Rmd 的基本结构 一个Rmd 文件包含三个部分： 分别是： yaml 格式的开头部分 一般md 格式的正文部分 R 代码部分 我的第一个Rmd 选择Rmd 创建： 选择默认的值即可，这里选择输出为...详说三大结构 3.1 开头部分 我们可以将Rmd 的开头部分理解为其元数据。可以用来规定文章标题、作者、日期、输出格式、输出设置等属性。...rmarkdown::render()命令编译有重要差别： 用Knit图标编译，Rmd文件中的程序会在一个崭新的会话中执行， 当前会话中已经定义的函数、变量、导入的扩展包不会影响到编译结果； 用rmarkdown...编译的第一步， 会调用knitr包的knit()函数将代码段中的程序依次运行， 结果保存为一个临时.md文件中， 图形结果暂存在单独的图形文件中， 文字结果会直接保存在临时.md文件中。...编译的第二步， 调用外部程序Pandoc将临时的.md文件转换为要求的Word、HTML等输出格式；如果要求的输出是pdf_document， 则会调用Pandoc先将临时的.md文件转换为一个中间的.
/github.com/rstudio/bookdown) 是继knitr和rmarkdown扩展包之后， 另一个增强markdown格式的扩展， 使得Rmd格式可以支持公式、定理、图表、文献自动编号和引用等适用于编写书籍的功能...书的输出格式包括支持gitbook格式的网页图书， 也可以经 LATEX 编译器转换的PDF图书，还可以生成ePub等格式的电子书。...文件， 项目中每个.Rmd文件都作为一章，其第一行是以一个#号和空格开头的一级标题。...每一章可以有若干节与子节，分别用markdown的二级标题(二个#开始)和三级标题(三个#开始)编写。...Build book快捷图标， 从下拉菜单中选择一个输出格式（包括gitbook、pdf_book、epub_book）， 就可以编译整本书(见下图)。
新建流程 在弹出的选项框里，可以申明rmarkdown的Title、Author以及默认的输出文件格式，一般可以选择HTML、PDF、Word格式，具体见下图。 ?...fig.height：设置图片输出的高度 fig.align 设置图片位置排版格式，默认为left,可以为right或者center fig.cap ：设置图片的标题 fig.subcap：设置图片的副标题...lm(y ~ x) co <- summary(lmr)$coefficients print(co) knitr包的 kable() knitr包提供了一个 kable() 函数可以用来把数据框或矩阵转化成有格式的表格...可以用knitr包的kable函数来显示: knitr::kable(co) ? kable()函数的digits=选项可以控制小数点后数字位数， caption=选项可以指定表的标题内容。...pander包的pander函数 其pander()函数可以将多种R输出格式转换成knitr需要的表格形式。如 pander::pander(lmr) ?
对于Rmarkdown的学习，有很多老大佬都已经给出详细介绍了，我就不在这里班门弄斧了（具体学习途径可见文末）。Rmarkdown不仅可以用来写分析报告，也可以用来记笔记。...日记本目录 模板使用谢益辉的CTEX，在该模板下我进行了小小的修改。具体的YAML，我将目录改成含三级标题，输出的是pdf版本，具体YAML如下。 ? 创建Rmarkdown ?...fig_caption: yes number_sections: yes toc: yes toc_depth: 3 classoption: "hyperref," --- 当然也可以输出...R绘图学习笔记 当然日记本还包括每日时间表，今日所思，每周计划，本月计划，本月总结等内容，可根据自己的想法增删一些内容。...Rmarkdown学习资源 1.Rmarkdown官网 https://rmarkdown.rstudio.com/index.html 2.最完整的Markdown基础教程 https://juejin.im
