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使用Seurat的v5读取多个不是10x标准文件的单细胞项目

前面我们在 初试Seurat的V5版本 的推文里面演示了10x单细胞样品的标准3文件读取,而且在使用Seurat的v5读取多个10x的单细胞转录组矩阵 的推文里面演示了多个10x单细胞样品的标准3文件读取...但是留下来了一个悬念, 就是如果我们的单细胞转录组并不是10x的标准3文件,而是tsv或者csv或者txt等文本文件表达量矩阵信息,就有点麻烦了。...它每个样品并不是10x单细胞样品的标准3文件,所以没办法使用前面的策略。...第二种方法是把矩阵还原成为10x的3文件 前面我们指出来了,它每个样品并不是10x单细胞样品的标准3文件,每个样品都是一个独立的txt文本文件蕴藏着其表达量矩阵信息,所以没办法使用前面的策略。...而且因为这个时候我给出来的名字是features.tsv所以如果想使用Seurat的Read10X读取,就需要把每个样品文件夹里面的3文件gz压缩一下哦!

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Python入门(17)

但是,我们有时会遇到一些需要持久化的信息,除了使用数据库以外,还有没有一些简单、灵活的方法呢?答案是有的。那就是今天我们要讲的python的文件。 1、回顾一下:input()与print() ?...说明:本例,我们用到了字符串的切片操作实现文本翻转功能。如前所述,我们可以通过使用str[a:b:c] 从位置 a 开始到位置 b 结束对序列进行切片 。c是切片的步长(Step)。...(2)可以通过 read() 、readline()、write() 等方法读取或写入文件。 (3)当你完成了文件使用,你可以调用 close()方法关闭该文件的操作对象。...默认情况下, open() 会将文件视作文本读取方式打开。 3、Pickle ? ? ? 文件操作的确很方便,那么,除了文本内容以外,其他数据类型的对象,我们有没有办法也存储到一个文件中去呢?...使用 unicode 编码的字符串,都以字母 u 开头,例如 u"hello world",但在python3以后,其实并不需要这么麻烦,默认都是unicode编码 。

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Python 工匠:高效操作文件的三个建议

当我们编写与文件相关的代码时,通常会关注这些事情:我的代码是不是足够快?我的代码有没有事半功倍的完成任务? 在这篇文章中,我会与你分享与之相关的几个编程建议。...让我们做个试验:有一个 5GB 大的文件 big_file.txt,它里面装满了和 small_file.txt 一样的随机字符串。...) return count 在新函数中,我们使用了一个 while 循环读取文件内容,每次最多读取 8kb 大小,这样可以避免之前需要拼接一个巨大字符串的过程,把内存占用降低非常多。...答案是:让函数依赖“文件对象”不是文件路径。...假如调用方就是想要使用文件路径,那么就必须得自行处理文件的打开操作。 如何编写兼容二者的函数 有没有办法即拥有“接受文件对象”的灵活性,又能让传递文件路径的调用方更方便?

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Python 工匠:高效操作文件的三个建议

当我们编写与文件相关的代码时,通常会关注这些事情:我的代码是不是足够快?我的代码有没有事半功倍的完成任务? 在这篇文章中,我会与你分享与之相关的几个编程建议。...() 快速读取文件内容: # 标准做法,使用 with open(...)...'9') return count 在新函数中,我们使用了一个 while 循环读取文件内容,每次最多读取 8kb 大小,这样可以避免之前需要拼接一个巨大字符串的过程,把内存占用降低非常多。...答案是:让函数依赖“文件对象”不是文件路径。...假如调用方就是想要使用文件路径,那么就必须得自行处理文件的打开操作。 如何编写兼容二者的函数 有没有办法即拥有“接受文件对象”的灵活性,又能让传递文件路径的调用方更方便?

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一篇文章带你搞定Go语言基础之文件操作

这是因为我们每次都是按照字节读取一部分,一部分的,但是中文是3个字节,所有有时候可能切错了,就出现了乱码 那咋办呢?...没办法,默认的读取文件就这么点功能,更多功能,尽在bufio bufio bufio可以理解为原生file操作的一个加强版,更牛叉,功能更多 还是上述这个文件,看看如何完美读取 代码 func main...,不是字符串 if err == io.EOF { break } if err !...读取整个文件 可能又有人说了,啊,星期八,我感觉还是麻烦,有没有更简单的办法读取文件,肯定有呀,一次性读取所有呢?答案是肯定的,此时需要用到ioutil包。...总结 本次章节我们主要学习文件操作的相关知识,主要分为读取文件和写入文件 读取文件都有原生方法读写和bufio加强读写和ioutil一次性读写 推荐大家使用bufio这个包操作文件,带有缓冲功能,性能更好

