一、测序数据比对 高通量测序数据分析一共有测序数据分析主要有两条路径：一条是进行基因组拼接，得到基因组序列；另一条则是不经过拼接，直接与参考序列进行比对。...因此，测序数据比对是高通量测序分析中最核心的操作。 二、数据比对的意义 测序数据比对到参考序列上，得到一种“堆叠”的效果。这种效果是将测序数据比对到参考序列上。...将全部比对数据除以基因组总长即可计算平均覆盖深度，例如基因组大小为 1M，全部比对上的碱基为 100M，则平均覆盖度为 100X。该值可以用来衡量测序数据覆盖情况。...如果是测序数据与参考序列进行比对则是找突变，与自身数据比对，则是进行纠错。 2.10 微生物鉴定 得到测序数据之后，可以不进行拼接，直接与物种分类数据库进行比对，用于鉴定微生物。...三、短序列比对 最早的高通量测序数据读长都比较短，所以测序数据的比对，直接就称为短序列比对。随着三代长读长测序的兴起，目前有越来越多的长读长测序数据。
·1.参考基因组准备·2.比对：Hisat2 Salmon1.参考基因组准备参考基因组数据库常用参考基因组数据库Ensembl:www.ensembl.org #用得最多数据库完善有基因对应的IDNCBI...Hisat2，Subjunc·基因比对：1建索引 2比对参考基因组 3sam转bamHisat2图片----1.构建索引# 进入参考基因组目录cd $HOME/database/GRCh38.105...# 进入比对文件夹cd $HOME/project/Human-16-Asthma-Trans/Mapping/Hisat2## 单个样本比对，步骤分解index=/home/t_rna/database...-o SRR1039510.Hisat_aln.sorted.bam SRR1039510.Hisat_aln.sam##----depth统计测序深度# 得到的结果中，一共有3列以指标分隔符分隔的数据...）10个样本 转录组估算使用空间：一个样本1.5G大小 *101、质控：cleandata 1.5GG*102、比对： sam 13G10 2（膨胀），bam 2G*10共约 410G简单粗暴 转录组数据多大
ChIPseq reads 比对在评估读取质量和我们应用的任何读取过滤之后，我们将希望将我们的读取与基因组对齐，以便识别任何基因组位置显示比对读取高于背景的富集。...由于 ChIPseq 读数将与我们的参考基因组连续比对，我们可以使用我们在之前中看到的基因组比对器。生成的 BAM 文件将包含用于进一步分析的对齐序列读取。图片2....比对4.1. Rsubread我们可以使用 Rsubread 包将 FASTQ 格式的原始序列数据与 mm10 基因组序列的新 FASTA 文件进行比对。...具体来说，我们将使用 align 函数，因为它利用了 subread 基因组比对算法。...mainChrs.fa", bt2Index = file.path("BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm10.mainChrs"))然后我们可以使用 bowtie2() 函数对齐我们的 FASTQ 数据
STAR是一款RNA_seq数据专用的比对软件，比对速度非常快，最大的优势是灵敏度高，GATK推荐采用STAR比对，然后进行下游的SNP分析。...单端数据比对的基本用法如下 STAR \ --runThreadN 20 \ --genomeDir hg19_STAR_db \ --readFilesIn reads.fq \ --sjdbGTFfile...hg19.gtf \ --sjdbOverhang 149 \ --outFileNamePrefix sampleA \ --outSAMtype BAM SortedByCoordinate 双端数据比对的基本用法如下...，STAR官方更推荐使用2-pass比对模式，即比对两次，有以下两种方式 multi-sample 2-pass 第一次比对和上述的用法一致，比对完之后，每个样本会产生一个intron的区间文件SJ.out.tab...per-sample 2-pass 对于单个样本，在比对时直接添加--twopassMode Basic参数，软件会自动进行两次比对，将第一次比对的SJ.out.tab加入到索引，然后重新比对。
