1.概要 在日常的工作当中我们经常会遇到阅读大量代码，如果大量的代码中出现问题需要回滚那么这个时候就需要比对出当前的修改和之前的修改有什么区别。...如果我们人工的去逐行比对会非常费眼睛，且非常的耗时还容易出错。 1.1BeyondCompare 这里推荐一款文件比对工具BeyondCompare....这个工具中其实也包含了文件比对功能，那么如何使用它呢？ 官网下载：https://tortoisesvn.net/ 这里下载和安装就不演示了基本每个开发者的电脑大概率都会有。...1.创建对比文件 两个文件中只有第一行的内容是一样的。...2.右键 选中两个文件 右键菜单中找到TortoiseSVN的Diff功能 3.对比 在界面的左边会用符号来表示内容是否一样等等标识。
MonacoEditor用来做代码比对 Monaco Editor 不仅是一个功能强大的代码编辑器，它还内置了一个代码比对组件（DiffEditor）（如下图）。.../css.worker.bundle.js'; } if (label === 'html' || label === 'handlebars' || label === 'razor'.../ts.worker.bundle.js'; } return '..../editor.worker.bundle.js'; } }; PS：如果你使用的是Webpack，MonacoEditor也给出了相关说明。...，由 DiffEditor 组件提供，可以通过monaco.editor.createDiffEditor创建，并通过setModel接口设置需要比对的代码片段。
SAM ( Sequence Alignment Map ) 文件是reads比对到基因组后得到的结果文件，记录了reads mapping到基因组的各项信息。...BAM文件是SAM文件的二进制格式，保留SAM文件全部信息的同时极大压缩了SAM文件的体积，我们比对完成后获得的一般都是BAM文件。...SAM文件由两部分组成：注释信息 (header) 和比对结果。 ## 查看 BAM 文件的 header samtools view -h input.bam | head ?...@PG：比对时使用的工具指令。 @RG：样本信息。 @CO：其他注释信息。 比对结果主要包括11列信息： ? ? 1. QNAME：reads名称。 2. FLAG：reads比对情况。...RNAME：比对至参考序列的名称。 4. POS：比对到的位置。 5. MAPQ：比对质量。 6. CIGAR：比对情况信息。 7. RNEXT：与之配对的另一条reads所在的参考序列名称。"
当前可用的RNA-seq比对软件一般比对错误率较高，比对速度慢，受片段长度限制且比对偏差较大。...STAR在比对速度上胜过其他比对软件50多倍，在一个普通的12核服务器上，每小时比对5.5亿2 x 75 bp双端片段到人类基因组上，同时改进了比对敏感性和准确性。...STAR的比对分析基本上可以分为两步：一是genomeGenerate(类似于tophat的index)，二是：序列比对。...—runThreadN：运行的线程数，根据你自己电脑的配置来设置，数字越大运行越快 —genomeDir：这个参数很重要，是存放你生成index的文件路径，需要你事先建立一个有可读写权限的文件夹 —genomeFastaFiles...基因组fasta格式文件 —sjdbGTFfile GTF注释文件 —sjdbOverhang 这个值为你测序read的长度减1，是在注释可变剪切序列的时候使用的最大长度值 有一点需要注意，STAR建索引时特别消耗内存
一个文件将被分割成多个块，并被压缩和加密（可选）存储到对象存储中。 Alluxio 将文件作为「对象」存储到 UFS。文件不会像 JuiceFS 那样被拆分成 block。...Alluxio 依赖 UFS 来实现元数据操作，比如重命名文件操作会变成复制和删除操作。 感谢 Redis 事务，JuiceFS 的大部分元数据操作都是原子的，例如重命名文件、删除文件、重命名目录。...这样带来的好处是对文件的检索以及文件名等元信息的修改可以直接与响应速度更快的数据库交互，避开了与对象存储交互的网络延迟影响。...另外，在大文件的处理方面，虽然 S3FS 可以通过分块上传解决大文件的传输问题，但对象存储的特性决定了追加和改写文件需要重写整个对象。...都能提供标准的文件系统功能：硬链接、符号链接、扩展属性、文件权限。 都支持数据压缩和加密，但二者采用的算法各有不同。
