有没有一种简单的(对dplyr友好的)方法来屏蔽数据帧中的主题ID的子集？ - 腾讯云开发者社区

学习内容了解可用的基因组注释数据库和存储信息的不同类型比较和对比可用于基因组注释数据库的工具应用各种 R 包检索基因组注释基因组注释对二代测序结果的分析需要将基因、转录本、蛋白质等与功能或调控信息相关联...数据库我们从存储信息的必要数据库中检索有关过程、途径等（涉及基因的信息）的信息。您选择的数据库将取决于您要获取的信息类型。...gene IDs)NCBI (use Entrez gene IDs)UCSCEMBL-EBI特定数据库提供与特定主题相关的注释：Gene Ontology (GO): 基因本体生物过程、细胞成分和分子功能数据库...数据库之间的差异（我们可以预期观察到）是由于每个数据库都实现了自己不同的计算方法来生成基因构建。...使用 AnnotationHub 创建我们的 tx2gene 文件要创建我们的 tx2gene 文件，我们需要结合使用上述方法并将两个数据帧合并在一起。

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RNA-seq 详细教程：注释（15）

学习内容了解可用的基因组注释数据库和存储信息的不同类型比较和对比可用于基因组注释数据库的工具应用各种 R 包检索基因组注释基因组注释对二代测序结果的分析需要将基因、转录本、蛋白质等与功能或调控信息相关联...用于转录本和基因水平信息的 UCSC 数据库，或者可以使用 GenomicFeatures 包从 SQLite 数据库文件创建自己的 TxDb 特征信息，简单函数提取特征只有当前和最近的基因组可用—...—可以创建你自己的 annotables 可用于人类和模式生物的基因级特征信息超级快速和简单的基因 ID 转换、生物型和坐标信息静态资源，不定期更新 biomaRt Ensembl BioMart...数据库之间的差异（我们可以预期观察到）是由于每个数据库都实现了自己不同的计算方法来生成基因构建。...使用 AnnotationHub 创建我们的 tx2gene 文件要创建我们的 tx2gene 文件，我们需要结合使用上述方法并将两个数据帧合并在一起。

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R︱高效数据操作——data.table包（实战心得、dplyr对比、key灵活用法、数据合并）

由于业务中接触的数据量很大，于是不得不转战开始寻求数据操作的效率。于是，data.table这个包就可以很好的满足对大数据量的数据操作的需求。...data.table可是比dplyr以及Python中的pandas还好用的数据处理方式。...网络上充斥的是data.table很好，很棒，性能棒之类的，但是从我实际使用来看，就得泼个水，网上博客都是拿一些简单的案例数据，但是实际数据结构很复杂的情况下，批量操作对于data.table编码来说，...(ID)] 三种数据筛选的方式，dplyr包、base基础包、data.table包。其中，dplyr是select语句，data.table中要注意.()的表达方式。....SDcols常于.SD用在一起，他可以指定.SD中所包含的列，也就是对.SD取子集。

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Day07 生信马拉松-数据整理中的R

全文并非是对数据整理的实操整理,主要整理在数据整理/清洗中常用的R包介绍 library(tidyr) library(dplyr) library(stringr) library(tibble) 1...x," ") #删除全部目标字符 2.玩转data.frame--dplyr包 2.1 arrange，数据框按照某一列排序,实际参数不能加" " library(dplyr) arrange(test...进行转置：使gene名变为列名，将样本名转化为data.frame中的第一列 ggplot2对行名并不友好，通常要使样本名转化为data.frame中的第一列，防止在后续代码运行过程中行名丢失图片图片...library(tidyr) library(tibble) library(dplyr) #加载数据整理需要的包 dat = t(exp) %>% #将matrix进行行列转置 as.data.frame...#是b的下标，可以给b取子集，也可以给与b对应的其他向量取子集。

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R语言︱数据集分组、筛选(plit – apply – combine模式、dplyr、data.table)

