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空间单细胞|在Seurat中对空间数据进行分析(4)

引言 在这篇指南[1]中,我们介绍了Seurat的一个新扩展功能,用以分析新型的空间解析数据,将重点介绍由不同成像技术生成的三个公开数据集。...该系统能够进行多路复用的空间分辨蛋白质分析,逐步展示抗体的结合过程。...数据集中包含了28个蛋白质标记,这些蛋白质的强度是利用Akoya处理器流水线进行量化的,最终生成了一个CSV文件,该文件记录了每个细胞中各个标记的强度值以及它们的细胞位置坐标。..._008_11022020_reg001_compensated.csv", type = "processor", fov = "HBM754.WKLP.262") 我们现在可以运行无监督分析来识别细胞簇...正如所料,内皮细胞形成了血管结构,而 B 细胞则是构成生发中心这一特殊微环境的重要角色。在这个预印本论文中,您可以进一步了解这个数据集中的蛋白质标记详情,以及在人类淋巴组织中的细胞网络情况。

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CCST:基于图神经网络对空间转录组数据进行聚类分析

给2022 MICOS 时空组赛道 提供一丢丢思路空间转录组学数据可以同时提供高通量基因表达谱和组织的空间结构。...DGI采用了一系列的GCN层,这使得它能够将图(细胞位置)和节点属性(基因表达)都整合为节点(单细胞)的嵌入向量。...图中的边缘也进行了排列,以产生没有任何空间结构信息的负节点嵌入向量;3) 在训练区分这两种嵌入类型后,CCST学会了编码一个包含空间结构和基因表达信息的细胞节点嵌入。...通过主成分分析(PCA)降维后,使用k-means++算法进行节点聚类,以识别细胞组或亚群。CCST的性能测试开发团队将CCST在基于FISH的单细胞转录组和基于spot的空间转录组数据上进行了测试。...还在体外和体内空间数据集上进行了测试,用于从头计算的细胞聚类和基于手动整理的细胞类别注释的细胞亚型发现任务。此外,还在两个空间转录组数据集中对CCST和其他方法的性能进行了比较。

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    DSTG:基于图形的卷积网络对空间转录组数据进行去卷积

    之前小编已经给大家介绍了三个利用神经网络进行空间转录组分析的方法,今天再追加一个基于图形的卷积网络对空间转录组数据进行去卷积的新方法:DSTG。 ?...最近发展的空间转录组学(ST)能够将组织切片中不同点的空间信息与每个spots内细胞的RNA丰度联系起来,这对了解组织细胞结构和功能尤为重要。...因此,需要对每个spot的ST数据进行拆分,以揭示该空间spot的细胞组成。 DSTG是什么? 研究团队提出了一种新的基于图形的人工智能方法即DSTG,通过基于图形的卷积网络对ST数据进行去卷积。...然后,基于链接图,使用半监督图卷积网络(GCN)学习局部图结构和基因表达模式的潜在表示,以解释spot的各种细胞组成。...JSD值越小,表示两个分布之间的相似性越高,因此表示跨点估计的细胞类型组成的准确性越高。 ? ? 利用scRNA-seq数据,DSTG对ST数据的空间去卷积准确地重建了小鼠大脑皮层的结构。

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    国产空转工具推荐 | STRIDE:使用scRNA-seq对空间转录组进行精准的整合分析

    STRIDE是一种基于主题模型的去卷积方法,通过与匹配的scRNA-seq整合用于空间转录组学分析。STRIDE首先通过进行主题建模从注释的单细胞转录组中发现细胞类型相关的主题。...然后通过贝叶斯定理将逐个主题的分布总结为逐个主题的细胞类型分布。接下来,应用预训练的主题模型来推断空间转录组学中每个位置的主题分布。...通过结合细胞类型-主题分布和主题-位置分布,可以推断每个空间位置的细胞类型比例。STRIDE还提供多种下游分析功能,包括特征检测和可视化、空间域识别和从同一组织的连续ST切片重建空间结构。...,提高空间聚类的分辨率,最终有助于在整合多个切片的基础上重建组织的三维结构。...尽管基于主题的多个空间转录组学样本的整合被证明有助于组织结构的三维重建,但预计在成像数据和其他方式的数据的帮助下,将有可能通过STRIDE建立一个更全面和多尺度的三维组织图谱。

