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使用pyBigWig模块查看bigwig文件内容

bam, bedgraph, bigwig是3种常见存储测序深度信息文件,都可以方便导入IGV浏览器进行查看,其中bigwig最为常用。...在chip_seq, atac_seq,通常都会提供该种格式文件,来来可视乎测序深度分布。 bigwig是一种二进制格式文件,常规情况下,无法直接浏览其内容。...在python,通过pyBigWig模块,可以方便查看其文本内容,该模块基本用法如下 1....读取内容 测序深度统计,有固定窗口和变长窗口两种方式,这两种都是针对染色体进行统计,通过如下方式可以查看文件包含染色体以及长度 >>> bw.chroms() {'D10': 64331360L,...关闭文件 文件读取完后,要记得关闭文件,代码如下 >>> bw.close() 通过该模块,可以将bigwig内容转换为纯文本,帮助我们更加直观了解bigwig存储信息。

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ES6模块导入遇到问题及其解决办法

前言 今天遇到了一个小问题,我们来看一下,情况是这样:在没遇到过这个坑之前,如果需要引入一个模块,我通常做法都是在HTML文件内嵌一个script标签,并通过指定 type="module" 来实现...;然而今天我却没有按照往常这样做,而是指定两个js文件,其中一个文件通过 export 暴露出需要变量和函数,在另一个文件通过 import 导入,结果就遇到了报错,来给各位看下报错信息: ?...其中,demo.js 文件包含我们需要暴露变量和函数,在index.html 文件,我们需要通过内嵌script标签来引入。...没有问题,结果显示正确,这种方式要注意一点就是:当我们在HTML文件引入模块时候,切记不要忘记指定 type = "module"。...接着,我们来看第二种方式,上述 demo.js 文件内容我们不做更改,继续使用,我们来新建一个 index.js 文件,其用途是引入 demo.js 文件暴露出变量和函数,请看 index.js

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fbx文件导入3dmax_3dz轴值没办法输入

本文通过参考网上资源做一个例子。 本程序功能就是通过xna 将3d 图像显示到winfrom 对他进行旋转操作。...首先我们先准备好两个文件夹 model 文件夹放fbx文件,textures 放渲染文件,操作步骤都是添加现有项,准备好资源文件后,先检查下是否有以下引用 下面将定义Game...//define a SpriteBatch Model myModel; //定义一个Model//define a model float aspectRatio; //屏幕高宽比,控制3D世界视图怎样转换成屏幕上...,包含光照、纹理等等就可以在“五分钟”内实现对一个物体呈现。...Matrix.CreateRotationX(Program.modelRotationX) * Matrix.CreateTranslation(modelPosition); //使用World矩阵来改变模型在世界坐标系位置

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关于“Python”核心知识点整理大全53

18.2.7 Django shell 输入一些数据后,就可通过交互式终端会话以编程方式查看这些数据了。这种交互式环境称 为Django shell,是测试项目和排除其故障理想之地。...在这里,我们导入模块learning_logs.models模型 Topic(见1),然后使用方法Topic.objects.all()来获取模型Topic所有实例;它返回是一个列表,称为查询集...输出可 知,主题ChessID为1,而Rock ClimbingID为2。 知道对象ID后,就可获取该对象并查看其任何属性。...编写用户可请求网页时,我们将使用这种语法。确认代码能获取所需数据时,shell很有 帮助。如果代码在shell行为符合预期,那么它们在项目文件也能正确地工作。...接下来,我们导入了函数url,因为我们需要使用它来将URL映射到视图(见2)。我们还导入模块views(见3),其中句点让Python当前urls.py模块所在文件夹中导入视图。

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Django学习

loaddate        把文件数据导入到数据库项目结构1 static存放项目中使用css,js,img,video文件2.templete存放项目中使用前端Html文件setting.py...应用Django视图没有框架时代页面:hello.html不可能通过HTML表达所有的内容Django视图产生东西Django路由runserver可以看到Django欢迎页面请求没办法到达刚才视图函数需要配置路由绑定视图函数和...Django shell更加方便小范围Debug更简单,不需要运行整个项目来测试python manage.py shell 命令进入开发测试四、初始Django Admin模块1 Django Admin...是什么Django后台管理工具读取定义模型元数据,提供强大管理使用页面2 为什么需要学Django Admin模块Django Shell 新增文章太复杂了管理页面是基础设施重要部分认证用户、...、初识Django模块系统1 模板系统简介视图文件不适合编码HTML页面设计改变需要修改python代码网页逻辑和网页视图应该分开设计模板系统表现形式是文本分离文档表现形式和表现内容模板系统定义了特有的标签占位符

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django 1.8 官方文档翻译: 6-1-1 Django 设置