介绍一种按照日期范围——例如按照周、月、季度或者年——对其进行分组的超简便处理方式：R语言的cut()函数。...## #dplyr中基本函数 select——子集选取（筛选变量，列） select(Hdma_dat,pclass,survived) ##选择pclass变量 ?...，它的输入参数和计算结果都是数据框，用法相对简单。...在base包里和split功能接近的函数有cut(对属性数据分划)，strsplit(对字符串分划)以及subset（对向量，矩阵或数据框按给定条件取子集）等。...(iris$setosa)] #按照照setosa的大小，重排Sepal.Length数据列四、dplyr与data.table data.table可是比dplyr以及python中的

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R语言学习--R for Data Science（一）

---- 关于《R for Data Science》很多R语言的书都是从对象类型，数据结构等编程基础知识讲起，虽然这很重要，但也还是需要理解的，放在开始对初学者确实不友好，特别是因为有数据分析需求又没充足时间学习的人来说...对象和函数顺便简单介绍下对象和函数，在Rstudio中，我们导入的数据或是自己创建的数据都是以对象的形式显示在环境窗口（储存在了内存里），如我创建了对象a和b，它们的值分别是1和2；函数是具有一定功能的对象...这篇文章开始需要的R包是tidyverse，这个R包涵盖了很多数据清洗和作图需要的小的R包，如readr，tidyr，dplyr，ggplot2等。...::filter() masks stats::filter() x dplyr::lag() masks stats::lag() 可以看到加载了tidyverse中的子包，conflicts显示的是其他包的同名函数被屏蔽...，dplyr::mutate()这种输入方式可以表明mutate()函数是来自于dplyr包中的，而且当dplyr中的mutate()函数被其他R包的同名函数屏蔽时，可以用这种方式调用。

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整合单细胞和空转数据多种方法之CellTrek

然后提取其中的空间转录组数据构建一个多元随机森林模型(RF)，其中空间坐标是结果，潜在特征是预测因子；对ST数据进行二维空间插值以增强ST的spots。...然后，将训练好的RF模型应用于共嵌数据（ST插值），以生成RF距离矩阵，该矩阵将使用最近邻对（MNN）转换为稀疏图；最后基于稀疏图，将单细胞转录组数据套入RF模型中，构建Spot-Cell表达相似性矩阵...# 在这里，我们以谷氨酸能神经元细胞类型作为示例（建议删除一些细胞类型，例如，n的细胞类型）。 # 我们首先从我们的映射结果中子集化谷氨酸能神经元细胞类型。...目标细胞类型的空间加权共表达分析 # 基于CellTrek的结果，我们可以使用SCoexp模块进一步研究感兴趣的细胞类型中的共表达模式。...我们都会加入自己的理解和知识体系的整理串联，有不对的地方也很正常，我们非常欢迎友好的探讨和质疑，希望受到别人的质疑来提升自己，本身也是我分享笔记的一个初衷；最后，写帖子真的不挣钱...我们基本都是用爱发电的

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2023.4生信马拉松day7-R语言综合应用

mutated()数据框新增一列 mutate(test, new = Sepal.Length * Sepal.Width) #问题：新增列之后，test这个数据框是5列还是6列（有没有发生改变）？...转换数据：把表格转换成两列数据 -（1）第一步：转置 -（2）第二步：把行名作为一列添加到数据中（因为ggplot2容易把行名丢掉，所以倾向于把行名作为一列） -（3）第三步：新增一列“group...如何挑出30个数里最大的五个 -（1）排序 -（2）取最后五个图片 3.向量/列表的隐式循环-lapply() 对列表/向量中的每个元素实施相同的操作 lapply(1:4,rnorm) #批量画图...4. full_join 保留所有的，缺失的位置填充NA 5. semi_join 半连接，效果是取子集：以右边表格为参考对左边取子集 6. anti_join 保留左边表格在右边表格里没有的东西 test1...加载test1.Rdata，将两个数据框按照probe_id列连接在一起，按共同列取交集 #2.