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    DSTG:基于图形的卷积网络对空间转录组数据进行去卷积

    昨天小编已经给大家介绍了三个利用神经网络进行空间转录组分析的方法,今天再追加一个基于图形的卷积网络对空间转录组数据进行去卷积的新方法:DSTG。...最近发展的空间转录组学(ST)能够将组织切片中不同点的空间信息与每个spots内细胞的RNA丰度联系起来,这对了解组织细胞结构和功能尤为重要。...研究团队提出了一种新的基于图形的人工智能方法即DSTG,通过基于图形的卷积网络对ST数据进行去卷积。DSTG可利用scRNA-seq数据揭示ST数据中的细胞混合物。...然后,基于链接图,使用半监督图卷积网络(GCN)学习局部图结构和基因表达模式的潜在表示,以解释spot的各种细胞组成。...JSD值越小,表示两个分布之间的相似性越高,因此表示跨点估计的细胞类型组成的准确性越高。 利用scRNA-seq数据,DSTG对ST数据的空间去卷积准确地重建了小鼠大脑皮层的结构。

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    安卓入门基础(九)-对应用结构进行分析

    今天安卓入门第九讲,讲讲Android应用程序目录结构和应用程序分析,以及清单文件对其进行总结。...Android应用程序目录结构 assets目录:在assets目录中存放的是工程中用到的相关文件资源,比如我们可能用到的音频文件,文本文件,这些文件都不进行编译的原生文件。...bin目录:在bin目录下存放的是可执行的相关文件,这个目录为空时,代表项目没有进行执行,不为空时,就会在该目录下产生可执行文件。 gen目录:在该目录下的文件只有读模式,不能进行修改。...src目录:在该目录下存放的的相关的Java代码。 proguard-project.txt文件:该文件时混淆代码的脚本配置文件。...应用程序分析 我们来讲讲我们常见:string.xml文件,该文件放在res/values目录中,该文件中可以看到string元素,我们来看看这个:

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    用EzReson进行化学键共振分析(6):实例:吡咯的共振结构

    然而实际上吡咯分子却是平面结构。为了解释这一实验结果,我们可以用EzReson对吡咯做化学共振分析。 笔者使用的系统为Ubuntu18,高斯版本为G16A,NBO程序为高斯自带的NBO3.1程序。...可见吡咯确实是平面型的结构。 ? 吡咯的平衡结构 2. 单点NBO分析 EzReson所需的输入文件为Gaussian的.out文件、.fchk文件以及NBO的.33文件。...这些文件都可以从Gaussian的单点NBO分析计算得到。...需要注意的是,局域轨道的顺序是不固定的,读者若尝试重复此算例,得到的未必是16-18号轨道,要根据轨道形状进行判断。 4....化学共振分析 化学共振分析的输入文件pyrrole_wfrt.in如下: File = pyrrole-sgp Job = WFRT LMOS = 16 17 18 Atoms = 1 2 3 4 5

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    Figma 数据结构:容器类图形的属性

    今天我们来看看 Figma 的容器类图形的属性。 通用属性不讲,请看我之前的文章。 文档 DOCUMENT 文档是 Figma 文件的根目录,每个文件只有一个。...和图框相比,主要区别为 组的 resizeToFit 为 true,另外也不会使用图框的某些属性,比如自动布局相关的属性。 除了功能少了,在某些功能上也有区别。...比如对于图框,fill 这些属性是应用到图框上的,改变图框的背景色;如果是组,修改 fill 这些属性,其实是在修改容器内的所有图形的 fill 属性。...sectionStatusInfo:区域的状态信息,比如 { status: "BUILD" } 表示标记为可进入 dev 模式 布尔 BOOLEAN_OPERATION 可对多个图形进行布尔运算,得到一个布尔图形...被布尔的原图形会保留下来,这样可以对原图形进行修改。 如果不希望保留原图形,可使用 Flatten(拍平)操作,合并为一个矢量网格图形。