从序列数据库搜索，序列拼接到基因蛋白质功能注释，以及进化树构建等，都依赖于分子序列相似性的比较，也就是序列比对。 序列比对的核心作用就是判断是否同源。...blast 比对中默认使用的就是 BLOSUM62 打分矩阵。其中 62 表示用来构建该矩阵的匹配数据集中精确匹配位点要占 62%。...下载blast数据库 四、blast 数据库 4.1 NCBI blast 数据库 blast 比对需要建立索引，索引 index，是目录的意思。...ftp 地址：https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/ 4.2 blast 数据库下载 #下载 blast nt 数据库 for i in {00..50};do echo...六、选项参数 blast 常用选项参数 选项 释义 -h 显示选项参数 -help 显示帮助文档 -db 比对数据库 -query 待比对序列 -out 输出文件名 -evalue 比对 e 值 -outfmt
最近在倒腾一些表格数据，遇到这么个问题：先前下载了一批数据，等再次更新下载时，数目却变少了，我需要快速定位到缺失的条目并探究原因。...如图，左侧 10 条数据是先前下载的，右侧少了 1 条（数据是随便编的）： ? ?...Python 操作 因为对 Excel 的函数操作不太熟，第一时间我是用 Python 来比对数据的：选取两份表格中的 id 列，分别复制到两份 txt 文档中，转化为 Python 读取 txt 文档数据...首先随便选定两个表格中的同列数据，放到一个表格中： ? ?...“少了”是自定义的提示信息，得到的结果与之前 Python 得出的 "5" 对应的数据是一致的。 ? 问题不大，也挺简单，琢磨琢磨也挺有意思的。
ChIPseq reads 比对 在评估读取质量和我们应用的任何读取过滤之后，我们将希望将我们的读取与基因组对齐，以便识别任何基因组位置显示比对读取高于背景的富集。...由于 ChIPseq 读数将与我们的参考基因组连续比对，我们可以使用我们在之前中看到的基因组比对器。生成的 BAM 文件将包含用于进一步分析的对齐序列读取。 2....比对 4.1. Rsubread 我们可以使用 Rsubread 包将 FASTQ 格式的原始序列数据与 mm10 基因组序列的新 FASTA 文件进行比对。...具体来说，我们将使用 align 函数，因为它利用了 subread 基因组比对算法。...", bt2Index = file.path("BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm10.mainChrs")) 然后我们可以使用 bowtie2() 函数对齐我们的 FASTQ 数据
上一篇文章双序列比对与BLAST介绍了两条序列之间进行比对的算法原理及其实现方法，双序列比对常用于同源分析、蛋白质结构推断、相似片段搜寻与数据库比对检索、基因注释等。...需要注意的是多序列比对问题是双序列比对问题的推广，并非多条序列之间两两比对。...多序列比对算法 相比于双序列比对，多序列比对涉及的记分方法、替换记分矩阵、比对算法等都要更为复杂。...根据基准测试数据的研究基于一致性方法的多序列比对产生的结果经常比渐进多序列比对更加准确。...该软件参数众多，但提供了精确度不同的三个常用模式，以适用不同数据集大小、序列保守性的场景： mafft --maxiterate 1000 --localpair in > out #最准确的方法，
今天首先为大家介绍双序列比对，也即两条序列（或者多条序列两两之间）进行的比对，常用于同源分析、蛋白质结构推断、相似片段搜寻与数据库比对检索、基因注释等。...，而且可以将查询序列翻译为蛋白质后再进行搜索，进行序列比对时，需要根据要比对的序列类型选择软件工具以及数据库，如下所示： Blast算法基于动态规划算法开发。...然后在数据库中搜寻能比对到的序列，称为种子序列（seeding），在数据库中定位这些种子序列，K-letter words比对上一次称为一个hit，利用打分矩阵左右延伸寻找到hit cluster，直到打分低于某个阈值...，但目前仅支持blastp、blastx，也即使用蛋白质或核酸序列在蛋白质数据库中进行比对检索。...参数说明： --in：输入的数据库序列文件（FASTA格式） -p：程序运行使用的核数 -d：输出结果的文件名前缀 数据库建成后，即可对目标序列进行比对检索，其使用方法与BLAST类似。。 END
