生物医学领域涉及庞大而不断增长的文献数据库，其中蕴含着宝贵的医学知识。为了更好地利用这些信息，自然语言处理（NLP）技术逐渐成为生物医学文献挖掘的得力工具。本文将深入探讨NLP在生物医学文献挖掘中的应用，通过结合实例，展示NLP如何加速科研发现、支持临床决策和推动医学领域的创新。
欢迎回来，科研的日常总避不开要查阅、下载整理文献。之前我们推荐过不同的方法，例如NCBI加谷歌助手、SCI-hub代替网站、中文期刊下载方法等。但都还是停留在手动层面，今天分享一个最近看到自动化小工具，不仅在下载中添加了条件筛选，将文献检索与摘要输出excel表格，我扒了它的github仓库，一起来看看吧~
查询文献你懂的，我认为Pubmed首选。当oncotarget杂志不再被Pubmed检索的收获，多少博士内心发慌，多少专家内心悔恨自己掏出的稿费。当然，用好Pubmed不能仅限于利用网页界面去检索那么几个关键词，AND 或者 OR。今天我来给大家介绍一下Pubmed API是如何在R语言中运用自如的。
Scholarscope是国内开发的一款浏览器插件，主要解决文献影响因子显示的问题。它能自动加载 PubMed 期刊的影响因子，帮助用户筛选更为优质的文献；此外还有一些其他的好用功能，如查看杂志的分区、导出Endnote引用格式的文本、添加文献下载链接，在校外也能一键下载文献（基于Sci-Hub)等。
又是一年毕业季，只有真正到自己毕业的时候才发现，改论文格式真是一件费心费力的事情。为了节省时间，方便后续对论文的修改和调整，我很早就开始研究基于Zotero的引用方法，这段时间也反复修改基于2015年国标的格式（JM Chinese Std GB/T 7714-2015），最终算是二次加工出来一个符合我们学校毕业论文要求的格式，现在无偿分享给大家使用「也欢迎大家给我加鸡腿！」。
a.关于用 Python 操作 Zotero ，可以阅读这篇文章：Python|用 Pyzotero 库操作 Zotero；
利用EndNote进行论文参考文献的插入可以说是非常方便；但其亦具有一个问题，就是对中文文献的支持不太友好；之前也用过NoteExpress，这一国产软件对于中文参考文献的支持性很好，但是由于论文较多，两个软件换着用也不太方便。因此需要手动对EndNote参考文献的输出格式（“Output Styles”）加以修改。本文则对EndNote软件的参考文献输出引用格式修改界面加以详细解读。
本期文章于2016年10月发表在nature，应该是关于PRC复合物的第一篇单细胞转录组数据。文章题目是：Flipping between Polycomb repressed and active transcriptional states introduces noise in gene expression
本文详细介绍了如何使用京东JD商品详情API实现实时数据获取。文章首先概述了京东JD商品详情API的特性和优势，然后介绍了实时数据获取的原理、技术要求和步骤。最后，结合具体代码，详细阐述了如何实现实时数据获取，包括API调用、数据处理和存储等关键技术。
甚至还有 GraphQl Faker 这样的工具，使得完全可以可以编码之前将 schema 全部设计好
点击保存之后，会弹出窗口，即为api_key。注意：api_key只会在这个界面出现一次，所以生成后要注意保存。
OFC2018的文献中有好几篇paper都提到DSP-free。不是很了解这一块，就搜索了相关的文献，刚好有一篇相关的综述文章 “Digital Signal Processing for Short-Reach Optical Communications: A Review of Current Technologies and Future Trends”。借助这篇review文章，这篇笔记主要梳理一些相关的知识点，填补下知识盲点。
额，好像多文件并没有增加复杂度，只要用\include指令包含了子文件就可以正常引用。
了解一个研究方向和相关研究领域的大佬，收集文献是必不可少的操作。 作为一名生信人，我们可以通过编程来自动化实现以上流程，今后只需要一行代码，研究领域情报尽在囊中。
遇到一个需求: 在前端使用 Select2 设计一个联想输入 dropdown, 通过 Ajax 动态抓取数据
最近正好在整理自己课题的知识点。不同的期刊、影响因子对应的文章，其实验设计也是差的挺远的。
多亏了新的人工智能系统，科学家们可以更容易地在浩如烟海的已发表的癌症研究文献中搜索。
上面的图是论文中的结果图，最终画出来的图片和这个是有差异的，水平有限，我一般用R画完图后，都会用AI进行修改。
这里，分享一下常用GWAS软件，比如GAPIT，GEMMA，GCTA是如何计算显著SNP解释百分比（PVE）的。