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    Opencv中数据结构Mat的相关属性

    Opencv中数据结构Mat的相关属性 前言: The class Mat represents an n-dimensional dense numerical single-channel or...以前虽然能够比较熟练的使用OpenCV,但是最近感觉其实笔者自己对OpenCV的最底层数据结构Mat与IplImage都不怎么熟悉…… 由于笔者比较反感总是需要管理内存的IplImage,所以对Mat数据结构做一下学习工作还是有必要的...Mat重要数据成员简要列举 如上面的Mat定义源码,Mat类中有很多重要的数据类型成员。 下面进行简单的列举。...上面是一个3 × 4的矩阵。此时我们按照数据类型为CV_8U, CV_8UC3的情况,分别对其进行讨论。...上面是一个3 × 4 × 6的矩阵。假设其数据类型为CV_16SC4,此时对其进行讨论。

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    RTSP协议视频结构化智能分析平台EasyNVR开启录像无法做停止操作原因分析

    视频结构化给现在飞速发展的视频监控体系整理带来了有价值的变化,视频数据更加容易筛选,作为视频结构化智能分析平台,EasyNVR具备稳定易用、低延迟等特点,为安防视频监控可视化的基础视频能力。...EasyNVR平台具备直播、录像、视频分发等功能,但是近期测试中EasyNVR开启录像后无法停止录像了,强制停止(./stop ctrl + c)也无效。.../easynvr启动,然后配置通道录像,过一会使用ctrl+c去停止程序,就发现控制台一直在报错: image.png 经过分析发现应该是在程序停止的时候,推流库连接失败,一直在重试导致程序没法彻底停止...因此我们修改代码如下,让推流库连接成功之后自动停止,这样在程序停止的时候,就不会出现上述现象了。...、网络课堂等,娱乐行业的美女直播、游戏直播等,广电行业的电视直播、赛事直播等,另外还适用于企业协作、远程医疗、云监控、庭审直播等其他视频相关行业,可直接下载部署测试。

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    Spring的cglib代理类无法取到被代理类的成员属性

    cglib的原理是生成一个被代理类的子类进行增强, 那么为什么子类访问不到父类的属性呢 @Service public class AopTestService { public String...根据aop代理规则, imTest方法可以被代理, 下面就是cglib生成的子类方法, 通过var10000.intercept代理拦截器, 最终使用源类AopTestService的对象去调用imTest...第二行: bool2为true, 因为noImTest方法被final修饰, 无法被代理增强, 所以最终是通过cglib生成的子类去调用父类AopTestService的noImTest方法....但是this.value输出null, 这是因为cglib生成的子类对象, 是通过objenesis这个库实例化的, objenesis这个库的作用是绕过构造方法实例化对象....所以对象没有正常的初始化, 父类的value属性也就没有了 3. 第三行, this.getValue输出了.

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    RTSP协议视频结构化智能分析平台EasyNVR开启录像无法做停止操作原因分析

    视频结构化给现在飞速发展的视频监控体系整理带来了有价值的变化,视频数据更加容易筛选,作为视频结构化智能分析平台,EasyNVR具备稳定易用、低延迟等特点,为安防视频监控可视化的基础视频能力。...EasyNVR平台具备直播、录像、视频分发等功能,但是近期测试中EasyNVR开启录像后无法停止录像了,强制停止(./stop ctrl + c)也无效。 ? 我们重现一下该问题,在控制台直接以....经过分析发现应该是在程序停止的时候,推流库连接失败,一直在重试导致程序没法彻底停止。多次测试发现,出现这个问题和通道是否录像没有关系,在程序拉流的同时按crtl+c去停止,就会触发上图报错现象。...因此我们修改代码如下,让推流库连接成功之后自动停止,这样在程序停止的时候,就不会出现上述现象了。...、网络课堂等,娱乐行业的美女直播、游戏直播等,广电行业的电视直播、赛事直播等,另外还适用于企业协作、远程医疗、云监控、庭审直播等其他视频相关行业,可直接下载部署测试。

