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如何使用pythonSciPy包处理稀疏矩阵

为什么我们不能只使用Numpy数组或panda数据流呢? 要理解这一点,我们必须理解计算两个主要约束——时间和内存。前者就是我们所知道“程序运行所需时间”,而后者是“程序使用了多少内存”。...空间复杂度 当处理稀疏矩阵时,将它们存储为一个完整矩阵(从这里开始称为密集矩阵)是非常低效。这是因为一个完整数组为每个条目占用一块内存,所以一个n x m数组需要n x m块内存。...为了有效地表示稀疏矩阵,CSR使用三个numpy数组来存储一些相关信息,包括: data(数据):非零,这些是存储在稀疏矩阵非零 indices(索引):列索引数组,从第一行(从左到右)开始...用数据创建一个稀疏矩阵 # method 1 # format: csr_matrix((data, (row_ind, col_ind)), [shape=(M, N)]) # where a[...), [shape=(M, N)]) # column indices for row i: indices[indptr[i]:indptr[i+1]] # data values: data[indptr

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稀疏矩阵压缩sparse.csr_matrix函数与sparse.csc_matric详解

其中:indptr参数,0表示默认起始点,0之后有几个数字就表示有几行 data 表示 元数据 显然为1, 2, 3, 4, 5, 6 shape 表示 矩阵形状 为 3 * 3 indices...而各个数据在哪一行就要通过indptr参数得到 indptr 表示每行数据个数:[0 2 3 6]表示从第0行开始数据个数,0表示默认起始点,0之后有几个数字就表示有几行,第一个数字2表示第一行有...非0数据行是indices[indptr[i]:indptr[i+1]] 数据是data[indptr[i]:indptr[i+1]] # 在本例,共有三列 # 第0列,有非0元素数据行(0列索引下行...第2行是6 coo_matrix 这个就更容易了,给我一分钟。...直接上例子如下:即n行,m列存了data[i],其余位置皆为0. >>> from scipy.sparse import coo_matrix >>> coo_matrix((3, 4), dtype

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盘一盘 Python 特别篇 20 - SciPy 稀疏矩阵

indices 存储每行数据列号,与属性 data 元素一一对应 indptr 存储每行数据元素起始位置 如下图所示: 第 1 行:indptr 0-2 指 indices[0:2] 即...即 2,3 和 4,分别又指第 2,3 和 4 列,对应数据 7,1 和 2 第 6 行:indptr 6-6 指 indices[6:6] 为空,无数据 第 7 行:indptr 6-7 指...,同样由三个一维数组 indptr, indices, data 组成, indices 存储每列数据行号,与属性 data 元素一一对应 indptr 存储每列数据元素起始位置 如下图所示:...第 0 列:indptr 0-1 指 indices[0:1] 即 0,分别又指第 0 行,对应数据 8 第 1 列:indptr 1-1 指 indices[1:1] 为空,无数据 第 2...] 即 4 和 6,分别又指第 4 和 6 行,对应数据 1 和 9 第 4 列:indptr 6-7 指 indices[6:7] 即 4,分别又指第 4 行,对应数据 2 规律:indptr

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稀疏矩阵压缩sparse.csr_matrix函数与sparse.csc_matric详解

其中:indptr参数,0表示默认起始点,0之后有几个数字就表示有几行 data 表示 元数据 显然为1, 2, 3, 4, 5, 6 shape 表示 矩阵形状 为 3 * 3 indices...而各个数据在哪一行就要通过indptr参数得到 indptr 表示每行数据个数:[0 2 3 6]表示从第0行开始数据个数,0表示默认起始点,0之后有几个数字就表示有几行,第一个数字2表示第一行有...非0数据行是indices[indptr[i]:indptr[i+1]] 数据是data[indptr[i]:indptr[i+1]] # 在本例,共有三列 # 第0列,有非0元素数据行(0列索引下行...第2行是6 coo_matrix 这个就更容易了,给我一分钟。...直接上例子如下:即n行,m列存了data[i],其余位置皆为0. >>> from scipy.sparse import coo_matrix >>> coo_matrix((3, 4), dtype

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推荐 | 微软SAR近邻协同过滤算法拆解(二)

推荐 | 微软SAR近邻协同过滤算法解析(一)前面这篇介绍了整个SAR算法,算法本身比较容易理解。本篇主要对一下里面有趣小函数。...其第五种初始化方式这是直接体现csr_matrix存储特征:csr_matrix((data, indices, indptr), [shape=(M, N)]),意思是,矩阵第i行非零元素列号为...indices[indptr[i]:indptr[i+1]],相应为data[indptr[i]:indptr[i+1]] >>> import numpy as np >>> from scipy.sparse...indptr csr_matrix各行起始,length(csr_object.indptr) == csr_object.shape[0] + 1 has_sorted_indices...举个简单例子,三个用户在测试集中商品个数分别是10,12,8,模型得到top-10推荐列表,分别有6个,5个,4个在测试集中,那么此时HR是 (6+5+4)/(10+12+8) = 0.5