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python中的import,reloa

e.g: import os reload(os) 说明: reload会重新加载已加载的模块,但原来已经使用的实例还是会使用旧的模块,新生产的实例会使用新的模块;reload后还是用原来的内存地址...扩展: 既然可以通过字符串动态导入模块,那么是否可以通过字符串动态重新加载模块吗?试试 reload('os')直接报错,是不是没有其他方式呢?...此时再执行sys.getdefaultencoding()就会发现编码已经被设置为utf8的了,但是在解释器里修改的编 码只能保证当次有效,在重启解释器后,会发现,编码又被重置为默认的ascii了,那么有没有办法一次...将一个字节字符串转成Unicode字符串然后再转回来: s = "hello byte string" u = s.decode() backToBytes = u.encode() 以上代码使用的是系统默认的字符出来转换的...pass 单独判断是不是Unicode字符串: if isinstance( s, unicode ):     pass 读取UTF-8编码的文件 你可以手工转换从文件读取字符串,方法很简单: import

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Python 工匠:高效操作文件的三个建议

当我们编写与文件相关的代码时,通常会关注这些事情:我的代码是不是足够快?我的代码有没有事半功倍的完成任务? 在这篇文章中,我会与你分享与之相关的几个编程建议。...快速读取文件内容: # 标准做法,使用 with open(...)...)    return count 在新函数中,我们使用了一个 while 循环读取文件内容,每次最多读取 8kb 大小,这样可以避免之前需要拼接一个巨大字符串的过程,把内存占用降低非常多。...答案是:让函数依赖“文件对象”不是文件路径。...假如调用方就是想要使用文件路径,那么就必须得自行处理文件的打开操作。 如何编写兼容二者的函数 有没有办法即拥有“接受文件对象”的灵活性,又能让传递文件路径的调用方更方便?

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【python之文件读写】

四、Python文件操作步骤示例 我们读取这样一个文本文件:song.txt,该文件的字符编码为utf-8。...匆匆那年我们 究竟说了几遍 再见之后再拖延 可惜谁有没有 爱过不是一场 七情上面的雄辩 匆匆那年我们 一时匆忙撂下 难以承受的诺言 只有等别人兑现 1....) 输出结果: 匆匆那年我们 究竟说了几遍 再见之后再拖延 可惜谁有没有 爱过不是一场 七情上面的雄辩 匆匆那年我们 一时匆忙撂下 难以承受的诺言 只有等别人兑现 True 是不是变得简介多了,代码结构也比较清晰了...五、Python文件读取相关方法 我们知道,对文件读取操作需要将文件中的数据加载到内存中,上面所用到的read()方法会一次性把文件中所有的内容全部加载到内存中。...这个问题其实在上面的文件读取示例中已经使用过了,这里我们再详细的说一下。

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golang学习笔记5:字符串及相关函数

UTF-8 是被广泛使用的编码格式,是文本文件的标准编码,其它包括 XML 和 JSON 在内,也都使用该编码。...在循环中使用加号 + 拼接字符串不是最高效的做法,更好的办法使用函数 strings.Join() 有没有更好地办法了?有!使用字节缓冲( bytes.Buffer )拼接更加给力....字符串处理相关函数 作为一种基本数据结构,每种语言都有一些对于字符串的预定义处理函数。Go 中使用 strings 包完成对字符串的主要操作。...) 剔除字符串开头和结尾的空白符号;如果你想要剔除指定字符,则可以使用strings.Trim(s, "cut") 将开头和结尾的 cut 去除掉。...(str) 用于生成一个 Reader 并读取字符串中的内容,然后返回指向该 Reader 的指针,从其它类型读取内容的函数还有:Read() 从 []byte 中读取内容。

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关于写作那些事之终于还是无法忍受纯人工统计数据

这也就解释了被打断三次后的崩溃了,找到问题的根源了,想办法如何解决吧! 最容易想到的解决办法是手动复制文章列表数据,然后程序分析提取关键数据,最后再统计数据....由于文件内容最终需要被程序处理,程序处理要求数据需要具备一定的格式,因此自然不能是 txt 或 word 这类文档,平常接触比较多的文档数据处理一般就是 excel 或者 json 类型的文档....这里需要 excel 这种格式文档,但是 excel 比较笨重,还需要相关软件才能打开 excel 文件,好像并不是很适合,怎么办呢? 但是我真的需要这种一行一行的数据格式啊,有没有折中的处理方案?...程序分析提取 至此,我们已经完成数据分析的第一步了,接下来是如何读取 csv 文件,由于本人是 java 程序员,所以我要看一下 java 如何处理 csv 文件....,目的将字符串按照指定分隔符分割成字符串列表 处理分割后字符串列表并过来出有效数据 String readCountWithDescString = row.get(0); String readCountString

