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xarray | 序列化及输入输出

但有两点要注意: 为了简化序列化操作, xarray 在 dumping 对象之前会将数组中的所有值加载到内存中。因此这种方式不适用于大数据集。...更为重要的一点是:当你改变数据集的值时,如果只是改变了内存中 xarray,那么源文件是不会被改变的。 技巧: xarray 对服务器或本地磁盘文件的延迟加载并不总是有利的。...对于文件太大而无法适应内存的数据集来说,这是非常有效的策略。xarray 整合了 dask.array 来提供完整的流计算。...写入编码数据 你也可以自定义 xarray 如何为 netCDF 文件中的每个数据集变量提供编码信息。encoding 参数接收包含编码信息的键值对字典。..._FillValue:当保存 xarray 对象到文件时,xarray 变量中的 Nan 会映射为此属性包含的值。这在转换具有缺省值的浮点数为整数时就显得非常重要了。

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如何批量提取wrfout变量存为nc

在气象学中,WRF(Weather Research and Forecasting Model)是一个常用的数值天气预报模型,它可以提供丰富的气象变量数据来帮助我们理解和预测天气现象。...为了更好地处理WRF模型输出数据(当然因为wrfout文件太大了!),我们经常需要批量提取其中的变量,并将提取的数据保存为NetCDF格式(.nc文件),这样可以方便我们后续的分析和可视化操作。..., method='cat') # 将变量添加到数据集 dataset[var] = var_data print(dataset) # # 转换 projection 属性的值为字符串...() # 从变量中删除坐标信息 del xarray_array_out.attrs['coordinates'] # wrf-python 投影对象无法处理,将其转换为字符串...=ALL_TIMES, method='cat') var_data = write_xarray_to_netcdf(var_data) # 将变量添加到数据集 dataset

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    利用 pandas 和 xarray 整理气象站点数据

    利用 pandas 和 xarray 整理气象站点数据 平时用 xarray 库在处理 nc 格式的数据非常方便,但偶尔还是要用到一些站点数据来辅助分析,而站点数据一般都是用文本文件存储的,比如下图这种格式...这种格式与CSV格式还有点不同,CSV格式是字段间用相同的符号隔开,而图中的文件可能是用 Fortran 写的,每个字段的长度固定为30个字符,此外,其中有不少特征值比如30XXX代表缺测/微量的情况,...一、 目标和步骤 将上图示例的文件处理为(站点,时间)坐标的 nc 格式数据,方便以后直接读取,主要有以下几个步骤: 将文本文件读取为 DataFrame 并将无效值替换为 Nan 将时间信息处理为...plt 定义处理过程中的函数: 处理时间坐标,利用 datetime 将整形的年、月、日转换为 pandas 的时间戳 def YMD_todatetime(ds): # 读取年月日数据,转换为...,沿着站点合并,取并集,个别站点缺少的时间坐标自动填充,变量填充为 Nan ds_merge = xr.Dataset( data_vars={}, coords={'station'

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    利用 pandas 和 xarray 整理气象站点数据

    作者:石异 (南京大学大气科学学院,硕士生) 利用 pandas 和 xarray 整理气象站点数据 平时用 xarray 库在处理 nc 格式的数据非常方便,但偶尔还是要用到一些站点数据来辅助分析,而站点数据一般都是用文本文件存储的...,比如下图这种格式,从外到内的坐标依次是:年、月、站点、日 这种格式与CSV格式还有点不同,CSV格式是字段间用相同的符号隔开,而图中的文件可能是用 Fortran 写的,每个字段的长度固定为30个字符...一、 目标和步骤 将上图示例的文件处理为(站点,时间)坐标的 nc 格式数据,方便以后直接读取,主要有以下几个步骤: 将文本文件读取为 DataFrame 并将无效值替换为 Nan 将时间信息处理为...plt 定义处理过程中的函数: 处理时间坐标,利用 datetime 将整形的年、月、日转换为 pandas 的时间戳 def YMD_todatetime(ds): # 读取年月日数据,转换为...,沿着站点合并,取并集,个别站点缺少的时间坐标自动填充,变量填充为 Nan ds_merge = xr.Dataset( data_vars={}, coords={'station'