介绍 R的bookdown扩展包是继knitr和rmarkdown扩展包之后， markdown格式的另一种扩展， 使得Rmd格式可以支持公式、定理、图表自动编号和引用、链接， 文献引用和链接等适用于编写书籍的功能...在bookdown的管理下：一本书的内容可以分解成多个Rmd文件， 其中可以有可执行的R代码， R代码生成的文字结果、表格、图形可以自动插入到生成的内容中， 表格和图形可以是浮动排版的。...通过单独安装的LaTeX编译器支持将书籍转换为一个PDF文件， 支持中文；可以生成ePub等格式的电子书。bookdown除了可以编写有多个章节的书籍， 也可以用来生成单一文件的研究报告。...每个.Rmd文件第一行， 应该是以一个井号和空格开头的一级标题， 后面再加空格然后有大括号内以井号开头的章标签， 如 # 随机数 {#rng} 0101-usage.rmd给出了中文图书Bookdown...encoding="UTF-8") 要输出pdf必须要有tex环境噢！
Rmarkdown作为一种将R等编程语言和Markdown的简洁语法结合在一起的增强版Markdown语法，其在报告输出、数据分析、沟通交流中的易用性和便利性已得到了足够的体现。...Rmarkdown的一个重要特点就是可以在普通Markdown语法之上内嵌R等语言代码，并可以格式化输出和展示代码的结果，如展示图表等。...本文主要是展示如何使用Rmarkdown渲染pdf版中文报告（需要对Rmarkdown有一定了解）。...RMarkdown渲染成pdf是先渲染成LaTeX，然后再转成pdf的，所以上面的准备工具中也可以看到需要安装一种LaTeX编译环境，此处是使用益辉大佬的tinytex包自动安装的当前系统可用的tinytex...益辉大佬将很多杂志的Rmarkdown模板整理成rticles包，这样可以直接创建相应的RMarkdown模板，新建的CTex模板如图所示： ?
bookdown是著名R包作者谢益辉开发的，支持采用Rmarkdown (R代码可以运行)或普通markdown编写文档，然后编译成HTML, WORD, PDF, Epub等格式。...每一个章节都必须以# Chapter title开头。后面可以跟一段概括性语句，概述本章的内容，方便理解，同时也防止二级标题出现在这一页。默认系统会按照文件名的顺序合并Rmd文件。...在第一个出现的Rmd文件中 (通常是index.Rmd)，可以定义Pandoc相关的YAML metadata, 比如标题、作者、日期等 (去掉#及其后的内容)。...Markdown语法，输出为HTML时是可以正确解析的，但是输出为PDF时却不可以。...这时可以使用Text Reference。当图或表的标题太长时，也可以使用Text Reference引用一段话作为图和表的标题。 Here is normal text.
') 如果要生成PDF输出，则需要安装LaTeX。...R配套软件包tinytex可以帮助你在将LaTeX或R Markdown文档编译为PDF时自动安装缺少的LaTeX软件包，并确保将LaTeX文档编译正确的次数以解决所有交叉引用。...新建流程 在弹出的选项框里，可以申明rmarkdown的Title、Author以及默认的输出文件格式，一般可以选择HTML、PDF、Word格式，具体见下图。 ?...2）markdown文本 markdown文本是rmarkdown里的主要内容(上图3位置)，由编辑人员按照markdown语法自行编写文本内容， 3）代码块 rmarkdown的一个主要功能是可以执行文件内的代码块...Rmarkdown的导出 rmarkdown的导出方法有两种，一种是依靠Rstudio手动导出，另一种是基于命令行的导出方式。 手动导出 ?