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python Windows环境下文件

在python程序里面我们经常需要对文件进行操作,Windows下的文件目录路径使用反斜杠“\”分隔。...这样,如果继续用windows习惯使用“\”表示文件路径,就会产生歧义。 例如 “c:\test.txt”这表示c盘根目录下的一个文件,还是表示一个字符串呢?因为“\t”也可以解释为制表符。...如果让我们人判断,这当然是一个很简单的问题。但是机器就无法做出正确的判断了,只有没有歧义的代码机器才会正确执行。...解决办法 采用下面任何一种书写形式均可: 使用斜杠“/”: "c:/test.txt"… 不用反斜杠就没法产生歧义了 将反斜杠符号转义 "c:\\test.txt" 因为反斜杠是转义符...不过raw string主要是为正则表达式不是windows路径设计的,所以这种做法尽量少用,可能会出问题。

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Web应用程序防火墙(WAF)bypass技术讨论(一)

不是人人都知道有很多bash语法能够只使用问号“?”,正斜杠“/”,数字和字母执行系统命令,且可以使用相同数量的字符枚举文件并获取其内容。...如果目标WAF没有足够的规则集阻止像?和/在查询字符串中,那么就能使用通配符进行绕过。绕过的payload如下所示: /?cmd=%2f???%2f??t%20%2f???%2fp??s?? ?...因此,如果知道文件名的一部分不是一个字母,那么可以使用此通配符。例如ls *.???,列出当前目录中扩展名为3个字符的所有文件,将列出具有:gif,.jpg,.txt等扩展名的文件。...不是*呢?...没办法……当你需要执行一个命令读取文件时,有90%的概率会需要一个“空格”字符或“正斜杠”。 最后的想法 回归静态HTML页面……这是提高Web应用程序安全性的最快方法!

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2021第二期_数据挖掘班_微信群答疑笔记

一个文件名的本质是个字符串,这个字符串可以用paste0生成, 老师 麻烦问一下rio包是不能实现两个excel合并的功能吧 我倒腾了半天 读入是没有问题的 但是合并就是不成功 看了包里函数的帮助...纠正一下,export可以到处xls,或许是xlsx 老师,我还是没懂,新建的任意Rproj不可以读取工作目录的任意CSV文件吗 你或许你是新建了一个文件夹,但是并没有切换project,所以导致你认为的工作目录并不是真正的工作目录...作者组织的这个文件有点特殊,读取的时候,默认参数搞不定,需要去找找参数,也有更快解决问题的办法,就是annoprobe 做差异分析时,报错,这是我的exp列名,是不是要把空白列去掉呀,为啥会有空白列呢?...如果想解决这一类问题,cbind.fill是一个办法,但他不是最好的办法。 老师们,这个图叫啥来着呢? ?...想请问一下老师们 R中有没有办法模糊识别呀 就是我从两个地方下载得到的表格想要通过基因全称合并 但是可能两边的基因全称有一点点区别 比如-变成空格这种 虽然变化很小 但是%in%就没法识别了 R中没那么智能

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Java易错知识点总结(一)

使用Scanner类输入数据 a.读取字符串 b.读取int型数据 c.读取char型数据  d.注意:当同时使用nextLine()和nextInt()读取数据时,需要注意回车的吸收(具体看下列两种写法的差别...Java允许在一个Java源文件中编写多个类,但其中的多个类最多只有一个类使用public修饰。...标识符不能是 true、false 和 null(尽管 true、false 和 null不是Java关键字) 3.简单数据类型 long型常量用后缀l或L表示 float型常量用后缀f或F表示...a.读取字符串 String s=sc.nextLine(); 或 String s=sc.next(); next()的读取以空格或回车结束;nextLine()的读取以回车结束 b.读取int...[12]; int b[][]=new int[3][6]; a.length的值12;b.length的值是3。

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给Python学习者的文件读写指南(含基础与进阶,建议收藏)

