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ATAC-seq分析:TSS 信号(7)

我们将从无核小体区域和转录因子(我们较短片段)周围获得信号。 我们一部分信号将来自开放染色质(较长片段核小体周围。 我们所有的数据都来自我们转座酶能够访问开放染色质。 2....TSS 区域 如果我们较短片段代表转录因子和转录机制周围开放区域,我们希望在转录起始位点看到信号。...我们较长片段将代表核小体周围信号,因此信号应该在转录起始位点之外,更多地出现在 +1 和 -1 核小体位置。...我们可以使用 TSS GRange 对象再次执行操作,并更新级别。这意味着 BAM 和 GRanges 会很好地发挥作用。...minFragmentLength 和 maxFragmentLength 参数指定要在我们绘图中使用配对读取最小和最大片段长度

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ATAC-seq分析:TSS 信号(7)

我们将从无核小体区域和转录因子(我们较短片段)周围获得信号。我们一部分信号将来自开放染色质(较长片段核小体周围。我们所有的数据都来自我们转座酶能够访问开放染色质。图片2....TSS 区域如果我们较短片段代表转录因子和转录机制周围开放区域,我们希望在转录起始位点看到信号。...我们较长片段将代表核小体周围信号,因此信号应该在转录起始位点之外,更多地出现在 +1 和 -1 核小体位置。...我们可以使用 TSS GRange 对象再次执行操作,并更新级别。这意味着 BAM 和 GRanges 会很好地发挥作用。...minFragmentLength 和 maxFragmentLength 参数指定要在我们绘图中使用配对读取最小和最大片段长度

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重磅综述|大脑内在神经时间尺度:时间整合与分离

最后,其他研究表明INT活动长度与任务相关活动大小直接相关,表现出较长INT活动区域会诱发更高任务相关变化。在ACW是否也有针对具体任务变化?...多项实证研究强调了INT在塑造认知重要性。这些研究表明,外部刺激短时间片段(即故事单个单词或电影片段)优先在低阶单模态感觉区处理。...相比之下,刺激材料中较长间隔(即故事整个段落或电影较长片段)与高阶跨模态区域活动变化有关。通过这种方式,连续外部输入流(故事或音乐)根据不同输入时长时间结构被隔离和集成。...在这里,时间不同输入导致时间更短神经活动变化。这需要较高时间精度,这是单模态区域较短INT所青睐。 总之,我们认为INT长度调节了神经活动输入处理时间整合和分离平衡。...简单地说,具有较长INT区域有利于时间整合和更持久输入,从而导致更持久神经活动变化。INT较短区域在输入持续时间较短和神经活动变化持续时间较短情况下,平衡倾向于时间隔离。

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从javascript脚本混淆说起

这种操作极端情况有个数极少、个数极多、名称长度普遍较短(41) 、随机名称等特性。通常,单一针对变量混淆都是配合其他形式同时出现,例如: ?...具体含义就是根据变量名称e长度从低到高顺序,通过this 访问当前环境变量,之后拼接完整代码块,使用eval进行动态执行。通过这个规律可轻易写出代码还原工具(但可能适用范围很小 )。...针对变量混淆检测,主要从变量个数 、名称长度分布及名称字符串特征这三个维度去检测。上述例子,很明显发现,这里对代码进行了 变形,代码块切分技术。 2....当然,对函数混淆也是比较多,比如直接作为数组元素 ? 或是返回对象某个元素 ? 总体来讲,函数混淆通常结合对象与数组同时进行。...同函数一样,对象混淆大多数也是与数组一同出现,核心原理是代码切分,这类混淆后代码很明显体现了这个概念 ,尽可能多减少信息聚合,当然这也构成了这类混淆检测特征索引过多但实际内容很少。

