告知,删除) 03. matplotlib绘制 Matplotlib 中绘制箱线图的函数为 boxplot (),但要想进行定制化绘制需求,则需设置较多的绘图参数,boxplot...) 04. seaborn 绘制 相对于matplotlib 大量的绘图属性需要设置,python统计绘图库seaborn绘制箱线图代码量则少很多,但要想绘制不同类别数据箱线图,则需对数据添加类别标签...当然,你还可以通过设置seaborn或matplotlib的主题,绘制不同风格的图表,如下: ? ? 在当类别数据较多时,你也可以将箱线图垂直绘制,如下: ? ? 05.

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    ggplot2优雅绘制半边箱线图

    欢迎关注R语言数据分析指南 ❝本节来回答读者的一个问题,如何半边箱线图主要通过「gghalves」包来实现对此感兴趣的读者可以查阅官方文档,数据为随意构建无实际意义,整个过程仅参考。...「数据代码已经整合上传到学习交流群」,购买过小编R数据可视化文档的朋友可在所加的交流群内获取下载,有需要的朋友可关注文末介绍加入交流群。...❞ gghalves官方文档 ❝https://erocoar.github.io/gghalves/ ❞ 结果图 ❝图形主要通过一边展示箱图一边通过散点来展示数据分布,并添加了组间显著性标记。...❞ 关注下方公众号下回更新不迷路 ❝有需要学习R数据可视化的读者,欢迎购买小编的R数据可视化案例文档,「购买将自动获得2024年及以后更新的绘图文档代码,无需额外付费」。...有需要的朋友欢迎到小编的「淘宝店铺-R语言数据分析指南」下单购买。

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    ggplot2|从0开始绘制箱线图

    继续“一图胜千言”系列,箱线图通过绘制观测数据的五数总括,即最小值、下四分位数、中位数、上四分位数以及最大值,描述了变量值的分布情况。...箱线图能够显示出离群点(outlier),通过箱线图能够很容易识别出数据中的异常值。 ? 本文利用R语言的ggplot2包,从头带您绘制各式各样的箱线图。...一 绘制基本的箱线图 载入数据及函数包 library(ggplot2) library(RColorBrewer) dose数值 变成因子变量 ToothGrowth$dose <- as.factor...2 11.5 VC 0.5 3 7.3 VC 0.5 4 5.8 VC 0.5 5 6.4 VC 0.5 6 10.0 VC 0.5 1)geom_boxplot绘制基本的箱线图...三 图例,标题设置 1)设置legeng Legend是对箱线图的解释性描述,默认的位置是在画布的右侧中间位置,可以通过theme()函数修改Legend的位置 p + theme(legend.position

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    Hiplot Pro |云工具系列--在线绘制优雅的箱线图

    由此可见图表作为一篇文章的“脸面”,图画的好,就能给Reviewer和Editor留下良好的第一印象。!有了印象分,投稿成功率才能提高。...但是仔细比较一下,就会发现这些的图从细节、图形外观、配色等诸多问题上,跟别人家的“白富美”图相比,“菜色”满满,难以望其项背也。 今天,我们从最常用的一个图形入手:箱线图。...在我们日常使用的图形中,箱线图属于使用频率最高的图形之一。 箱·线·图 定义:Boxplot,又称为盒须图、盒式图,是用于显示一组数据分散情况资料的统计图,因形状如箱子而得名。...在诸多种领域里广泛应用,它主要用于反映原始数据分布的特征,还可以进行多组数据分布特征的比较。 解读:箱线图既然常用于统计数据的特征描述,其每个框线都是有特殊含义的。...箱线图包括了一组数据的最大值、最小值、中位数和两个四分位数。首先,连接两个四分位数画出箱子;其次,再将最大值和最小值与箱子相连接,而中位数则在箱子中间。

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    绘图系列(2):利用 seaborn 绘制箱线图等图形