首先,我们来看看下面这段代码,并思考:这段代码有没有问题,如果有问题的话,要怎么改?...如果要以整个列表的形式写入文件,就使用str()方法做下转化。 这个问题还没结束,如果列表中就是有元素不是字符串,而且要把全部元素取出来,怎么办呢?...str()返回Python对象的字符串版本,使用需注意。 如何从文件读取内容?...那么,有什么办法可以优雅地读取文件内容呢? 回过头来看readlines()方法,它返回的是一个列表。这不奇怪么,好端端的内容为啥要返回成列表呢?...该模块本质上是通过装饰器(decorators)和生成器(generators)实现上下文管理器,可以直接作用于函数/对象,不用去关心 __enter__() 和 __exit()__ 方法的具体实现

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记一次渗透某XX站

0X00 前言 团队A师傅发来个站,问我有没有得搞 ? 正好在搞其他的站,卡住了,开干换个思路。...随手试了一下burpsuite的dnslog,发现请求过去并回显了,猜测后端使用file_get_contens获取。 一个可回显ssrf,有什么用呢? 打内网?...数据库文件一般是放在common/conf下面的。 简单猜了会,尝试读取index控制器。 之前的报错其实已经放出了index控制器在那个模块下面了,就是默认的home模块。 ? 读取 ?...不存在文件的时候同样提示: ? 后面深入研究了一下那份源码发现也不是马儿被杀了的原因,应该由于它的分割符问题。...不是传统的/,而是点号,传统的文件路径访问与路由冲突了,最终也就没办法访问到uploads目录下的shell。 没想出对于这种路由有啥办法可以解决的,如果有知道的师傅欢迎评论交流。

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手把手教你前端本地文件操作与上传

FormData无法得到文件的内容,而使用FileReader可以读取整个文件的内容。...如果需要限制上传文件的大小就可以通过判断size属性有没有超,单位是字节,而要判断是否为图片文件就可以通过type类型是否以image开头。通过判断文件名的后缀可能会不准,通过这种判断会比较准。...使用FileReader除了可读取为base64之外,还能读取为以下格式: fileReader.readAsDataURL(this.files[]); // 以二进制字符串方式读取,结果是二进制内容的...上传文件用的这种multipart/form-data,参数和参数之间是且一个相同的字符串隔开的,上面的是使用: ——WebKitFormBoundary72yvM25iSPYZ4a3F 这个字符通常会取得比较长...(通常是使用的框架处理了,具体的接口不需要关心应该怎么解析) 如果读取结果是ArrayBuffer的话,也是可以直接用xhr.send发送出去的,但是一般我们不会直接把一个文件的内容发出去,而是用某个字段名等于文件内容的方式

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Java 创建一个大文件

问题和解决有些人想到的办法就是定义一个随机的字符串,然后重复很多次,然后将这个字符串写入到文件中。当然,这个是一个解决方法。我们可以使用下面的代码进行创建。...存在指向该隐含数组的光标或索引,称为文件指针;输入操作从文件指针开始读取字节,并随着对字节的读取前移此文件指针。...如果随机访问文件读取/写入模式创建,则输出操作也可用;输出操作从文件指针开始写入字节,并随着对字节的写入前移此文件指针。写入隐含数组的当前末尾之后的输出操作导致该数组扩展。...那么,如果我们现在的文件有 10 GB,那怎么办?如果全部读到内存中,估计大概率情况会内存溢出了。这个时候可以使用 RandomAccessFile 进行操作了。...另外,从 RandomAccessFile 的构造方法,我们就看到,你需要提供的是文件的路径,不是文件对象。

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博客主机搬迁遇到的问题记录

只有在丢失文件的时候你才知道每一次的备份进行验证是多么的重要,不是鼠标点点,就备份了,可能备份了100份,100份文件都是坏的。。 之后,把文章数据库手动还原了一下。站点总算回来了。...突发奇想:景安后台有着SSL证书,以前开启了SSL会封闭80端口,现在依然可以访问,是不是意味着可以通过.htaccess文件跳转https?...景安后台读取的SSL证书不包括CA根证书,这就会导致很多VPS服务器获取我的脚本时会报错,虽然可以用 wget --no-check url 让wget不验证证书,但是!很多人不知道啊。。。...现在的解决办法: 国内用知了云的贵州节点。 国外用小鸡鸡获取文件。由于很多服务器都是国外的获取我的脚本(具体原因你懂的)。...现在的解决办法很合适,国外下载分流,不影响国内的访问速度,何况知了云只有15G月流量,只够访问用,下载的话文件太大,国外小鸡500G月流量足够用了,何况,国外-国外,速度也快不少不是

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