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在 Java 如何使用 transient

A:当对象被序列化时(写入字节序列到目标文件)时,transient阻止实例那些用关键字声明变量持久化;当对象被反序列化时(从源文件读取字节序列进行重构),这样实例变量值不会被持久化和恢复。...例如,当反序列化对象——数据流(例如,文件)可能不存在时,原因是你对象存在类型为java.io.InputStream变量,序列化时这些变量引用输入流无法被打开。...事实上,如果变量不是transient的话,当反序列化x.ser内容时,则会抛出java.io.NotSerializableException,原因是InputStream没有实现Serializable...类成员变量和transient Q:类成员变量可以使用transient吗? A:问题答案请看片段2 ? 片段2:序列化和反序列化Foo对象 片段2有点类似片段1。...01 表示这个类变量数量(1) 49 变量类型代码 (0×49, 或I, 表示int) 00 01 表示变量名长度(1) 79 变量名称(y) 78 表示该对象可选数据块末端 70 表示我们已经到达类层次结构顶部

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谷歌升级版Transformer官方解读:更大、更强,解决长文本问题(开源)

参考阅读: Transformer一统江湖:自然语言处理三大特征抽取器比较 然而,在语言建模,Transformers目前使用固定长度上下文来实现,即将一个长文本序列截断为几百个字符固定长度片段...vanillaTransformer模型在训练时具有固定长度上下文 这造成了两个关键限制: 算法无法建模超过固定长度依赖关系。 被分割片段通常不考虑句子边界,导致上下文碎片化,从而导致优化低效。...即使是对于长期依赖性不显著较短序列,这也是特别麻烦。 为了解决这些限制,谷歌提出一个新架构:Transformer-XL,它使自然语言理解超出了固定长度上下文。...此外,与其他相对位置编码方案不同,我们公式使用具有learnable transformations固定嵌入,而不是earnable embeddings,因此在测试时更适用于较长序列。...,但由于固定长度上下文限制,对于建模长期依赖关系并不是最好

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JavaScript性能优化

可以访问到对象就是可达对象(引用、作用域链) 可达标准就是从根出发是否能够被找到 JavaScript根就可以理解为全局变量对象 下面通过代码来看JavaScript引用与可达 如下代码,obj...GC算法 GC 就是垃圾回收机制简写 GC可以找到内存垃圾、并释放和回收空间 GC里垃圾是什么 程序不再需要使用对象 程序不能再访问到对象 什么是GC算法 GC是一种机制,垃圾回收器完成具体工作...如下代码片段,user1 → user3 被nameList引用着 此时引用数不是0 就不会被GC回收掉,在fn()函数如果num1 num2 不被const修饰那么num1 num2 就会挂载到全局上...小空间用于存储新生代对象(64位→32M | 32位→16M) 新生代指的是存活时间较短对象 (什么是存活时间较短对象:当前代码内有一个变量a在局部作用域,变量b在全局作用域,a存活时间是比较短...可以看到内存是有增长也有降低这是因为点击了按钮内存立马就会增长,而内存下降原因是执行了垃圾回收操作内存就会下降,在最上面的信息还可以看到代码执行时间,从而分析出程序出现问题。

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百度前端二面高频面试题合集

同源政策目的主要是为了保证用户信息安全,它只是对 js 脚本一种限制,并不是对浏览器限制,对于一般 img、或者script 脚本请求都不会有跨域限制,这是因为这些操作都不会通过响应结果来进行可能出现安全问题操作...(1)新生代算法新生代对象一般存活时间较短,使用 Scavenge GC 算法。在新生代空间中,内存空间分为两部分,分别为 From 空间和 To 空间。...(2)老生代算法老生代对象一般存活时间较长且数量也多,使用了两个算法,分别是标记清除算法和标记压缩算法。...先来说下什么情况下对象出现在老生代空间中:新生代对象是否已经经历过一次 Scavenge 算法,如果经历过的话,会将对象从新生代空间移到老生代空间中。To 空间对象占比大小超过 25 %。...预处理器普遍会具备这样特性:嵌套代码能力,通过嵌套来反映不同 css 属性之间层级关系 ;支持定义 css 变量;提供计算函数;允许对代码片段进行 extend 和 mixin;支持循环语句使用

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Node.js 有难度面试题,你能答对几个?