例如: MY_SETTING = [str(i) for i in range(30)] 它可以其它设置文件导入值。...DJANGO_SETTINGS_MODULE 值应该使用Python 路径语法,例如mysite.settings。注意,设置模块应该在Python 导入查找路径 。...默认设置 Django 设置文件不需要定义所有的设置。每个设置都有一个合理默认值。这些默认值位于django/conf/global_settings.py 模块。...注意,设置文件不 应该global_settings 中导入,因为这是多余查看改变设置 有一个简单方法可以查看哪些设置与默认设置不一样了。...还要注意,你代码不应该 global_settings 或你自己设置文件导入django.conf.settings 抽象出默认设置和站点特定设置概念;它表示一个单一接口。

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【Unity3D】资源文件 ① ( Unity 中常用文件类型 | Unity 文件操作 | 文件系统查看文件 | 添加文件 | 删除文件 | 导入文件 | 复制文件 | 缩略图显示 )

文章目录 一、Unity 中常用文件类型 二、Unity 文件操作 1、文件系统查看文件 2、添加目录 / 文件 3、删除目录 / 文件 4、导入资源 5、复制资源 6、缩略图显示 7、meta...; 场景文件 : " .unity " 后缀文件 二、Unity 文件操作 ---- 1、文件系统查看文件 在 Project 文件窗口中 , 右键点击文件 , 在弹出菜单中选择 "...Show in Explorer " 选项 , 即可在文件系统查看文件 ; 之后会弹出 文件管理器 , 在文件系统查看文件 ; 在文件系统 Assets 目录 , 与 Unity...Delete " 选项 , 或者直接使用 " Del " 按键删除 ; 4、导入资源 在 Unity 编辑器 , 可以直接 文件系统 中将资源文件 拖动到 Unity 编辑器 Project 文件窗口中...; 右下角拖动条拉到最小 , 查看是列表 ; 7、meta 文件文件系统 , Assets 资源目录下 , 有很多 " .meta " 后缀文件 , 这是 Unity 描述文件

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一日一技:导入文件模块并读取当前文件夹内资源

文件结构与每个文件内容如下: ? 现在,我直接在 scripts 文件夹里面运行run.py会报错,提示最顶层之外相对导入。...大家有没有发现一个很不和谐东西:其他路径都是绝对路径,就最后我们加了两个点看起来很违和。那如果我们把这两个点换成绝对路径呢?...导入模块已经正常了,但是读取资源文件又异常了。 这是因为,import导入模块时,是根据sys.path路径来寻找。但是读取资源文件时候,相对文件路径是相对于工作区来寻找。...现在无论是读取资源文件还是导入模块,都已经正常了。 我们再回到 scripts 文件执行看看: ? 发现也能正常执行。...总结 涉及到模块导入相关环境,可以通过在sys.path添加绝对路径来解决。涉及到读取资源文件相关环境,可以通过使用os.chdir修改工作区为另一个绝对路径来解决。

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学python:使用pythonpyRanges模块read_gtf函数读取gtf文件报错解决办法

pyRanges帮助文档 https://biocore-ntnu.github.io/pyranges/loadingcreating-pyranges.html image.png 我自己gtf...文件是这样 ID和后面字符串是用等号链接,通常 image.png 是用空格,所以他定义函数用来查拆分字符串时候是用空格来分隔,所以这个地方我们把读取代码稍微改动一下,就是增加一个等号作为分隔符...首先定义拆分最后一列函数 def to_rows(anno): rowdicts = [] try: l = anno.head(1) for l in...Start"] = df.Start - 1 if not as_df: return PyRanges(df) else: return df 读取gtf文件...import pyranges as pr from pyranges import PyRanges read_gtf_full("example02.gtf") example02.gtf文件内容

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Django入门笔记1

一、环境搭建 1、python环境搭建,自行百度即可 2、pycharm工具安装 3、安装Django pip insatll django 查看是否安装成功:django-admin 二、...本地简易运行Django项目 shell 进入Django项目的python shell环境 test 执行Django用例测试 常用数据库相关命令有: makemigrations...创建模型变更迁移文件 migrate 执行上一个命令创建迁移文件 dumpdata 把数据库数据导出到文件 loaddata 把文件数据导入到数据库 创建项目命令: django-admin...:定义Admin模块管理对象地方 apps.py:声明应用地方 tests.py:编写应用测试用例地方 urls.py:(自行创建)管理应用路由地方 四、Django之Hello World...Django视图 Django路由 新建文件urls.py 项目层次路由配置 应用添加到配置里 启动服务,查看结果 实现过程

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Shell 命令行 日志文件根据将符合内容日志输出到另一个文件