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    【说站】python类属性的内存分析

    python类属性的内存分析 说明 1、Python在堆内存中创建数据类型为type的student类。 2、student类有类属性classname和teachername两种属性。...3、实例属性不在类中。 而是通过Student(“Tome”、19)创建的对象。 4、实例对象s1.information调用可调用类属性。...实例 class Student:     classname = "Twenty"    # 类属性     teachername = "JueJing"  # 类属性     count = 0  ...# 类属性       def __init__(self,name,age): #实例属性         self.name = name         self.age = age       ... is {1}".format(self.name,self.age)) #调用实例属性   s1 = Student("Tome",19) s1.information() 以上就是python类属性的内存分析

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    Field属性所对于的关系代码分析

    Field 返回值 方法说明 Field getField(String name)返回一个 Field 对象,它反映此 Class 对象所表示的类的public属性。...(可以获取父类的方法) Field[] getFields()返回所有Field属性,它反映此 Class 对象所表示的类的public属性。...(可以获取父类的方法) Field getDeclaredField(String name)返回一个 Field 对象,该对象反映此 Class 对象所表示的类的public/private属性。...(只获取当前类的方法) Field[] getDeclaredFields()返回所有Field属性,该对象反映此 Class 对象所表示的类的public/private属性。...(只获取当前类的方法) 示例代码如下: @Slf4j public class Test { public static void main(String[] args) throws Exception

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    进化树、群体结构、PCA分析需要对LD进行质控吗?

    G矩阵,然后进行GS分析,自废武功,非常无意义。...还有人问我,要不要使用LD质控后的SNP位点进行GWAS分析,我一个黑人打问号???Excuse me???...答案是:不可以,要使用全部的SNP,进行基础质控就行了,GWAS就是依赖于LD去进行位点的挖掘,你把LD质控了,你还定位个毛毛。。。...3,PCA分析要不要使用LD质控后的SNP 这个问题,首先要知道PCA是怎么来的,它是根据亲缘关系矩阵计算的!!!...PS:LD质控,是为了降低数据量,特别是admixture进行群体结构分析时,会大大降低运行的时间,当然,有多线程和大内存服务器的小伙伴,完全可以用所有的位点,毕竟成年人的世界,两者都要才是普遍的,都跑一下

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    如何对代码进行复杂度分析?(数据结构和算法)

    hello 大家好 我是浩说 今天来偷摸学习一下 : 如何对代码进行复杂度分析?...(数据结构和算法) 视频版 - 看着更方便: 哔哩哔哩(横板) https://b23.tv/EZUqDrF 小红书(竖版) http://xhslink.com/lHiv7h 复杂度分析 是 数据结构和算法...中非常重要的知识点 你在看 数据结构和算法 相关内容的时候应该经常会看到像: 时间复杂度O(1) O(n) 这样的字眼 复杂度是 用来衡量一个算法 的时间效率和空间利用率的依据 它能帮你判断哪些算法效率更高...我们以一段代码为例 看看如何分析 时间复杂度 int sum = 0; int i = 1; int j = 1; 假设每条语句需要花费 一个时间单位 那么上面这段代码花费的时间 T = 3; 现在将代码补充一下...1) 到这里 关于复杂度的基本概念我们已经有所了解 那么接下来 时间复杂度的分析技巧 首先 由于复杂度指的是一种变化趋势 所以常量级代码和系数都可以忽略不计 只关注循环执行次数最多的部分即可 比如下面这段代码中

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