    基于 SPC 的强风暴历史数据,仅简单分析历年的龙卷风分布情况。主要用到 pandas 处理 csv 数据,并利用 matplotlib,seaborn绘制箱线图,小提琴图,条形图,散点图等图形。...seaborn 是基于 matplotlib 的可视化库,主要应用于统计分析可视化,而且在统计分析可视化上非常好用且非常强大。 示例也给出了子图的绘制,大部分语句都给出了注释,数据同样见最后链接。...# 合并两个 DataFrame tora = pd.concat([tor, tor2]) fig, ax = plt.subplots(2, 2, figsize = (16, 8)) # 绘制箱线图...y = tora.TOR_WIDTH, order=["EF0", "EF1", "EF2", "EF3", "EF4"], palette='vlag', ax = ax[0, 0]) # 类似箱线图...= 0, ax = ax[0, 1]) # 箱线图和核密度估计曲线整合 sns.violinplot(x = tora.TOR_F_SCALE, y = tora.TOR_LENGTH, order

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    箱线图(boxplot)

    今天要跟大家介绍的图表是箱线图!...▽▼▽ 在恶心excel2013及以下版本中,没有直接制作箱线图的图表工具,需要借助股价图,并对数据做少许变换才能做出箱线图的效果,不过自excel2016版本开始,箱线图已经成为内置图表,可以一键生成...先跟大家讲解四分位数数据的整理工作。 这是本案例的原数据: ? 我们要制作出标准的箱线图: 需要获得每组的数据的最大值、最小值、中位数、上下四分位数等五组数值,这就需要借助函数来进行计算。...整理出来五组数值之后,需要将五组数值与股价图中的开盘——盘高——盘底——收盘图数据顺序相对应,从新整理出箱线图的作图数据。 ?...此时已经可以很清晰的看到箱线图了,只是中间的平均值数据点颜色没有显示出来,调出设置数据系列格式菜单,将平均值(Q2数据点设置成内置横线,并调整至合适宽度) ? ? ? 然后箱线图就大功告成了。

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    matplotlib 箱线图

    箱线图,是指—种描述数据分布的统计图,是表述数据的第一四分位数、中位数、第三四分位数与异常值(离群值)的一种图形方法。...它也可以粗略地看出数据是否具有对称性,分布的分散程度等信息,特别是可用于对多组样本的比较。 在matplitlib中,用boxplot() 函数函数绘制箱线图。 ?...我们先绘制一个简单的箱线图,对比两组数据的分布: import matplotlib as mpl import matplotlib.pyplot as plt import numpy as np...np.random.randn(100)+2 plt.boxplot([X1,X2],labels =[" A组","B组"])#labels表示分组 plt.ylabel("数据") plt.title("箱线图示例...可以设置箱体的宽度(图略): plt.boxplot([X1,X2],widths=[0.4,0.8], labels =[" A组","B组"]) 可以改变whis参数(默认1.5)来改变箱须包含数据范围的大小

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    ggplot2轻松绘制误差线点图与箱线图

    欢迎关注R语言数据分析指南 ❝最近群里有朋友问一张图的绘制方法,其本质仍然是误差线图&箱线图的组合,下面小编使用R内置的「gapminder」数据集来简单做一下图形的绘制❞ 加载R包 library(...continent,year) %>% summarise(value_mean=mean(lifeExp),sd=sd(lifeExp),se=sd(lifeExp)/sqrt(n())) 绘制误差线图...element_blank(), legend.position = c(0.2,0.9), legend.box.margin = margin(0,0,0,0)) 绘制箱线图...element_blank(), legend.position = "non") 拼图 (p1+p2)+plot_layout(widths=c(2,1)) 购买后微信发小编订单截图即邀请进新的会员交流群...,小编的文档为按年售卖,只包含当年度的「除系列课程外」的文档,有需要往年文档的朋友也可下单购买,需要了解更多信息的朋友欢迎交流咨询。

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    六分组疾病进展的关键基因差异箱线图绘制

    synovial T cell activation and plasmablast/plasma cell differentiation pathways》中一些 marker 基因在三个组别中的箱线图...+抖动散点+显著性比较,今天再来学习同样疾病的另外一文献中的图,我想你肯定也会喜欢,也是箱线图,但是有6个分组,还是疾病进展相关的分组。...这个 Fig1B 图主要展示了 目标基因 CD40LG 在6个分组中的表达箱线图,以及与正常组相比,在其他五个组别中的显著性。...", "Healthy"), c("Early RA", "Healthy"), c("Est RA", "Healthy")) # 绘制箱线...,用于下面p1的修改 test = "t.test") # 检验的类型,可以更改 p 结果如下: 美化一下:textsize = 0 设置为0,添加新的图层 # 绘制箱线

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