数据结构是指在计算机中存储和组织数据的方式,不同的数据结构有不同的特点和适用场景。R语言中的常用数据结构,包括向量、矩阵、数组、列表和数据框。关于数据结构的使用,我们将分四篇文章分别介绍每种数据结构的操作方法和代码示例。
认识Tidy Data1.Reshape Data2.Handle Missing Values3.Expand Tables4.split cells一、测试数据1.新建数据框2.用tidyr进行处理3.按照geneid排序4.空值操作用表二、Dplyr能实现的小动作1.arrange 排序2.fliter3.distinct4.select5.mutate6.summarise7.bind_rows8.交集、并集、全集9.关联
约等于表格:1.数据框不是一个具体文件,只是R语言内部的一个数据;2.数据框每一列只能有一种数据类型
数据框来源主要包括用代码新建(data.frame),由已有数据转换或处理得到(取子集、运算、合并等操作),读取表格文件(read.csv,read.table等)及R语言内置数据
上篇我们了解了Python中pandas内封装的关于数据框的常用操作方法,而作为专为数据科学而生的一门语言,R在数据框的操作上则更为丰富精彩,本篇就R处理数据框的常用方法进行总结: 1.数据框的生成 利用data.frame()函数来创建数据框,其常用参数如下: ...:数据框的构成向量的变量名,顺序即为生成的数据框列的顺序 row.names:对每一行命名的向量 stringAsFactors:是否将数据框中字符型数据类型转换为因子型,默认为FALSE > a <- 1:10 > b <- 10:1 >
方式:RStudio中,菜单栏File→NewProject→NewDirectory→NewProject→DirectoryName
R中缺失值以NA表示,判断数据是否存在缺失值的函数有两个,最基本的函数是is.na()它可以应用于向量、数据框等多种对象,返回逻辑值。
假设数据以 tibble 格式保存。数据集如果用于统计与绘图,需要满足一定的格式要求,(Wickham, 2014) 称之为 整洁数据 (tidy data),基本要求是每行一个观测,每列一个变量,每个单元格恰好有一个数据值。这些变量应该是真正的属性,而不是同一属性在不同年、月等时间的值分别放到单独的列。
生信技能树-数据挖掘课程笔记 数据框 #数据框的新建 df = data.frame(gene = paste0("gene",1:6),change = rep(c("up","down"),each = 3)) #数据框的读取 df df = read.csv("gene.csv") #数据框的属性 dim(df) #查看行数和列数 nrow(df) #查看行数 ncol(df) #查看列数 rownames(df) #查看行名 colnames(df) #查看列名 输出结果: 图片 图片 数据框的操
内置数据多用于新手练习,eg:iris、volcano、letters、LETTERS
其实在本次做作业的过程中,我还犯了一个错,我把filter记错了,本来是取行的我记成取列的了,导致我的一些尝试一直报错,但是(重点来了!),老师真的一眼就看出来我哪里错了,打错大小写,还有用错函数,还有一些我的疑问都可以给到很正确很令人信服的解答!
豆花寄语:学生信,R语言必学的原因是丰富的图表和Biocductor上面的各种生信分析R包。
在R中可以使用merge()函数去合并数据框,其强大之处在于在两个不同的数据框中标识共同的列或行。
2023-11-10,Galaxy生信云平台 UseGalaxy.cn 新增 12 个工具。
今天延续Day2讲完了全部的几个重要数据类型,都是后续生信分析非常重要的知识点以及小Tips,同时深深感受到代码思维的重要性。要写能换个环境和场景依然可运行的代码,而不是一次性的玩意儿
将你的数据整理好是一个可敬的、某些情况下是至关重要的技能,所以作者使用了数据木匠这个词。这是本书最重要的一章,将涉及以下内容:
summary()函数会对 列 进行处理,并且 创建新的列表 ,简单来说就是把向量作为输入值,输出单个数值。
数据框(和矩阵)有2个维度(行和列),要想从中提取部分特定的数据,就需要指定“坐标”。和向量一样,使用方括号,但是需要两个索引。在方括号内,首先是行号,然后是列号(二者用逗号分隔)。以metadata数据框为例,如下所示是前六个样本:
(补充:一个向量是一排有序排列的元素,以后会用到把一个向量作为数据框中的一列的情况。c()意思是combine(),将不同元素组合为一个向量)
Python数据分析——数据加载与整理 总第47篇 ▼ (本文框架) 数据加载 导入文本数据 1、导入文本格式数据(CSV)的方法: 方法一:使用pd.read_csv(),默认打开csv文件。 9、
2.select(),按列筛选,列名列号都可以.select(数据框,列号/列名)
导读:Pandas是日常数据分析师使用最多的分析和处理库之一,其中提供了大量方便实用的数据结构和方法。但在使用初期,很多人会不知道:
