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    单细胞最好教程(四):降维

    上周教程中,我们讲解了使用omicverse进行单细胞测序数据预处理一些思想。...统一流形逼近和投影(UMAP)显示出最高稳定性,并且最好地分离了原始细胞群体。在这种情况下,值得一提另一种降维方法是主成分分析(PCA),它仍然被广泛使用。...,这三幅图即是单细胞质控所用到基本三幅图,此外,对于特定任务,我们还会衡量细胞周期基因,详细计算可参考scanpy中教程。...思考 为了加深你对本章理解,我们提出了以下思考题,如有兴趣作答者,可将答案发送至邮箱starlitnightly@163.com,邮件标题为姓名/昵称-单细胞最好教程(四)思考题 tsne与umap哪一个算法更好...往期回顾 单细胞最好教程(三):特征基因选择 单细胞最好教程(二):归一化 Python 单细胞分析教程(一):质量控制 Seurat对象内部结构 胎儿视网膜和干细胞来源视网膜类器官scATAC-seq

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    Apache配置详解(最好APACHE配置教程)

    主站点配置(基本配置) (1) 基本配置: ServerRoot "/mnt/software/apache2" #你apache软件安装位置。...直到内存中空闲进程达到MaxSpareServers。该模式是为了兼容一些旧版本程序。我缺省编译时选项。...%u --由HTTP认证系统得到访问该网页客户名。有认证时才有效,输出中符号 "-" 表示此处信息无效。 %t --服务器完成对请求处理时时间。..."%r" --引号中是客户发出包含了许多有用信息请求内容。 %>s --这个是服务器返回给客户端状态码。 %b --最后这项是返回给客户端不包括响应头字节数。...签发证书问题:如果使用是商业证书,具体签署方法请查看相关销售商说明;如果是知己签发证书,可以使用openssl自带CA.sh脚本工具。

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    单细胞最好教程(二):归一化

    背景 在前面的教程中,我们从数据集中删除了低质量细胞,包括计数较差以及双细胞,并将数据存放在 anndata文件中。...这些步骤会影响同一种细胞细胞间测序计数深度变异性,故单细胞测序数据中细胞间差异可能会包含了这部分测序误差,等价于计数矩阵中包含了变化很大方差项。...“归一化”预处理步骤旨在通过将“UMI方差”缩放到指定范围,来调整数据集中原始UMI计数以实现模型建模。而在真实单细胞分析中,有不同归一化方法以解决不同分析问题。...我们首先导入我们所需要Python包,以及上一个教程分析所得到anndata文件。...一键式归一化 我们在omicverse中提供了预处理函数pp.preprocess,该方法可直接计算移位对数或皮尔森残差,方法内同时包括了基于移位对数/皮尔森残差高可变基因选择方法,高可变基因会在下一节教程中进行讲解

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    史上最好思维导图中文教程

    思维导图是由世界著名英国学者东尼•博赞发明。思维导图又叫心智图,是把我们大脑中想法用彩色笔画在纸上。它把传统语言智能、数字智能和创造智能结合起来,是表达发散性思维有效图形思维工具。...思维导图是一种革命性学习工具,它核心思想就是把形象思维与抽象思维很好地结合起来,让你左右脑同时运作,将你思维痕迹在纸上用图画和线条形成发散性结构,极大地提髙你智力技能和智慧水准。...颜色可以将一长串枯燥无味信息变成丰富多彩、便于记忆、有高度组织性图画,接近于大脑平时处理事物方式。 “思维导图”绘制工具如下: 一张白纸; 彩色水笔和铅笔数支; 你大脑, 你想象!...思维导图体现层次感很分明,最靠近中间线会越粗,越往外延伸线会越细,字体也是越靠近中心图最大,越往后面的就越小。...10、线与线之间相联 思维导图线段之间是互相连接起来,线条上关键词之间也是互相隶属、互相说明关系,而且线走向一定要比较平行。

