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ANNOVAR — 注释数据库结果

工欲善其事必先利其器 书接上文:ANNOVAR —— 基因组变异注释利器 前面我们介绍了,annovar的基本用法,并输出了注释结果,今天我们进一步了解下注释所用到的数据库以及结果解读 1table_annovar...-polish --vcfinput protocal 参数中,我们用到了多个注释数据库,那么这些数据库都是什么?...2可选注释数据库 用于基因注释的数据库: refGene 数据来源:数据库来自美国国家生物技术信息中心(NCBI)的RefSeq项目(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/refseq...综合了多个数据库,包括SIFT, PolyPhen-2, MutationTaster等预测工具的结果(http://database.liulab.science/dbNSFP) 内容: 包括非同义突变的功能预测分数...基于基因的注释 使用 annotate_variation.pl 基于refGene数据库的注释结果 $cat homo_test.avinput.variant_function |grep 1334174

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CMap数据库学习及结果可视化

CMap(Connectivity Map,连接图谱)CMap是一个生物信息学数据库和工具,旨在通过比较基因表达谱来揭示药物、基因和疾病之间的潜在关联。...CMap数据库主要用于寻找药物、化合物和生物过程之间的关系,并用于药物重定位(drug repurposing)和疾病机制研究。...数据来源:不同细胞系;数据结果:采用的蛋白质层面的数据和小分子药物之间的扰动关系;数据含量:包含超过150万(这里应该是指不同刺激/条件下的信息数量?)...化合物筛选:研究人员可以利用 CMap 数据库进行化合物筛选,找到能够逆转某些疾病相关基因表达模式的候选化合物,从而为新药开发提供线索。...右侧第一个框可以搜索既往分析的结果,第二个的选项可以进行数据展示。 3、选择了gene expression之后还需要进行参数设置和上传上下调差异基因。

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    如何将数据库检索的结果导出?

    最近很多同学询问不同的数据库的文献如何导出……老师表示很是不解,这是个很简单的小问题,上课时候也讲过,演示过,可是却是提问频率最高的问题之一。于是,今天就来大家讲讲不同的数据库如何导出数据。...只是你们没认真看结果页面呢。 另一个原因是,数据库也是有自己的个性的,不是每个数据库都和CNKI是双胞胎啊。...万方 各种格式的供大家选择: 维普(结果页面——选中检索结果——导出题录) 导出选项: 多种格式可选: 中国生物医学文献数据库 这个数据库导出参考文献使用TXT文档的格式,自动下载后查看文件即可。...Pubmed 数据库页面上有个“Send To” 点开就能导出了哈。 Web of science 结果页面上有"保存至……",大家按照自己的需求导出就行了。...OVID 结果列表上面就有导出按钮。 有很多格式可以选择哦。 Sciverse ScienceDirect 结果页面就有可以直接导出的按钮。

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    两组有趣的数据库调研结果

    谁来决定数据库技术选型?从这篇数据中我们可以发现,在企业进行数据库技术选型中,不同角色的权重不同。调研结果揭示架构师>开发者>DBA>管理者,这与我之前认为的管理者、DBA为选型的主导者大相径庭。...那个时候的数据库选型也比较简单,基本就是从几个大型商业数据库中选择一款即可,单一数据库即可满足企业的全部数据处理需求。...技术完备性的提升 从技术本身来说,数据库是相对复杂的底层平台。但随着数据库的发展,特别是开源技术、分布式、新型硬件的出现及成熟,有越来越多的数据库产品可满足企业需要。...这是一组针对企业内部数据库使用情况的调研,其结果反馈多数据库栈成为主流形态。当然这与我前面谈到的数据使用的深度、广度的增加有着必然的联系。 1).多数据库 超过92%的被调研者,使用超过1种的数据库。...但我们仍然看到,多数据库还是企业选择的主流。 2).多开源数据库 超过89%的被调研者,使用超过1种的开源数据库。这一点不令人意外,开源数据库有其鲜明的特点,但往往也有其明显的短板。

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    在 Laravel 6 中缓存数据库查询结果的方法

    这一次,我们将讨论直接从模型缓存 Eloquent 查询,从而使数据库缓存变的轻而易举。 这个包可以在 GitHub 找到,此文档将介绍该应用程序的所有要点。...如果此查询在缓存中为空,那么会去数据库中获取数据,并且缓存它,以便下次可以从缓存中获取。如果此查询存在于缓存中,那么直接返回。...// 数据库访问,查询结果存储在缓存中 Article::latest()- get();// 未访问数据库,查询结果直接从缓存中返回。...:pull(‘key’);获取缓存一次并删除缓存 7,Cache:get(‘key’);删除缓存,true删除成功,false删除失败 总结 以上所述是小编给大家介绍的在 Laravel 6 中缓存数据库查询结果的方法

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    python-Python与MongoDB数据库-处理MongoDB查询结果

    在使用Python操作MongoDB数据库时,查询文档是一项非常重要的任务。当我们使用PyMongo进行查询操作时,我们可以获取一个游标对象,它可以用于遍历查询结果并对查询结果进行处理。...游标对象包含了查询结果,我们可以使用它来遍历查询结果并对其进行处理。...以下是一个获取游标对象的示例代码:from pymongo import MongoClient# 连接数据库client = MongoClient("mongodb://localhost:27017...处理查询结果在查询MongoDB数据库时,我们通常需要对查询结果进行处理。例如,我们可能需要选择查询结果中的某些字段,或者按照特定的条件对查询结果进行过滤。...过滤查询结果如果我们只需要查询符合特定条件的文档,可以使用过滤器来过滤查询结果

