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Day5:R语言课程(数据框、矩阵、列表取子集)

学习目标 演示如何从现有的数据结构中取子集,合并及创建新数据集。 导出数据表和图以供在R环境以外使用。...,我们可以使用数据集中特定列的逻辑向量来仅选择数据集中的行,其中TRUE值与逻辑向量中的位置或索引相同。...从metadata列表的组件中提取celltype列。从celltype值中仅选择最后5个值。 ---- 为列表中的组件命名有助于识别每个列表组件包含的内容,也更容易从列表组件中提取值。...从random列表中提取向量 age的第三个元素。 从random列表中的数据框 metadata中提取基因型信息。 ---- 3.导出文件 到目前为止只修改了R中的数据; 文件保持不变。...为避免这种情况,可以在导出文件时设置参数col.names = NA,以确保所有列名称都与正确的列值对齐。 将向量写入文件需要与数据框的函数不同。

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Day5-橙子

数据结构本文内容均总结自花花老师生信星球学习小组新手基础知识R赋值符号的命令行向量是由元素组成的,元素可以是数字或者字符串。...或 字符串(chr)标量:一个元素组成的变量向量:多个元素组成的变量 #一个向量作为数据框中的一列x的向量写法,意为将x定义为由元素1,2,3组成的向量。...重复2次x#重复赋值会覆盖,最后一次为准从向量中提取元素根据元素位置x[4] #x第4个元素x[-4]#排除法,除了第4个元素之外剩余的元素x[2:4]#第2到4个元素x[-(2:4)]#除了第2-4个元素...当你使用save()将a保存到文件时,R会将整个对象a以及其结构和数据保存到文件中,无论a是数据框、矩阵、列表或任何其他受支持的数据类型。...(优秀写法,支持Tab自动补全,不过只能提取一列)直接使用数据框中的变量iris是R语言的内置数据,可以直接使用。

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    Day5-学习笔记(2024年2月2日)

    R语言 数据结构创建数据集数据集就是由数据构成的一个矩形数组,行表示观测值,列表示变量。...,3组成的向量。...,数据框较矩阵更为常见,可用函数data.frame()创建五、列表列表是数据类型中最为复杂的一种,列表就是一些对象或成分的有序集合,可能包含若干向量、矩阵、数据框甚至其他列表,可用函数list()来创建...制表符/、换行或回车从向量中提取元素1、根据元素位置x[4] #x第4个元素x[-4]#排除法,除了第4个元素之外剩余的元素x[2:4]#第2到4个元素x[-(2:4)]#除了第2-4个元素x[c(1,5...5、提取元素ax,y#第x行第y列ax,#第x行a,y#第y列ay #也是第y列aa:b#第a列到第b列ac(a,b)#第a列和第b列a$列名#也可以提取列(支持Tab自动补全,不过只能提取一列)6、直接使用数据框中的变量

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    生信学习小组Day5笔记—Chocolate Ice

    图片向量概念解释:元素:指的是数字或者逻辑或者字符串标量:一个元素组成的变量向量:多个元素有序排列组成的变量(元素的数据类型必须统一,要么全是数字,要么全是字符串)图片从向量中提取元素!!!...提取子集的重要符号:[](1)根据元素位置x由数字1到10组成的向量x[4] #x第4个元素x[-4]#排除法,除了第4个元素之外剩余的元素x[2:4]#第2到4个元素x[...-(2:4)]#除了第2-4个元素x[c(1,5)] #第1个和第5个元素(2)根据值x[x==10]#等于10的元素x[x中的元素数据框概念解释...:数据框:相当于excel表格,由行和列组成。...file="nhanes.RData")#保存当前environmemt中所有变量save(X,file="test.RData")#保存其中一个变量load("test.RData")#再次使用RData时的加载命令从数据框中提取元素

