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Python解析psiBlast输出的JSON文件结果

什么是JSON文件 JSON文件是一种轻量级的数据存储和交换格式,其实质是字典和列表的组合。这在定义生信分析流程的参数文件中具有很好的应用。...是通过如下代码完成的 import json file_fh = open("test2.json") ajsonD = json.load(file_fh) ajsonD {'公众号': {'宗旨':...Python解析PSIBLAST的JSON输出结果 BLAST的输出结果可以有多种,在线的配对比较结果,线下常用的表格输出,这次尝试的是JSON的输出,运行命令如下 psiblast -db nr -out...JSON结果获取匹配的蛋白的名字和序列,JSON文件解析的关键是知道关注的信息在哪个关键字下可以找到,然后需要怎么操作进入到关键字所在数据层,具体操作见如下视频,视频中一步步尝试如何不断试错,解析JSON...文件,获得想要的Python脚本和解析结果。

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    PHP如何将数据库查询结果输出为json格式

    PHP如何将数据库查询结果输出为json格式 近期做接口的时候需要做到一个操作,将数据库查询结果输出为json格式方便程序调用。...可将其封装成专门将数据转换成json格式的接口 第一种方法 php //此处前面省略连接数据库 //默认下方的$con为连接数据库的操作 //可将其封装成专门将数据转换成json格式的接口 //吃猫的鱼www.fish9.cn $sql = "SELECT...jarr变量为数组,但是还不是json格式 echo json_encode($jarr);//将数组进行json编码,并且进行输出 $arr=json_decode($str);//再进行json解码...内置的空类,可以用来传递数据,由于json_encode后的数据是以对象数组的形式存放的, //所以我们生成的时候也要把数据存储在对象中 foreach($jarr as $key=>$value){

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    解决php无法将string转换为json的办法

    背景:最近在开发小程序(替客户做的),一个水印小程序,通过接口实现了去掉水印,原理很简单,但是由于目标解析的地址域名太多,用了域名通配后也是出现不在合法域名中的错误,于是只能用自己的服务器来进行一个踏板...,所以当数据回调后需要清洗数据出来给小程序用,在这里就出现了问题: $result=send_post('https://****.cn/video.php', $post_data); // $info...= json_decode(trim($result),true); $info=json_encode($result); echo gettype($info); 通过json_decode、json_encode...也无法转换为json,同样是string类型 解决办法: 去空trim() 解决代码: $result=send_post('https://*****/video.php', $post_data...); $info = json_decode(trim($result),true); echo gettype($info);

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    PHP边运行边输出运行结果的实现方法

    在开发过程中,经常会需要做批量处理,例如数据同步或格式转换时往往涉及大批量的数据处理,由于数据量大,数据里往往存在各种的差异,导致运行过程容易出问题,所以能在运行过程中实时输出每条记录运行的情况(成功或失败...先做一下简单的说明:第一个方法是在你需要实时输出的方法最前面调用;第二个方法是需要输出内容时再调用,举个例子: public function testApi(){ Tools::realTimeOutputPrepare.../** * 实时输出内容准备(设置头部) */ public static function realTimeOutputPrepare(){ header('X-Accel-Buffering...: no'); set_time_limit(0); ob_end_clean(); ob_implicit_flush(1); } /** * 实时输出内容(清理缓冲区)..."; flush(); } 我的方法是以静态方法的形菜定义到一个叫Tools的工具类里的,建议你可以把这两个方法也放到你自己的工具类里,使用起来就非常方便了。 看到了吗?

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    使用php脚本查看已开启的扩展

    正式线phpinfo()函数被禁用,但又想知道PHP安装了那些扩展,怎么办呢? php安装时会将扩展包编译进去,对于一个正在运行中的数据库,查看php的扩展开启状况, 第一种:是通过配置文件查看。...第二种:在 PHP-FPM 的网页中,我们可以通过 phpinfo() 函数来查看当前 PHP 的状态及扩展相关信息。...第三种:在 CLI 命令行脚本中,我们可以使用 php -m 命令来查看已加载的扩展。 第四种:使用php内置函数来查看,通过脚本输出来查看,代码如下:   通过get_loaded_extensions函数可以返回php扩展开启情况的一个数组,然后可以打印出来   通过查看源代码可以清晰地看出扩展的开启情况: 另外, PHP 也为我们提供了在动态运行期间可以查看扩展状态的函数...查看是否已经加载了扩展 echo extension_loaded("redis"); // 1 非常简单的一个函数,它的作用就是检查一个扩展是否已经加载。

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    php List()函数及json_encode时无法转为数组的问题

    7.0 版本之后可以设置返回值的类型,但还是无法返回多个值,估计后面 php 的升级中会考虑这个问题....既然无法原生支持,那我们就自己实现,php内置了大量的函数可以使用,这也是php开发速度快的一个原因....PHP_EOL,$Lcolor. PHP_EOL,$Lprice. PHP_EOL; } //打印结果 coffer brown 20 //键为返回值里的变量,值为生成的新值....同样的也可以使用 list() 方法结合 each() 方法 实现 foreach 的功能 json_encode 返回时的问题 当需要返回json数据时, 我们通常会使用 json_encode 将对象或数组转为...推荐方法 可以直接将 原数组的变量 push 到 []中 使用 array_value() 函数, 创建一个只取原数组值,索引为连续索引的数组 使用 sort() 函数 ,同样返回 索引连续的数组

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    小案例:结果缓存无法使用,RESULT_CACHE_MAX_SIZE值无法更改的问题

    最近遇到了一个 RESULT_CACHE_MAX_SIZE 参数值无法更改的问题。 首先我们需要知道 RESULT_CACHE_MAX_SIZE 是什么。...RESULT_CACHE_MAX_SIZE 是结果缓存能够使用sga内存的最大大小的限制参数。 当我们需要使用结果缓存的时候,这个值一定不能是0。并且以下的查询结果是 ENABLED ....shared pool 的大小,如果shared pool不够大,那么结果缓存不会被使用, 这个时候我们执行如下查询,结果可能是 BYPASS SQL> select dbms_result_cache.status...可以使用如下方法恢复。 给shared_pool_size一个最小值。保证结果缓存可以拿到内存空间。...就可以解决无法使用结果缓存和无法修改RESULT_CACHE_MAX_SIZE参数值的问题了。

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    json_decode在php中的一些无法解析的字符串

    关于json_decode在php中的一些无法解析的字符串,包括以下几种常见类型。...一、Bug #42186 json_decode() won't work with \l 当字符串中含有\l的时候,json_decode是无法解析,测试代码: echo "***********json_decode...) 二、Tabs in Javascript strings break json_decode() 当字符串中含有tab键时,json_decode()无法解析,例如代码3-1 echo "<br/...{ "abc": 12, "foo": "bar bar" }')); 执行后的返回结果为null 解决办法: 1、当遇到含有tab键输入的字符串时,我们应该避免使用json将数据传到php,然后使用php...四、decode chokes on unquoted object keys 当key值没有使用引号时,会无法解析,例如代码5-1 echo "***********decode chokes

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