Shell 命令行 日志文件根据将符合内容日志输出到另一个文件 前面我写了一篇博文Shell 日志文件中选择时间段内日志输出到另一个文件,利用循环实现了我想要实现内容。...但是用这个脚本同事很郁闷,因为执行时间比较长,越大文件越长。于是找我,问我能不能实现一个更快方案。 我想了一下,觉得之前设计是脱裤子放屁,明明有更加简单实现方法。...想办法获得我要截取内容开始行号,然后再想办法获得我想截取文件结尾行号,然后用两个行号来进行截断文件并输出。就可以实现这个效果了。.../bin/bash # 设定变量 log=3.log s='2017-08-01T01:3' e='2017-08-01T01:4' # 根据条件获得开始和结束行号 sl=`cat -n $log...| cut -f1` el=`cat -n $log | grep $e | tail -1 | sed 's/^[ \t]*//g' | cut -f1` # 获取结果并输出到 res.log 文件

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探寻Python导包路径机制

那是因为 Python 导包路径原因,让我们来康康 Python 导包路径,是怎样机制。 查看导包路径 可以通过内置 sys 模块查看导包路径。...Python解释器 sys.path 里依次查找要导入模块文件或包 '' 表示当前路径 sys.path 列表路径先后顺序代表了 Python解释器 在搜索模块先后顺序 内置模块、包存放路径...如果导入模块和包时在 sys.path 没有搜索到相对应模块,则会报如下错误 ModuleNotFoundError: No module named 'xxx' import aaa -----...Django项目追加导包路径 来康康导包路径具体应用场景。 在 Django 我们通常把子应用模块统一放在 apps 包下,但在注册子应用时候,该如何设置路径呢?...# 'meiduo_mall.apps.users' 'users' ] 导包路径作用 通过查看导包路径,可以快速知道项目中各个包该如何导入

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独家分享 腾讯大神教你如何学习一门新编程语言-以Python 为例

学习定义一个独立模块 定义函数: 定义类: 定义包: Python 定义一个包,只需要在文件夹里面,创建一个 __init__.py文件即可,如: 那么在其他文件,就可以通过 from mypackage...import views 语法, mypackage 这个包里面导入 views 。...笔者小项目需求是:利用二维码扫码,查看在线简历。 确定项目需求之后,会迎来一个手足无措时期,不知道哪里着手开始做项目。如果有一个过来人指导一下,那么很快就能开始编码了。...,需要关注模块高内聚,模块低耦合。...阅读 Django 源码有利于编写易维护、易更新 Django App。开始学习这门新语言时,就可以开始尝试阅读源代码。

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关于“Python”核心知识点整理大全59

""" return self.text class Entry(models.Model): --snip-- 我们首先导入django.contrib.auth模型User,然后在Topic...最简单办法是,将既有主题都 关联到同一个用户,如超级用户。为此,我们需要知道该用户ID。 下面来查看已创建所有用户ID。...接下来,Django使用这个值来迁移数据库,并生成 了迁移文件0003_topic_owner.py,它在模型Topic添加字段owner。 现在可以执行迁移了。...代码 Topic.objects.filter(owner=request.user)让Django数据库获取owner属性为当前用户 Topic对象。...在这里,我们导入了异常Http404 (见1),并在用户请求它不能查看主题时引发这个异常。收到主题请求后,我们在渲染网页前 检查该主题是否属于当前登录用户。

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django 1.8 官方文档翻译: 1-2-1 编写你第一个Django应用,第1部分

这是一个普通 Python 模块,包含了代表 Django 设置模块级变量。 更改 DATABASES ‘default’ 下以下键值,以匹配您数据库连接设置。...你应用可以存放在 Python path 任何位置。在本教材,我们将通过你 manage.py 文件创建我们投票应用,以便它可以作为顶层模块导入,而不是作为 mysite 模块。...在 Django 编写一个有数据库支持 Web 应用第一步就是定义你模型 – 本质上讲就是数据库设计及其附加元数据。 哲理 模型是有关你数据唯一且明确数据源。...玩转 API 现在,我们进入 Python 交互式 shell 玩弄 Django 提供给你 API 。...设置了 DJANGO_SETTINGS_MODULE 环境变量,该变量给定了 Django 需要导入 settings.py 文件所在路径。

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python day six

(commons,"login")     #查找commons里边有没有login;有返回True,没有则返回False ##python 有两个web模块:Tornado和Django #以例1案例更改后如下...' 三、模块特殊变量 1....__file__    功能:查看当前.py文件文件名               1.print (__file__)               2.查看绝对路径                 ...1.当在当前目录下执行,放回None;                 print(__package__)               2.当导入别的模块时,执行就返回模块所在文件夹:                 ...')          删除单级空目录,若目录不为空则无法删除,报错;相当于shellrmdir dirname os.listdir('dirname')        列出指定目录下所有文件和子目录

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