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    Bioinformatics | BERT4Bitter:改进苦味肽预测的基于Transformer(BERT)模型的双向编码器

    今天给大家介绍的是玛希多大学数据挖掘和生物医学信息学中心发表在Bioinformatics上的文章“BERT4Bitter: a bidirectional encoder representations from transformers (BERT)-based model for improving the prediction of bitter peptides”众所周知,许多药物固有地具有苦味,并且强烈的努力旨在淡化苦味以改善味道,从而改善药物摄入的依从性,因此,开发用于预测肽苦味的快速和准确的鉴定工具是药物开发和营养研究中的重要组成部分。目前只有一种计算方法,即iBitter-SCM,交互验证和独立测试集的准确率分别为0.871和0.844。虽然iBitter-SCM产生了相当高的预测精度,但它的整体预测性能仍有改进的空间,因此非常希望开发一种新的基于机器学习的预测器。本研究提出BERT苦味方法作为第一个基于Transformer(BERT)的预测苦味肽的双向编码器表示。在本研究中,每个肽序列被视为基于自然语言处理技术的句子,其中20个氨基酸中的每一个都被视为单词DSDFF自动生成特征描述符,而不需要特征编码的系统设计和选择。

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    我的R语言小白之梯度上升和逐步回归的结合使用

    我的R语言小白之梯度上升和逐步回归的结合使用 今天是圣诞节,祝你圣诞节快乐啦,虽然我没有过圣诞节的习惯,昨天平安夜,也是看朋友圈才知道,原来是平安夜了,但是我昨晚跟铭仔两个人都不知道是平安夜跑去健身房玩了,给你们看下我两的练了一段时间的肌肉。 📷 📷 好了不显摆了,进入我们今天的主题通常在用sas拟合逻辑回归模型的时候,我们会使用逐步回归,最优得分统计模型的等方法去拟合模型。而在接触机器学习算法用R和python实践之后,我们会了解到梯度上升算法,和梯度下降算法。其实本质上模型在拟合的时候用的就是最大似然估

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