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    Python执行PostgreSQL数据库查询语句,并打印查询结果

    准备工作:安装必要库和设置数据库连接在开始使用Python执行PostgreSQL数据库查询之前,需要确保已经安装了psycopg2这个库,它是Python语言中用来操作PostgreSQL数据库的一个适配器...查询数据:编写和执行SQL语句一旦建立了与数据库的连接,下一步就是编写SQL查询语句,并使用Python来执行这些语句。...fetchall()方法是用来获取所有的查询结果。处理查询结果:格式化输出和异常处理当得到查询结果后,通常需要对这些结果进行一些处理,比如格式化输出到控制台或者文件,甚至可能是进一步的数据分析。...connection.close() print("PostgreSQL connection is closed")在这部分代码中,定义了一个format_and_print_results函数来美化输出的结果...同时,用try...except...finally结构来确保即使发生错误,数据库连接也能被正确关闭。

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    python-Python与MySQL数据库-处理MySQL查询结果

    在Python中,可以使用MySQL官方提供的Python库mysql-connector-python来连接和操作MySQL数据库。...连接MySQL数据库后,我们可以使用SQL语句执行查询并获取查询结果。在本文中,我们将详细介绍如何处理MySQL查询结果。...连接MySQL数据库在处理MySQL查询结果之前,我们需要先连接到MySQL数据库。我们可以使用mysql-connector-python库提供的connect()函数来连接到MySQL数据库。...database:要连接的数据库名称。一旦连接到了MySQL数据库并创建了游标对象,我们就可以执行SQL查询并处理查询结果了。处理查询结果在MySQL中,我们可以使用SELECT语句来查询数据。...然后,我们使用一个循环遍历查询结果,并打印每行的值。在处理查询结果时,我们还可以使用游标对象的rowcount属性来获取查询结果中的行数。

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    Java数据库分表与多线程查询结果汇总

    我们日常开发中都会经常遇到百万或千万级的数据大表,这些表数据量大,数据增速快,不用太久就会造成在查询或修改数据库数据的时候造成性能低下的问题,联合查询的时候,情况可能更糟。...这时候数据库分区和分表技术就应运而生了 区别 分表 分表是将一个大表按照一定的规则分解成多张子表,而各个子表存储空间彼此独立。...依赖于数据库实现,对程序屏蔽,减轻程序员编程压力 分表逻辑下的多线程查询与数据汇总# ---- 回到文首提到的情况,当前的情况是分表,分表的划分依据是根据年月划分,一个月一张表。...collInfoQueryBoList; } }); queue.add(future); } endLock.await(); /* 汇总结果

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    python-Python与PostgreSQL数据库-处理PostgreSQL查询结果

    fetchone()方法用于获取查询结果的一行,而fetchall()方法用于获取所有行的结果。...下面是一个示例代码,展示如何在Python中获取查询结果:import psycopg2# 连接到PostgreSQL数据库conn = psycopg2.connect( host="localhost...处理查询结果一旦我们获取了查询结果,我们可以通过遍历结果集和读取每行中的列来处理它们。在Python中,我们可以使用索引或列名称访问每个列。此外,我们还可以使用for循环遍历结果集。...下面是一个示例代码,展示如何在Python中处理查询结果:import psycopg2# 连接到PostgreSQL数据库conn = psycopg2.connect( host="localhost...下面是一个示例代码,展示如何在Python中使用列名称访问每个列的值:import psycopg2# 连接到PostgreSQL数据库conn = psycopg2.connect( host=

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    python-Python与SQLite数据库-处理SQLite查询结果(二)

    使用fetchall()和pandas库获取数据框如果我们想要将查询结果转换为数据框,并使用数据框来处理数据,我们可以使用pandas库。...customers", conn)# Print the data frameprint(df)# Close the database connectionconn.close()在上面的示例中,我们首先创建了一个数据库连接...然后,我们使用pd.read_sql_query()函数执行SQL查询,并将结果转换为数据框。最后,我们使用print()函数打印数据框。...处理结果集元数据查询结果集还包含有关返回结果的元数据,例如结果集中包含的列的数量、名称和类型等。我们可以使用description属性访问这些信息。...然后,我们使用description属性获取查询结果集的元数据,并使用循环遍历每个字段并打印其名称和类型。

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    PHP如何将数据库查询结果输出为json格式

    PHP如何将数据库查询结果输出为json格式 近期做接口的时候需要做到一个操作,将数据库查询结果输出为json格式方便程序调用。...php //此处前面省略连接数据库 //默认下方的$con为连接数据库的操作 //可将其封装成专门将数据转换成json格式的接口 //吃猫的鱼www.fish9.cn $sql = "SELECT...echo json_encode($jarr);//将数组进行json编码,并且进行输出 $arr=json_decode($str);//再进行json解码 mysqli_close($con);//断开数据库连接操作...php //此处前面省略连接数据库 $sql = "SELECT * FROM brands"; $result = mysqli_query($con,$sql); if (!...value; } //print_r($jobj);//打印传递属性后的对象 echo json_encode($jobj);//打印编码后的json字符串 mysqli_close($con);//断开数据库连接

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