1.概要 在日常的工作当中我们经常会遇到阅读大量代码，如果大量的代码中出现问题需要回滚那么这个时候就需要比对出当前的修改和之前的修改有什么区别。...如果我们人工的去逐行比对会非常费眼睛，且非常的耗时还容易出错。 1.1BeyondCompare 这里推荐一款文件比对工具BeyondCompare....这个工具中其实也包含了文件比对功能，那么如何使用它呢？ 官网下载：https://tortoisesvn.net/ 这里下载和安装就不演示了基本每个开发者的电脑大概率都会有。...1.创建对比文件 两个文件中只有第一行的内容是一样的。...2.右键 选中两个文件 右键菜单中找到TortoiseSVN的Diff功能 3.对比 在界面的左边会用符号来表示内容是否一样等等标识。
SAM ( Sequence Alignment Map ) 文件是reads比对到基因组后得到的结果文件，记录了reads mapping到基因组的各项信息。...BAM文件是SAM文件的二进制格式，保留SAM文件全部信息的同时极大压缩了SAM文件的体积，我们比对完成后获得的一般都是BAM文件。...SAM文件由两部分组成：注释信息 (header) 和比对结果。 ## 查看 BAM 文件的 header samtools view -h input.bam | head ?...@PG：比对时使用的工具指令。 @RG：样本信息。 @CO：其他注释信息。 比对结果主要包括11列信息： ? ? 1. QNAME：reads名称。 2. FLAG：reads比对情况。...RNAME：比对至参考序列的名称。 4. POS：比对到的位置。 5. MAPQ：比对质量。 6. CIGAR：比对情况信息。 7. RNEXT：与之配对的另一条reads所在的参考序列名称。"
当前可用的RNA-seq比对软件一般比对错误率较高，比对速度慢，受片段长度限制且比对偏差较大。...STAR在比对速度上胜过其他比对软件50多倍，在一个普通的12核服务器上，每小时比对5.5亿2 x 75 bp双端片段到人类基因组上，同时改进了比对敏感性和准确性。...STAR的比对分析基本上可以分为两步：一是genomeGenerate(类似于tophat的index)，二是：序列比对。...—runThreadN：运行的线程数，根据你自己电脑的配置来设置，数字越大运行越快 —genomeDir：这个参数很重要，是存放你生成index的文件路径，需要你事先建立一个有可读写权限的文件夹 —genomeFastaFiles...基因组fasta格式文件 —sjdbGTFfile GTF注释文件 —sjdbOverhang 这个值为你测序read的长度减1，是在注释可变剪切序列的时候使用的最大长度值 有一点需要注意，STAR建索引时特别消耗内存
一个文件将被分割成多个块，并被压缩和加密（可选）存储到对象存储中。 Alluxio 将文件作为「对象」存储到 UFS。文件不会像 JuiceFS 那样被拆分成 block。...另外，在大文件的处理方面，虽然 S3FS 可以通过分块上传解决大文件的传输问题，但对象存储的特性决定了追加和改写文件需要重写整个对象。...4.功能特性 S3FS JuiceFS 数据存储 S3 S3、其他对象存储、WebDAV、本地磁盘 元数据存储 无 独立数据库 系统 Linux、macOS Linux、macOS、Windows 访问接口...项目状态 停止维护 活跃开发 元数据引擎 SQLite Redis、MySQL、SQLite、TiKV 存储引擎 对象存储、本地磁盘 对象存储、WebDAV、本地磁盘 操作系统 Unix-like Linux...安装 在安装过程中，我们使用 Rocky Linux 8.4 操作系统（内核版本 4.18.0-305.12.1.el8_4.x86_64）。
tar备份系统并对比备份出来的文件.tar.bz2和实际的系统文件数目是否对应，以判断备份是否成功。备份时最好排除掉/sys和/var/run，否则最后可能会出现tar:由于前面的延迟错误而退出。...（包括文件夹，因为注意查看/opt/d文件也包括文件夹列表）。...对应tar的打包列表排除打包时排除的文件夹。...存档文件可放在磁盘中 ，也可以存为普通文件。 tar是需要参数的，可选的参数是A、c、d、r、t、u、x，您在使用tar时必须首先为 tar 指定至少一个参数；然后，您必须指定要处理的文件或目录。...--same-owner 展开以后使所有文件属于同一所有者 -S, --sparse 高效处理 -T, --files-from F 从文件中得到要展开或要创建的文件名 --null 读取空结束的文件名