小编搜了一下果然有相关的 R 包—— stargazer ，现将自己关于该包的一些学习笔记分享给大家。...stargazer() 函数为格式良好的回归表创建 LATEX 代码、HTML 代码和 ASCII 文本，其中包括多个模型并排、汇总统计表和矩阵等。...再结合 rmarkdown 、TEXworks 等，就可以一键输出非常好看的表格啦~ 2....汇总统计表 3.2 多个模型并排 例 2 构建两个线性模型和一个 probit 模型并并排显示在表格中，如 Fig 3 所示。...结合 rmarkdown 由于 rmarkdown 兼容 LATEX 格式，还可以直接输出 HTML、pdf 等格式的文档，因此 stargazer() 结合 rmarkdown 非常方便，省去了粘贴的步骤
使用R Markdown，你可以将代码、分析结果、图表和解释性文本组合在一起，创建可重复、可交互和可发布的报告、演示文稿、网页和其他文档。...代码块可以包含任何有效的R代码，并且可以在文档中的不同位置重复使用。 多种输出格式：R Markdown支持多种输出格式，包括HTML、PDF、Word、Markdown等。...你可以根据需要选择适合的输出格式，并使用相应的R包和设置来生成最终的文档。 可嵌入文本和标记：除了R代码，你还可以在R Markdown文档中嵌入文本、标题、段落、列表、链接、图片等。...此外，由于代码和结果是在同一个文档中，因此你可以轻松地重复执行和更新分析，确保结果的一致性和可重复性。...引自chatGPT的解释，BioinfoArk提供的中国区chatGPT Rmarkdown使用 新建：打开Rstudio，在New File里面选择RMarkdown 设置相应的开头部分：输入标题、
章节标题 章节标题用遵从markdown的规则，用#设置， 一级标题用一个 #, 在 bookdown 中表示章, 相当于 TEX 中的\chapter{} 二级标题用二个 #, 在 bookdown...中表示节, 相当于 TEX 中的\section{} 三级标题用三个 #, 在 bookdown 中表示子节, 相当于 TEX 中的\subsection{} 还可以有更深的标题. 3.2 章节标题标签的设定与引用...第 4 章 Bookdown中的公式与定理 这是第 4 章的内容, 讲述浮动对象定理与公式的标签与引用. 4.1 公式标签的设定 Rmarkdown中公式除了无标号的公式(用一对$$实现)，可以使用LaTeX...输出为： 图5.2和图5.3为两个图的并置与堆叠。 推荐： 可以保存以下照片，在 b 站扫该二维码，或者 b 站搜索【庄闪闪】观看 Rmarkdown 系列的视频教程。...Rmarkdown 视频新增两节视频（写轮眼幻灯片制作）需要视频内的文档，可在公众号回复【rmarkdown】
有一些扩展包的载入警告可以用这种办法屏蔽。 选项error=FALSE可以使得错误信息不进入编译结果， 而是出错停止并将错误信息在控制台中显示。...fig.height：设置图片输出的高度 fig.align 设置图片位置排版格式，默认为left,可以为right或者center fig.cap ：设置图片的标题 fig.subcap：设置图片的副标题...- lm(y ~ x) co <- summary(lmr)$coefficients print(co) knitr包的 kable() knitr包提供了一个 kable() 函数可以用来把数据框或矩阵转化成有格式的表格...可以用knitr包的kable函数来显示: knitr::kable(co) ? kable()函数的digits=选项可以控制小数点后数字位数， caption=选项可以指定表的标题内容。...pander包的pander函数 其pander()函数可以将多种R输出格式转换成knitr需要的表格形式。如 pander::pander(lmr) ?
')" Customize our bookdown 准备Rmd文件 基本规则 一个典型的bookdown文档包含多个章节，每个章节在一个R Markdown文件里面 (文件的语法可以是pandoc支持的...每一个章节都必须以# Chapter title开头。后面可以跟一段概括性语句，概述本章的内容，方便理解，同时也防止二级标题出现在这一页。默认系统会按照文件名的顺序合并Rmd文件。...在第一个出现的Rmd文件中，可以定义Pandoc相关的YAML metadata, 比如标题、作者、日期等(去掉#及其后的内容)。...Markdown语法，输出为HTML时是可以正确解析的，但是输出为PDF时却不可以。...这时可以使用Text Reference。当图或表的标题太长时，也可以使用Text Reference引用一段话作为图和表的标题。 Here is normal text.