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python高级数组之稀疏矩阵

一维数组indptr(行偏移量):包含了证书使得indptr[i]是data中元素索引,它是行i第一个非零元素。...如果整个行i为零,则indptr[i]==indptr[i+1] 如初始矩阵有m行,则len(indptr)==m+1 一维数组Indices(列号:): 其使用如下方式包含列索引信息:indices[..., 2, 3, 4, 5, 6]) A=csr_matrix((data, indices, indptr), shape=(3, 3)).toarray() #生成CSR格式矩阵 print(A)    ...#运行结果: [[1 0 2]  [0 0 3]  [4 5 6]]      解析:第i行列索引存储在indices[indptr[i]:indptr[i+1]],对应为data[indptr...链表稀疏格式在列表数据以行方式存储非零元素, 列表data: data[k]是行k非零元素列表。如果该行所有元素都为0,则它包含一个空列表。

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细胞细胞生态位相互作用产生了生物学意义协变量结构

结果2、The ENVI algorithm(算法东西很多我也不是很懂,喜欢数学奈何大学四年浪费在生物医学上了,全给荒废了)ENVI采用条件变分自编码器来推断scRNA-seq数据空间背景,并通过将这两种模式映射到一个共同嵌入来推算空间数据缺失基因...这种方法可以使用有限空间分析数据来为单细胞图谱数百万个细胞赋予空间背景。COVET表示邻近细胞之间基因covariation;因此,除了推断邻居细胞类型外,还可以推断它们基因表达。...= 0] ** (-alpha) mat = scipy.sparse.csr_matrix((D, (range(N), range(N))), shape=[N, N])...= 0] T = scipy.sparse.csr_matrix((D, (range(N), range(N))), shape=[N, N]).dot(kernel) # Eigen value...= data.shape[0] W = scipy.sparse.csr_matrix((np.exp(-dists), (x, y)), shape=[N, N]) # Diffusion

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张量 Tensor学习总结

张量在坐标变换时也会按照某些规则作线性变换,是一种特殊数据结构,在MindSpore网络运算起着重要作用。...Tensor与NumPy互相转换 稀疏张量 稀疏张量是一种特殊类型张量,其中大部分元素为零。在一些应用场景,如推荐系统、分子动力学、图神经网络等,数据特征往往是稀疏。...CSRTensor CSR稀疏张量格式以values、indptr和indices存储非零元素和位置,具有高效存储与计算优势。...其中,indptr表示每一行非零元素在values起始位置和终止位置,indices表示非零元素在列位置,values表示非零元素shape表示稀疏张量形状。...COOTensor COO(Coordinate Format)稀疏张量格式用于表示在给定索引上非零元素集合,包括indices(非零元素下标)、values(非零元素)和shape(稀疏张量形状

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稀疏矩阵概念介绍

这就引出了一个简单问题: 我们可以在常规机器学习任务只存储非零来压缩矩阵大小? 简单答案是:是的,可以! 我们可以轻松地将高维稀疏矩阵转换为压缩稀疏行矩阵(简称 CSR 矩阵)。...= sparse.csr_matrix(m) 虽然我们原始矩阵将数据存储在二维数组,但转换后 CSR 矩阵将它们存储在 3 个一维数组。...数组 Value array:顾名思义,它将所有非零元素存储在原始矩阵。数组长度等于原始矩阵中非零条目的数量。在这个示例,有 7 个非零元素。因此数组长度为 7。...最后一个元素表示原始数组中非零元素数量。长度为 m + 1;其中 m 定义为原始矩阵行数。...所以可以理解为将这些数据转换为稀疏矩阵是值得,因为能够节省很多存储。 那么如何判断数据稀疏程度呢?使用NumPy可以计算稀疏度。

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稀疏矩阵概念介绍

这就引出了一个简单问题: 我们可以在常规机器学习任务只存储非零来压缩矩阵大小? 简单答案是:是的,可以! 我们可以轻松地将高维稀疏矩阵转换为压缩稀疏行矩阵(简称 CSR 矩阵)。...= sparse.csr_matrix(m) 虽然我们原始矩阵将数据存储在二维数组,但转换后 CSR 矩阵将它们存储在 3 个一维数组。...数组 Value array:顾名思义,它将所有非零元素存储在原始矩阵。数组长度等于原始矩阵中非零条目的数量。在这个示例,有 7 个非零元素。因此数组长度为 7。...最后一个元素表示原始数组中非零元素数量。长度为 m + 1;其中 m 定义为原始矩阵行数。...第四个3:表示第4行起始,因为第3行没有非0,所以非0总数还是3 第五个4:没有第5行,所以可以认为这个是整个矩阵中所有非0总数 绘制样本数据 同样我们也可以对稀疏矩阵进行可视化 import