全局比对与局部比对有什么不同呢。全局序列比对尝试找到两个完整的序列之间的最佳比对。而局部序列比对不必对两个完整的序列进行比对；可以在每个序列中使用某些部分来获得最大得分。...全局比对与局部比对 例如我们现在有两条序列 S1 和 S2，如果采用全局比对，会得到这种比对效果，而采用局部比对，序列中间的 GCG 满足了最优比对。...由于序列长度较长，索引文件可以快速定位到目标区域。索引文件可以从 NCBI 下载，也可以自己构建。...六、选项参数 blast 常用选项参数 选项 释义 -h 显示选项参数 -help 显示帮助文档 -db 比对数据库 -query 待比对序列 -out 输出文件名 -evalue 比对 e 值 -outfmt...输出文件格式 -task 比对类型 -num_threads 使用线程数 -subject 两两比对，目标序列 -remote 联网比对 -query_loc 设定 query 的起始和终止位点 -num_alignments
需要注意的是多序列比对问题是双序列比对问题的推广，并非多条序列之间两两比对。...多序列比对算法 相比于双序列比对，多序列比对涉及的记分方法、替换记分矩阵、比对算法等都要更为复杂。...渐进多序列比对首先使用动态规划算法构建全部k个序列的个双序列配对比对，然后以记分最高的配对比对作为多序列比对的种子，按记分高低依次选择序列，逐渐向已构造的多序列比对中加入序列，形成一个树状结构的多序列比对结果...，用来确定向多序列比对中添加新序列的次序； ③以计分最高的配对比对作为多序列比对的种子，并根据指导树向这对序列的比对中插入序列，一步步构建完整的多序列比对。...如果一开始选择的两条序列比对与实际上的最优多序列比对不一致，那么初始的配对比对中的错误在整个多序列比对构造中始终存在并持续传播；在比对的任何阶段出现的失配时，这些失配不会被纠正而是被传播到最终结果；最糟糕的情况是配对比对可能无法组成一个相容的多序列比对
进到align目录 对质量好的测序数据进行比对 1....一个个比对，生成BAM文件 align目录 sample=SRR7696207 bwa mem -t 2 -R "@RG\tID:$sample\tSM:$sample\tLB:WGS\tPL:Illumina...computing mean and std.dev: (1, 351) [M::mem_pestat] mean and std.dev: (174.05, 52.67) ...... 2或者循环批量比对...#clean目录 ls *1.fastq.gz>1 ls *2.fastq.gz>2 paste 1 2>config vim config 增加第一列文件名，记得不能空格，要Tab分隔 align...enough pairs [M::mem_process_seqs] Processed 142876 reads in 24.094 CPU sec, 11.833 real sec 3 查看bam文件
比对结果直接通过管道传给samtools处理，节省 I／O 时间。...因为空间问题，比对好的文件放在 /project/align/wes目录 6.1设置好下面批量比对的数据文件 kelly/wesproject/4_clean/wes目录下，也可以在align/wes...paste 1 2 > config #vim config 写入第一列样本名，要以Tab分开 cat 1|cut -d"_" -f 2,3 1>0 paste 0 1 2 > config 6.2 比对...align/wes目录下 根据前面的经验，先尝试一次并行比对50个文件 (wes) pc@lab-pc:/home/kelly/wesproject/4_clean/wes$ cat config|
BLAST是免费软件，除了在线比对检索服务，也可以从NCBI文件服务器上下载获得本地版本。...：指定gi到物种ID的映射文件 BLAST实际上是综合的一组程序，不仅用于对核酸序列数据库和蛋白质序列数据库进行搜索，而且可以将查询序列翻译为蛋白质后再进行搜索，进行序列比对时，需要根据要比对的序列类型选择软件工具以及数据库...，即基因组预测的基因蛋白序列 -db：Blast数据库的名字及其路径 -out：输出文件的文件名 -evalue：设置输出结果的e-value值，大于此值的比对被舍弃，默认为10 -word_size：...K-letter words，应大于2，默认为3 -matrix：计分矩阵名字，默认为BLOSUM62 -threshold：最小的K-letter words比对得分，应大于0 -outfmt：输出文件格式...参数说明： --in：输入的数据库序列文件（FASTA格式） -p：程序运行使用的核数 -d：输出结果的文件名前缀 数据库建成后，即可对目标序列进行比对检索，其使用方法与BLAST类似。。 END
