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基因集合的数据框,列表和对象形式

这些都离不开生物学功能数据库,但是数据库不仅仅是GO/KEGG哦,目前最齐全的应该是属于 MSigDB(Molecular Signatures Database)数据库中定义了已知的基因集合:http...可以看到,GO/KEGG是最出名的,但不是唯一的,起码和kegg数据库并列的就有Reactome数据库。...,因为数据框不能是不整齐的,所以没办法是宽的,每个基因集合里面的基因个数不一样,大概率都是不整齐的。...(glist)) 这样的列表如果想转换成为前面的数据框也很容易: TERM2GENE = do.call(rbind, lapply(names(genes_to_check), function(...x){ data.frame(gs_name=x,gene_symbol=glist[[x]]) })) 对象(遵循MSigDB的gmt文件标准) 前面的数据框或者列表,要弄成对象就比较麻烦了,需要做一些转换

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    匿名对象和object的转换

    参考http://www.2cto.com/kf/201207/139227.html 有时候经常用到需要把一个匿名对象存入session或List或其他容器中,可是取出来的时候变成object...             {                 return (T)obj;             }         }  View Code              /获取所有员工和账号列表对应关系...=> o.AccountName).Distinct().ToList();                 this.cmbAccountList.DataSource = query3; -- 将数据源转换为匿名对象数组...  或者 this.cceAccount.Properties.DataSource = accounts.Select(m => new { Account = m }).ToList(); 将选择的项...,转换为匿名对象 var cmbSelectedItem = this.cmbAccountList.SelectedItem.ChangeType(new { AccountID = 0, AccountName

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    在Python中操纵json数据的最佳方式

    json格式的数据打交道,尤其是那种嵌套结构复杂的json数据,从中抽取复杂结构下键值对数据的过程枯燥且费事。...类似的,JSONPath也是用于从json数据中按照层次规则抽取数据的一种实用工具,在Python中我们可以使用jsonpath这个库来实现JSONPath的功能。...: 假如我想要获取其嵌套结构中steps键值对下每段行程的耗时duration数据,配合jsonpath就可以这样做: import json from jsonpath import jsonpath...JSONPath语句,配合jsonpath()便可以提取出对应信息,下面我们就来学习jsonpath中支持的常用JSONPath语法: 2.2 jsonpath中的常用JSONPath语法 为了满足日常提取数据的需求...(@.polyline)][polyline,road]', result_type=None) 以上介绍的均为jsonpath库中的常规功能,可以满足基础的json数据提取需求,而除了jsonpath

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    【JQuery框架】JQuery对象和JS对象的区别和转换

    目录 jQuery的概念 jQuery快速入门 1、下载jQuery 2、导入JQuery的js文件 3、jQuery的使用 jQuery对象和JS对象区别与转换 jQuery转为js  js转为jQuery...你好呀,我是灰小猿,一个超会写bug的程序猿! 在了解jQuery对象和JS对象之间的区别和转换前,我们先对jQuery框架进行一个简单的入门。...我们使用jQuery获取元素对象时,可以使用“$()”来作为一个选择器,对标签体中的内容进行获取。...JS对象区别与转换 相比于JS对象,jQuery对象在操作时更加方便,代码更加简洁 但是需要注意的是:jQuery对象和JS对象的方法是不通用的,那么我们如果想在jQuery中使用js方法,或在js中使用...因此,在这里和大家分享一下jQuery对象和JS对象之间的相互转换 jQuery转为js  使用jQuery对象[索引] 或者 jQuery对象.get(索引)将jQuery对象转化为js对象,即可使用

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    python读取txt文件中的json数据

    大家好,又见面了,我是你们的朋友全栈君。 txt文本文件能存储各式各样数据,结构化的二维表、半结构化的json,非结构化的纯文本。...存储在excel、csv文件中的二维表,都是可以直接存储在txt文件中的。 半结构化的json也可以存储在txt文本文件中。...最常见的是txt文件中存储一群非结构化的数据: 今天只学习:从txt中读出json类型的半结构化数据 import pandas as pd import json f = open("...../data/test.txt","r",encoding="utf-8") data = json.load(f) 数据读入完成,来看一下data的数据类型是什么?...print(type(data)) 输出的结果是:dict 如果你分不清dict和json,可以看一下我的这篇文章 《JSON究竟是个啥?》

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    【Java 进阶篇】Java 中 JQuery 对象和 JS 对象:区别与转换