全局比对与局部比对有什么不同呢。全局序列比对尝试找到两个完整的序列之间的最佳比对。而局部序列比对不必对两个完整的序列进行比对；可以在每个序列中使用某些部分来获得最大得分。...全局比对与局部比对 例如我们现在有两条序列 S1 和 S2，如果采用全局比对，会得到这种比对效果，而采用局部比对，序列中间的 GCG 满足了最优比对。...由于序列长度较长，索引文件可以快速定位到目标区域。索引文件可以从 NCBI 下载，也可以自己构建。...六、选项参数 blast 常用选项参数 选项 释义 -h 显示选项参数 -help 显示帮助文档 -db 比对数据库 -query 待比对序列 -out 输出文件名 -evalue 比对 e 值 -outfmt...输出文件格式 -task 比对类型 -num_threads 使用线程数 -subject 两两比对，目标序列 -remote 联网比对 -query_loc 设定 query 的起始和终止位点 -num_alignments
需要注意的是多序列比对问题是双序列比对问题的推广，并非多条序列之间两两比对。...多序列比对算法 相比于双序列比对，多序列比对涉及的记分方法、替换记分矩阵、比对算法等都要更为复杂。...渐进多序列比对首先使用动态规划算法构建全部k个序列的个双序列配对比对，然后以记分最高的配对比对作为多序列比对的种子，按记分高低依次选择序列，逐渐向已构造的多序列比对中加入序列，形成一个树状结构的多序列比对结果...，用来确定向多序列比对中添加新序列的次序； ③以计分最高的配对比对作为多序列比对的种子，并根据指导树向这对序列的比对中插入序列，一步步构建完整的多序列比对。...如果一开始选择的两条序列比对与实际上的最优多序列比对不一致，那么初始的配对比对中的错误在整个多序列比对构造中始终存在并持续传播；在比对的任何阶段出现的失配时，这些失配不会被纠正而是被传播到最终结果；最糟糕的情况是配对比对可能无法组成一个相容的多序列比对
而局部比对则不同，两条亲缘关系较远的DNA 或氨基酸可能只在一些片段上相似，这就需要找到这些相似性的片段，和其相应的匹配方式。通常这样的分析就需要进行局部比对，而不是全局比对。...全局比对与局部比对有什么不同呢。全局序列比对尝试找到两个完整的序列之间的最佳比对。而局部序列比对不必对两个完整的序列进行比对；可以在每个序列中使用某些部分来获得最大得分。...两种比对采取不同的比对算法和策略，因此，同样的一段序列，采用全局比对和局部比对不同的比对方法结果也会有很大的不同。...例如我们现在有两条序列 S1 和 S2，如果采用全局比对，会得到这种比对效果，而采用局部比对，序列中间的 GCG 满足了最优比对。...因为，局部比对的话，遇到大的空位往往就断开了，例如上面的例子，采用局部比对的算法中，只追求局部的最优比对，而不会考虑整体的空位等。所以，基因组的大片段的插入或者缺失检测，可以使用全局比对软件。
__()<6: info=''' --------------------------------------------------------------------------- 该程序比对...2个文件的列，如果文件1的列＝文件2的列，则输出，输出为csv格式文件！...使用方法：merge 文件1 比对列1 文件2 比对列2 输出文件 useage：merge file1 comparecol file2 comparecol outfile 备注：文件的列从1开始计数...outputfile) if flag: print(pd.read_csv(outputfile,nrows=10)) else: print('给定文件文件不存在.../shell/merge.sh 2.txt 1 3.txt 1 result.csv debug 索引上+1就是比对的参数值 ------data1数据源------ Int64Index([0], dtype
比对结果直接通过管道传给samtools处理，节省 I／O 时间。...因为空间问题，比对好的文件放在 /project/align/wes目录 6.1设置好下面批量比对的数据文件 kelly/wesproject/4_clean/wes目录下，也可以在align/wes...paste 1 2 > config #vim config 写入第一列样本名，要以Tab分开 cat 1|cut -d"_" -f 2,3 1>0 paste 0 1 2 > config 6.2 比对...align/wes目录下 根据前面的经验，先尝试一次并行比对50个文件 (wes) pc@lab-pc:/home/kelly/wesproject/4_clean/wes$ cat config|