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🤩 Monocle 3 | 太牛了！单细胞必学R包！~（五）（差异分析之聚类比较与模块鉴定）

1写在前面准备出去玩耍了，今天就不废话了，直接上主题吧。 monocle3做差异分析也是牛的一米！...~ 2用到的包 rm(list = ls()) library(tidyverse) library(monocle3) 3示例数据我们还是载入之前用过的一个数据集吧。...⚙️ 为了研究哪些基因在不同的簇中表达不同，我们可以使用之前介绍的回归分析工具。当然在这里，Monocle提供了另一种方法来寻找UMAP中不同细胞群之间的差异基因。...函数graph _ test ()使用了一个来自空间自相关分析的统计数据，称为Moran’s I。...如果有很多模块，很难看出每个module在哪里表达，所以我们只看它们的一个子集。

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R语言数据集合并、数据增减、不等长合并

数据选取与简单操作： which 返回一个向量中指定元素的索引 which.max 返回最大元素的索引 which.min 返回最小元素的索引 sample 随机在向量中抽取元素 subset 根据条件选取元素...=T代表右连接 2、dplyr包 dplyr包的数据合并，一般用left_join(x,y,by="name") 以x为主，y中匹配到的都放进来，但，y中没有的则不放过来。...相比来说，其他一些方法要好一些，有dplyr，sqldf中的union 5、sqldf包利用SQL语句来写，进行数据合并，适合数据库熟悉的人，可参考： R语言︱数据库SQL-R连接与SQL语句执行...（RODBC、sqldf包）二、数据增减 x=x[,-1] #这个就代表，删除了x数据集中第一列数据或用dplyr包中的mutate函数 a=mutate(Hdma_dat,dou=2*survived...#do.call函数在数据框中执行函数（函数，数据列） library("plyr") #加载获取rbind.fill函数 #第一种方法 list1<-list() list1[[1]]=data.frame

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单片机各种通信协议详解

至于时钟和数据的相位没有特别严格的要求（而IIC中，数据的变化只能在SCL是低电平的时候发生），SPI数据的变化是一个时钟周期一次，这样的方法来传输数据就简单多了。...在汽车产业中，出于对安全性、舒适性、方便性、低公害、低成本的要求，各种各样的电子控制系统被开发了出来。...CAN的报文格式在总线中传送的报文，每帧由7部分组成。CAN协议支持两种报文格式，其唯一的不同是标识符（ID）长度不同，标准格式为11位，扩展格式为29位。...在标准格式中，报文的起始位称为帧起始（SOF），然后是由11位标识符和远程发送请求位 (RTR）组成的仲裁场。RTR位标明是数据帧还是请求帧，在请求帧中没有数据字节。...ID的数据如果屏蔽寄存器设置为：0XFFDFFFFF 1111 1111 1101 1111 1111 1111 1111 1111 就只能接收 0X12 0X13这两个ID的数据因为 0X12

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「R」dplyr 行式计算

「原文来自：dplyr 文档」上一篇：「R」dplyr 列式计算通常 dplyr 和 R 更适合对列进行操作，而对行操作则显得更麻烦。...，每一组简单地包含一个单一的行。...按行汇总统计 dplyr::summarise() 让一列多行的统计汇总变得非常简单，当它与 rowwise() 结合时，它也可以简便地操作汇总一行多列。...❞ 建模 rowwise() 数据框允许我们以一种特别优雅的方式解决很多的建模问题。...由于 rowwise() 显然是有用的，它不再被质疑，我们希望它能够长期存在。 do() 我们对 do()的必要性已经质疑了很长一段时间，因为它与其他 dplyr 动词并不太相似。