    在前端开发中,经常会涉及到 JavaScript(JS)和 jQuery 的使用。这两者都是前端开发中非常重要的工具,但它们之间存在一些区别。...本文将详细介绍 Java 中的 JQuery 对象和 JS 对象的区别,并讨论它们之间的转换方法。 1. 前言 在开始之前,让我们简要了解一下 JavaScript 和 jQuery。...它是一种基于对象和事件驱动的语言,可以嵌入到 HTML 中,由浏览器解释执行。 1.2 jQuery jQuery 是一个 JavaScript 库,旨在简化 JavaScript 编写和处理的任务。...().fadeIn("slow"); 4.4 转换关系 在 JavaScript 中,可以将 jQuery 对象转换为原生的 DOM 对象,这样就可以使用原生的 DOM 方法了: // jQuery 转...希望本文对理解 JavaScript 对象和 jQuery 对象的区别以及它们之间的转换有所帮助。

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    java中json字符串和java对象的转换「建议收藏」

    文章目录 1、Java与前台的交互 2、解析JSON的第三方工具 3、JSON数据和Java对象的相互转换 Java对象转换JSON字符串 JSON字符串转为Java对象 1、Java与前台的交互 作为后台...3、JSON数据和Java对象的相互转换 Java对象转换JSON字符串 使用步骤: 1、导入jackson的相关jar包 2、创建Jackson核心对象 ObjectMapper 3、调用ObjectMapper...JSON数据存储到文件中 mapper.writeValue(new File("hashMapJson.json"),hashMap); 可以看到最终转换的结果是JSON嵌套的格式 一个对象内部维护了另外一个对象转为...1: File:将obj对象转换为JSON字符串,并保存到指定的文件中 Writer:将obj对象转换为JSON字符串,并将json数据填充到字符输出流中 OutputStream:将obj对象转换为...3、调用ObjectMapper的相关方法进行转换 4、readValue(json字符串数据,Class) 把JSON字符串,转换成JSON对象,前提是 需要提供一个类,这个类的属性名和JSON

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    fastjson—Map和List对象间的转换

    fastjson 是阿里巴巴推出的,一个Java语言编写的高性能JSON 处理器,遵循JSON标准 http://json.org/ ,支持各种JDK 类型。...刚刚看到就觉得爱不释手,还没用过,在接下来的遇到json类的所有操作都可以将这个用上,感觉效率会很高,以至于我看到就有一种强烈的欲望想要分享,或者说是我见识少,哈哈,见识少就要不断的填补空白,把缺的都补上...尤其是在API测试过程中,API接口返回一堆的json数据,然后就可以对这些数据进行处理了。废话少说,直接介绍: maven: ? 1....channelItemList = JSON.parseArray(itemJson,ChannelItem.class); /** itemJson: JsonArray ChannelItem : 对象...= JSON.parseObject(JSONObjectStr, new TypeReference() {}); //因为JSONObject继承了JSON,所以这样也是可以的

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    Json和对象之间转换的封装(Gson)

    一、前言前段时间由于做spring boot的后端,经常需要进行Json 和对象之间的转换,所以利用Gson结合Kotlin扩展函数的特性封装了两个非常方便的函数,如果是其他语言,也可以封装一下,就是没...下面展示一下最终封装效果对象转Jsonval cat = Cat()cat.toMyJson()Json转对象 //单个对象,这里转换成单个对象需要手动,主要是为例统一形式val cat = Cat()...Json这里的需要在Any下面进行扩展,由于Any为所有类的父类,这个和Java里面的Object 有点类似fun Any.toMyJson():String{ return Gson().toJson...list类型的,如果有大佬有换返回值类型的方法,欢迎评论区留言四、需要注意的问题对象转Json需要注意的这个只需要注意转换之后的格式即可,list或者单个对象都是可以直接转换的Json 转对象需要注意的这个需要注意的就是对象是什么类型的要清楚...,还有就是非Json格式的字符串是不能转换成功的,虽然它有这个方法,然后目前我这套方案是转化成统一的list类型,所以需要手动取值五、总结以前碰到这些是相当的头疼,经常就需要转来转去的,网上的文章很多都没讲明白

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    Pandas中的数据转换

    axis参数=0时,永远表示的是处理方向而不是聚合方向,当axis='index'或=0时,对列迭代对行聚合,行即为跨列,axis=1同理 二、⭐️矢量化字符串 为什么要用str属性 文本数据也就是我们常说的字符串...user_info.city.map(lambda x: x.lower()) AttributeError: 'float' object has no attribute 'lower' 错误原因是因为 float 类型的对象没有...例如,统计每个字符串的长度。 user_info.city.str.len() 替换和分割 使用 .srt 属性也支持替换与分割操作。 先来看下替换操作,例如:将空字符串替换成下划线。...Series中的每个字符串 slice_replace() 用传递的值替换每个字符串中的切片 count() 计数模式的发生 startswith() 相当于每个元素的str.startswith(pat...常用到的函数有:map、apply、applymap。 map 是 Series 中特有的方法,通过它可以对 Series 中的每个元素实现转换。

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