GWAS分析中SNP解释百分比PVE | 第四篇，MLM模型中如何手动计算PVE？ #2021.12.25
互联网后台架构技术的发展一日千里。身处技术变革浪潮的后台同学，应该都深切地感受到了云原生技术在公司内外的蓬勃发展。云原生技术正在逐渐成为后台工程师与架构师们的必修课，而 kubernetes 正是云原生的基石，聚光灯下的焦点。
最近在对图查询语言 GQL 和国际标准草案做个梳理，调研过程中找到下面这篇 mark 了没细看的旧文（毕竟收藏就是看过）。做个简单的记录。
前一段时间利用大名鼎鼎的DBLP数据集做关于论文合作关系推荐的实验，感觉确实是一个非常不错的数据集，可挖掘的东西很多很多，在此对DBLP及其用法做一个简单介绍。 简介 DBLP——Digital Bibliography & Library Project的缩写。这里是DBLP的主页 DBLP是计算机领域内对研究的成果以作者为核心的一个计算机类英文文献的集成数据库系统，按年代列出了作者的科研成果。包括国际期刊和会议等公开发表的论文。DBLP没有提供对中文文献的收录和检索功能，国内类似的权威期刊及重要
随着机器学习和深度神经网络两个领域的迅速发展以及智能设备的普及，人脸识别技术正在经历前所未有的发展，关于人脸识别技术讨论从未停歇。目前，人脸识别精度已经超过人眼，同时大规模普及的软硬件基础条件也已具备，应用市场和领域需求很大，基于这项技术的市场发展和具体应用正呈现蓬勃发展态势。人脸表情识别(facial expression recognition, FER)作为人脸识别技术中的一个重要组成部分，近年来在人机交互、安全、机器人制造、自动化、医疗、通信和驾驶领域得到了广泛的关注，成为学术界和工业界的研究热点。本文将对人脸识别中的表情识别的相关内容做一个较为详细的综述。
在论文被期刊编辑拒绝的许多原因之中，其中就有一个较为常见的，Discussion表意不明。即使论文的数据有效，发现具备创造性，但数据的真实含义可能会被讨论中提出的解释完全模糊，从而导致rejection。
基于JAVA+Vue+SpringBoot+MySQL的免税店商城管理系统，包含了顾客模块、免税物品模块、免税费率模块、购买登记模块和免税审核模块，还包含系统自带的用户管理、部门管理、角色管理、菜单管理、日志管理、数据字典管理、文件管理、图表展示等基础模块，免税店商城管理系统基于角色的访问控制，给免税管理员、免税工作人员使用，可将权限精确到按钮级别，您可以自定义角色并分配权限，系统适合设计精确的权限约束需求。
小白：害，买了抑制剂和激动剂，储备液倒是配好了，可是不知道咋加药。总不能一起怼进去细胞培养基吧？
E安全12月30日讯 美国国家安全局（NSA）第五届年度最佳网络安全科技论文出炉，题为《来源决定高度：信息来源对代码安全的影响》的研究论文脱颖而出。 论文中的观点 想编写出更安全的代码？别再去浏览网上论坛了，应该花些时间认真研读官方编程文档或书籍。这是美国国家安全局（NSA）第五届年度最佳网络安全科技论文《来源决定高度：信息来源对代码安全的影响》的观点。 📷 年度最佳科学网络安全论文大赛获奖者 在目前广泛使用的大量移动应用中，有许多在安全方面做得较差，例如过度获取权限、使用加密API时存在各种错误、部件间通
2015年有一篇文献中提到了hpv的研究现状 As of May 30, 2015, 201 different HPV types had been completely sequenced and officially recognized and divided into five PV-genera: Alpha-, Beta-, Gamma-, Mu-, and Nupapillomavirus. 文献地址： http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/26086163
📷 一、前言 在2022RSA大会上，来自Techstrong Research[1]的Mitch Ashley发表了一个名为“The Rise of API Security:It’s 10 pm
在科学研究中，设立对照是一项基本原则，如病例对照研究的病例组和对照组、队列研究中的 暴露组和非暴露组，临床随机对照试验的试验组 和对照组。
想必很多科研和临床的同道，都会感叹科研的苦和累。既要处理众多的临床病人、收集样本，又要忙实验、分析数据，同时还要紧跟科研前沿文献和撰写文章。涉及到文章的门面，科研绘图，很多伙伴又需要在纷繁的软件大海、眼花缭乱的公司之间进行选择。Hiplot的出现为大家解决了这些问题。
DisGeNet是一个专门收录人类疾病相关的基因与突变位点信息的数据库，对应的文章发表在Nucleic Acids Research上，链接如下