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    xarray | 数据结构(3)

    xarray中的坐标有两种类型: 维度坐标 是名称和唯一的维度名称相同的1D数组(打印Dataset或 DataArray时 *号标记的变量)。...非维度坐标 是包含坐标数据的变量,但不是维度坐标。它们可以是多维的,而且非维度坐标名称和它的维度名称没有关系。非维度坐标在绘图或索引时非常有用。除此之外, xarray 不会限制使用与其相关的值。...注: xarray 中的术语和 CF 中的术语不同。CF中的维度坐标称作坐标变量,而非维度坐标称作辅助坐标变量 [注1]。CF是指 Climate and Forecast [注2]。...1D变量。...因为在 Dataset 和 DataArray 对象中每个多索引层都可以通过 ‘virtual’ 坐标获取,它的名称不能与相同对象的其它层,坐标和数据变量的名称冲突。

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    xarray | 数据结构(1)

    本来是作为一部分内容的,但是推送有字数限制。因此拆分为三个部分,每部分都是单独的内容,基本不影响阅读。 DataArray xarray.DataArray 是 xarray 库中带标签的多维数组。...:数字,日期或字符串1D数组) attrs:包含元数据信息 xarray 使用 dims 和 coords 实现核心的元数据操作。...基于 pandas 中 DataFrame 和 Series 的索引功能,坐标可进行更快速的索引和对齐操作。 DataArray 对象有 name 和 attrs 属性,attrs 包含了元数据信息。...通过属性可以获取 foo 数组中的变量信息: >> foo.dims ('dim_0', 'dim_1') >> foo.dim_0 xarray.DataArray 'dim_0' (dim_0:...对象或标量 1D数组或列表 (与坐标名称相同的维度名对应的1D坐标变量的值) {coord_name: coord} 字典,值与列表形式相同。

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    【xarray库(二)】数据读取和转换

    ——(唐)元稹《离思五首·其四》 ” xarray 中的DataArray 和 Dataset 对象除了上节介绍过的直接手动创建之外,更多的情况下却是通过其他数据储存结构转换和存储在硬盘中的数据存储文件读取而来...arr = series.to_xarray() arr 运行结果 由于只有一个变量,所以转换的结果是 xarray 中的DataArray类型。...将 ds(Dataset)中的变量a转换为 pandas 类型 ds.a.to_series() ds.a.to_series() 如何理解这一句代码呢?...数据结构的推荐方法是 NetCDF(Network Common Data Form),这是一种二进制文件格式,用于起源于地球科学的自描述数据集。...文件的后缀为.nc。Xarray 基于 netCDF 数据模型,因此磁盘上的 netCDF 文件直接对应于数据集对象。

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    从 netCDF 文件导出到 *.csv 文件

    1、问题背景问题:需要将 netCDF 文件的数据导出到 *.csv 文件,但希望在不使用循环的情况下完成。目前使用的代码存在性能和代码可读性问题,因为使用了三重循环。...2、解决方案方法:为了解决上述问题,可以使用 xarray 库来将 netCDF 文件中的数据转换为表格格式,然后使用 csv 库将表格格式的数据导出到 *.csv 文件。...使用 data_to_table() 函数将 netCDF 文件中的数据转换为表格格式。使用 export_to_csv() 函数将表格格式的数据导出到 *.csv 文件。...export_to_csv(dataset, 'var_name', 'path/to/csv_file.csv')优点:性能优化:使用 xarray 库可以有效地将 netCDF 文件中的数据转换为表格格式...代码可读性增强:使用 xarray 库可以简化代码,使其更加易于阅读和维护。局限性:如果 netCDF 文件中的数据量非常大,则可能需要对代码进行进一步优化以提高导出数据的速度。

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    使用Redis Dataset JMeter插件即时控制您的测试数据