进到align目录 对质量好的测序数据进行比对 1....一个个比对，生成BAM文件 align目录 sample=SRR7696207 bwa mem -t 2 -R "@RG\tID:$sample\tSM:$sample\tLB:WGS\tPL:Illumina...computing mean and std.dev: (1, 351) [M::mem_pestat] mean and std.dev: (174.05, 52.67) ...... 2或者循环批量比对...#clean目录 ls *1.fastq.gz>1 ls *2.fastq.gz>2 paste 1 2>config vim config 增加第一列文件名，记得不能空格，要Tab分隔 align...enough pairs [M::mem_process_seqs] Processed 142876 reads in 24.094 CPU sec, 11.833 real sec 3 查看bam文件
BLAST是免费软件，除了在线比对检索服务，也可以从NCBI文件服务器上下载获得本地版本。...：指定gi到物种ID的映射文件 BLAST实际上是综合的一组程序，不仅用于对核酸序列数据库和蛋白质序列数据库进行搜索，而且可以将查询序列翻译为蛋白质后再进行搜索，进行序列比对时，需要根据要比对的序列类型选择软件工具以及数据库...，即基因组预测的基因蛋白序列 -db：Blast数据库的名字及其路径 -out：输出文件的文件名 -evalue：设置输出结果的e-value值，大于此值的比对被舍弃，默认为10 -word_size：...K-letter words，应大于2，默认为3 -matrix：计分矩阵名字，默认为BLOSUM62 -threshold：最小的K-letter words比对得分，应大于0 -outfmt：输出文件格式...参数说明： --in：输入的数据库序列文件（FASTA格式） -p：程序运行使用的核数 -d：输出结果的文件名前缀 数据库建成后，即可对目标序列进行比对检索，其使用方法与BLAST类似。。 END
一、JavaScript 1、JavaScript认知 JavaScript（简称“JS”） 是一种解释型的脚本语言。广泛用于Web应用开发,对页面事件做出响应。...通常JavaScript脚本是通过嵌入在HTML页面中来实现自身的功能的，也可以写成单独的js文件。 JavaScript与Java名称上的近似，但是两种完全不同的语言。...文件 js文件是指包含JavaScript代码，以“.js”为扩展名的文本文档，用于在网页中执行JavaScript指令；可以说JS文件是网页JavaScript客户端脚本文件。...三、Node.js node.js – Node是一个让JavaScript运行在服务端的开发平台。...四、静态文件 定义：不是由服务器生成的文件就是静态文件 包含：web项目中的图片、css、js、文本文件txt、脚本、等静态资源，不带jsp、asp、php页面的HTML页面 特点： 1 通常存放在
前言 序列比对是生信领域的一个古老课题，在这一波NGS的浪潮中重新引起大家的广泛关注。由于生物序列的特殊性，在比对的时候允许插入缺失，所以往往是一种不精确匹配。...全局比对算法 所谓全局比对算法，就是根据一个打分矩阵（替换矩阵）计算出两个序列比对最高得分的算法。关于它的介绍网上已经非常多了，我们只需看看其中的关键点及实现代码。...关键点 打分矩阵： 选用不同的打分矩阵或者罚分分值会导致比对结果不同，常用BLAST打分矩阵。 计算比对最高得分的算法： 常用动态规划算法（Needleman-Wunsch算法）。 ?...图片引自https://www.jianshu.com/p/2b99d0d224a2 打印出最高得分相应的序列比对结果： 根据得分矩阵回溯，如果最优比对结果有多个，全部打印出来。...理解打分系统背后的概率论模型： 比对分值可以理解为匹配模型和随机模型的对数几率比（log-odds ratio）。