上文我们介绍了如何使用ChatGPT写一份漂亮的测试计划，那么有了测试计划之后，我们的测试方案自然也不能随便敷衍了事，我们要借助ChatGPT来帮我们写一份让大家都满意的测试方案。本文就来给大家介绍一下如何使用ChatGPT来输出一份测试方案。
“预印本（preprint）是一份完整的科学论文手稿（通常也会同时提交给需要同行评审的期刊），由作者在未经过评审的状态下上传至公共平台”。预印本平台的用户可以不经过严格的同行评审，在简单的审查之后，发布自己的手稿。尽管预印本的“预”表示出版前的预提交概念，但也存在大量出版后提交给预印本平台的后印本（post-print）。在本文中，将“预印本”定义为“e-print”，同时代表预印本平台上的“预印本”和“后印本”。“未发表”一词用于描述一篇预印本尚未被任何类型的出版物接收的状态。“发表”一词用于描述预印本已经过同行评审，并在期刊、会议、书籍、报告或其他类型的出版物中正式刊登（包括在线优先刊登）的状态。
有许多可以从 PubMed 的文章摘要中提取信息的文本挖掘脚本，包括： NLTK ， TextBlob ， gensim ， spaCy ， IBM Whatson NLU ， PubTator ， LitVar ， NegBio ， OpenNLP 和 BioCreative 等1。这里介绍一下 PubTator Central (PTC) 2。
Rescale each feature individually to a common range [min, max] linearly using column summary statistics, which is also known as min-max normalization or Rescaling. The rescaled value for feature E is calculated as:
--------------------- Author: Frytea Title: 解决SSH登录缓慢 Link: https://blog.frytea.com/archives/446/ Copyright: This work by TL-Song is licensed under a Creative Commons Attribution-NonCommercial-ShareAlike 4.0 International License.
从release中选择v1.4稳定版本下载，不建议使用git clone下载，开发版还有一些bug未解决。
4DGenome是一个染色质相互作用数据库，采用了文献检索和软件预测两种手段来得到染色质相互作用，收录了来自5个不同物种共7百多万条互作记录，网址如下
欢迎来到深入 AXI4 总线的实战篇，在第一篇文章中，我们将搭建起我们的 AXI 仿真系统，帮助我们更好、更快地理解与运用 AXI 总线。
本文是来自Bitmovin’s Tech Talks的演讲，讲者是Bitmovin的编码团队领导Christian Feldmann。主要内容是对比VP9和HEVC这两个编码器。
数组是 JS 中使用频率仅次于对象的数据结构，官方提供了众多的 API，谈谈如何扁平化（flatten）数组。
接着载流子注入型硅光调制器的讨论，这篇笔记整理下载流子积累型硅基调制器(carrier accumulation modulator)的相关知识点与进展。
随着科学研究的不断进步，科学家发现不编码蛋白的ncRNA与很多疾病的发生发展密切相关。MNDR通过收集文献和整理相关的公共数据库，整合了lncRNA,miRNA等ncRNA相关的疾病信息，网址如下
当我们需要了解某一方面的文献时，我们如何筛选有价值的文献呢？传统的评价指标影响因子（Impact Factor，IF）主要反映学术关注度，更是有少许的滞后。
然后又看到了目前位于德国的顾祖光公众号发布的蛮有意思的探索，使用了pubmedR这个包，统计具体的某个杂志的文章的作者发文量情况：
如果你经常跟文献打交道，那你应该切身体验过那种令人抓狂的心情：流畅地阅读 PDF 外文文献，必要情况下还得逐字逐句地翻译出来。
Taxonomy : NCBI公共序列数据库中所有生物的策划分类和命名法。目前包含地球上大概10%的物种。 我们现在查询到底包含有有多少物种，进入统计页面：。可以看到不同的分类下的分布情况，总体包含有597658条物种信息。
去年8月，名称一直饱受争议的国际顶会NIPS，因在会议中遇到的性骚扰，再次将NIPS推上风口浪尖。
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