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    pandas 入门 1 :数据集的创建和绘制

    我们将此数据集导出到文本文件,以便您可以获得的一些从csv文件中提取数据的经验 获取数据- 学习如何读取csv文件。数据包括婴儿姓名和1880年出生的婴儿姓名数量。...如果发现任何问题,我们将不得不决定如何处理这些记录。 分析数据- 我们将简单地找到特定年份中最受欢迎的名称。 现有数据- 通过表格数据和图表,清楚地向最终用户显示特定年份中最受欢迎的姓名。...[Names,Births]可以作为列标题,类似于Excel电子表格或sql数据库中的列标题。...此时的名称列无关紧要,因为它很可能只是由字母数字字符串(婴儿名称)组成。本专栏中可能存在不良数据,但在此分析时我们不会担心这一点。在出生栏应该只包含代表出生在一个特定年份具有特定名称的婴儿数目的整数。...与该表一起,最终用户清楚地了解Mel是数据集中最受欢迎的婴儿名称。plot()是一个方便的属性,pandas可以让您轻松地在数据框中绘制数据。我们学习了如何在上一节中找到Births列的最大值。

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    生信星球学习小组Day5-数据结构 Jerry

    新手笔记R语言赋值符号是的向量数据结构由元素构成,元素可以是数字或字符串我们熟悉的表格在R语言的数据结构是数据框?...加上函数可以查看相关的帮助文档R语言的常用数据类型: 向量、矩阵、数组、数据框和列表其中向量和数据框是重点2. 向量a....向量的定义和构建标量是由一个元素组成的变量;而向量则由多个元素组成使用向量一般给变量赋值;向量有以下四种创建方式x的向量x从...个和第5个元素(2) 根据逻辑值x[x==10] #提取等于10的元素x[x提取小于0的元素x[x %in% c(1,2,5)] #存在x中在向量c(1,2,5)中存在的元素3....数据框tip:运行项目时需要将文件放置于工作目录下;R中严格区分大小写;改错变量可以重新赋值覆盖;可以使用并保存脚本文件,文件格式为Ra.

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    【R的极客理想系列文章】RHadoop培训 之 R基础课

    列表为统计计算的结果返回提供了一种便利的方法。 数据框(data frame)是和矩阵类似的一种结构。在数据框中,列可以是不同的对象。...对于可能属于数据框的列表对象有下面一些限制条件, 分量必须是向量(数值, 字符, 逻辑),因子,数值矩阵,列表或者其他数据框; 矩阵,列表和数据框为新的数据框提供了尽可能多的变量,因为它们各自拥有列,元素或者变量...数据框常常会被看作是一个由不同模式和属性的列构成的矩阵。...读数据 大的数据对象常常是从外部文件中读入,而不是在R 对话时用键盘输入的。 read.table()函数 为了可以直接读取整个数据框,外部文件常常要求有特定的格式。...这个文件包括你每次执行R时一些自动运行的命令。 类,泛型函数和面向对象 一个对象的类决定了它会如何被一个泛型函数处理。相反,一个泛型函数由参数自身类的种类来决定完成特定工作或者事务的。

    2.9K20

    Excel高级筛选完全指南

    例如,如果想要对销售数据进行筛选,可以根据销售人为Bob且区域为North或South的条件筛选数据。 3.可以使用Excel高级筛选从数据中提取唯一记录值。...示例1:提取唯一值 可以使用Excel高级筛选从数据集中快速提取唯一值记录(或者,移除重复值)。如下图1所示的数据集。...图1 在该数据集中存在重复记录,此时可以使用Excel高级筛选工具快速获取所有唯一记录的列表并放置在指定位置(以便原始数据保持不变)。 步骤如下: 1.选择包括列标题在内的整个数据集。...“方式”中“将筛选结果复制到其他位置”,允许指定获取唯一记录列表后要放置的位置。“列表区域”中指定想要查找唯一记录的数据集区域地址,注意确保包括数据集标题。“条件区域”留空。...5.在“高级筛选”对话框中,选取“将筛选结果复制到其他位置”选项按钮,在“列表区域”中引用要查找的数据集区域(确保包括标题行),在“条件区域”中指定刚才构建的条件区域,在“复制到”中指定要放置筛选数据的单元格区域

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    Day4:R语言课程(向量和因子取子集)