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文本特征提取Bag of words(词袋)tfidfcsr_matrix

)) print('词汇表为:\n', count_vec.vocabulary_) 输出为: (0, 1) 1 # 这里=>0代表第一个文档,也就是我们语料中第一句话,1地表词汇索引,在这里是壮观...scipy.sparse.csr.csr_matrix'> 词汇表为: {'北京': 0, '天安门': 2, '壮观': 1, '经常': 5, '广场': 3, '拍照': 4} tfidf 计算文档每个词...= count_data.toarray() print(count_array, count_array.shape, type(count_data)) print('词汇表为:\n', tfidf_vecc.vocabulary...toarray()这个方法,count_data 为什么可以通过这个方法可以转化成那个样子,后来查了一下资料: 下面是一个关于csr_matrix实例: import numpy as np from...) # 非零个数 print(b.nnz) # 非零 print(b.data) # 稀疏矩阵非0元素对应列索引所组成数组 print(b.indices) # 第一个元素0,之后每个元素表示稀疏矩阵每行元素

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推荐系统遇上深度学习(一)--FM模型理论和实践

由此可见,数据稀疏性,是我们在实际应用场景面临一个非常常见挑战与问题。 one-hot编码带来另一个问题是特征空间变大。...在多项式模型,特征xi与xj组合用xixj表示。为了简单起见,我们讨论二阶多项式模型。具体模型表达式如下: ? 上式n表示样本特征数量,xi表示第i个特征。...使用是scipy.sparsecsr.csr_matrix,理解这个函数真的费了不少功夫呢,不过还是在下面博客(https://blog.csdn.net/u012871493/article/details...盗用博客一张图来帮助大家理解这个函数输入: ?...估计计算 得到我们输入之后,我们使用tensorflow来设计我们模型,其实很简单啦,我们模型估计由两部分构成,原始可以理解为线性回归部分,以及交叉特征部分,交叉特征直接使用我们最后推导形式即可

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【机器学习】从理论到实践:决策树算法在机器学习应用与实现

引言 决策树是一种广泛应用于分类和回归任务监督学习算法。它通过将数据集划分成不同子集来做出决策,直观且易于理解。...信息增益计算公式 信息增益(Information Gain)用于衡量选择某个特征进行数据划分时,数据集纯度提升,其计算公式为: I 其中, 是特征, 是根据特征 划分数据子集。...决策树构建 决策树构建过程可以归纳为以下步骤: 选择最佳特征进行数据集划分:选择使得信息增益最大化或基尼指数最小化特征。 根据特征划分数据集:将数据集根据选定特征不同取值划分为若干子集。...v: 子数据集 sub_data = 由 data 特征 A 为 v 实例构成 如果 sub_data 为空: 在 node 上创建叶节点...无需特征缩放:决策树对数据缩放不敏感,不需要进行特征归一化或标准化。 处理缺失:决策树能够处理数据集中缺失。 非线性关系:决策树能够捕捉数据非线性关系。

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如何使用python处理稀疏矩阵

如果使用有限列来可靠地描述某些事物,则通常为给定数据点分配描述性已被剪掉,以提供有意义表示:一个人,一张图像,一个虹膜,房价,潜在信用风险等。...那句话中有这个?任何给定句子中都有很多可能出现单词,但实际上并不是很多。同样,可能有很多物品要出售,但是任何个人都不会购买很多物品。 这是稀疏矩阵在机器学习起作用一种方式。...那么关于列表,我们在其中一个列中跟踪row,col非零项目的存在以及在另一列其对应情况呢?请记住,稀疏矩阵不必只包含零和一。只要大多数元素为零,无论非零元素存在什么,矩阵都是稀疏。...,特别是相同元素位置差异。...变为360m

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scipy.sparse、pandas.sparse、sklearn稀疏矩阵使用

: SciPy 稀疏矩阵笔记 Sparse稀疏矩阵主要存储格式总结 Python数据分析----scipy稀疏矩阵 1.1 SciPy 几种稀疏矩阵类型 SciPy 中有 7 种存储稀疏矩阵数据结构...由于在内存存储顺序差异,csc_matrix 矩阵更适合取列切片, 而 csr_matrix 矩阵更适合用来取行切片。...矩阵属性 from scipy.sparse import csr_matrix ### 共有属性 mat.shape # 矩阵形状 mat.dtype # 数据类型 mat.ndim # 矩阵维度...(i) # 返回矩阵行i一个拷贝,作为一个(1 x n) 稀疏矩阵 (行向量) mat.nonzero() # 非0元索引 mat.diagonal() # 返回矩阵主对角元素 mat.max...(加toarray()和不加都是对),内存不容易爆掉 #fea_datasets = csr_matrix((data, (row, col)), shape=(row_index, max_col+

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