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十二、R语言的综合应用

只允许一种数据类型，需要先转变成数据框以后才能修改。 1.3.按位置提取字符串 str_sub(x,5,9) ###提取x字符串的第5位到第9位，空格也算一个。...1.4.字符检测 str_detect(x2,"h") ### 看x2这个长度为8的向量中的每个元素是否含有h这个关键词，生成的与x2长度相等且一一对应的逻辑值向量 str_starts(x2,"...# 对列表/向量中的每个元素（向量）实施相同的操作 test <- list(x = 36:33,y = 32:35,z = 30:27);test #返回值是列表，对列表中的每个元素（向量）求均值(...，取右边表中存在的子集 anti_join(test1,test2,by="name") ###反连接，左边表里在右边表里没有的会被留下来。...(dplyr) x=arrange(dat,logFC);head(x) # 2.将test1.Rdata中存放的两个数据框连接在一起，按共同的列取交集 x=merge(dat,ids,by = "probe_id

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【干货】ICCV2017 PoseTrack challenge优异方法：基于检测和跟踪的视频中人体姿态估计

其方法是一种轻量级的两阶段建模方式：先对单帧或者短片段进行关键点估计，后续使用轻量级的跟踪方法来生成关键点的预测并链接到整个视频上。另外，本文还对Mask R-CNN进行了3D扩展。...基于最新的人体检测和视频理解方面的进展，文章提出了一种极度轻量化和高效的两阶段方法：先对单帧或者短片段进行关键点估计，后续使用轻量级的跟踪方法来生成关键点的预测并链接到整个视频上；对于帧层次（frame-level...图1，提出了一种两阶段的方法来进行视频中关键点预测和跟踪。第一阶段，本文提出了一种创新的视频姿态估计范式，3D Mask R-CNN，将一段视频的片段作为输入并检测出的每个人的tubelet和关键点。...图3 训练和测试数据中轨迹的数量和长度归一化后的直方图，注意由于训练数据的只有中间的30帧才有标签，训练数据中标注过的轨迹长度的最大值为30。...可视化两阶段模型在PoseTrack 验证集上的预测结果。作者展示了每段视频中的5帧，每帧都标记有检测框和关键点。根据预测后的 track id对检测框进行彩色编码。

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R语言数据处理：飞机航行距离与到达延误时间有什么关系??

带着这个问题，我们将首先使用dplyr包对给出的航班数据进行处理。...包，该软件包中的飞机航班数据将用于本文中dplyr包相关函数的演示。...在处理数据之前，让我们再来回顾一下数据处理的一般步骤：选择子集、列名重命名、删除缺失数据、处理日期、数据类型转换、数据排序接下来，就可以进行数据处理了： 2.数据处理 2.1 选择子集所谓选择子集...2.3 删除缺失数据我们采用dplyr包中的filter()函数，进行缺失数据的删除。脚本输入代码： myFlights <- filter(myFlights,!...3.2 应用函数及组合结果我们使用dplyr包中的summarize()函数，进行数据统计指标的获取及组合。计算出不同目的地的平行航行距离以及平均延误时间。

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生信爱好者周刊（第 6 期）：你会买“炸场”Macbook Pro搞生信吗？

近日，美国纽约大学研究团队开发了一种新型人工智能（AI）系统，可以在超声图像中实现放射科医生级别的准确率来识别乳腺癌。...，它通过对数据进行分区，并在每个区间的预测变量值范围内分别构建线性模型或广义线性模型来实现，即一种分段回归形式。...本文主要使用table1包制作三线表，生成的三线表为html格式，可以直接复制到word中。 5、一个人能领导多少人？[5] 这个问题没有简单的答案。...工具 1、survminer：生存分析和可视化[6] 2、rstatix：基础统计检验的管道友好框架[7] 提供简单直观的管道友好框架，与“tidyverse”设计哲学相一致，用于执行基本统计检验，包括...（@WGrape[9]投稿） 4、annotables：用于注释/转换基因id的R数据包[10] grch38 %>% dplyr::filter(biotype == "protein_coding