    我们使用的R中的函数将取决于我们引入的数据文件的类型(例如文本,Stata,SPSS,SAS,Excel等)以及该文件中的数据如何分开或分隔。下表列出了可用于从常见文件格式导入数据的函数。...:返回数据集中的列名称 3.使用索引和序列选择数据 在分析数据时,我们经常要对数据进行分区,以便只处理选定的列或行。...数据框或矩阵只是组合在一起的向量集合。因此,从向量开始,学习如何访问不同的元素,然后将这些概念扩展到数据框。...(1)向量 选择使用索引 从向量中提取一个或多个值,可以使用方括号[ ]语法提供一个或多个索引。索引表示一个向量中的元素数目(桶中的隔室编号)。R索引从1开始。...这体现在它们在str()中输出的方式以及在各个类别的编号在因子中的位置。 注意:当您需要将因子中的特定类别作为“基础”类别(即等于1的类别)时,需要重新调整。

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    动图,用Python追踪NBA球员的运动轨迹

    在本文中,我将介绍如何在stats.nba.com上的比赛运动动画中提取一些额外的信息。 In[1]: In[2]: 我们将从一场比赛中提取信息。...In[3]: 输出是一个动画 获取数据 下面是我们从stats.nba.com的应用程序接口获取数据的链接。链接里有2个参数:eventid是特定比赛的ID,gameid则是季后赛的ID。...6 第6项是由11个子列表组成的列表,每个子列表包含球场上某个球员或球的坐标。 6.1 11个子列表中的第1个包含了球的信息。...6.1.1 前2项是表示teamid和playerid的值,用于表明该列表是关于球的信息。 6.1.2 接下来的2项则是x和y坐标值,用于表示球场中球的位置。...6.2.1 前2项是teamid和playerid,表示这是某个特定球员的列表。 6.2.2 接下来的2项则是x和y坐标值,代表该球员在球场上的位置。

    3.9K51

    python单细胞学习笔记-day4

    01:20:19 numpy 矩阵:没有行名和列名 numpy 矩阵:推荐只存放一种数据类型的数据,但可允许多种数据类型 2.1 新建矩阵 使用numpy模块中的array()函数 2.2 取子集 使用下标和切片法...,然后传递给pandas中的DataFrame()函数 可以使用index参数指定行名 方式2:从csv文件读取 import pandas as pd df2 = pd.read_csv("day3...(df2) 3.2 数据框提取列 提取一列:点号或者[],如果列名有空格,不能使用点号 print(df1.gene) print(df1['gene']) type(df1.gene) # 返回series...df1.gene.tolist() # series 转为list df1[['gene']] # 返回数据框 提取多列:在方括号里面写有列名组成的列表 3.3 提取行和列 .iloc:基于整数位置...series print(df1.iloc[0]) print(df1.iloc[0,]) print(df1.iloc[0,:]) 提取多行多列: .loc() 按照行名列名取子集 .loc按照布尔值取子集

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    tcR包:T细胞受体和免疫球蛋白数据进行高级分析和可视化(一)

    / TR测序数据的处理:从reads中提取互补决定区(CDR )【了解CDR3重排请戳】,然后生成克隆型(clonotype是一组测序reads相同的CDR3氨基酸或核苷酸序列或V / J基因)集,并用先进的算法的校正...“genesegments”数据 genesegments是由个数据框组成的列表,每个数据框是人类alpha-beta链片段数据, genesegments的第一个数据框数据及解释: 1) V.allelles...该函数的参数.head用于输入数据框或子设置之前的数据框的输入列表。该函数接受数据框和数据列表作为参数。...该函数输入参数是数据框或数据列表,目标(是有一列是序列和其他附加列的向量或数据框),一列或多列的返回值,比较两个序列(精确匹配用“exact”;用Hamming距离匹配序列用“hamm”(即当H≤1时2...人类TCR和Ig的V和J基因名存储在.rda文件genesegments.rda中。函数的输出是数据框,第一列表示一个基因,另一列表示频率。