    但是,CSV数据集配置的一个主要缺点是,一旦测试开始,如果要更新正在使用的数据,则需要有权访问JMeter正在使用的文件。否则,您将锁定可用于测试的数据。...对于在本地计算机上运行的测试,这不应该成为问题,您只需将CSV文件与新数据一起保存(或删除不需要的数据),JMeter只要有更改就可以反映该更改。仍然打开该文件。...在这种情况下,将CSV文件用于数据将意味着在云中运行的每个测试实例将拥有其自己的数据副本,这使得对数据进行更改成为问题。...另一个重要信息是如何使用数据。 我们需要指定在Redis中用于标识列表的键,并使用“变量名”字段来确定如何在脚本中引用变量(请注意,这些变量应以逗号分隔)。...03 在BlazeMeter上扩展我们的测试 请注意,与使用CSV数据集配置不同,我们不需要包含任何其他文件,因为我们将远程获取数据。

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    数据科学家常遇到的10个错误

    硬编码无法访问的路径 与错误1相似,如果您对其他人无法访问的路径进行硬编码,则他们将无法运行您的代码,因此要查看很多地方手动更改路径。...Git提交带有源代码的数据 现在大多数人都可以控制他们的代码版本(如果不使用,那是另一个错误!参见git)。为了共享数据,可能想将数据文件添加到版本控制中。...如果是很小的文件还可以,但是git并没有对数据文件进行优化,尤其是大文件。 git add data.csv 解决方案:使用问题1中提到的工具来存储和共享数据。...pickle可以解决此问题,但只能在python中工作,并且不能压缩。两者都不是存储大型数据集的良好格式。...Jupyter notebooks 促进了上述许多不良的软件工程习惯,尤其是: 很容易将所有文件存储到一个目录中 编写的代码从上至下而不是DAG运行 没有模块化代码 调试困难 代码和输出混合在一个文件中

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    数据处理 | 使用cfgrib加载GRIB文件

    conda-forge 包安装 延迟和高效读取数据,节省内存占用和磁盘访问 允许使用 dask 进行大于内存的分布式处理 支持将坐标转换为不同的数据模型和命名约定 支持将 GRIB 文件的索引写入磁盘,...以在打开时保存全文件扫描 处于 Alpha 的功能有: 安装 cfgrib 实用程序,该程序可以将 GRIB 文件转换为 to_netcdf,并可以选择将其转换为特定的坐标数据模型 支持将精心设计的 xarray.Dataset...数据集中 t 变量就是包含 36 个层次的温度场。...cfgrib 存储从 GRIB 2 文件中筛选的要素场的元数据和索引信息,包括文件路径,消息起始偏移量。...例如下面的代码使用 t.load() 将所有场的值加载到内存中,后续在 print() 语句中的数据访问操作就不会读取文件。

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    基于XGBoost的『金融时序』 VS 『合成时序』

    1 准备工作 导入相关库文件: 注意:我们有两个数据集,train_Val.csv是训练和验证数据集以及test.csv数据集。直到第3部分的最后,我才接触到test.csv数据集。...因此,可以对6,000个观测值中的1个进行采样,然后对unnest()进行采样,以获取所选随机资产之一的完整时间序列集,而不是对所有资产时间序列数据进行随机采样(这是完全错误的)。...注意:错误的做法只是将df数据称为Stats,仅包含时间序列特征的数据。这仍然仅引用train_val.csv数据,而不是test.csv数据。 训练数据看起来像:(在计算了时间序列特征之后)。...可以将代码添加到expand.grid函数中。...但是,我们没有将此输出保存到文件,因此无法读取。 根据当时的结果,最佳参数为: ntrees = 95, eta = 0.1, max_depth = 5 为了简单起见,其他参数保留为默认设置。

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    xarray系列|WRF模式前处理和后处理

    ,关于xarray插值方法的介绍官方文档已经给的比较详细了,也有公众号推送过相关文章 xarray指南:插值 基于xarray的气象场站点和格点插值,所以xarray的插值部分就不单独说了。...这里就数据提取、投影转换、插值和可视化几个部分说一下。 由于WRF模式的输出并不完全兼容NetCDF格式的CF标准,所以无法直接利用 xarray 的很多函数。...sta = pd.read_csv('stations.csv') xy = wrf.ll_to_xy(wrfin, sta.lat, sta.lon) var_sta = ds.isel(south_north...温度分布 上述仅提供了单个变量的转换示例。...wrf-python丰富,尤其是一些诊断变量和绘图的功能,但是目前wrf-python还没有提供 xarray 的兼容接口,很难利用其 xarray 很多便利的函数。