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    单细胞测序最好教程(五):聚类

    我们前面四次教程,已经完成单细胞数据预处理了,包括质控,归一化,高可变基因筛选,降维。现在,我们就要开始单细胞测序正式分析了,细胞类型注释等,在开始介绍细胞类型注释前,我们先来了解一下聚类。...细胞结构 我们一般认为不同种类细胞具有不通细胞结构,我们可以将相似的细胞聚类到一起,进而寻找相似的细胞中共同特征,如:共同表达基因,细胞基因分布。...我们基于细胞共同特征,为细胞赋予不同身份。寻找相似的细胞结构过程被称为“聚类”。 聚类 字面含义:聚集为同一种类。这是机器学习中一个常见问题。...正如我们所看到,分辨率严重影响我们聚类粗细程度。更高分辨率参数会导致更多社区,即更多识别出聚类,而更低分辨率参数会导致更少社区。...思考 为了加深你对本章理解,我们提出了以下思考题,如有兴趣作答者,可将答案发送至邮箱starlitnightly@163.com,邮件标题为姓名/昵称-单细胞测序最好教程(五)思考题 我们为什么要计算

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    单细胞最好教程(三):特征基因选择

    前言提到,在过去两天教程中,我们讲解了使用omicverse进行单细胞测序数据质控以及归一化一些思想。...关于omicverse使用文档与安装教程可以参考我们【readthedocs】 就是,本系列教程是我带本科生所用到,所以概念会尽可能地通俗,详细,但对于急于求成的人,可能不是一个很好教程。...基于基因离散度方法寻找高变基因有两个途径: 指定目的高变基因数 指定离散度,平均值过滤高变基因 在这里,我们分别尝试两种不同方法,首先是基于指定高变基因数方法: 2.1 指定高可变基因数 由于是教程演示...思考 为了加深你对本章理解,我们提出了以下思考题,如有兴趣作答者,可将答案发送至邮箱starlitnightly@163.com,邮件标题为姓名/昵称-单细胞最好教程(三)思考题 我们为什么要选择高可变基因...往期回顾 单细胞最好教程(二):归一化 Python 单细胞分析教程(一):质量控制 Seurat对象内部结构 胎儿视网膜和干细胞来源视网膜类器官scATAC-seq发现细胞命运改变过程中染色质变化

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    单细胞测序最好教程(五):聚类

    我们前面四次教程,已经完成单细胞数据预处理了,包括质控,归一化,高可变基因筛选,降维。现在,我们就要开始单细胞测序正式分析了,细胞类型注释等,在开始介绍细胞类型注释前,我们先来了解一下聚类。...细胞结构 我们一般认为不同种类细胞具有不通细胞结构,我们可以将相似的细胞聚类到一起,进而寻找相似的细胞中共同特征,如:共同表达基因,细胞基因分布。...正如我们所看到,分辨率严重影响我们聚类粗细程度。更高分辨率参数会导致更多社区,即更多识别出聚类,而更低分辨率参数会导致更少社区。...思考 为了加深你对本章理解,我们提出了以下思考题,如有兴趣作答者,可将答案发送至邮箱starlitnightly@163.com,邮件标题为姓名/昵称-单细胞测序最好教程(五)思考题 我们为什么要计算...往期回顾 单细胞分析工具||ShinyCell交互式展示单细胞数据 单细胞最好教程(四):降维 单细胞最好教程(三):特征基因选择 单细胞最好教程(二):归一化 Python 单细胞分析教程

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    单细胞最好教程(二):归一化

    背景 在前面的教程中,我们从数据集中删除了低质量细胞,包括计数较差以及双细胞,并将数据存放在 anndata文件中。...我们首先导入我们所需要Python包,以及上一个教程分析所得到anndata文件。...一键式归一化 我们在omicverse中提供了预处理函数pp.preprocess,该方法可直接计算移位对数或皮尔森残差,方法内同时包括了基于移位对数/皮尔森残差高可变基因选择方法,高可变基因会在下一节教程中进行讲解...思考 为了加深你对本章理解,我们提出了以下思考题,如有兴趣作答者,可将答案发送至邮箱starlitnightly@163.com,邮件标题为姓名/昵称-单细胞最好教程(二)思考题 我们在进行移位对数分析时候...,在一些教程中设定为1,000,000,我们虽然对这个值意义进行了简单介绍,但你认为不同值背后含义是什么?