新生代对象存活时间较短对象,老生代对象存活时间较长,或常驻内存对象。 ? 新生代 新生代对象主要通过Scavenge算法进行垃圾回收。这是一种采用复制方式实现垃圾回收算法。...应为新生代对象生命周期比较短,就比较适合这个算法。 当一个对象经过多次复制依然存活,它将会被认为是生命周期较长对象。这种新生代中生命周期较长对象随后会被移到老生代。...活对象在新生代只占较小部分,死对象在老生代只占较小部分,这是为什么采用标记清除算法原因。 标记清楚算法问题 主要问题是每一次进行标记清除回收后,内存空间会出现不连续状态 ?...需要注意是,这里举得例子只是简单将引用挂在全局对象上,实际业务情况可能是挂在某个可以从 root 追溯到对象导致。 三、事件监听 Node.js 事件监听也可能出现内存泄漏。...它通过一个函数,把任意长度数据转换为一个长度固定数据串(通常用16进制字符串表示)。算法不可逆。

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Java面试——TCP与HTTP

最大长度为3字节,用于解决一些辅助任务----比如,选择最大段长。选项可以位于TCP头部末端,其长度必须是8倍数。...发送方将消息分割成若干个任意大小数据块,每个数据块在发送时都会附上块长度,最后一个零长度块作为消息结束标志。这种发送允许发送方只缓存一个片段,避免缓存整个片段带来过载。...所以 MSS 并不是 TCP 报文段最大长度,而是MSS=TCP报文段长度-TCP首部长度 【3】以太网 payload 大于 MTU 进行 IP 分片。...在Servlet,通过调用 response对象 SendRedirect()方法,告诉浏览器重定向访问指定URL,示例代码如下: //Servlet处理get请求方法 public void...在Servlet,通过调用 response对象 SendRedirect()方法,告诉浏览器重定向访问指定URL,示例代码如下: //Servlet处理get请求方法 public void

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讲解string size must be a multiple of element size

请仔细检查文档或源代码,确保您正在使用正确数据类型。3. 数据对齐错误还可能与数据对齐有关。在某些情况下,特定函数可能要求数据在内存以指定对齐方式存储。如果未满足要求,就会引发该错误。...在 main() 函数,我们创建了一个示例音频数据 audioData,其长度不是样本数据元素大小倍数。...在实际应用,这个概念通常在处理二进制数据、序列化和网络通信等领域中出现。...让字符串长度是元素大小倍数有以下几个重要原因:内存对齐:许多计算机体系结构和编译器要求数据在内存按特定边界对齐,以提高访问效率。对齐要求意味着数据起始地址必须是数据大小整数倍。...当字符串长度不是元素大小倍数时,可能会导致一些内存操作变得复杂或者效率低下。序列化:在将数据进行序列化(转换为字节流)以便存储或传输时,通常需要确保数据大小是固定

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.NET性能优化-使用RecyclableMemoryStream替代MemoryStream

原作者:INCerry提到MemoryStream大家可能都不陌生,在编写代码或多或少有使用过;比如Json序列化反序列化、导出PDF/Excel/Word、进行图片或者文字处理等场景。...大型池有两个版本:线性(默认):指定一个倍数和最大大小,然后创建一个缓冲区数组,从(1x倍数)、(2x倍数)一直到最大值。指数:缓冲区不是线性增长而是指数增长,每个槽大小将增加一倍。...这取决于您业务场景。如果您缓冲区大小不可预测,那么线性缓冲区可能更合适。如果您知道不可能分配较长长度,但是可能有很多较小尺寸流,那么选择指数版本可能会导致较少总体内存使用。...为了帮助您避免这种情况,每个流都有一个终结器,一旦没有更多对流引用,CLR 将调用该终结器。终结器将引发有关泄漏流事件或记录有关泄漏流消息。...请注意,由于性能原因,缓冲区从来没有预先初始化或归零。您有责任确保它们内容是有效和安全,可以使用缓冲区回收。