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    xarray系列|WRF模式前处理和后处理

    ,关于xarray插值方法的介绍官方文档已经给的比较详细了,也有公众号推送过相关文章 xarray指南:插值 基于xarray的气象场站点和格点插值,所以xarray的插值部分就不单独说了。...这里就数据提取、投影转换、插值和可视化几个部分说一下。 由于WRF模式的输出并不完全兼容NetCDF格式的CF标准,所以无法直接利用 xarray 的很多函数。...sta = pd.read_csv('stations.csv') xy = wrf.ll_to_xy(wrfin, sta.lat, sta.lon) var_sta = ds.isel(south_north...温度分布 上述仅提供了单个变量的转换示例。...wrf-python丰富,尤其是一些诊断变量和绘图的功能,但是目前wrf-python还没有提供 xarray 的兼容接口,很难利用其 xarray 很多便利的函数。

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    这个插件竟打通了Python和Excel,还能自动生成代码!

    它弥补了Excel在数据分析上的几个缺陷: Excel无法做大数据分析(大型数据集处理得不好) Excel运行缓慢 Excel无法轻松创建可重复流程 同时,又比SQL和Python更简单、直观。...在本文中,我们将一起学习: 如何合理设置Mito 如何debug安装错误 使用 Mito 提供的各种功能 该库如何为对数据集所做的所有操作生成 Python 等效代码 安装Mito Mito 是一个 Python...有两个选择: 从当前文件夹添加文件:这将列出当前目录中的所有 CSV 文件,可以从下拉菜单中选择文件。 按文件路径添加文件:这将仅添加该特定文件。...该列将添加到当前选定的列旁边。最初,列名将是一个字母表,列的所有值都为零。 编辑新列的内容 单击新列名称(分配的字母表) 将弹出侧边栏菜单,你可以在其中编辑列的名称。...但如果你导航到“Summary Stats”,则会根据变量的类型显示线图或条形图以及变量的摘要。此摘要更改为文本和没有文本变量。 保存和回放 对数据集所做的所有转换都可以保存并用于其他类似的数据集。

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    国内气象人开发的基于Python的Grads文件解析利器

    xgrads的主要功能是解析Grads文件为xarray对象,可以更好的利用xarray的高维数据分析和可视化功能,加速气象相关的数据处理、分析和可视化。以下是对此库的具体介绍。...网格分析和显示系统(GrADS或OpenGrADS)是一个广泛使用的软件,用于方便访问、操作和可视化地球科学数据。它使用后缀为.ctl的描述符(或控制)文件来描述原始二进制4D数据集。...ctl文件类似于NetCDF文件的头信息,包含了除了变量数据以外的所有维度、属性和变量的信息。 xgrads是为解析和读取GrADS常用的.ctl文件而设计的。目前,它可以解析各种.ctl文件。...但是,只有常用的原始二进制4D数据集可以使用dask读取,并以xarray.Dataset的形式返回,其他类型的二进制数据,如dtype 是 station 或 grib,将来可能会得到支持。...的兼容,利用此工具将grads文件解析为xarray对象可以更好的利用xarray的大量函数,更好的进行数据分析和可视化。

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    近期问题汇总(五)

    如何将地面站的观测数据csv转化为nuding所需要的little_R格式呀? 去github上搜一下,我记得有对应的python脚本,直接little_r 8....使用pycinrad或pycwr读取获得的雷达变量已经是xarray格式,就当普通的数据去索引即可 不知怎么用xarray可查看往期推文如何快速熟悉一个陌生的nc格式数据 10....请问一下wrf中的诊断输出变量pressure(full model pressure)是表示大气总气压(干燥气压加水汽压)吗? no 12....请问各位老师,如何将tif格式遥感数据从unit16转换为float32. 参考往期如何转换tif格式遥感数据的数据类型 13. 哪些是pycwr有而pycinrad没有的呢?...想问一下大家降水的站点数据能在哪里找到 答案是ISD (Integrated Surface Dataset,全球地面观测数据集) 网址是 https://www.ncei.noaa.gov/access

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