基于 TEXTEX 的排版存在三个明显的缺陷或不足: 大量的 TEXTEX 命令需要记忆; 对于代码的排版非常不便，特别是R或Python代码执行后的输出，尤其是图形与表格; 代码以listing等包来呈现...随着Rstudio的越来越成熟与强大（得益于许多优秀包的出现，如knitr, kableExtra）, Rstudio不仅是一个很好的代码编辑器(Eidtor), 也是一个非常好的集成开发环境(IDE)...或由pandoc由md转化为html, 其中的数学公式由Mathjax完成渲染. 1.3.3 Rmarkdown向Bookdown过渡 在科技高度发达的互联系时代，读者使用的媒介基本有三类：较为专业的电脑...前者以pdf类图书为主呈现给读者，同时可以完成标注等工作；后者以文字型的电子图书为主，消磨时间为主；而平板的使用者逐渐成为电子类图书的新势力，包括pdf和epub之类的电子书。...目前Bookdown可以生成三类图书: gitbook，可自由出版在git pages上 epub, 发表到大量的电子图书平台上 pdf, 正规的图书出版公司以电子或纸质形式出版 推荐： 可以保存以下照片
I 代码 eval 是否运行代码块，有些代码块是不运行的，仅仅是为了展示使用。 RMarkdown的代码选项是接受R变量的，所以可以根据特定条件去控制一个代码块是否执行。...II 文本 result 比较重要的一个参数，用于控制文本输出是否显示以及如何显示，有四个可选项：markup、asis、hold、hide。...asis是非常有用的选项，可以使用代码模拟Markdown语法，比如如下的代码可以生成三级标题，它等同于在RMarkdown中书写### 测试三级标记可以通过代码产生 `。...注意RMarkdown中图片的输出是不需要使用pdf或者ggsave等方法进行保存，只需要将图片plot或者print即可。...或out.height控制它在输出文件中的显示大小，其值为一个百分比的字符，如：“80%”。
搜索历史记录 创建可折叠注释 ⭐⭐⭐ Ctrl + Shift + R是在代码中创建可折叠注释部分的简便方法。非常好用的快捷键，我猜很多人都不知道吧！可以增加代码的可读性，强烈安利。 ?...创建可折叠注释 显示第三方包的注释 ⭐⭐⭐ 很多人在写代码的时候，很多包都是稀奇古怪的，都不知道那个包是做什么的，但是现在可以使用插件。（这个是参考公众号pypi的推文，自己试了一下，确实非常好用！...重启RStudio中的R 函数提取 ⭐⭐ 如果你已经写了一段代码，你想把它转换成一个函数，则可以输入Ctrl + Alt + X，这时会出现一个弹出窗口，要求你输出一个函数名。 ?...如果要保存绘图，可以将绘图另存为PDF或图像文件。如果是纯英文图片，推荐使用pdf输出，小编在论文中常用（6：8）尺寸，仅供参考。 ?...在下面环境右上角窗口中的Environment，有个Import Dataser，此功能支持多种格式，甚至可以在加载数据集之前对其进行预览： ?
由于Shiny应用程序用户界面（UI）是一个HTML文档，可以使用CSS来控制Shiny应用程序的外观。 要用CSS美化应用程序，常用的有三种方式。...1、创建一个样式表，把它放到www目录文件下：在应用的当前目录下，创建www文件夹，把CSS样式放在www目录里。对Shiny自带的“03_reactivity”例子添加个性化样式。 ?...给应用增加登录窗口 免费的Shiny没有权限控制，如果掌握一些基本的CSS知识，就可以轻易地给应用添加一个登录窗口。 ?...创建新包 创建一个新包，包名为myd3plus，将会生成treemap.R、treemap.ymal和treemap.js三个文件。...与Rmarkdown结合 利用htmlwidgets包创建的控件，很容易与Rmarkdown和Shiny结合。 ? 我的分享到此结束，谢谢大家！
这里使用snakemake 来实现一个ATAC-Seq的分析流程，同时采用Rmarkdown 来生成一个简单的分析报告。...rule all 用来确定流程最后的输出文件是哪些。...，其命名方式也可能多种多样的。...，将其写在单独的文件里。...没有后续程序依赖的输出，而中间步骤的输出，会有snakemake自动运行生成。
但是存在一个问题：Latex 最后输出的是 pdf 版本，如果你想把他部署到自己的个人网站上，可能就比较费劲了（害，是我不会）。...如果你觉得你可以的话，可以点击上面蓝字推文，或者直接看 nstrayer 的 github ，那里有教程（当然之后我也会出这一期的，用 pagedown 制作简历）。...这里我们做一个基于小白的简单教程吧，你可以使用任何一个你觉得还不错的 rmarkdown 模板（ html 格式）。...使用教程 创建履历表/简历 这里我们以 prettydoc 包为例子，先构建一个 project [File - New project- New Directory - New Project] 放到对应的位置...部署完毕 小编有话说 你可以直接把自己搭建好的这个网址发给别人，例如我做的一个小模板：http://zhuang_liang_liang0825.gitee.io/resume1/。
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