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.NET性能优化-使用RecyclableMemoryStream替代MemoryStream

提到MemoryStream大家可能都不陌生,在编写代码或多或少有使用过;比如Json序列化反序列化、导出PDF/Excel/Word、进行图片或者文字处理等场景。...大型池有两个版本: 线性(默认):指定一个倍数和最大大小,然后创建一个缓冲区数组,从(1x倍数)、(2x倍数)一直到最大值。 指数:缓冲区不是线性增长而是指数增长,每个槽大小将增加一倍。...这取决于您业务场景。如果您缓冲区大小不可预测,那么线性缓冲区可能更合适。如果您知道不可能分配较长长度,但是可能有很多较小尺寸流,那么选择指数版本可能会导致较少总体内存使用。...为了帮助您避免这种情况,每个流都有一个终结器,一旦没有更多对流引用,CLR 将调用该终结器。终结器将引发有关泄漏流事件或记录有关泄漏流消息。...请注意,由于性能原因,缓冲区从来没有预先初始化或归零。您有责任确保它们内容是有效和安全,可以使用缓冲区回收。

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关于k-mer与基因组(组装)那些事

在这个过程,我们经常会遇到k-mer这个名词,然而这个抽象名词是什么意思呢?它又有什么用呢?接下来,就随着小编一起去探究这k-mer背后含义吧! k-mer是什么?...所以,无论是序列组装还是SNPcalling,如果不对这些错误进行处理,而是直接用原始reads进行组装,这些错误就会累加到最终序列导致结果不准确性。...在了解了k-mer是什么以及通过去掉低频率k-mer能够使得组装结果更加准确以后,k-mer就没有别的用途了吗?当然不是!要知道,全基因组De Novo组装还是没有那么容易。...由于二代测序测序长度较短以及组装软件算法局限性,对于基因组中有较高杂合度以及重复序列时候,结果往往显得不那么准确,此时就会借助其他方法如三代单分子测序、Hi-C测序等构建高质量基因组序列。...重复峰:如果在x=c处出现主峰,x=2c处有一个次峰,说明有一部分片段出现期望值是大部分2倍,这些片段为重复片段,次峰为重复峰 3. 物种样品污染评估 k-mer还能被用于评估样品是否被污染。

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全长转录组 | PacBio 全长转录组测序时代是否已经来了? Kinnex full-length RNA Kit测评

Kinnex 系列试剂盒基于MAS-Seq(Multiplexed Arrays Sequencing)方法(1),将长度较短扩增子或者DNA片段序列串联连接成较长片段文库,从而有效利用长度长测序优势...在芯片ZMW孔一定和保证准确率前提下,充分利用其15-20kb读长是可行提高通量唯一方法。这对于DNA片段较长文库,能充分利用其长读长。...DNA(cDNA)分子进行CCS测序会产生过多循环,造成大量测序浪费,导致其无法有效地利用三代测序平台测序潜力,所以MAS-Seq(1)应运而生。...三、MAS-Seq技术原理 Kinnex 试剂盒是基于Multiplexed Arrays Sequencing,MAS-Seq方法,将较小DNA片段连接成较长可用于HiFi测序文库。...再将这四个文库混成一个文库,由于BB'、CC'、DD'反向互补,连接生产一个较长片段文库。 目前PacBio官方提供8个KINNEX接头,最大支持八个文库串联。官方建议进行4倍串联。

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讲解Cause: invalid code lengths set