ftp.ensembl.org/pub/release-105/fasta/homo_sapiens/cdna/Homo_sapiens.GRCh38.cdna.all.fa.gz >rna.log & ## 下载基因组注释文件...Homo_sapiens.GRCh38.105.chr.gff3.gz >gff.log& fasta 数据格式 以 > 开头，序列名称&序列描述 序列中允许空格、换行、空行，直到下一个 > ，表示该序列结束 gff/gtf 文件介绍...第三列 属性的类型，gff和gtf的区别 第九列 属性的特征 Ensembl基因组数据库 ENSMUSG ENSG 人默认没有物种前缀 比对 Hisat2, Subjunc 比对内容 建索引 比对参考基因组...sam转bam Hisat2 主要参数 -x 索引文件的前缀 -1 双端测序结果的第一个文件 -2 双端测序结果的第二个文件 -U 单端数据文件 --rna 链特异性参数 -p 线程数
一般而言，运用动态规划算法进行序列比对对内存空间的要求是 O(mn) 阶的，本文介绍了一种线性空间要求的序列比对方法。...前文如《序列比对（一）全局比对Needleman-Wunsch算法》所介绍的运用动态规划算法进行序列比对时，对内存空间的要求是 O(mn) 阶的。...图片引自https://www.jianshu.com/p/2b99d0d224a2 但是如果要求回溯呢，是否有一种线性空间算法来进行序列比对呢？前人已经给出了多种算法。...与 O(mn) 阶的算法相比，这种算法只能得到其中一种最佳比对方式，而无法得到所有的可能。 代码运行的效果： ?...具体的代码如下： （由于代码中运用了“引用（具体地就是指代码中的 int &n 这一用法）”这一方法，所以是以cpp文件编译的） #include #include <stdlib.h
conda info --envs查看conda中的环境用star进行比对要把.fq.gz文件解压为.fq文件#!
工作中用到了Ajax上传文件的情景 之前自己不知道ajax可以传 通过文档发现XHR2.0已经支持了 但需要集合FormData 目录结构 test 一级 files 二级 index.html...二级 saveFiles.php 二级 示例(根据上传文件的进度生成进度条)代码如下 HTML部分 <div class="step"...saveFiles.php'); //3.设置请求头(get请求可以省略,post不发送数据也可以省略) // 如果使用的时 formData可以不写 请求头 写了 无法正常上传文件...php // 获取提交的文件信息 print_r($_FILES); // 保存上传的数据 move_uploaded_file($_FILES['icon'][
一、比对练习 mkdir 52.bwa #1 bwa比对 #建立索引 ln -s /share/home/xiehs/05.assembly/data/MGH78578.fasta ....#bwa比对 bwa mem MGH78578.fasta /share/home/xiehs/05.assembly/data/illumina_1.fastq.gz /share/home/xiehs.../05.assembly/data/illumina_2.fastq.gz >MGH78578.sam #bwa-mem2比对 bwa-mem2 index MGH78578.fasta time bwa-mem2.../il_1.fq.gz /share/home/xiehs/05.assembly/ninanjie/illumina/il_2.fq.gz >tair10.sam 2>bwa.log 二、split比对...，可以看到文件大小比bowtie2的结果更多了。
因此，测序数据比对是高通量测序分析中最核心的操作。 二、数据比对的意义 测序数据比对到参考序列上，得到一种“堆叠”的效果。这种效果是将测序数据比对到参考序列上。...，不能像 blast 比对，分开比对； 5、比对仅能容许一定数目的错配和空位； 6、序列太短，会出现一条序列比对到多个位置的情况； 7、数据量较大，比对比较耗时...3.2 比对算法 短序列比对有很多比对软件，例如 bwa，soap，bowtie2，hisat2，subread 等，在众多的短序列比对软件中，BWA 几乎已经成为默认的行业标准。...1、两条 reads 都比对不上； 2、一条比对上，另外一条比对不上，或者另外一条比对到另外染色体，或者两条比对不在正常 insert size 范围内； 3、一对一比对无错配，...pairend 比对） 2、只有一条reads比对上目标序列 （single比对） 3、两条reads比对到不同序列 （single比对） 4、两条reads比对超出
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