而局部比对则不同，两条亲缘关系较远的DNA 或氨基酸可能只在一些片段上相似，这就需要找到这些相似性的片段，和其相应的匹配方式。通常这样的分析就需要进行局部比对，而不是全局比对。...全局比对与局部比对有什么不同呢。全局序列比对尝试找到两个完整的序列之间的最佳比对。而局部序列比对不必对两个完整的序列进行比对；可以在每个序列中使用某些部分来获得最大得分。...两种比对采取不同的比对算法和策略，因此，同样的一段序列，采用全局比对和局部比对不同的比对方法结果也会有很大的不同。...例如我们现在有两条序列 S1 和 S2，如果采用全局比对，会得到这种比对效果，而采用局部比对，序列中间的 GCG 满足了最优比对。...因为，局部比对的话，遇到大的空位往往就断开了，例如上面的例子，采用局部比对的算法中，只追求局部的最优比对，而不会考虑整体的空位等。所以，基因组的大片段的插入或者缺失检测，可以使用全局比对软件。
__()<6: info=''' --------------------------------------------------------------------------- 该程序比对...2个文件的列，如果文件1的列＝文件2的列，则输出，输出为csv格式文件！...使用方法：merge 文件1 比对列1 文件2 比对列2 输出文件 useage：merge file1 comparecol file2 comparecol outfile 备注：文件的列从1开始计数...outputfile) if flag: print(pd.read_csv(outputfile,nrows=10)) else: print('给定文件文件不存在.../shell/merge.sh 2.txt 1 3.txt 1 result.csv debug 索引上+1就是比对的参数值 ------data1数据源------ Int64Index([0], dtype
但经常会出现改着改着，就不知道改完后与源文件的差异是怎样的。这里，我们就需要一个文本比对工具来进行文本比对。...有经验的程序员都知道，Windows下有个很好用的文本比对工具――BeyondCompare。但它是收费软件，很多正规的公司是不允许使用破解软件的。...而且，它也只能在Windows下使用，没有Linux版本。 本文所介绍的文本比对办法，无需任何软件，只需一个Linux命令。学会这个命令，妈妈就再也不怕你不会文本比对了。...这个Linux命令就是diff命令。 diff是Unix系统的一个很重要的工具程序。它用来比较两个文本文件的差异，是代码版本管理的基石之一。 首先我们来看它的基本命令格式。...（1）正常格式 正常格式下我们无需加任何选项，直接如下比对就好： ? 执行完的结果如下： ? 我们一行一行来解释上图的含义。
10.4 文件比对工具 什么时候会用到文件的比对啊?通常是『同一个软件包的不同版本之间，比较配置文件与原始档的差 异』。很多时候所谓的文件比对，通常是用在 ASCII 纯文本档的比对上的!...那么比对文件的指令有哪些?最常见的就是 diff ! 另外，除了 diff 比对之外，我们还可以藉由 cmp 来比对非纯文本档!...同时，也能够藉由 diff 建立的分析文件，以处理补丁 (patch) 功能的文件呢! 10.4.1 diff iff 就是用在比对两个文件之间的差异的，并且是以行为单位来比对的!...用 diff 就把我们刚刚的处理给比对完毕了! 用 diff 比对文件真的是很简单喔!不过，你不要用 diff 去比对两个完全不相干的文件，因为比不出 个啥咚咚!...还可以比对不同目录下的相同文件名的内容，这样真的很方便~ 10.4.2 cmp 相对于 diff 的广泛用途， cmp 似乎就用的没有这么多了~ cmp 主要也是在比对两个文件，他主要 利用『字节』单位去比对
前言 序列比对是生信领域的一个古老课题，在这一波NGS的浪潮中重新引起大家的广泛关注。由于生物序列的特殊性，在比对的时候允许插入缺失，所以往往是一种不精确匹配。...全局比对算法 所谓全局比对算法，就是根据一个打分矩阵（替换矩阵）计算出两个序列比对最高得分的算法。关于它的介绍网上已经非常多了，我们只需看看其中的关键点及实现代码。...关键点 打分矩阵： 选用不同的打分矩阵或者罚分分值会导致比对结果不同，常用BLAST打分矩阵。 计算比对最高得分的算法： 常用动态规划算法（Needleman-Wunsch算法）。 ?...图片引自https://www.jianshu.com/p/2b99d0d224a2 打印出最高得分相应的序列比对结果： 根据得分矩阵回溯，如果最优比对结果有多个，全部打印出来。...理解打分系统背后的概率论模型： 比对分值可以理解为匹配模型和随机模型的对数几率比（log-odds ratio）。