全局比对与局部比对有什么不同呢。全局序列比对尝试找到两个完整的序列之间的最佳比对。而局部序列比对不必对两个完整的序列进行比对；可以在每个序列中使用某些部分来获得最大得分。...两种比对采取不同的比对算法和策略，因此，同样的一段序列，采用全局比对和局部比对不同的比对方法结果也会有很大的不同。...例如我们现在有两条序列 S1 和 S2，如果采用全局比对，会得到这种比对效果，而采用局部比对，序列中间的 GCG 满足了最优比对。...，对资源的消耗比较少，官方的给出的数据是两个 5M 左右的基因组，只用 20 秒左右的时间就可以比对完成，消耗的内存大约是 90M，它是使用一种后缀树的算法。...Mummer 官网介绍该软件是一个多才多艺的软件包，因为它可以完成生物数据分析中很多的功能。Mummer 其实是一个软件包，里面包含了很多工具，这些工具搭配起来使用，可以完成非常多的工作。
这个专题分享点日常运维中用到的Python脚本 在做数据库迁移后，我们可能需要知道我们的表，索引，存储过程等对象是否迁移成功 这时可以用如下脚本来进行检查 ---- 环境准备 操作系统: Windows
前言 序列比对是生信领域的一个古老课题，在这一波NGS的浪潮中重新引起大家的广泛关注。由于生物序列的特殊性，在比对的时候允许插入缺失，所以往往是一种不精确匹配。...全局比对算法 所谓全局比对算法，就是根据一个打分矩阵（替换矩阵）计算出两个序列比对最高得分的算法。关于它的介绍网上已经非常多了，我们只需看看其中的关键点及实现代码。...关键点 打分矩阵： 选用不同的打分矩阵或者罚分分值会导致比对结果不同，常用BLAST打分矩阵。 计算比对最高得分的算法： 常用动态规划算法（Needleman-Wunsch算法）。 ?...图片引自https://www.jianshu.com/p/2b99d0d224a2 打印出最高得分相应的序列比对结果： 根据得分矩阵回溯，如果最优比对结果有多个，全部打印出来。...理解打分系统背后的概率论模型： 比对分值可以理解为匹配模型和随机模型的对数几率比（log-odds ratio）。
生产上，有个需要从MySQL异构复制数据到PG中的需求。...目前测试环境异构数据复制已经跑起来了，但是还需要做下二者间的数据校验。...configs.mysql_user, passwd=configs.mysql_pass, ) mysql_cursor = mydb.cursor() # 获取当前最小 最大的id，用于后续的循环比对...stop_id = stop_id + configs.step stop_time = time.time() time_dur = stop_time - start_time print(f"比对...运行效果 走公网流量情况下，9k记录，在不同step下的耗时比对： step = 100 18.5s step = 500 5s step = 1000 3.7s step = 2000
ftp.ensembl.org/pub/release-105/gff3/homo_sapiens/Homo_sapiens.GRCh38.105.chr.gff3.gz >gff.log& fasta 数据格式...开头，序列名称&序列描述 序列中允许空格、换行、空行，直到下一个 > ，表示该序列结束 gff/gtf 文件介绍 第三列 属性的类型，gff和gtf的区别 第九列 属性的特征 Ensembl基因组数据库...ENSMUSG ENSG 人默认没有物种前缀 比对 Hisat2, Subjunc 比对内容 建索引 比对参考基因组 sam转bam Hisat2 主要参数 -x 索引文件的前缀 -1 双端测序结果的第一个文件...-2 双端测序结果的第二个文件 -U 单端数据文件 --rna 链特异性参数 -p 线程数
一般而言，运用动态规划算法进行序列比对对内存空间的要求是 O(mn) 阶的，本文介绍了一种线性空间要求的序列比对方法。...前文如《序列比对（一）全局比对Needleman-Wunsch算法》所介绍的运用动态规划算法进行序列比对时，对内存空间的要求是 O(mn) 阶的。...图片引自https://www.jianshu.com/p/2b99d0d224a2 但是如果要求回溯呢，是否有一种线性空间算法来进行序列比对呢？前人已经给出了多种算法。...图片内容引自《生物序列分析》 如图中所说，关键点就是找到v值，然后通过不断的分划，最终得到全部的比对序列。本文给出了这种算法的一种代码实现。 代码的关键在于终止条件的设置以及必要时巧妙地颠倒行列。...与 O(mn) 阶的算法相比，这种算法只能得到其中一种最佳比对方式，而无法得到所有的可能。 代码运行的效果： ?