1.获得行名和列名 data._stat_axis.values.tolist() # 输出行名并转化为列表 data.columns.values.tolist() # 输出列名并转化为列表 2.获得行数和列数 data.shape # 行数和列数 data.shape[0] # 行数 data.shape[1] # 列数 3.第一列作为行名 data = pd.read_csv('1.csv', sep = ',', index_col=0) 4.数据框合并 pd.merge(data1, data2
arrange函数按给定的列名进行排序,默认为升序排列,也可以对列名加desc()进行降序排序。
1)现在学“表格” 二维:二维有两个:(1)matix 矩阵 —— 二维,只允许一种数据类型。(2)data.frame 数据框—— 二维,每列只允许一种数据类型(列与列之间相不相同都行)。
文件名$列名 = c()赋值修改后的向量($提取的是一个全新的列名,之前不存在的)
When you click the Knit button a document will be generated that includes both content as well as the output of any embedded R code chunks within the document. You can embed an R code chunk like this:
导语:Power Query 是可证明的,在这个星球上性价比最高的数据处理工具,如果你的工作中需要处理数据,注意,是处理,不是分析,那么此工具必须掌握。对此,90%的鼠标点击,5%的猜测以及5%的公式能力足以。本文来自《Master Your Data》的第十章,非常重要,必须掌握。
修改行名和列名,其实就是修改向量,要修改全部行名就给全部赋值,如果要改一个列名就给取子集赋值。如:修改第二列的列名,就是修改【列名这个向量】的第二个元素
df1 <- data.frame(gene=paste0("gene",1:4),
R中的merge函数类似于Excel中的Vlookup,可以实现对两个数据表进行匹配和拼接的功能。与Excel不同之处在于merge函数有4种匹配拼接模式,分别为inner,left,right和outer模式。 其中inner为默认的匹配模式,可与sql语言中的join语句用法。
注意:一定要经常检查数据,注意读取之后是数据框还是矩阵,取完列里面是数值还是字符,处理完是什么类型等等
在介绍了缺失值处理的方法之后,我们可以得到完整的数据集,但在进行数据分析之前,还需要对数据进行整理,下面我们将介绍数据整理的相关知识。
由于业务中接触的数据量很大,于是不得不转战开始寻求数据操作的效率。于是,data.table这个包就可以很好的满足对大数据量的数据操作的需求。
inner_join()函数和merge()函数都用于将两个数据框按照某些共同的列进行合并,但它们有一些区别:
如果想知道读取后是什么数据结构,用class(变量名),不能输入文件名csv,不然是字符串,变量名一半不带“”,有“”的就是字符串
(1)read.table()和read.csv()两者之间没有不可逾越的鸿沟,只是方便读取某一类文件类型;报错就需要添加对应的参数。
约等于表格 但是:列有要求(同一列只允许同一种数据类型);不是文件(可以导出来成为一个文件);
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x<- seq(1,10,by = 0.5) #1-10之间每隔0.5取一个数(注意是逗号不是分号)
read.table(file"mingzi",sep="\t",header=T)
title: "数据框取子集、修改和连接的方法" output: html_document date: "2023-03-18" 先生成一个数据框df1作为示例数据框 df1 <- data.frame(gene = paste0("gene",1:4), change = rep(c("up","down"),each = 2), score = c(5,3,-2,-4)) df1 ## gene change scor
eg: 数字:A(1,2,3)/字符串:A("hi","hello","ha")
约等于“表格”原因:数据框不是独立的文件,是二元内部的一个数据,电脑上可能并没有这样一个文件,不是在电脑上真实存在的文件;excel表格没有要求一列只有一种数据类型,而数据框要求一列只能有一种数据类型。
sep='\s+': 指代\f\n\t\r\v这些,分别为换页符,换行符,制表符,回车符,垂直制表符。
即将ex3.csv中的内容提取出来,传递给变量test,生成一个数据框。后续对数据框的操作,对文件无影响。
if(!require())install.packages()----会返回:逻辑值!
seuratObj <- RunHarmony(sce, "orig.ident")
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