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R语言数据处理——数据合并与追加

以上通过rbind函数对Student1,Student2两个数据集进行纵向合并（也称追加）。...中的行 data4<-full_join(x,y,by=c("Name"="name")) #(5)semi_join(x, y) ：包含x中，在y中有匹配的行，结果为x的子集 data5<-semi_join...(x,y,by=c("Name"="name")) #(6)anti_join(x, y) ：包含x中，不匹配y的行，结果为x的子集，与semi_join相反 data6中，前四个（内连接、外连接、左连接、右连接）最为常用，大家可以将dplyr和plyr以及merge函数三种连接方式进行对比记忆。...启动拖后两秒钟，时间就是金钱啊你说是不）以上四种方式（第一种除外），虽说都可以完成数据合并操作，但是效率上不敢恭维，每次都得走一遍菜单流程。

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结构方程模型 SEM 多元回归和模型诊断分析学生测试成绩数据与可视化

library(dplyr) #用于清理数据 library(Hmisc) #相关系数的显着性然后，我们将使用 Fortran 读入数据文件并稍微清理数据文件。...# 确保将您的工作目录设置为文件所在的位置 # 位于，例如setwd('D:/下载) 您可以在 R Studio 中通过转到 # 会话菜单 - '设置工作目录' - 到源文件 # 选择数据的一个子集进行分析...NA 是默认值 # 使用 dplyr 对特定测试进行子集化 select(sub, c(T1, T2, T4)) # 使用 psych 包获取描述请注意，R 将原始数据中的空白单元格视为缺失，...其中一些代码可帮助您将残差、预测值和其他案例诊断保存到数据帧中以供以后检查。请注意，lm 命令默认为按列表删除。...如果你想对提供相关和/或协方差矩阵的现有论文做额外的分析，但你无法获得这些论文的原始数据，那么这就非常有用。 #从你电脑上的文件中调入相关矩阵。

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lazyload.js实现图片异步延迟加载

看看你有没有这种需求：某篇文章图片很多，如果在载入文章时就载入所有图片，无疑会延缓载入速度，让用户等更久，所以，我想找这样一种插件，让网页只加载浏览器视野范围内的图片，没出现在范围内的图片就暂不加载，等用户滑动滚动条时再逐步加载...至于jQuery，大家不用去下载了，可以直接连接存放在Google服务器上的jQuery文件，永远不用担心丢失（当然，如果有天朝完全屏蔽Google的那一天的话……）特效优点：加速wordpress...不用担心对访客的友好程度，这个效果会在图片即将被浏览到的时候就开始加载图片; 实现方法：下载 jquery.lazyload.js 下载预填充图片 fill.gif 点此打包下载...（我是传到http://www.173it.cn/上调用的）在当前主题的 header.php 中适当位置添加下面 JS调用代码，我当期用的inove主题后台就有添加js代码的地方：【http:/.../www.173it.cn/js/部分请自定义】【("img")部分可以限定对页面中的哪些img生效】比如修改成压缩包中除了lazyload.js外，还有一个grey.gif图片文件。

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R可视化：不一样的ggplot2箱线图

箱线图（Boxplot）是一种用于展示一组数据分布特征的图形，它能够提供以下信息：中位数：箱线图中的中位线表示数据的中位数。...数据的偏斜性：箱线图的形状可以揭示数据的偏斜性。如果箱子是对称的，那么数据可能接近正态分布；如果箱子倾斜，则数据可能偏斜。...patternplot 包的 pattern_boxplot() 函数可以生成这样的图形，它允许用户在网格中为每个子集绘制箱线图，从而可以直观地比较不同组别或条件下的数据。...theme_classic()：应用经典的 ggplot2 主题。...pl结果：带有显示Index在不同分组出现率的箱线图画图: prism主题结果：带有显示Index在不同分组出现率的prism风格的箱线图

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RNA-seq 详细教程：注释（15）

RNA-seq 详细教程：注释（15）

R︱高效数据操作——data.table包（实战心得、dplyr对比、key灵活用法、数据合并）

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