    2.4K30

    Learn R 专题1-3

    ,即x中只有一个元素 [1] 1 y = c("jimmy 150","nicker 140","tony 152") #y是字符型向量,由三个字符串组成的向量 #“jimmy 150”...将两个数据框按照probe_id列连接在一起 练习7-2 1.读取group.csv,从第二列中提取圈出来的信息 > a=read.csv(".....; yes:逻辑值为T时的返回值; no:逻辑值为F时的返回值 i = 1 ifelse(i>0,"+","-") > ifelse(i>0,"+","-") [1] "+" > x = rnorm...1000) #每个基因的方差排序 每行计算方差,取后1000个 names(tail(sort(apply(test,1,var)),1000)) # 将后1000个的基因名称提取出来 对列表/向量中的每个元素...$z [1] 30 29 28 27 返回值是列表,对列表中的每个元素(向量)求均值(试试方差var,分位数quantile) > lapply(test,mean) #输出结果仍为列表 $x [1]

    1.5K00

    原核生物基因预测

    不过该软件最终结果只是基因的位置信息,需要额外程序将基因从基因组上提取出来,并翻译成对应的氨基酸序列。...GFF 是文本文件,由 TAB 键隔开的 9 列组成,主要是用来存储基因组注释信息,可以直接使用 Excel 打开查看。...; attributes: 一个包含众多属性的列表,格式为“标签=值”(tag=value),以多个键值对组成的 注释信息描述,键与值之间用“=”,不同的键值用“;”隔开,一个键可以有多个值,不同值用“...7.2 GTF 格式 GTF(GeneTransfer Format)格式与 GFF 格式类似,也是由 TAB 键分开的列表格式,一共由9 列组成,前 8 列与 GFF 格式相同,只是第九列不同...: 仅对注释类型为“CDS”有效,表示起始编码的位置,有效值为 0、1、2(对于编码蛋白 质的 CDS 来说,本列指定下一个密码子开始的位置。

    1.6K10

    左手用R右手Python系列5——数据切片与索引

    如果是多列则中括号内指定列名组成的列表: mydata[["model","manufacturer"]] ?...0开始编号) mydata[:100] #切出前一百个的所有记录(默认从0开始,不包含尾部) mydata[:] #默认提取所有的数据记录 mydata[::2] #默认隔几个单位取一次值...#iloc索引的位置,平时使用是意义不大,只是需要理解其数字和字符串的指定规则,如果只需要提取行的话,列位置可以忽略或者使用“:”占位,如果仅仅是提取列规则,保留所有行的话,则行位置必须提供占位,否则会被当做行索引...好吧,讲了这么多,终于可以开始总结一下R语言与Python的切片索引规则重要的区别了: R语言中生成数据框使用的圆括号,Python中则根据不同数据类型分别定义(列表用方括号、元组用圆括号、字典和几何用花括号...) R语言和Python索引都用方括号,且都是使用逗号进行行规则和列规则的位置间隔 R语言与Python在索引多行多列时传入数据类型不同,R语言传入向量,Python传入列表。

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    ArcMap 基本词汇

    摘要: 地图文档(.mxd)Layer内容列表数据框页面布局目录窗口标注注记符号样式底图图层 地图文档(.mxd)可在ArcMap中使用且以文件形式存储在磁盘中的地图。...Layer地图图层定义了GIS数据集如何在地图视图中进行符号化和标注(即描绘)。每个图层都代表ArcMap中的一部分地理数据,例如具有特定主题的数据。...内容列表中的图层顺序决定着各图层在数据框中的绘制顺序(从下到上)。 ? 地图的内容列表有助于管理地图图层的显示顺序和符号分配,还有助于设置各地图图层的显示和其他属性。...数据框 对于给定的地图范围和地图投影,数据框将显示以特定顺序绘制的一系列图层。位于地图窗口左侧的内容列表显示由数据框中各图层组成的列表。 ? 页面布局 通过在页面上排布和组织各种地图元素即构成布局。...“属性”可用于定义作为文本字符串源的属性列并定义标注在地图中的描绘方式。标注是动态的,即每次重绘地图时(例如,平移和缩放地图时)都会重新计算标注显示。