conda info --envs查看conda中的环境用star进行比对要把.fq.gz文件解压为.fq文件#!
ChaissonLab/LRA 安装直接使用conda conda install -c bioconda lra 参考序列构建索引 lra index -ONT pome_mt_potential.fa 比对
诸如表存储什么数据，列上使用的数据类型，选择什么样的存储引擎等等。本文主要介绍针对表上列使用三种不同的数据类型来进行对比，以观察选择不同数据类型时，对于性能造成的影响。...---+ | Leshami | http://blog.csdn.net/leshami | +---------+------------------------------+ 二、基于无索引情形比对...image.png 二、基于索引情形比对 下面为过滤条件列mobile添加索引列，观察性能表现 CREATE INDEX uk_mobile ON tb_char(mobile); CREATE...，基于索引查询的时间，三者相当 image.png 三、基于索引列分组聚合情形比对 为了更好比对性能，下面基于索引列进行分组以及聚合运算，可以看出依旧是bigint数据类型性能最佳 image.png...四、最终比对结果及结论 最终完整结果图： image.png 结论： 1）满足需求的前提使用更小长度的数据类型(更少磁盘占用，I/O，CPU，memory开销) 2）整型优先原则，使用简单数据类型
一、比对练习 mkdir 52.bwa #1 bwa比对 #建立索引 ln -s /share/home/xiehs/05.assembly/data/MGH78578.fasta ....#bwa比对 bwa mem MGH78578.fasta /share/home/xiehs/05.assembly/data/illumina_1.fastq.gz /share/home/xiehs.../05.assembly/data/illumina_2.fastq.gz >MGH78578.sam #bwa-mem2比对 bwa-mem2 index MGH78578.fasta time bwa-mem2...share/home/xiehs/05.assembly/data/illumina_2.fastq.gz | samtools sort -O bam - >MGH78578.sorted.bam #拟南芥比对.../il_1.fq.gz /share/home/xiehs/05.assembly/ninanjie/illumina/il_2.fq.gz >tair10.sam 2>bwa.log 二、split比对
在关系型 数据库 建表期间，我们需要考虑很多很多的事项。诸如表存储什么数据，列上使用的数据类型，选择什么样的存储引擎等等。...本文主要介绍针对表上列使用三种不同的数据类型来进行对比，以观察选择不同数据类型时，对于性能造成的影响。 一、建表时需要考虑的事项 作用： 存储什么数据？ 结构： 包含什么列，需要约束吗？...存储： 每一列使用什么数据类型？需要索引吗？ 引擎： 使用什么存储引擎呢？ 数据筛选： 哪些列被频繁用作过滤条件？增删改查频率?...---+ | Leshami | http://blog.csdn.net/leshami | +---------+------------------------------+ 二、基于无索引情形比对...，三者相当 三、基于索引列分组聚合情形比对 为了更好比对性能，下面基于索引列进行分组以及聚合运算，可以看出依旧是bigint数据类型性能最佳 四、最终比对结果及结论 最终完整结果图： 结论： 1）
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