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    这是我见过最好NumPy图解教程

    在本文中,将介绍NumPy主要用法,以及它如何呈现不同类型数据(表格,图像,文本等),这些经Numpy处理后数据将成为机器学习模型输入。...许多情况下,我们希望进行数组和单个数值操作(也称作向量和标量之间操作)。比如:如果数组表示是以英里为单位距离,我们目标是将其转换为公里数。可以简单写作data * 1.6: ?...不仅可以聚合矩阵中所有值,还可以使用axis参数指定行和列聚合: ? 矩阵转置和重构 处理矩阵时经常需要对矩阵进行转置操作,常见情况如计算两个矩阵点积。...NumPy数组属性T可用于获取矩阵转置。 ? 在较为复杂用例中,你可能会发现自己需要改变某个矩阵维度。...尽管生而为奴,诗人安塔拉(Antarah)英勇和语言能力使他获得了自由和神话般地位,他诗是伊斯兰教以前阿拉伯半岛《悬诗》七首诗之一。

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    这是我见过最好NumPy图解教程

    在本文中,将介绍NumPy主要用法,以及它如何呈现不同类型数据(表格,图像,文本等),这些经Numpy处理后数据将成为机器学习模型输入。...许多情况下,我们希望进行数组和单个数值操作(也称作向量和标量之间操作)。比如:如果数组表示是以英里为单位距离,我们目标是将其转换为公里数。可以简单写作data * 1.6: ?...不仅可以聚合矩阵中所有值,还可以使用axis参数指定行和列聚合: ? 矩阵转置和重构 处理矩阵时经常需要对矩阵进行转置操作,常见情况如计算两个矩阵点积。...NumPy数组属性T可用于获取矩阵转置。 ? 在较为复杂用例中,你可能会发现自己需要改变某个矩阵维度。...尽管生而为奴,诗人安塔拉(Antarah)英勇和语言能力使他获得了自由和神话般地位,他诗是伊斯兰教以前阿拉伯半岛《悬诗》七首诗之一。

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    单细胞最好教程(三):特征基因选择

    前言提到,在过去两天教程中,我们讲解了使用omicverse进行单细胞测序数据质控以及归一化一些思想。...关于omicverse使用文档与安装教程可以参考我们【readthedocs】(https://omicverse.readthedocs.io/)....就是,本系列教程是我带本科生所用到,所以概念会尽可能地通俗,详细,但对于急于求成的人,可能不是一个很好教程。 1....基于基因离散度方法寻找高变基因有两个途径: 指定目的高变基因数 指定离散度,平均值过滤高变基因 在这里,我们分别尝试两种不同方法,首先是基于指定高变基因数方法: 2.1 指定高可变基因数 由于是教程演示...,我们发现三种不同方法所找到高可变基因(HVGs)仅有656个是相同,这意味着不同方法所寻找到高可变基因可能会影响你下游分析误差。

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    Java最好用软件——idea安装教程

    1.首先打开idea安装包,双击安装kdocs.cn/l/cpgRzIp3S9Uv图片2.可默认安装路径,也可新建一个,我这里是新建,然后提取安装。图片图片图片图片3。...根据系统选择相应安装选项,博主是64位图片4.安装好后打开idea图片Idea在初次运行时候会让你选择是否导入设置,如图图片 初次使用或没有保存设置大多需要重新设置使用默认设置,如果想偷懒可以右下角跳过设置图片关键来了...:图片这个码咱没有,在安装包里找到下面这个文件,然后桌面右击idea打开文件所在位置,复制进去图片 右击我们复制进去文件——安全,复制文件所在目录图片 以记事本方式打开idea64.exe.vmoptions...,把复制文件目录粘贴进去,以文件方式保存并确定图片图片最后一步!...打开idea,点击第二个小圆点,把idea安装目录中sn文件拉进去图片

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    史上讲解最好 Docker 教程,从入门到精通(建议收藏教程

    docker不是一个值得投入领域,它解决问题是Unix系统最初设计一个疏忽。从一个不会用docker小白,自己一步一步摸索,中间也踩过许多坑。但任然,坚持从哪里跌倒就从哪里爬起来。...您使用是一台笔记本电脑,而且您开发环境具有特定配置。其他开发人员身处环境配置可能稍有不同。您正在开发应用依赖于您当前配置,还要依赖于某些特定文件。...与此同时,您企业还拥有标准化测试和生产环境,且具有自身配置和一系列支持文件。您希望尽可能多在本地模拟这些环境,而不产生重新创建服务器环境开销。...如果不同层中有一个相同路径文件,比如 /a,上层 /a 会覆盖下层 /a,也就是说用户只能访问到上层中文件 /a。在容器层中,用户看到是一个叠加之后文件系统。...不要将数据存放在容器内 14.2 关于Docker容器监控 容器基本信息 包括容器数量、ID、名称、镜像、启动命令、端口等信息 容器运行状态 统计各状态容器数量,包括运行中、暂停、停止及异常退出