这种编码方式基于符号出现频率统计信息,将出现频率较高符号用较短编码表示,而出现频率较低符号则用较长编码表示。...这个错误通常有以下几个可能原因:数据损坏:在数据传输或者存储过程,数据可能被意外地损坏。这导致了编码表某些编码长度数据被篡改或者丢失,从而导致无法正确解码。...编码表错误:如果在编码表生成过程中出现错误,比如在统计符号频率或者构建频率树时出现错误,会导致编码表编码长度设置错误。...调试和测试:如果以上步骤都没有找到问题,我们可以使用调试和测试工具对代码进行详细分析,以确定错误具体出现地点和原因。...在Huffman树,频率较高符号被赋予较短编码,而频率较低符号则被赋予较长编码。这样,出现频率高符号可以使用较少位数来表示,从而达到数据压缩效果。

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NodeJS有难度面试题(8000字长文)

新生代对象存活时间较短对象,老生代对象存活时间较长,或常驻内存对象。 ? 3.3.1 新生代 新生代对象主要通过Scavenge算法进行垃圾回收。...因为新生代对象生命周期比较短,就比较适合这个算法。 当一个对象经过多次复制依然存活,它将会被认为是生命周期较长对象。这种新生代中生命周期较长对象随后会被移到老生代。...活对象在新生代只占小部分,死对象在老生代只占较小部分,这是为什么采用标记清除算法原因。 3.3.3 标记清楚算法问题 主要问题是每一次进行标记清除回收后,内存空间会出现不连续状态 ?...需要注意是,这里举得例子只是简单将引用挂在全局对象上,实际业务情况可能是挂在某个可以从 root 追溯到对象导致。 三、事件监听 Node.js 事件监听也可能出现内存泄漏。...它通过一个函数,把任意长度数据转换为一个长度固定数据串(通常用16进制字符串表示)。算法不可逆。

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大模型(LLMs)算法工程师相关面试题和参考答案

出现LLMs复读机问题可能有以下几个原因: 数据偏差:大型语言模型通常是通过预训练阶段使用大规模无标签数据进行训练。...缺乏多样性训练数据:虽然大型语言模型可以处理大规模数据,但如果训练数据缺乏多样性语言表达和语境,模型可能无法学习到足够多样性和创造性,导致复读机问题出现。...尽管存在这些挑战,研究人员和工程师们已经在不断努力改进和优化LLMs,以处理更长句子。例如,可以采用分块方式处理长句子,将其分成多个较短片段进行处理。...要让大模型处理更长文本,可以考虑以下几个方法: 分块处理:将长文本分割成较短片段,然后逐个片段输入模型进行处理。这样可以避免长文本对模型内存和计算资源压力。...这样可以减少每个单元长度,提高模型处理长文本能力。 部分生成:如果只需要模型生成文本一部分,而不是整个文本,可以只输入部分文本作为上下文,然后让模型生成所需部分。

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微软最新研究:LONGNET,Transformer序列长度可支持 10亿+ Token

其次,更长上下文包含更复杂因果关系和推理路径,模型可以在训练数据利用这些信息。相反,较短上下文中例外会存在伪相关信息,这不利于模型泛化。...最后,它能够探索上下文学习局限性,这有可能成为many-shot学习范式转变,因为较长上下文有助于模型减轻灾难性遗忘。 「扩大序列长度主要挑战是在计算复杂性和模型表达能力之间取得适当平衡」。...RNN风格模型主要是为了增加长度。然而,它顺序性质限制了训练过程并行化,而这在长序列建模至关重要。最近,状态空间模型对序列建模很有吸引力。...缩放序列长度另一个原因是降低Transformer复杂性,即自注意力二次复杂度。在注意力上实现滑动窗口或卷积模块是使复杂性接近线性直接方法。...具体而言,算法首先将输入序列沿着序列维度进行切分,每个序列片段被分配到不同设备上进行计算。然后,每个设备将序列片段投影为查询、键和值,并使用本地计算得到局部注意力权重。

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