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    剔除了两个样品前后的差异分析结果没什么区别?

    实验结果显示,有85个基因在直发和卷发毛囊中表达有显著差异,其中68个基因在极卷发毛囊中表达更高,而17个基因在直发毛囊中表达更高。...我对这个数据集进行了视频演示: 如下所示: 质量控制和差异分析 很明显的可以看到确实是有两个样品分组可能是有误,或者说是两个离群点。...,其实剔除了两个样品前后的差异分析结果没什么区别了,算是"不幸中的万幸"?...可以问问人工智能大模型 :为什么剔除离群的两个样品不影响大局呢? 我们做一个两分组的表达量矩阵差异分析,然后发现其中一个组里面的2个样品可能被标记错误,然后我们剔除了这两个样品之后,再一次做差异分析。...在进行两分组的表达量矩阵差异分析时,如果发现其中一个组的两个样品可能被标记错误,并在剔除这两个样品后再次进行差异分析,比较这两次分析结果的一致性,可以采取以下步骤: 数据准备与分析:首先,确保剔除错误标记样品后的数据集准备好

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    没有单细胞的年代如何研究两个细胞亚群的差异呢

    但是目前呢,学界对CAFs的来源本来就是并不那么清晰,理论上不可能存的单一的标记基因来区分出来CAFs。...acc=GSE22874 包括了两个表达量芯片数据集: GSE22862 [expression profiling_CAFs] GSE22863 [expression profiling_NSCLC...stroma] 每个数据集都是30个样品,这里面的分析可以有很多种花样,但是我看了看文献里面的差异基因的热图,有点像是强行找差异。...看起来是强行找差异 学徒作业 差异分析相信大家都不陌生了,基本上看我六年前的表达芯片的公共数据库挖掘系列推文即可; 解读GEO数据存放规律及下载,一文就够 解读SRA数据库规律一文就够 从GEO数据库下载得到表达矩阵...一文就够 GSEA分析一文就够(单机版+R语言版) 根据分组信息做差异分析- 这个一文不够的 差异分析得到的结果注释一文就够 首先你需要完成前面提到的GSE22874 里面的2个表达量芯片数据集各自的差异分析

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    python比较两个文件的差异

    使用python脚本比较两个文件的差异内容并输出到html文档中,可以通过浏览器打开查看。... 和 numlines,可选参数,context 为True时,只显示差异的上下文,为false,显示全文,numlines默认为5, 当context为True时,控制展示上下文的行数,当context...为false时,控制不同差异的高亮之间移动时“next”的开始位置 3.使用argparse传入两个需要对比的文件 """ import difflib import argparse import sys...readfile(filename1)     text2_lines = readfile(filename2)     d = difflib.HtmlDiff()     # context=True时只显示差异的上下文...,默认显示5行,由numlines参数控制,context=False显示全文,差异部分颜色高亮,默认为显示全文     result = d.make_file(text1_lines, text2_

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    python比较两个excel表格的差异

    一个同事有两个excel表格要比较差异, 找了一下有相关软件,如: beyond compare, excel compare 但这两个似乎都是直接排序再比较的....这个脚本先读入要比较的文件中的表. 读的时候 ,如果没有空行就把它和它前面的加一起,直到有空行. 这样比较的话, 不能得到具体那一行有差异, 只有一个大概的位置. 如果表格中间空行越少,越精确....        except:           tmp2 = tmp2 + str(i)+ ","       tmp_table = tmp_table + tmp2 + "\n"  #把多行的内容放一起...):   f = open(filename, 'w')   f.write(excel_diff)   f.close() def diff_content(table1,table2): #检查两个表差异...    else:       diff_tmp.append(i)   return list(set(diff_tmp))   def get_rows(diff, all_data): #获取差异位置

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    PCA都分不开的两个组强行找差异是为何

    我在生信技能树的教程:《你确定你的差异基因找对了吗?》..., 提到过,必须要对你的转录水平的全局表达矩阵做好质量控制,最好是看到标准3张图: 左边的热图,说明我们实验的两个分组,normal和npc的很多基因表达量是有明显差异的 中间的PCA图,说明我们的normal...和npc两个分组非常明显的差异 右边的层次聚类也是如此,说明我们的normal和npc两个分组非常明显的差异 如果分组在3张图里面体现不出来,实际上后续差异分析是有风险的。...我前面提到过很多次,这样的混杂,其实对你差异分析的结果具有干扰,会影响我们对差异分析结果的生物学解释。...但是很多文章就喜欢取巧,针对性看top200的差异基因那么两个分组还是可以比较明显,如下: ? 针对显著的差异进行进行热图可视化 火山图看起来也会是很正常: ?

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    使用Python快速对比两个Excel表格之间的差异

    主要介绍如何通过DeepDiff实现两个Excel文件数据的快速对比。 对于日常办公中需要处理数据的同学来说,有时候需要对比两个Excel表格(或者是数据库)的数据是否完全相同。...对于简单少量的数据,我们当然可以人工肉眼对比,但是如果数据量一大,那么最好还是借助工具实现。 这篇文章主要通过使用DeepDiff库,介绍了一种简单地对比两个Excel文件是否完全相同的方法。...首先,我们直接对两个不一样的DataFrame进行对比: 对比结果为{},这在DeepDiff中是表示没有差异的意思,但是,这个结果显然不符合实际,因为我们的data1跟data3其实是完全不一样的才对...可以看到,转成字典之后我们成功地对data1和data2进行比较,并给出了正确的结果: 为了验证,我们再拿data1和data3进行比较: 很明显,这两个对象是有区别的,没有任何问题。...接下来进入我们的重头戏,对比data3和data4,为了对比这两个对象,我们可以先把数据转成列表,然后再设置DeepDiff中的ignore_order参数忽略字典元素的顺序: 可以看到,结果非常简单完美地实现了我们的对比需求

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