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    单细胞测序最好教程(六):细胞类型注释

    作者按 本教程将是本系列教程中最重要一章,我们后续所有的单细胞分析,都要基于准确细胞类型注释。...本系列教程首发于“[单细胞最好中文教程](single_cell_tutorial Readthedocs[1])”,未经授权许可,禁止转载。...得益于技术发展,我们可以一次测得很多细胞RNA-seq数据,我们获得每一个细胞身份过程被称为“细胞类型注释”。...加载数据 我们从一个稍微复杂数据开始注释,虽然说简单数据注释流程与复杂是一样,但是太过简单数据会使得我们无法理解细胞亚群含义。我们选择前面降维完成后的人类骨髓数据进行注释。...为了加深你对本章理解,我们提出了以下思考题,如有兴趣作答者,可将答案发送至邮箱starlitnightly@163.com,邮件标题为姓名/昵称-单细胞最好教程(六)思考题 基于marker字典注释

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    单细胞测序最好教程(六):细胞类型注释

    作者按 本教程将是本系列教程中最重要一章,我们后续所有的单细胞分析,都要基于准确细胞类型注释。...本系列教程首发于“[单细胞最好中文教程](single_cell_tutorial Readthedocs[1])”,未经授权许可,禁止转载。...为了加深你对本章理解,我们提出了以下思考题,如有兴趣作答者,可将答案发送至邮箱starlitnightly@163.com,邮件标题为姓名/昵称-单细胞最好教程(六)思考题 基于marker字典注释...doi/abs/10.1002/eji.202249797 [22] TOX: https://www.nature.com/articles/s41586-019-1325-x 往期回顾 单细胞测序最好教程...(五):聚类 单细胞最好教程(四):降维 单细胞最好教程(三):特征基因选择 单细胞最好教程(二):归一化 Seurat对象内部结构 Bulk和scRNA-seq综合分析揭示与心力衰竭相关细胞类型

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    docker入门终极指南,这是我见过最好教程

    · 高资源利用率:容器提供进程级隔离,因此可以更加精细地设置 CPU 和内存使用率,进而更好地利用服务器计算资源。...然后将打包应用程序和关联文件复制到 Namespace 内文件系统中,此时环境配置就完成了。之后 Docker 会执行我们预先指定命令,运行应用程序。...新建 Dockerfile cd docker-demo && touch Dockerfile 此时项目目录如下: . ├── Dockerfile ├── README.md ├── babel.config.js...ADD 示例: ADD *.js /app 添加 js 文件到容器中 app 目录下 COPY 功能和 DAD 一样,只是复制,不会解压或者下载文件 CMD...指定容器中多个需要被挂载目录,会把这些目录映射到宿主机多个随机目录上,实现数据持久化和同步 VOLUME /var/data var/log 指定容器中 var/log 目录挂载到宿主机上

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    或许这是目前为止最好 Git 教程

    Learning Git Branching 可以说是目前为止最好 Git 教程了,在沙盒里你能执行相应命令,还能看到每个命令执行情况;通过一系列刺激关卡挑战,逐步深入学习 Git 强大功能...,在这个过程中你可能还会发现一些有意思事情。...我们可以: undo:撤销上一条命令效果 reset:重置以从头开始(也可以在关卡中使用) git clone 模拟远程仓库!...关卡 输入levels 命令可以以查看可用课程/挑战,每个关卡系列旨在教授一些高级 git 概念,关卡每个选项卡将主要信息世界分开(例如远程存储库与本地)。...为了增加一些乐趣,有一个git Golf概念,我们会在其中跟踪你用于解决每个关卡命令数量。看看你能不能匹配我们所有的记录! ? 每次进入一个关卡后都会有当前关卡帮助信息: ?

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    puppeteer爬虫教程_python爬虫入门最好书籍

    原文: A Guide to Automating & Scraping the Web with JavaScript (Chrome + Puppeteer + Node JS) 译者: Fundebug...我们编写代码将会把你要访问网页截屏并保存为png文件。 首先,创建一个test.js文件,并编写如下代码。...第9行: 将浏览器关闭 await browser.close(); 执行实例 使用Node执行: node test.js 下面截取图片google.png : 现在我们来使用non-headless...在当前目录下,我们创建一个scrape.js文件,输入如下代码: const puppeteer = require('puppeteer'); let scrape = async () => {...});   运行node scrape.js即可返回数据 { title: 'A Light in the Attic', price: '£51.77' } 例3:进一步优化 从主页获取所有书籍标题和价格

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