但经常会出现改着改着，就不知道改完后与源文件的差异是怎样的。这里，我们就需要一个文本比对工具来进行文本比对。...有经验的程序员都知道，Windows下有个很好用的文本比对工具——BeyondCompare。但它是收费软件，很多正规的公司是不允许使用破解软件的。...而且，它也只能在Windows下使用，没有Linux版本。 本文所介绍的文本比对方法，无需任何软件，只需一个Linux命令。学会这个命令，妈妈就再也不怕你不会文本比对了。...这个Linux命令就是diff命令。 diff是Unix系统的一个很重要的工具程序。它用来比较两个文本文件的差异，是代码版本管理的基石之一。 首先我们来看它的基本命令格式。...（1）正常格式 正常格式下我们无需加任何选项，直接如下比对就好： ? 执行完的结果如下： ? 我们一行一行来解释上图的含义。
ftp.ensembl.org/pub/release-105/fasta/homo_sapiens/cdna/Homo_sapiens.GRCh38.cdna.all.fa.gz >rna.log & ## 下载基因组注释文件...Homo_sapiens.GRCh38.105.chr.gff3.gz >gff.log& fasta 数据格式 以 > 开头，序列名称&序列描述 序列中允许空格、换行、空行，直到下一个 > ，表示该序列结束 gff/gtf 文件介绍...第三列 属性的类型，gff和gtf的区别 第九列 属性的特征 Ensembl基因组数据库 ENSMUSG ENSG 人默认没有物种前缀 比对 Hisat2, Subjunc 比对内容 建索引 比对参考基因组...sam转bam Hisat2 主要参数 -x 索引文件的前缀 -1 双端测序结果的第一个文件 -2 双端测序结果的第二个文件 -U 单端数据文件 --rna 链特异性参数 -p 线程数
一般而言，运用动态规划算法进行序列比对对内存空间的要求是 O(mn) 阶的，本文介绍了一种线性空间要求的序列比对方法。...前文如《序列比对（一）全局比对Needleman-Wunsch算法》所介绍的运用动态规划算法进行序列比对时，对内存空间的要求是 O(mn) 阶的。...图片引自https://www.jianshu.com/p/2b99d0d224a2 但是如果要求回溯呢，是否有一种线性空间算法来进行序列比对呢？前人已经给出了多种算法。...与 O(mn) 阶的算法相比，这种算法只能得到其中一种最佳比对方式，而无法得到所有的可能。 代码运行的效果： ?...具体的代码如下： （由于代码中运用了“引用（具体地就是指代码中的 int &n 这一用法）”这一方法，所以是以cpp文件编译的） #include #include <stdlib.h
本文介绍 9 种 Linux 下常用的 9 种代码比对工具，不仅有命令行工具，还有 GUI 界面工具，让你轻松进行代码比对。...1. diff命令 diff 命令是 Linux 下自带的一个强大的文本比对工具，而且使用起来非常方便。对于它的使用，我之前也单独写过一篇文章介绍，点击下方链接可以查看。...diff 命令在大多数的 Linux 发行版里已经预装了，它可以逐行比对两个文本文件，并输出它们的差异点。更多介绍可以直接查看它的 man 手册。...DiffMerge DiffMerge 是一个跨平台的 GUI 文本比对工具，具有 Linux ，Windows ，macOS 三大平台版本。...TkDiff TkDiff 是另外一种跨平台，易于使用的 GUI 文本比对工具，可以运行在 Linux ，Windows 及 MacOS 系统上。
Linux文件操作 Linux中，一切皆文件(网络设备除外)。 硬件设备也“是”文件，通过文件来使用设备。 目录(文件夹)也是一种文件。...boot:这里存放的是启动Linux时使用的一些核心文件，包括一些连接文件和镜像文件。...deb:deb是Device(设备)的缩写，该目录下存放的是Linux的外部设备，在Linux中访问设备的方式和访问文件的方式是相同的。...tmp:用来存放一些临时文件 media:Linux系统会自动识别一些设备，例如U盘、光驱等，当识别后，Linux会把识别的设备挂载到这个目录下。...mnt:临时挂载其他文件。 proc:包含了进程的相关信息。 ---- Linux文件的操作方式 文件描述符fd fd是一个大于等于0的整数。
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