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    地理空间数据的时间序列分析

    ,每个像素的值表示该特定位置的降雨量。...较亮的像素具有较高的降雨值。在下一节中,我将提取这些值并将它们转换为pandas数据框。 从光栅文件中提取数据 现在进入关键步骤——提取每个366个光栅图像的像素值。...这个过程很简单:我们将循环遍历每个图像,读取像素值并将它们存储在一个列表中。 我们将另外在另一个列表中跟踪日期信息。我们从哪里获取日期信息?...), columns = ['date', 'rainfall_mm']) df.head() 现在我们有了一个pandas数据框,但请注意,“日期”列中的值是字符串,pandas尚不知道它代表日期...最后 从地理空间时间序列数据中提取有趣且可操作的见解可以非常强大,因为它同时展示了数据的空间和时间维度。然而,对于没有地理空间信息培训的数据科学家来说,这可能是一项令人望而却步的任务。

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    2023.4生信马拉松day7-R语言综合应用

    ,列表的每个元素对应原来的每个元素拆分的结果 -(2)列表使用不方便——simplify = T简化结果,简化成矩阵 -(3)注意:之前提到过,矩阵的某一列不能单独转换数据类型,需要把矩阵转换成数据框再转换某列的数据类型...TRUE or FALSE),不可以是多个逻辑值组成的向量; -(2)当逻辑值为TRUE时执行大括号内的代码,如果为FALSE就不执行; -(3)如果要执行的代码只有一行可以不加大于号; -(4)实例:...-(3)yes:逻辑值为TRUE时的返回值 -(4)no:逻辑值为FALSE时的返回值 -(5)支持单个的逻辑值,也支持多个逻辑值组成的向量 -(6)相当于对向量的每个元素逐个进行判断,然后对判断结果...gene", #新的列名叫gene values_to = "count") #由原来的值转换得到的那一列的列名叫count 图片 2....如何挑出30个数里最大的五个 -(1)排序 -(2)取最后五个 图片 3.向量/列表的隐式循环-lapply() 对列表/向量中的每个元素实施相同的操作 lapply(1:4,rnorm) #批量画图

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    R语言笔记完整版

    with(,)——提取数据框中的某些参数做运算,对于数据框运算很方便 绘图 plot()——绘制图像 plot(从start到stop的下标区间 grep()——字符串匹配,负责搜索给定字符串对象中特定表达式 ,并返回其位置索引。...grepl()函数与之类似,但其后面的"l"则意味着返回的将是逻辑值 regexpr(pattern,text)——从字符串text中提取特定的字符串的下标位置 gregexpr...>)[,1]——把数据框转化为矩阵后,再去提取列向量 na和NULL的区别 is.na()——判断na值存在,na是指该数值缺失但是存在。...predict(x,newdata)——预测主成分的值,x是由princomp()得到的对象,newdata是由预测值构成的数据框,当newdata为默认值时预测已有数据的主成分值。

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    R语言基础提升与总结

    str_sub(x,5,9) 提取x中的第五个——第九个字符1.4 ⭐字符检测返回逻辑值str_detect(x2,"h")str_starts(x2,"T") str_ends(x2,"e")1.5...3.1 if条件语句如果……就……if(一个逻辑值,不可以是逻辑值组成的向量){ }TRUE 执行FALSE 不执行如果……就……否则……if(一个逻辑值,不可以是逻辑值组成的向量){ }else{...}重点 ifelse函数ifelse(x,yes,no)x:逻辑值或者逻辑值向量yes:逻辑值为TRUE时的返回值no:逻辑值为FALSE时的返回值ifelse函数支持单个逻辑值,也支持多个逻辑值组成的向量...,按列拼接成为一个矩阵 do.call完成批量操作4 表达矩阵画箱线图4.1 表达矩阵的概念基因表达的数据通常使用表达矩阵来表示其中矩阵的行代表某个基因在不同样本(不同处理,或时间点等)中的表达水平列表示某个样本中各个基因的表达水平...4.2 如何把基因和count变为数据框的列名?

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